两道圣旨把中书省和大都督府的后事安排得十分详尽，内容之缜密、细致，使朝中大臣们终于明白，朱元璋发布这两道诏令绝非一蹴而就，而是酝酿了很久的结果。
中书省作为大明朝最高行政机关的历史到此结束，从此退出了历史的舞台。整个中书省的官员编制几乎全被废除，只保留了纯粹记录官性质的中书舍人一个职位。原本属于中书省的权力全部收归皇帝一人所有，吏、户、礼、兵、刑、工六部尚书的地位上升，他们直接对皇帝负责，王朝政务的决策者和实行者之间再无任何阻碍。同时，朱元璋还告诫群臣——今后他的子孙，都不能再说设立丞相的事情，臣子们也不能请求设立丞相，不然就是死罪！
而大都督府则被分割成中、左、右、前、后五军都督府，这五军都督府掌管军旅之事，隶属于兵部，曾经和中书省分庭抗礼的大都督府编制就这么消失了。
洪武十三年的春节，注定是让大明朝所有官员都难忘的一段日子。
混乱的正月过去后，朱元璋真正开始了至高无上的皇权运作。
现在的大明朝，没了中书省的宰相掣手掣脚，朱元璋的皇权达到了历史的顶峰。但权力必然伴随着义务，没过多久，这至高无上的权力所带来的副作用就显现出来了。
身为皇帝，他必须要保证整个大明朝的正常运做，但他不是神，只是人。从科学的角度来说，一个人成年人每天需要有7到8个小时左右的睡眠时间才能保证身体健康和意识清醒，但朱元璋在洪武十三年以后，一天的睡眠时间可能都没有四个小时——从前一整个部门的工作现在压到他一个人身上，就是他有三头六臂也无法负荷。有史学家统计过，在废除丞相制度以后，每天送到朱元璋面前的奏章有近200封，大小共计约500件事需要他做出决断。而那时的奏章都是文四骈六的儒士们写的，通常几万言的水分下来，真正谈事情的能有几百字就不错了，就算一封奏章5000字吧，200封就是100万字……就算每天不动脑子看100万字，你能看完吗？何况还得动脑子去想这奏章到底讲的什么问题，该怎么解决？——面对如此繁重的工作压力，朱元璋再有身为皇帝的自觉也没办法全部一肩扛下。
再说，人的睡眠不足最容易导致精神紧张焦躁，朱元璋本来就不是个和气的人，时间一长，脾气更为暴躁易怒，看着满朝臣子都不顺眼，要不是内廷有结发的妻子马皇后照顾，外廷有皇太子朱标和亲家李善长支撑，只怕他一个暴怒，就能要了满朝大臣的命。
这种情况愈演愈烈，朱元璋看朝臣也越来越不对劲儿。他一个人根本看不完那么多奏章，就有许多推到明天再看，而明天又有新的奏章送到他的面前，必然又有许多得推到第二天。而朝臣们上的奏章都是请示问题与决策，虽有轻重缓急，但却没有不该办的，得不到回复就不敢实行，不敢实行在朱元璋眼里就是办事不力，办事不力就该罚，挨了罚就更不敢自作主张而要事事请示……如此恶性循环，朱元璋和朝臣的关系越来越紧张。
胡惟庸虽然死了，可李善长还在，朝廷中大部分官员仍然是李善长的老部下，他们在胡惟庸死后，朱元璋对他们日益不满的情况下，自然又回到了李善长的羽翼之下，以求平安。但这种做法在朱元璋看来，就成了结党营私和图谋不轨的双重判断。
“射人先射马，擒贼先擒王。”这句古话在朱元璋这里不适用。他要剪除的是李善长代表的文官功臣集团，他确信，这个集团已经腐化变质了，不再是自己的可靠助手，而是分夺权力的对手。
屠杀的理由并不好找。事实上，外廷的大部分政府部门都由这个集团的人把持，即使在洪武十四年成立了大理寺和都察院，和刑部一起并称三法司，刑部受天下刑名，都察院纠察，大理寺驳正，形成了大明朝廷正常的司法程序。但三法司的人多为儒士，办案定罪既无眼力也无效率，朱元璋觉得实在靠不住。
靠得住的只有自己身边的检校而已。
检校从一诞生就为朱元璋一手掌控，为他立下过汗马功劳，然而检校是个职务名称，不是正式机构，它有侦察权，却不能扣押人犯和判罪量刑，要想让检校发挥更大的作用，就必须赋予他们更多的权力。如果将检校放到外廷文官系统的三法司的话，只会拘泥于国家法律和程序正义，而无法随心所欲。
朱元璋将眼光收回到内廷，放到了自己身边的侍卫亲军上。侍卫亲军是皇帝的私人卫队，将检校们放入其中，并赋予侦察之外的权力也是说得过去的。
洪武十五年（1382年），朱元璋终于决定将锦衣卫推到台面上来了。
早在朱元璋自立为吴王的时候，他就对军队进行了改革，废除了麾下军队中的统军元帅一职——这个职务只能由朱元璋本人来担任，如今称王将来称帝，军权是一丝一毫也不能放松的。他将全军划分为武德、龙骧、豹韬、飞熊、威武、广武、兴武、英武、鹰扬、骁骑、神武、雄武、凤翔、天策、振武、宣武、羽林等十七卫亲军指挥使司，相应地还废除了诸将因袭元朝旧制的枢密、平章、元帅等称号，而是按照所率兵马的数量，五千人称为“指挥”、一千人称为“千户”、一百人称为“百户”、五十人称为“总旗”、十人为一个小旗。
在朱元璋正式称帝建立明朝之后，又把这一军制推广到全国各个地方，按照全国郡县划分军区，大致类似于今天的北京、沈阳、济南等各大军区。五千六百人以上的军区称为“卫”、一千二百人以上的称为“千户所”，一百二十人以上的称为“百户所”——这一制度就是为我们熟知的明朝军队的卫所制度。
回到中央，明朝军队最高指挥机构是前面说过的大都督府，由最高长官大都督总领天下诸军事，这天下诸军事不光是对外征战，还包括皇帝身边的护卫亲军——拱卫司。
明初，皇宫的守卫任务由拱卫司担当，虽然亲近皇帝，但实际官职却很低，长官只有正七品而已。拱卫司的人选也都是由大都督府选派，整天在皇帝身边晃来晃去的人，自然要求很高，身高、样貌、体能、头脑一点都不能少。但朱元璋对于这样的拱卫司并不满意，一来拱卫司原本属于中书省管——可见明初中书省管辖之宽，后来转到大都督府下边，只不过转来转去总不是在朱元璋自己手里；二来正七品的官职相对于皇帝亲军的名号来说，也实在太寒酸了些。
于是洪武三年大封功臣的同时，朱元璋也对拱卫司进行了改制——他把拱卫司从大都督府的管辖下独立出来，改组成为亲军都尉府，大致相当于今天的首都警备区吧，指挥使品秩正三品——不但规格提高了不少，人数上也增加了不少——下辖左、右、中、前、后五军，统称为“侍卫亲军”，专门负责皇城的守卫工作。
此外新设了一个仪鸾司，长官品级为正五品。这仪鸾司真真正正是锦衣卫的前身了，它的职责很大部分后来由锦衣卫继承下来且并发扬光大。
仪鸾司，顾名思义，除了护卫皇帝外，很重要的一个职责就是皇帝出行和朝会时负责仪銮掌管卤簿仪仗——说白了，就是三军仪仗队，是国家和军队的脸面所在。入选的校尉都是功勋贵戚家的子弟，功臣子弟们这时正是风华正茂，意气风发的年纪，在日渐衰老的皇帝身边执行守卫工作，既是对功臣家族的肯定，也是接近皇帝的好机会，因此，仪鸾司的校尉虽然品级不高，但却是十分显贵的职务。
自然，这么冠冕堂皇的仪鸾司，职责和我们所知道的锦衣卫相差太多了。锦衣卫，在往后大多数人心目中，是黑暗的代名词，残忍、狡诈、无限的侦查手段、无端的诬陷罪名才是锦衣卫的真实表现。但事实往往如此，表面的光鲜是真，私底下的凶残也是真。
于是，仪鸾司堂而皇之的表面文章就被锦衣卫继承下来。
洪武十五年四月，锦衣卫成立。在史书中记载，锦衣卫掌侍卫、缉捕、刑狱之事。
表面上，锦衣卫的成员多为恩荫寄禄，没有固定的人数，就是给功臣子弟一个做官拿俸的出路而已。
遥想大朝会之时，天色朦胧，雾霭氤醺中，身着飞鱼服，腰配绣春刀的“大汉将军”一千多人鱼贯而出，手执銮舆、擎盖、扇手、旌节、幡幢、班剑、斧钺、戈戟、弓矢……威武庄严，莫过于此。这些所谓的“大汉将军”，就是锦衣卫的属下，自然，是表面风光的那一部分，在锦衣卫的设置中，有御椅、扇手、擎盖、幡幢、斧钺、鸾舆、驯马等七个部门，他们负责锦衣卫职责里“侍卫”的那一块内容。
而朱元璋的检校们掌握的是“缉捕、刑狱”这两块。锦衣卫还设有经历司，掌管文书出入；镇抚司，“掌本卫刑名，兼理军匠。”这个镇抚司，就相当于现在的军事法庭。
名义上锦衣卫应该只管“本卫”的刑名，其他军队系统的只是兼理而已，更谈不上外廷的刑狱之事了。但在锦衣卫的历史中，“本卫”两个字从一开始就被扔在文件纸面上，朱元璋建立锦衣卫，要对付的正是外廷。
锦衣卫的第一任指挥使在历史上没有明文记载，不过综合各种蛛丝马迹来看，曾经是检校成员的毛骧可能就是锦衣卫的第一任指挥使。毛骧很早就跟随朱元璋，在明朝建立之前就已经是检校的一员，既有丰富的工作经验又深得朱元璋的信任。
毛骧带领锦衣卫要做的第一件事，就是替朱元璋找到屠杀大臣的理由。这理由在毛骧看来，其实很好找，就两个字——谋反。和谁谋反呢？和胡惟庸。
以锦衣卫之能，想要找出些证据来证明胡惟庸谋反是很容易的事情，胡惟庸虽然已经死了好几年了，但在朝廷中有不少和他有瓜葛的大臣，栽赃栽到死人头上，他们更是无从辩解，正好一网打尽。
于是，经过几年的蛰伏，洪武十八年（1385年）起，原本早已尘埃落定的胡惟庸案再起波澜，性质也从普通的“擅权枉法”变成了十恶不赦之首的“图谋造反”。从洪武十八年到洪武二十三年（1390年），短短五年的时间，被胡惟庸案牵扯进的功臣有一公、二十侯，连坐、死罪、黥面、流放的有数万人之多，朝中文臣几乎为之一空。
而为这个案子流出最后的血的，正是李善长。
从最早汪广洋弹劾李善长开始，就一直有人在为扳倒李善长这棵参天大树而努力，但直到这棵大树的所有树杈都被砍掉的时候，大树本身才轰然而倒——洪武二十三年，七十七岁的李善长被朱元璋以身为“元勋国戚，知逆谋不发举，狐疑观望怀两端，大逆不道”的罪名下了狱。李善长的罪名在别的功臣身上早就死过无数回了，毕竟这时的朱元璋已经杀红了眼，只是面对李善长的时候，朱元璋脑中还有一丝清明。这些年来，马皇后死了、徐达死了、太子朱标死了、太子的老师宋濂也死了，和自己亲近的人一个个离开了自己，现在还活着的人里，能够和自己一起回忆过去的就只有李善长了。李善长的身体一向不好，他为什么不像徐达那样干脆早早病死呢？总好过现在要让我亲自来动手……
然而锦衣卫不能让朱元璋留下李善长，这几年明争暗斗，除掉的功臣固然不少，但锦衣卫也损兵折将，连一手创立诏狱的毛骧，也被朱元璋为了平息众怒而推出去做了胡惟庸的垫背。这使得锦衣卫的人知道，和功臣们的斗争是你死我活的，若是李善长活着，他们就得死，反之亦然。
没想到李善长都下狱了，朱元璋竟开始犹豫，这是锦衣卫所不能容忍的。
没过多久，钦天监的一位官员向朱元璋报告说有“星变”，按照天人感应来说，当“主大臣移位”。朱元璋越老越迷信，一听此言，立刻明白“大臣”指的就是李善长。
于是，首功之臣李善长就这么丢了性命，和他一起赴死的还有他的妻、女、弟、侄等一共七十多人。只有长子李祺和他的两个孩子，因为临安公主的缘故得以免死，流放江浦了事。
二百多年后的崇祯二年（1629年），有一个叫李世选的人手捧朱元璋御笔龙封，从安徽绩溪来到北京城，向朝廷要求平反李善长一案。这个李世选，自称是临江公主的后人、李善长的十世孙。而他手里的御笔龙封，据说是在李善长之案后，临江公主向朱元璋陈诉公公家的冤屈，朱元璋为了安慰女儿亲笔所写，许诺二百一十六年之后为李家平反！
据史料记载，朝廷上下对这御笔龙封经过仔细鉴定，得出了伪造的结论，将李世选关进了诏狱。直到数十年后，流亡的南明小朝廷才在明朝抵抗势力几乎消耗殆尽的时候，为李善长平反并追加封谥。
时间再过二百多年，如今的我们再来看这�