18、最后，最终舞台回到了卫星轨道上的方舟之上。打算将方舟扔向地球来毁灭世界的该隐，和为了阻止他的亚伯，开始了最终决战。
神学大全 创世纪（过去的传说和真相）
创世纪（过去的传说和真相）
公元前数亿年，位于宇宙某处的不知明生命体创造出了拥有群体意识的纳米机械（之后被称为“クル攻衰薄狵resnik）。纳米机械Kresnik毁灭了创造者，开始了宇宙流浪之行。途中，它们经历了好几个知性文明世界，将这些文明毁灭的同时它们继续流浪着。
公元前数百万年前，毁灭了无数有知生命体的Kresnik和其“家畜”Bacillus（バチルス）一起寄宿在了某山丘状有知生命体的身上。毁灭了他们的文明之后，它们建造了宇宙船再次开始了流浪之旅。但是在途中，宇宙船在到达银河系的边境——太阳系之后和火星相撞。山丘状有知生命体全灭。宇宙船和Kresnik以及Bacillus一起呆在火星的地下开始了休眠。
AD2080
地球的世界人口突破120亿。联合国针对人口爆炸而采取了相应对策，这就是实施“火星殖民计划——REDMARSPROJECT”。
AD2080前后
经过遗传因子调整而诞生的试管婴儿，即奈特罗德（Nightroad）三兄妹出生。他们被当作将来的移民计划的主要负责人而被培养起来。AD2085年，在南亚共同体SAU菩提伽耶（南アジア共同体SAUブッダガヤ），莉莉丝（リリス——Lilith）诞生。AD2088年，该隐（カイン——Cain）在欧洲柏林诞生。同年，亚伯（アベル——Abel）在欧洲伦敦诞生。AD2098年，塞思（セス——Seth）在美利坚联邦魁北克诞生。
试管婴儿们由于经过遗传因子调整而能够在一定程度上抑制老化速度。年龄增长也较常人缓慢，大约是一般人的一五倍。
开发当局的想法是不打算让将近1万人的殖民团永远居住在火星的。大部分成员在经过数年的间隔后将返回地球，然后派另一批人交替着去火星继续开发事业。当然，四名试管婴儿是要一直留在火星的。因为他们就是为了这个目的而被“制造出来的”人类，这是理所当然的。
AD2090前后
作为火星殖民的前一阶段，蓝藻状的太空舱和自动化的机器人被搬入了无人船中。这些都是为了移民团成员进入宇宙船前所做的准备。
在地球进行准备工作的时候，亚伯经常残忍地殴打移民团的同伴，而莉莉丝每次都来阻止，因此亚伯看一直保持着冷静状态的莉莉丝很不顺眼，心里一直打算着总有一天要给他点颜色看看。
AD2120
第一批火星殖民团出发（大约1万人）。
主要负责人员为：
亚伯·奈特罗德：国连航空宇宙军中佐，REDMARS计划管理部保安科总负责人，识别号码为：UNASF94…8…RMOC…666…02…ak。
该隐·奈特罗德：国连航空宇宙军大佐，REDMARS计划管理部计划部总负责人，移民团最高负责人。识别号码为：UNASF94…8…RMOC…666…01…ck。
塞思·奈特罗德：国连航空宇宙军少佐，REDMARS计划管理部技术开发部总负责人，识别号码为：UNASF94…8…RMOC…666…03…sk。
莉莉丝·萨尔：国连航空宇宙军中佐，REDMARS计划管理部医疗科总负责人，识别号码为：UNASF94…8…RMOC…666…00…ls。
航行途中，亚伯多次表现出对莉莉丝的反感，但莉莉丝都忍耐了下来。
AD2122
作为火星殖民团的一员的亚伯·奈特罗德，由于中了对他抱有反感的其他殖民者所设下的陷阱而被放逐到了人迹未踏的火星荒原之中。身为同僚的莉莉丝单身前去营救因氧气不足而濒死的亚伯，但却因为驾驶的车子发生故障而陷入了二重危机。两人在竭尽全力生存的时候，很偶然地发现了异种知性体的遗迹（其实就是山丘状生命体所乘坐的宇宙船，之后被移民者称为“方舟”）。在宇宙船内部避难后，总算是九死一生。两人返回基地后报告了这个发现。在宇宙船里面有许多具和人类完全不同的异种知性体的遗体。他们的科技水准虽然是极端的高，但是人种在到达火星时已经死绝了。在木乃伊化的知性体的数千具遗体当中，里面有几具是该生命体社会里占据着重要地位的人物遗体，这些都被特别小心谨慎地保管了起来。
检查这些遗体的结果，发现了特殊的杆状细菌群（也就是Bacillus）。而且，研究结果还发现，这种Bacillus寄生在人类的血液中的话就能够使宿主的生命力大幅提高。
而在之前被小心保存起来的高等知性体的尸体身上，更是发现了Bacillus的变种——十字型的细菌群。
该细菌群的发现者，塞思·奈特罗德将这种能够破坏宿主红血球的杆状细菌群命名为“溶血性杆状细菌群”（バチルスクドラク——Bacilluskudlak），意为在地球的传说里登场的吸血鬼的名字，并将另一种特殊的高等细菌群命名为“十字形杆状细菌群”（バチルスクル攻衰狟acillusKresnik）。同时，马上将クドラク进行了培养，并成功实现了栽株。而Kresnik一方则屡遭失败，由于怎么都无法使其增长而最终放弃培植。
在发现这个的同时，该隐·奈特罗德和另一名殖民者在作业中遭遇事故而受了重伤（据说该隐是在移民们之间因为争夺细菌而产生的纠纷中为了保护亚伯所致）。塞思为了延长他们的生命而给他们移植了Kresnik。但结果两人都出现了抗拒反应。结果，两人都一度死亡，但不知什么原因，只有该隐在死亡以后复活了（这时候，该隐和Kresnik的精神融合已经开始了）。该隐的复活，最终明确了Bacillus戏剧般的效果（确认了其对宿主有延命效果以及增强生命技能的效果）。
接下来负责人们开始了往殖民者们身上的移植实验。但是，不知道什么原因，Kresnik在移植的时候对于亚伯以及塞思这样的试管婴儿以外的一般人都产生了抗拒反应。为此，Kresnik的植株被冷冻保存起来后封印，而Bacillus由于能够顺利移植到一般的移民者身上，因此只有Bacillus被培养起来移植到了移民者身上。
围绕着梦幻般的微型机械以及搭载了外星人的超前技术的“方舟”，殖民团内部发生了激烈的内乱。参加殖民团的成员都为了各自国家或民族的利益都暗自策划夺取“方舟”和病菌的控制权。但是，这些争斗给预定返回地球的宇宙船的控制系统带来了很大的损害，不用说归还地球，就连接通和地球间的联络都不可能。
AD2124
为了独占“方舟”和病菌，地球上也发生了最终战争（之后被称为大灾难）。火星殖民团无法再获得来自地球的援助而被孤立在了宇宙之中。
移民们导入了外星人飞船的技术，开始修理受损的移民船。移民船的外表采用的是附近小行星带的构成外形。引擎是利用地球技术制造的，而控制系统运用的是外星人宇宙船“方舟”本体所载的。因此，这艘船之后被正式称为“方舟”。
AD2200左右
火星殖民团开始归还。面对地球上荒芜的情形，他们也受到了相当的打击，并决定协助同胞们进行复兴工作。他们选择了污染情况相对比较轻微的欧洲地区降落。方舟则滞留在建造在非洲鲁文佐里山上方连接的卫星轨道上，作为控制中心兼资源的供给处而使用着。
然而回到地球之后，被移植在殖民团身上的Bacilluskudlak突然发生了变异。由于紫外线的照射引起了异常活动，而且红血球的消费量也上升到数百倍以上。再加上由于贫血症引起了强烈的吸血冲动，使得文明开始退化的地球人畏惧地将他们称为了“吸血鬼”。而突然变异后的归还者之间也发生了大混乱，由于没有有效手段进行处理，他们开始袭击地球人，造成了地球人失血死亡。另外，强制要求地球人献血也适得误会更加严重。（这时候，地球的文明水平已经退化到中世纪的水平左右，而移民团内的火星新生代们也对这样的地球人产生了轻蔑感，并将他们称为“猴子”。）
AD2210左右
归还者和地球人之间开始了正式的纷争。
为了拯救自己的归还者同伴（之前莉莉丝率领着的志愿者支援团遭到了陷入恐怖状态中的地球人们的袭击。等到亚伯赶到后，莉莉丝已经身负重伤，其他团员则被钉死在了木桩上。愤怒的亚伯虐杀了那些加害者。）以及制压地球人方面的反乱分子，奈特罗德三兄妹利用自身的Kresnik的战斗力以及方舟上的超前技术，以百万为单位杀戮着地球人。
莉莉丝虽然进行了说得工作，但毫无效果。最终忍无可忍的莉莉丝决定站在地球人方面对抗奈特罗德三兄弟。她假装对三兄妹恭顺，将Kresnik移植到了自己的身上，成为了“Kresnik04”。
AD2215左右
一直等待着时机的莉莉丝，带着归还者内的和平派离开了方舟，与地球方面唯一的抵抗组织——泛国家机关梵蒂冈展开了接触，并给予了当时的教皇格里高利二十世关于知识，技术和资材等方面的支援，成功地实现了人类的再团结。离开时，莉莉丝将“方舟”的控制中枢的一部分进行了程序保护，并将解除密码设定为了自己的遗传因子。
以下是归还者中的和平派加入了地球人的抵抗运动的一些活动，之后被教皇厅如此称呼……
1：莉莉丝与格里高利的邂逅——“圣女降临”。
2：阿历克斯·内夫谢伊尔（アレクシオス·ネヴシェヒ搿狝lexios·Nevsehir）率领的莉莉丝军在巴黎近郊与三兄妹的军队大战并获得大胜——“卢浮之战”。
3：在布达佩斯，莉莉丝军在伊斯坦，卡塔尔两地开始电力供给——“圣伊斯坦，玛娜降临在百姓之中”。
战斗中，亚伯一度战败成为了俘虏，莉莉丝趁此机会带着亚伯在荒芜的地球四处巡视，让他亲眼目睹了地球上的惨状。之后就将他释放了。
AD2220左右
和Kresnik精神融合的该隐，暗中决心将地上完全消灭。于是对弟弟和妹妹撒慌说“这是为了人类的长远”来劝说他们协助自己。（“我ら、炎によりて世界を更新せん”——“我们要用火炎更新世界”就是该思想的口号化）。
该隐向莉莉丝传达了“是时候该探索和平的可能性了”的意思，四人再度聚集在一起，在方舟内部开始投票讨论议和会议。其中塞思投了反对票，亚伯弃权，该隐和莉莉丝投了赞成。会议结束后，该隐将莉莉丝骗进小房间。在里面他和为了自卫而起动了Kresnik的莉莉丝展开了激烈的战斗，最终杀害了她（目的是吸收莉莉丝体内的Kresnik），但自己也身负重伤。
看到了莉莉丝的遗体后，愤怒的亚伯向该隐发动了攻击，并活生生地将其下放到了大气圈内。之后，该隐下落不明。
莉莉丝的死终于使亚伯领悟到了自己的罪过（杀戮了大量的地球人）。由于没能从该隐手中保护好莉莉丝而永远失去了她的亚伯陷入了狂乱状态，他不顾塞思的制止在方舟内部大肆破坏，使其机能基本停止了。
亚伯抱着莉莉丝的遗体降落到了地球上，被梵蒂冈所保护起来。之后，为了守护她的遗体，900年不曾走出罗马的地下墓地。
归还者们由于失去了奈特罗德三兄妹的指挥而失去了统率性，在地上被个个击破。
神学大全 启示录（命运未来的方向）
rom7中异端申问局刺杀阿尔比恩女王爱丝缇未遂，反而误杀了挺身保护她的教皇亚历山大，主谋弗朗西斯科趁机将责任推到阿尔比恩一方，自己继任教皇，并首先就以串通帝国之名整倒了卡特琳娜。Ax被解散，完全失势而且失去了亚伯的卡特琳娜夙愿不能实现，患上了被视为不治之症的胶原病，从此一病不起，无法再参与世事。弗朗西斯科在所有障碍都排除后，向帝国发动了十字军东征，战争中弗朗西斯科动用了核弹，一举摧毁了帝国第二大都市提米索拉，第二枚就对准了拜占庭。面对这种局面，塞思只好解开了〃方舟〃其中一部分力量，毁灭了教廷的军事基地（像悲叹之星那样的卫星轨道爆破）。
但这个时候，该隐出现，他企图将〃方舟〃的封印全部展开，使它撞击地球掀起又一场大灭绝……首先他又用卫星炮炸毁了罗马，新教皇弗朗西斯科死于非命，卡特琳娜却因为被驱逐养病而幸免于难。亚伯潜入帝国试图挽救事态，但在那里的塞思却为了阻止该隐而死。又一次失
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