回忆，马有次评价周说：“总理之才、之美，人们共仰。”
人口论争过程中，周恩来恳切地劝说马寅初写一份检讨，马寅初拒绝了。但拒绝后，马觉得对周有所歉疚，于是他为《新建设》杂志撰文时，特意加上《对爱护我者说几句话并表示衷心的感谢》：“最后我还要对另一位好朋友表示感忱，并道歉意。我在重庆受难的时候，他千方百计来营救我；我1949年自香港北上参政，也是应他的电召而来。这些都使我感激不尽，如今还牢记在心。但是这次遇到了学术问题，我没有接受他的真心诚意的劝告，心中万分不愉快，因为我对我的理论有相当的把握，不能不坚持，学术的尊严不能不维护，只得拒绝检讨。希望我这位朋友仍然虚怀若谷，不要把我的拒绝检讨视同抗命则幸甚。”
1960年年初，马寅初因《新人口论》被迫辞去北大校长职务后，周恩来出面，将马寅初安排到北京市政协东城区小组。
马本寅回忆，“文革”开始后的某天，辖区的一位派出所所长突然来到他家里，关照说：“根据周总理指示，你们的住宅是不允许任何人闯入、抄家的，如果有人进来可以及时通知我们。”原来，周恩来将马寅初列入民主人士的保护名单。在周恩来的保护下，马寅初平安度过了这场浩劫。
1972年，已是90岁高龄的马寅初开始便血，经诊断是直肠癌，家属要求手术，但医院认为马年纪太大，坚持化疗。马夫人为此请示国务院，周恩来说，应该尊重家属的意见，并且让医院以后向他本人汇报诊治情况。之后，卫生部专门为马寅初组织了一个专家会诊小组。经过两次手术，马寅初奇迹般转危为安。严仁赓去医院探望时，马闭目不语，只是喃喃不休地说：“总理救了我的命。”病愈后，马寅初常说：“周恩来是我的救命恩人，他两次救了我，一次是1942年，一次是1972年。”
周恩来逝世后，马寅初连续数日沉默不语。他不顾家人劝阻，坚持去北京医院参加周恩来遗体告别仪式。他一早起来，怕下午去吊唁时大小便失禁，所以水米未进，由孙儿陪同，前来向总理的遗体告别。进得吊唁大厅后，马寅初老泪纵横，默默地向周恩来遗体鞠躬行礼。随后，他坐着轮椅，随着吊唁的人群绕遗体一圈后，仍然不肯离去，孙儿们只能推着他再绕一圈。走出吊唁大厅后，他坚持要求孙儿们扶着他回来，向周总理的遗体再次鞠了三个躬。
【仁厚】
儿时，马寅初非常爱吃家乡的油条。他留学归国时，炸油条的朱师傅仍在卖油条，但因为资金有限，一次只能付3斤菜油、10斤面粉的钱，马很是同情朱，便为其向店家预付了一年的油钱和面粉钱，并嘱咐店家说，每次朱师傅来时，只能取3斤菜油、10斤面粉，也不准换现钱。因为他知道朱爱喝酒，怕朱拿去换酒喝。
抗战前，马寅初在杭州九溪结识了一个小菜馆的老汉，每次下山必到小菜馆饮龙井茶，与老汉闲谈。他还给小菜馆题款，挂在店前做市招。1950年，他任浙大校长时，老汉已去世，但他每次路过仍去喝茶，老汉的女婿照例为他备上龙井。
任重庆大学商学院院长时，马寅初能叫出全院学生的名字，并常查看他们的伙食，向学校当局提出增加“战区学生贷学金”，改善学生伙食。有位学生先后两次病重，马寅初组织学生赶紧将该学生送到医院，并写介绍信请医院加以救治，学生顺利痊愈。一次，训导长王克仁为了一件小事便决定开除两名学生，马寅初坚决反对，最后王不得不主动辞职，离开重大。
马寅初到重大不久，便倡议组织教师聚餐，增进交流。每到春节，他总是一早便到员工宿舍，挨家挨户给教职员拜年。
马寅初曾邀请潘序伦到重大讲演，每次都招待潘住在教员宿舍，亲自照料他的饮食起居，极为周到。抗战期间，潘序伦得了严重的斑疹伤寒，马寅初夫妇常到歌乐山医院看望他，知道他喜欢猫，还特地送来一只小花猫陪伴他。
1942年，上饶集中营向福建转移，被软禁中的马寅初则被转移到桂林。途中，马寅初看到许多逃亡大后方的青年学生衣衫褴褛、身无分文，境况十分狼狈。马不忍见他们身处绝境，便坚持腾出运载行李的卡车，带着这批学生一路同行。之后，这些学生和马寅初成了忘年交，常到歌乐山看望马寅初。
一次，杭州解放军慰劳总会的交际处处长马文车到马寅初处汇报工作时，滔滔不绝地品评当时的一些统战人物，词锋锐利，言语之间不免嘲伤他人。马寅初一直微笑不语，最后只是语重心长地说：“已所不欲，勿施于人。”
1953年，马寅初到杭州莫干山休养。一天，他的派克钢笔不见了，他轻轻说了一声，结果被工作人员听见，反映到疗养院保卫科。保卫科立即找到打扫房间的服务员谈话。马寅初知道后，极不高兴：“我只说钢笔不见了。不见，不等于说被人偷了。保卫科怎能这样胡乱怀疑这位服务员哩。”他立即让保卫科停止这种做法。之后，他在某件衣服的口袋中找到了钢笔，心中更加不安，一再对服务员道歉说：“都是我的错。”服务员感动得热泪盈眶。
1955年8月，北大一名睡在上铺的上海籍学生黄柏松半夜从上铺摔了下来，送到医院抢救无效死亡。两天之后，黄柏松的父母从上海赶来，校长马寅初亲自接待，安慰家长。同时，学校马上给双层床发绳子，让学生绑在床前，说是高教部紧急通知，必须为所有没有防护装置的双层床安装防护设备，先用绳子作为临时防护。宋运郊说，从一个学生的事故，到校长关怀，再到高教部的紧急通报，不过一两天的工夫。由此可见马寅初对学生的关怀。
北大学生莫述诚回忆，1956年，他得了风湿热，情况十分危急。同学将此事告诉马寅初后，马寅初立即到校医院看望莫。得知莫是浙江湖州人后，七十多岁的老人对十八九岁的少年说：“我们是老乡，兄弟是嵊县人。”离开时，他对莫说：“你的同学给我写了信我才知道，我来晚了！真对不起！”随后，他伸出三根手指说：“请不要着急，三天之后我一定让你住到好的医院去。”果然，第三天上午，救护车将莫送进了苏联红十字医院。莫述诚后来才知道，当时红十字医院的号已经预约完了，马寅初打电话请冯玉祥夫人、卫生部长李德全帮忙，这才挂到了号。
某年冬，北大的暖气用煤不够了，马寅初怕学生受凉，便驱车到煤炭部找部长要煤。煤炭部长深觉为难，因为各单位都缺煤，便让门卫挡驾，说“部长不在”。马回答说：“没关系，我就在门口等他回来。”将车停在煤炭部的大门前，摆开了坐等的架势。部长无奈，只能答应为北大供应煤炭。
马寅初到宿舍看望新生，不时翻开学生们的被褥看，当时已是9月，一些南方来的学生怕冷，马寅初便对随行的人员说：“请总务处的同志去城里租些被子来，给大家添被，千万不能冻着他们。”当天傍晚，棉被便送到了学生们手中。
某次，学生宋运郊正在食堂低头吃饭，菜是肉片白菜，忽然有人伸手接他的筷子，原来是马寅初。马接过筷子，从他的碗里挑出肉片，数了数肉片的数量，然后问宋道：“这是什么菜，多少钱？”宋告诉他是肉片炒白菜，两毛钱，他听了后微微点头说：“还可以嘛。”又一次，宋运郊在食堂吃山鸡，马寅初进门后，问道：“你吃的是什么？”宋答：“这是山鸡。”马寅初很不解：“山鸡是什么？”宋解释说：“山鸡就是南方人说的野鸡。”马又问：“那为什么不叫野鸡而叫山鸡？”宋运郊感到了一种童心，忙说：“北方人不兴说野鸡，因为那是妓女的别称。”马“哦哦”两声，问过价格之后又问口味如何，宋运郊说还可以。最后马又问道：“哪里来的这么多野鸡呀？”宋告诉他可能是北大荒开垦带来的，听说整车皮地进北京。他点头说：“这就很好，很好，不贵不贵。”然后缓缓地离开了食堂。
宋运郊还回忆，一次，他在小饭厅的南头吃饭，马寅初进来了，问同学们吃的什么，好吃吗？营养够不够。快考试了，吃这样的饭菜能够应付考试吗？不久，学校就统一发给每个同学一大张红纸的餐券，分30个小格，每格1角钱，作为考试期间的餐费补助。
北大学生诸天寅回忆，50年代，马寅初从国外带回一批搪瓷饭碗，指示学校免费发放给学生。诸天寅家生活困难，入学后的第一个冬天没有棉衣御寒。其表舅以浙江同乡的名义写信给马寅初，反应诸的情况。不久，诸便接到通知，学校决定补助他一套棉衣。后来诸天寅才知道，补助款是马寅初从校长专用经费中拨出的，而且得到补助款的学生不止诸天寅一人。
1956年，北大学生举办鲁迅逝世20周年活动，提议让鲁迅的夫人许广平到北大演讲。马寅初应允。但是，演讲当日，马并未出席会议。事后，学生都好奇马寅初为何失约。有人问到校长办公室主任高望之，不料得到的是当头棒喝：“你们还是北大的文科学生呢！”后来学生们才明白，30年代马寅初和鲁迅曾有过笔墨官司，故没有到会。但为了满足学生们的要求，他还是答应让许广平来北大进行演讲。
1958年，北大经济系的教授下放到京西山区斋堂村劳动锻炼，当时处于暴风骤雨中的马寅初不顾一路颠簸，前去看望他们。晚上，他本想和教授们一起住土炕，教授们只好以晚上他要洗冷水澡为由，劝他住到乡政府。次年，马寅初再次到斋堂看望第二批下放的北大教授，并坚持与他们同吃、同住、同劳动。七十七岁的马寅初还加入背粪的行列，和他们一起用背篓背粪。
新中国成立后，马寅初每一次回家乡考察，都要给乡间的儿童们带糖果。他所到之处，都被乡亲父老包围，遇见困难的老者，他常慷慨解囊接济。
马寅初的保姆马凤仙回忆，马寅初对家中的服务人员也很关心。一次，她听说马寅初要出去玩，也想同去，便让马寅初的孙子马思一去问马寅初是否可以带她去，马寅初立即同意。此后，马凤仙随着马寅初一家去过故宫、颐和园、十三陵等地，马寅初还充当导游，给他们讲解。每到过年，马寅初便邀请家中的服务人员一同吃饭，给他们敬酒，让他们觉得像在自己家中过年一样亲切。
马思泽和弟弟们在院子里玩，突然看见一窝蚂蚁正在搬家，几个小孩子顿时兴奋起来，手捻脚踩，开始“剿灭”蚂蚁。马寅初正好走出来散步，看见后，用手杖戳地，愤怒地对几个孙子说：“这也是生命啊！”
马寅初的外孙女马思奇回忆：“当他（马寅初）看到我们逗弄小昆虫、小动物时，他会一边急切地用拐杖敲着地一边阻止我们不要弄伤它们，让这些小家伙们能够自由自在地在大自然中漫步；他还时常提醒我们，按时去给从外面溜进院子里的小猫喂点食物，以免饿坏了那些无家可归的生灵。……他极为喜爱院中绿绿的树木和花草，嘱咐我们在玩耍时不要碰伤树上的嫩枝和地上的小草……”
【耿直】
马寅初在浙江省财政厅任职时，一日，友人到马家找马寅初，马不在家，来人便对在马家打杂的老潘说：“老兄，我是德清县来的，有桩事想请你帮帮忙，这三百块银洋给你吸烟，这一千块银洋是送给马先生喝茶的。小弟被提名为县长。报到省里已一个多月，至今尚未批下。马先生德高望重，又与批放县长的某君是莫逆之交，望老兄在马先生面前美言几句，请他帮我在某君处催一催。倘若事成，定当重谢。”话说完便告辞离去。马寅初回来，老潘如实禀报。不待他讲完，马寅初已眉头紧锁，大骂道：“真是无耻之极！这像蚊子叮菩萨——找错了人。这种人，今天用一千三百块银洋来打通关节，万一当上县长，一定也是一个贪官污吏。单凭这一点，他就没有资格当县长。老潘你千万牢记，今后决不能收这种臭钱，你马上把这笔钱如数还给他。”老潘只好将钱如数归还。
马寅初的侄孙马大成回忆，20世纪20年代，马寅初在任浙江省府委员时，嵊县县长为讨好马寅初，准备修建一条从县城到浦口镇马树记（马家酒坊）的马路。马寅初知道后，制止了此事。于是几十年来，乡人一提此事便说：“马寅初对家乡没有好处，马寅初是个‘经济’（按：嵊县人说某人经济，指其人小气）博士。”
孔祥熙五十大寿时，曾邀请马寅初参加寿宴。马带去的礼物是3斤挂面2斤肉。孔祥熙很会讲笑话，寿宴开始后，有人为了巴结孔，便提议讲笑话助兴。大家要求马寅初先讲。马说道：“我不会讲什么笑话，只会�