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朱家骅邀请傅斯年担任北大校长，但傅坚拒，并推举胡適，颂扬胡“经师人师，士林所宗，在国内既负盛名，在英美则声誉之隆，尤为前所未有”。由于胡適在美国未归，便由他任代理校长。傅斯年在致夫人俞大綵的信中说明任代理校长的缘由：“北京大学可以说两头着火，昆明情形已如上述，究竟如何自联大脱离，大费事，正想中。而北平方面，又弄得很糟，大批伪教职员进来。这是暑假后北大开办的大障碍，但我决心扫荡之，决不为北大留此劣迹。实在说这样局面之下，胡先生办远不如我，我在这几月给他打平天下，他好办下去。”
代理北大校长时，傅斯年曾对邓广铭说：“胡先生是‘性善’主义者，有时不能听他的，如果事事都按他说的办，非把学校办糟不可！”胡適也承认，傅的旧学根底比他好，才气比他高，办事能力比他强。
【龃龉】
傅斯年并非鲁迅的学生，但他创办《新潮》杂志时，曾得到鲁迅的支持，两人有过书信往来。鲁迅对《新潮》赞赏有加，对傅的文章赞许连连。傅斯年对鲁迅也很是推崇，对《狂人日记》更是赞不绝口。在张东荪撰文攻击鲁迅时，傅撰文对张进行回击。
鲁迅对傅斯年也颇为维护。《时事新报》反对新文化运动，由沈泊尘画过两小幅漫画，第一张画出一副侉相的傅斯年从屋里扔出孔子牌位来；第二张则是傅正捧着一个木牌走进去，上书易卜生夫子之神位。鲁迅见后大不以为然，此后对于《学灯》（《时事新报》副刊）就一直很有意见。
留学归国后，傅斯年与鲁迅同在中山大学任教，二人一度过从甚密。但当傅斯年提出准备聘请同窗好友顾颉刚来中山大学任教，鲁迅顿时大发雷霆：“鼻（顾颉刚）来，我就走！”但傅仍坚持将顾请到中大，并采用折中方法，让顾先到外地购书，暂缓到校。鲁迅得知后，立即提出辞职。傅斯年深感委屈，到主持校务的朱家骅处大哭，并和顾颉刚一起提出辞职。校方左右为难，学生们则表示三位先生都不能少，朱家骅只好硬着头皮出面调停，但鲁迅丝毫不退让，声称与顾势不两立。鲁迅在给友人的信中愤然道：“我到此只三月，竟做了一个大傀儡……傅斯年我初见，先前竟想不到是这样的人，当红鼻到此时，我便走了；而傅大写其信给我，说他已有补救法，即使鼻赴京买书，不在校……现在他们还在挽留我，当然无效，我是不走回头路的。”最后，鲁迅辞职离校，回到上海。
孰料，傅斯年后来也与好友顾颉刚反目。顾颉刚喜欢独立研究，他对在中大担任行政职务感到厌烦。1928年，顾准备应燕京大学之请，到燕大任教。傅斯年得知后极为恼火，骂顾忘恩负义，二人大吵一架。
二人对筹办中央研究院“史语所”，也各执己见。顾颉刚之女顾潮说：“傅斯年与父亲两人各有一番设想：傅氏在欧洲7年，甚欲步法国汉学之后尘，且与之争胜，故其旨在提高。父亲以为欲与人争胜，非一二人独特之钻研可成，必先培育一批人，积叠无数材料加以整理，然后此一二人者方有所凭借。两人意见不同，而傅氏脾气暴躁，不免有家长作风，父亲亦生性倔强，不能受其压服，于是两人始破口相骂，幸赖杨振声等人劝解而止。”
此后，二人开骂，甚至发展到几欲肉搏。最后顾颉刚决定退出“史语所”。“史语所”的成立大会，顾颉刚也没有出席。这次事件，宣告了傅、顾关系的正式破裂。
后来，傅斯年在北大办文科研究所，曾想延聘顾颉刚为研究所教授，但顾拒绝受聘。傅斯年大为光火，派人责顾道：“燕京（大学）有何可恋，岂先为亡国之准备乎？”顾颉刚回道：“我入燕京为功为罪，百年之后自有公评，不必辩也。”
陶孟和与傅斯年素来不和。1941年10月，陶孟和与中央研究院社会科学研究所全体人员，也迁到四川李庄。由于没有住所，陶便向学生傅斯年乞求：“张家大院之房，务请拔几间给社所暂用，顷社所已去十余人。”但傅根本不予理会。陶只好和李庄的士绅协商，将社科所的人寄居在有空房的当地人家中，直到第二年春夏，才在附近找到落脚点。
傅斯年有时门户之见过重。抗战期间，社会学家吴文藻及弟子费孝通在云南大学社会学系创办了民族学会，另立山头。傅斯年认为吴等人违背了“中华民族是一个”的爱国原则，写文章大肆批驳，并给中研院代理院长朱家骅写信说：“夫学问不应多受政治支配，固然矣。若以一种无聊之学问，其想影响及于政治，自当在取缔之列。吴某所办之民族学会，即是专门提倡这些把戏的。他自己虽尚未作文，而其高弟子费某则大放厥词。若说此辈有心作祸固然不然，然以其拾取‘帝国主义在殖民地发达之科学’之牙慧，以不了解政治及受西洋人恶习太深之故，忘其所以，加之要在此地出头，其结果必有恶果无疑也。”无奈，吴文藻、费孝通只能关门大吉。
【逸事】
傅家世居山东聊城，是鲁西名门望族。傅斯年的七世祖傅以渐是清代的开国状元，后累官至武英殿大学士、兵部尚书；曾祖父傅继勋官至安徽布政使，清末重臣李鸿章、丁宝祯均出自其门下；祖父傅淦少负才名，博通经史，能诗善画，精通医理，且长于武技。傅淦好交游，曾在北京结识大刀王五。时王五是一名镖师，使双钩，与傅淦多次比武，悉败在傅手下，遂拜傅为师。傅淦劝其改用大刀，遂人称大刀王五。
傅斯年的父亲傅旭安曾任龙山书院山长（即校长）。傅斯年13岁时，父亲的学生、刑部主事侯延塽回乡看望老师时，得知老师已去世，在老师坟前发誓一定要将老师的遗孤培养成人。因为侯年轻时家境贫寒，只能辍学去当学徒，傅旭安见其手不释卷，对他分外欣赏，将其带到龙山书院读书，日后得中进士。侯为报师恩，便将傅斯年送到天津读书。多年后，傅斯年无限感激地说：“我家非侯公无以有今日。”他常去看望定居济南的侯延塽，并寄钱接济，奉养终老。
傅斯年自幼聪颖，过目不忘，熟读儒学经典，他在同窗中年纪最小，但比他大的同学都向他请教。由此，他被称为“黄河流域第一才子”、继孔圣人之后两千年来又一位“傅圣人”。
少时，傅斯年文采斐然，同学中有写不出来作文的，便时常请他捉刀，酬谢是一个烧饼。傅常常写完自己的作业后，还能为同学写出几篇完全不同的文章来，但先生却知道肯定是傅代写，便开玩笑地对他说：“傅老大（傅斯年排行老大），你这次有没有换两个烧饼吃啊？”傅听罢窘迫不堪。
傅斯年读书十分用功，遇到不懂之字词就记下，随时向师长请教，有时找不到纸，便写在手上、胳膊乃至大腿、肚皮上。夏天一出汗，弄得浑身都是墨迹。
在天津读书时，傅斯年曾在英敛之家中借住，并与比他大三十多岁的英敛之成为忘年交。英敛之之子英千里回忆傅道：“住在我家的时候，我同他并不很亲密，因为在我一个九岁的顽皮孩子的眼里，看这位十四岁的傅大哥是个魁伟而庄严的‘大人’。他每天下了学除了温习功课外，就陪着先父谈论一些中外时局或经史文章，绝不肯同我这‘小豆子’玩耍或淘气，所以我对他只有‘敬而畏之’的心理，虽然经过了四十年，我还没有完全撇掉。”
民国五年（1916）六月，傅斯年在北大的毕业考试成绩如下：西洋史93分、经济85分、心理94分、英文作文94分、论理96分、英文古文98分、法学通论80分、英文文学98分、德文文法读本97分、文章学99分、地理100分、历史99分、文字学85分、伦理95分、拉丁文70分、操行100、旷课扣分减3分，总计1482分，总平均92。6分，实得94。6的高分。
1919年秋，山东省招考官费留学生，傅斯年以全省第二名的优异成绩入选，不料有当权者为了让自己的亲信出国留学，以傅是五四学生领袖为由，拒绝录取，说：“他是激烈分子，不是循规蹈矩的学生。”时在山东省教育厅任科长的陈雪南力排众议，挺身而出为傅斯年争取名额：“如果成绩这么优越的学生，都不让他留学，还办什么教育！”此后一批官员也出面为傅出头，他才最终获得了山东省官费留学的资格。
1924年，赵元任夫妇到柏林，结识了傅斯年。赵元任发现，当时的中国留学生虽来自全国各地，但差不多都说国音的阴、阳、上、去四声，只有傅斯年仍然是“闪董料秤”（山东聊城）的口音。赵元任和他聊天，才知道他并不是不会说北京话，而是不屑说。原来，傅斯年到北京读大学后，全家都搬到北京去居住。当时他们雇的用人都是北京当地人。傅入学不久就学了一口北京话，家里人听他改得满口京腔，就嘲笑他说：“你怎么说起老妈子的话来了？”他们的一笑把傅斯年的北京话笑了回去，把他的“闪董料秤”话又笑了回来。
傅斯年厌狗而喜猫，傅家养过两只猫，他常将猫抱在怀中，甚至允许猫与他同榻而眠。但他极其讨厌狗，傅在德国留学的同学告诉其妻俞大綵：“孟真在德国时，不好意思当着房东太太打她的狗，只敢在餐桌下猛踢以泄恨。”俞问傅是否属实，傅笑而不答。
1926年，傅斯年回国，赴中山大学任教，据当时中山大学的学生钟功勋回忆：“孟真师博学多才，开的课很多……有《中国文学史》、《尚书》等五门课……《尚书》除《盘庚》、《康诰》等二三篇外，其余他都可背诵。常常在黑板上一段一段地写，并没有《尚书》在手里……孟真师上堂不带书，只带几支粉笔，登台后就坐在藤椅上，滔滔不绝地讲，讲得很快，无法笔记。他随着兴之所至写黑板，常常不管下课钟声的。”
中山大学学生温梓川回忆傅斯年：“记得那年秋季开学时，中山大学请来了一个肥头胖耳的大块头，他有一头蓬松的乱发，一对玳瑁的罗克式的大眼镜，他经常穿着那时最流行的大反领的ABC白衬衫，没有打领带，外面罩上一套白哔叽西装，那副形容，说起来就是那类不修边幅的典型，但却显出了与众不同的风度。他似乎永远是那么满头大汗，跟你说不上三两句话，便要掏出一方洁白的手巾揩抹他的汗珠，他老坐在中大出版部附设的民俗学会里，满头伏在室中央的一张大方桌上写着什么。”
何兹全说：“老一代的学者，学问根基都很扎实，重要古籍都能上口背诵。傅先生讲课引用古书，要找出出处，常常整篇整篇地背诵，背了半天，不在这篇又背另篇。我们都佩服他记忆力惊人。”
傅斯年自幼生活清苦，全家靠父亲的学生们接济生活，故对世事人情比较了解。何兹全找人安装“史语所”的书架，安装老板估计一番工作量，拉何到无人之处，问道：“开虚价，开实价？”何不解：“什么叫虚价，实价？”老板瞪大眼睛惊讶地问道：“你不是干这行的？”又说：“开实价就是该20万元就开20万元。开虚价就是该20万元开24万元，4万元归你。”何实在回答：“你开实价吧。”过后，何对傅斯年说及此事，傅说：“你不懂。”何反问说：“先生你懂？”傅用孔子之语回答道：“吾少也贱，故多能鄙事。”
张政烺曾告诉何兹全，抗战时期，他陪同傅斯年入川，途径宜昌时，他打扫卫生，在傅的枕头底下发现一本书，竟是《资本论》。
抗战期间，“史语所”迁至四川李庄。人类学组的工作人员将收藏的不同时期的人头骨和各种骨骼与图书一起陈列在木架上，当地农民见后极为惊恐。一到夜间，便有农民到附近山上高喊：“研究院杀人啦！研究院杀人啦！”一时人心惶惶。傅斯年对此十分无奈。
在李庄时，为了防止有人偷书，傅斯年将“善本书库”的牌子换成“别存书库”。当地治安不好，傅斯年便在会上建议每个人床头放一面小铜锣，一旦发现情况，便敲锣示警。这时有位傅斯年的得意弟子用地道山东口音大声说道：“俺不干！”傅问为什么？他答道：“俺们看平剧，平剧里面常常表演一个更夫正在敲锣巡夜，后面来了一个‘英雄’不声不响地请他吃板刀面的故事，所以俺不干。”傅接着问道：“那么，事情如果发生，你怎样办？”答：“那我只好‘献地图’！”众人哄笑。
傅斯年曾任北大文科研究所所长，郑天挺任副所长。有客来访，传达人员总是问：“你找傅所长，还是郑所长；傅所长是正所长，郑所长是�