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曹靖华记载：“当时社会上各行各业人士都可以进入沙滩红楼（北大）听课。那些求知欲望甚为强烈，但由于贫困而上不起学的青年，诸如商店的营业员、工厂的学徒等，都可以进入北大讲堂听课，学习文化知识。这在中国教育史上是空前绝后的，现在进入北大要有证件，当时什么都不要。”
北大的旁听生、偷听生极多。一日，蔡元培、陈独秀、胡適晚饭后在沙滩附近散步，不经意间走到了“偷听生”们居住的“拉丁区”。他们好奇地走进一间屋子，只见一个衣着寒酸的青年正借着微弱的灯光读书，身放着两个发硬的馒头。陈独秀性急，上前劈头就问，青年惊惶不已，结结巴巴地说，自己是一个穷学生，没钱办旁听证，但很想听豫才先生（鲁迅）讲课，所以……蔡打断了他的话，让他不要紧张，看了看那两个馒头说：“旁听证，明天你到我办公室去取，但现在，你要跟我去吃饭。”接着，三人便带着这个叫许钦文的青年到一个小饭馆吃饭。许像饿疯了似的大吃特吃，并对三人说：“人称咱北大有‘五公开’。一是课堂公开，不管有没有学籍都随便听课。有的旁听生来早了先抢到座位，迟来的正式生反而只好站后边了。二是图书馆公开，可以随便进出。三是浴室公开，莲蓬头反正一天到晚开着，什么人都只管去洗。四是运动场地公开，操场上外校学生有时比本校的还多。五是食堂公开，学生食堂都是包出去的，上饭馆和食堂价格一个样。北大校园里还有三种学生，一是正式生，另一种就是旁听生，还有就是我们这些偷听生。未办任何手续，却大摇摆地来校听课，我们多数就租房住在这‘拉丁区’里。”
许多年后，许钦文深情回忆道：“我在困惫中颠颠倒倒地离开家乡，东漂西泊地到了北京，在沙滩，可受到了无限的温暖。北京冬季，吹来的风是寒冷的，衣服不够的我在沙滩大楼，却只觉得是暖烘烘的。”
冯友兰回忆他就学时的北大：“那个时候的北大，用一个褒义的名词说，是一个‘自由王国’，用一个贬义的名词说，是一个资产阶级自由化的王国。”
沈从文是北大庞大的“旁听生”队伍中的一员，学期结束时，他还冒充北大学生参加了考试，竟然还获得了3角5分钱的奖学金。这个浩浩荡荡的旁听生队伍中还有毛泽东、柔石、胡也频、李伟森等。
而曹靖华则是考上北大学生中的“旁听生”。因为曹交不起学费，便在北大旁听，学习俄语，后来得到李大钊的帮助，才正式成为北大学生。
陈顾远回忆，当时北大有一种“自绝生”，他们对蔡元培提出，要求废除考试。蔡答复道：“你要文凭，就得考试；你如果不要文凭，就不要考试；上课听你随便上，你愿意上就上，不愿意上就不上，但是你对外不能称是北京大学的学生，同时你也不能有北京大学毕业的资格。”
蔡元培主张白话文，但他认为不一定要绝对排斥文言文；他主张新文学，但相信旧文学也有起不容否定的价值：“旧文学，注重于音调之配置，字句之排比，则如音乐，如舞蹈，如图案，如中国之绘画，亦不得谓之非美术也”。正因如此，他既热心为沈尹默的新体诗集作序，也乐于为浦瑞堂的《白话唐人七绝百首》作序。
蔡元培说：“我对于学生运动，素有一种成见，以为学生在学校里面，应以求学为最大目的，不应有何等的政治组织。其有年在二十岁以上，对于政治有特殊兴趣者，可以个人资格参加政治团体，不必牵涉学校。”
1919年7月23日，蔡元培在《告北大学生暨全国学生书》中肯定学生在五四运动中的爱国热情，但同时告诫学生不要因政治问题而牺牲学业，他说：“吾国人口号四万万，当此教育无能、科学无能时代，得受普通教育者，百分之几，得受纯粹科学教育者，万分之几。诸君以环境之适宜，而有受教育之机会，且有受纯粹科学之机会，所以树吾国新文化之基础，而参加于世界学术之林者，皆将有赖于诸君。诸君之责任，何等重大，今乃为参加大多数国民政治运动之故，而绝对牺牲之乎？”
陆宗达在北大读书时，整学期在南京中央大学旁听黄侃讲课，一天，他对黄侃说：“我已拿到北京大学毕业文凭。”黄侃甚觉奇怪：“你在南方上课，如何能拿到北方文凭呢？”从此例足可见北大之自由。
新中国成立后，钱端升发表文章说：“北京大学的自由散漫，蔡元培先生是要负一部分责任。”
【非难】
九一八事变后，国内群情鼎沸，全国各地学生奔赴南京请愿，要求国民党立即抗日。1931年12月15日，国民党中央正举行第四次临时常务会议，忽然会场门口出现了大批学生，他们愤怒地砸了门上的国民党党徽，缴了卫兵的德制驳壳枪，砸烂了传达室和会客厅。会议决定让陈铭枢和蔡元培出面救火。据台湾1986年出版的《中华民国史事纪要》记载：蔡、陈二人刚出会场，便闻呼打之声。蔡甫发数语，学生即将蔡拖下殴打。现场总指挥李时雨回忆，北平艺术学院的女同学薛迅打了蔡一记耳光。学生们又以木棍猛击陈的头颅，陈当即昏厥倒地。中央党部的职员警卫立即上前救护，但学生中有人向他们开枪，然后冲进会场，用木棍殴打众人，绑架蔡向门外冲去，警卫只好向天空鸣枪示警，并追出营救蔡。
时蔡元培年事已高，腿脚有残疾，学生们便强行拖着他向前跑。走了几百米，蔡的右臂即红肿异常，实在跑不动了，学生们先是把他放在黄包车上，后来又是背着他，沿荒野小路向中央大学一路狂奔。警卫们直追至玄武门附近的荒田中，才将蔡救回。
得救后的蔡元培立即被送往医院。当天下午，蔡接受记者采访时说：“予头部受棍击，似无伤害，惟右膀被暴徒扭拉，颇伤及筋络……”尽管挨了打，蔡却首先检讨自己的过失，他对记者说，“今日在场青年之粗暴如此，实为我辈从事教育者未能努力所致”，此次暴动，“绝非单纯爱国学生之所为，必有反动分子主动其间，学生因爱国而为反动分子利用”。他表示，对于合法的学生运动，“仍愿政府与社会加以爱护，绝不因今日之扰乱而更变平素之主张也”。
【忧国】
蔡元培主张革命、反满。1904年，慈禧生日，蔡发表时评《万寿无疆》，说：“每逢万寿，必定丧失土地。”
蒋梦麟回忆：“蔡先生年轻时锋芒很露。他在绍兴中西学堂当校长时，有一天晚上参加一个宴会，酒过三巡之后，他推杯而起，高声批评康有为、梁启超维新运动的不彻底，因为他们主张保存清朝皇室来领导维新。说到激烈时，他高举右臂大喊道：‘我蔡元培可不这样。除非你推翻清朝，否则任何改革都不可能！’”
蔡元培早年积极鼓吹革命。他曾办两所学校：爱国男校与爱国女校，他计划让男学生搞暴动，女学生搞暗杀（因为女生不引人注意）。蔡主持爱国女学校时，历史课常讲述法国革命史、俄国虚无党（无政府主义者）等故事，理化课则注重炸弹制造等内容。林语堂回忆，他到北大去请蔡元培为其文章作序时，北大校长候客室当中的玻璃架内，还陈列着一些炸弹、手榴弹。
蔡元培曾经是暗杀团的骨干成员。1904年春，他在东京留日学生中成立了秘密暗杀团，准备利用暗杀，推进反清革命。为了配合暗杀行动，蔡元培自行研制方便、秘密、快速且容易伪装隐蔽的化学毒药。他让爱国女校化学教员俞子夷研制毒药。俞配制出氰酸，蔡给一只猫灌下几滴，猫即死亡。后蔡又觉得液体毒药使用起来不太方便，易被人发觉，决定改成固体粉末，于是向日本购买了一批药物学、生药学、法医学的书籍，自行研究，但无太大进展。不久，他又开始研制炸药。经过试验，他们研制出一种体积小、威力大的炸药。蔡还让陶成章、龚未生翻译催眠术，以备暗杀之用。
蔡元培友人钟宪鬯研究化学，蔡介绍他入会，拼合炸药，炸药成后，又发觉无弹壳装盛。恰黄兴从东京到上海，秘携弹壳十余只。炸弹制成后，到南京雨花台偏僻处试验，竟不能爆炸。蔡下决心改良，与其介弟蔡元康等人废寝忘食研究，终于造出了一枚炸弹，用于暗杀出洋考察宪政的清室五大臣，投弹者为吴樾。
马鉴回忆，1904年，蔡元培办《警钟》时，已剪发易装，在中山装外穿了一件蓝色的棉大衣。当时天气寒冷，编辑室大而空，且无火炉。蔡右手生冻疮，手肿得像馒头一样，只能套一双半截露手指的手套，将左手放在大衣口袋中取暖，每天坚持写文言、白话文章各一篇。当时蔡不仅要负责编辑事务，还要负责报社的杂务，如伙食、印刷等。虽境况窘迫，但蔡总是心平气和，没有丝毫不悦之情。到了除夕，社中实在困难，蔡便向某君借得蜜蜡朝珠一串，让马拿去典当。到了典当行，朝奉说是假的，只能给一元钱。马回去告诉蔡，蔡只是微笑说道：“朝奉说是假的也没有办法。”最后这串朝珠没有典当，而年关总算挨过去了。
是年冬，蔡元培等人成立光复会，蔡出任会长。陶成章应蔡之邀入会。辛亥革命后，陶成章甫归国便被上海都督陈其美指派蒋介石、王祝卿暗杀。迫于陈的压力，当时沪上各报对此事不敢评论。唯《越铎日报》曾发表评论略谓：“陶之死，各方反应甚微，唯有光复会会长蔡元培在南京为陶举行之追悼会上致悼词，痛惜备至，甚至泣下沾襟。”
护法运动爆发后，蔡元培主张应通过和平谈判实现国家统一。1918年10月，他与熊希龄、张謇、王宠惠等人成立和平期成会，通电全国，痛陈：“慨自国内构衅，忽已年余，强为畛域之分，酿成南北之局，驯至百政不修，土匪遍地，三军暴露，万姓流离，长此相持，何以立国。”他亦致信孙中山，表达了希望通过和平谈判结束战乱，实现南北和平统一的观点。
直系军阀吴佩孚、曹锟上台，蔡元培再次呼吁实现南北统一。他反对北伐，支持吴佩孚的建议：恢复旧国会，请黎元洪复职。
梁启超、林长民曾想拉拢胡適、蔡元培、王宠惠等人加入研究系。但胡、蔡二人却决心与研究系保持距离，于是将梁、林等人晾在一旁，发表了一个《我们的政治主张》，提倡“好人政府”。梁启超大怒道：“有什么了不起，我自己一个人也可以发表宣言。”林长民则说：“胡適我们不怪他，他是处女，不愿意跟我们做过妓女的人来往。但蔡先生素来是兼收并蓄的，何以也排斥我们呢？”
蔡元培曾同情俄国革命。1923年，第三国际派越飞到北京与中国知识分子接触。某晚，中国知识分子在北京撷英饭店为越飞举办欢迎宴会，蔡元培于席间致欢迎词道：“俄国革命已经予中国的革命运动极大的鼓励。”
1927年，国共合作破裂，许多共产党人被捕。蔡元培支持“清党”，但他得知国民党清党委员会成立当晚，枪决了二十余名共产党人时，很严肃地对姜绍谟说：“我们不能随便杀人！昨天那样办，太荒唐！太草率！太不好了！此后必须谨慎！必须做到三件事：第一，抓人，必须事先调查清楚，始可逮捕；第二，定罪，必须审问清楚，证据明白，才可判决；第三，杀人，必须其人罪大恶极，提出清党委员会，经会议决定，始可执行。青年人误入歧途的很多，必须使人有个反省的机会才好！”此次清党运动，也成为蔡与国民党高层的意见分歧的根源。
1931年，蔡元培主持国民党的宁粤和谈，广东方面的代表李文范常很激动地跳出来骂，而伍朝枢则对王宠惠冷嘲热讽，但蔡在席上纹丝不动，处之泰然。当时国难当头，经常有人前来请愿，蔡亦不理会，只是让汪精卫去挡驾，并不过问这些事情。
九一八事变后，日本侵华的步伐逐渐加快，国民党内主战派与主和派争吵不休。1934年，蔡元培在南京的一次宴会上激动地对主和派代表汪精卫说：“关于中日的事情，我们应该坚定，应该以大无畏的精神抵抗。只要我们抵抗，我们的后辈也抵抗，中国一定有出路。”蔡一边说着，一边禁不住老泪纵横，两行热泪流到了西餐的汤盘里，他低头连汤带泪吞咽下去。举座动容，汪如坐针毡。
1932年，蔡元培与宋庆龄、杨杏佛等在上