033年，一场地震袭击了这个城市，摧毁了拜占庭城墙和倭玛亚皇宫，老的倭玛亚阿克萨清真寺坍塌在一片废墟中，犹太老山洞会堂也遭到破坏。
哈里发查希尔尊崇耶路撒冷，他恢复了祖先的宽容政策，承诺保护犹太教的两个派别，并且在圣殿山重建阿克萨清真寺，精心装饰的凯旋门上的题词把他自己、他的耶路撒冷和先知夜行联系在一起，尽管他的清真寺的规模比原来小很多。查希尔又重新修建了城墙，但新城墙只囊括了一个范围较小的城市，大概跟我们今天看到的差不多，它把锡安山和废弃的倭玛亚皇宫都排除在外。
查希尔和他的继任者欢迎拜占庭人资助重建圣墓大教堂。拜占庭皇帝君士坦丁九世于是建立了一座新的圣墓大教堂，该教堂于公元1048年完工，入口朝南。一位来自波斯的朝圣者纳西尔（Nasir…i…Khusrau）写道：“这是一个空间非常大的建筑，能够容纳八千人，建筑技艺精湛，彩色大理石上装饰着拜占庭织锦，再用黄金镶饰出图案。”但新建的圣墓大教堂的规模仍然小于拜占庭的巴西利卡式教堂。犹太人一直未能重建所有被毁坏的会堂，尽管开罗的大宰相犹太人图斯塔里支持耶路撒冷的犹太社团。＇4＇
哈基姆的迫害活动似乎重新燃起了人们对耶路撒冷的激情——这里成了繁荣的朝圣城市。“从古希腊人的国家以及其他地方，”纳西尔写道，“大批基督徒和犹太人来到耶路撒冷。”每年都有两万穆斯林在圣殿山集合，以此取代去麦加朝圣。犹太人的朝圣者从法兰西和意大利涌来。
基督教世界中出现的变化，使得耶路撒冷对来自西方的法兰克人和来自东方的希腊人都颇具吸引力。罗马天主教皇控制下的拉丁基督教与皇帝和君士坦丁堡主教们控制的希腊正教此时已经差别很大。这些差异不仅表现在他们祈祷时使用不同的语言，对一些晦涩的神学信条争论不休，更重要的是，正教拥有自己的圣像和夸张风格，更加神秘和热情；天主教则崇尚原罪观念，认为在人和上帝之间有一条难以逾越的界线。公元1054年7月16日，正当圣索菲亚大教堂的一场宗教仪式进行到一半时，罗马教宗的使节把拜占庭大主教开除了教籍，拜占庭大主教于是也愤怒地把教宗开除了教籍。这次教会大分裂加剧了东西方势力对耶路撒冷的争夺。
拜占庭皇帝君士坦丁十世资助了以圣墓大教堂为中心的第一个真正的基督教教区。耶路撒冷城内有许多拜占庭朝圣者和工匠，纳西尔听到一些神秘的传言，说君士坦丁堡的皇帝在耶路撒冷微服出巡。也有许多来自西方的朝圣者，穆斯林统称他们为“法兰克人”，即查理曼的子民，事实上他们来自欧洲各地，阿马尔菲商人建立旅馆和修道院接待他们。在当时的人们中间广泛流行着朝圣能够为战争赎罪的观念。早在公元1001年，安茹伯爵、统治英格兰的金雀花王朝的建立者黑色富尔克（Fulk the Black）就曾到耶路撒冷朝圣，因为他发现妻子与一个养猪人通奸后活活烧死了她，他总共去朝圣过三次。11世纪晚期，暴虐的斯韦恩·戈德温森（Sweyn Godwinson）伯爵，英格兰国王哈罗德的哥哥，赤脚出发前往耶路撒冷朝圣，因为他强奸了处女埃德维加嬷嬷。诺曼底公爵罗伯特、征服者威廉的父亲，更是放弃了他的爵位，留在圣墓大教堂祈祷。但他们三人都死在了朝圣的路上：朝圣也未能阻止死亡。
法蒂玛王朝受到宫廷政变和阴谋的困扰，对巴勒斯坦的控制力逐步减弱，更不用说耶路撒冷了，因此朝圣路上经常会有强盗抢劫朝圣者。朝圣之路上死亡非常普遍，当时亚美尼亚人将那些在朝圣路上遭遇死亡的朝圣者称为“mahdesi”，相当于穆斯林的“haj”。
公元1064年，班贝格的阿诺德主教（Arnold Bishop of Bamberg）带领一支富裕的朝圣队伍（由七千名日耳曼和荷兰朝圣者组成）前往耶路撒冷时，在城外遭到贝都因部落的袭击。一些朝圣者吞下他们的黄金以防强盗劫走，但这些强盗却剖开他们的内脏以获取黄金。五千名朝圣者被屠杀。尽管耶路撒冷已经被穆斯林统治了四个世纪，但这种暴行将圣墓大教堂一下子推入了险境。
公元1071年，东方强人阿尔普·阿尔斯兰（Alp Arslan）——“英勇的狮子”——在曼兹科特打败并俘获了拜占庭皇帝。＇5＇阿尔普·阿尔斯兰是土耳其塞尔柱人领袖。这群土库曼骑兵控制了巴格达哈里发，并被赐予“苏丹”（意为“权力”）这一新的头衔。阿尔普·阿尔斯兰派遣他的将军阿齐兹·伊本·阿瓦克·花剌子密（Atsiz ibn awak al…khwarazmi）急速南征——前往耶路撒冷。
阿齐兹：野蛮的洗劫
耶路撒冷的加昂和许多犹太人过去在法蒂玛王朝统治下受到过礼遇，此时他们逃出了耶路撒冷，前往法蒂玛王朝的大本营——提尔。阿齐兹在城外安营扎寨，身为虔诚的逊尼派穆斯林，他声称不会伤害耶路撒冷：“耶路撒冷是神之圣所，我不会攻打她。”1073年6月，他围困耶路撒冷，使城内粮草断绝，耶路撒冷不得不投降。接下来他南下埃及，却打了败仗。这激励了耶路撒冷人起而叛乱，他们包围了城堡里的土库曼人和阿齐兹的妻妾。
阿齐兹返回了耶路撒冷。当他准备进攻时，他的妻妾们爬出希律城堡为他打开大门。他的中亚骑兵杀了三千名穆斯林，包括躲在清真寺内的人。只有那些在圣殿山避难的人们幸免于难。一位犹太诗人在埃及遇到阿齐兹的军队，他这样描述他们：“他们把仓库洗劫一空，他们是一群奇怪和残忍的人，穿着五颜六色的衣服，头戴黑红相间的头盔，手里拿着弓和矛，背着装满弓箭的箭袋。”阿齐兹和他的骑兵摧毁了耶路撒冷：“他们烧毁谷物，砍倒树木，践踏葡萄园，挖坟抛尸。他们没有人性，简直就是禽兽。他们割下别人的耳朵和鼻子，偷走别人的衣服，使这些人赤身裸体。”
当“英勇的狮子”的家族成员和将军们拥有了自己的封地时，帝国开始瓦解。阿齐兹被谋杀，耶路撒冷落入另一个土耳其军事首领奥尔图克·本·阿克萨布（Qrtuq bin Aksab）手中。他一到来就朝着圣墓大教堂的圆顶射了一箭，以此宣称他是这里的新主人。他显示了他的宽容，甚至任命了一位雅各派基督徒作为管理者，并且邀请一些逊尼派学者返回耶路撒冷。＇6＇
奥尔图克的儿子苏克曼（Suqman）和艾尔·加齐（II…Ghazi）继承了耶路撒冷。公元1093年，“有人起义反抗总督，”一位西班牙学者伊本·阿拉比（Ibn al…Arabi）这样写道，“反抗者盘踞大卫塔。总督试图让弓箭手攻击他。”当土库曼士兵在街头激战时，“没人关心战事，市场没有关闭，苦修者没有离开阿克萨清真寺，没有一场辩论中止”。＇7＇但哈基姆的残暴、拜占庭皇帝的战败、耶路撒冷落入土库曼人之手以及对朝圣者的屠杀震惊了基督教世界：朝圣之旅陷入危险境地。
公元1098年，埃及宰相很吃惊地得知，一支极具战斗力的欧洲基督教军队正前往圣地。他以为这支军队只是拜占庭雇佣兵，所以向对方提出瓜分塞尔柱帝国：基督徒获得叙利亚，他重获巴勒斯坦。后来，当他发现基督徒的目标是耶路撒冷时，他“用四十个投石机攻打耶路撒冷四十天”，直到奥尔图克的两个儿子逃往伊拉克。宰相任命他的将军作为耶路撒冷统治者，并留下一支由阿拉伯人和苏丹人组成的驻军。他则返回开罗，与法兰克人的协商一直持续到1099年夏天——基督教的使者此时正在圣墓大教堂庆祝复活节。
法兰克人的入侵非常令人意外：阿拉伯帝国被塞尔柱人攻克，阿拔斯王朝哈里发的荣耀成为遥远的记忆。伊斯兰世界分裂为许多小领地，这些领地由土耳其将领埃米尔（amirs）和阿塔贝格（atabegs）控制。在基督教军队南进之时，一位塞尔柱王子也趁机进攻耶路撒冷，但被击退。与此同时，安条克落入法兰克人手中，法兰克大军一直攻打到海岸边。公元1099年6月3日，法兰克人占领拉姆拉，逼近耶路撒冷。成千上万名穆斯林和犹太人躲进圣城中避难。6月7日星期二早上，法兰克骑士到达先知撒母耳的墓地，此地距耶路撒冷北4英里（约6千米）。从西欧一路前来，法兰克人现在终于可以从欢乐山（Montjoie）上向下凝视这座万王之王的城市。夜幕降临时，他们已环绕耶路撒冷安营扎寨。
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注释
＇1＇ 后来的耶路撒冷统治者也葬在那里，和犹太人一样，他们也相信葬在耶路撒冷意味着能够在审判日首先复活，并且越接近圣殿山，越能尽快复活。还未找到伊赫希德的墓地，但人们相信它就在圣殿山的北边。一位巴勒斯坦历史学家告诉作者，三大宗教出于政治原因如此经常地篡改耶路撒冷的历史，只是为了获得自己的神圣动力。当谈到以色列当局在圣殿山北部大兴土木时，这位历史学家建议只需立一个牌子，指出这是伊赫希德的墓地遗址，新的建筑活动就会被取消，因为伊赫希德的墓地是公认的圣地。
＇2＇ 黑祖尔是最狂热的伊斯兰圣徒，与耶路撒冷联系密切，他曾在那里庆祝斋月。黑祖尔（意思是“绿人”）是一个神秘主义者，能够长生不老，却长着白胡子，《古兰经》记载他是摩西的领路者。在苏菲派神秘主义教义中，黑祖尔是照亮圣路并引领人们走圣路的人。“绿人”这一称呼来自于亚瑟王史诗中的绿骑士，但他主要和希伯来先知以利亚和基督徒圣乔治（一个罗马官员，被戴克里先处死）齐名。他的圣殿位于伯利恒，至今仍受到犹太人、穆斯林和基督徒的崇敬。
＇3＇ 并非所有犹太会堂都被摧毁。位于开罗老城的福斯塔特的犹太会堂就未被毁坏，该会堂保存有中世纪的一个非常重要的历史资料库：开罗犹太藏经库。当时，圣书的三大子民都尊崇写有神圣文字的纸张文件，在他们看来，文字和人一样有灵性。犹太人将从会堂得来的字纸存放在一个藏经库或一个储藏室长达七年，七年后这些字纸会被葬入墓地或是收藏在一个特殊的阁楼里。九百多年来，犹太藏经库从没清空过，这里保存了十万份文件，这些文件展示了埃及犹太人的生活，以及他们与耶路撒冷和地中海世界方方面面的联系。这些文件被密封、遗忘，直到1864年一个耶路撒冷学者首次打开它。19世纪90年代，藏经库文件开始浮出水面，被英国、美国和俄罗斯学者争相购买。1896年，两位不同寻常的苏格兰女士把一些藏经库文件展示给所罗门·谢克特教授看，教授认出这是最早的《德训篇》的希伯来文本。谢克特将这些珍贵的资料收集起来，这些资料使S·D·戈伊坦得以创作他六卷本的著作《地中海社会》。
＇4＇ 这是一个犹太人给伊斯兰君主当大臣的时代。在埃及，波斯卡拉派一个商业世家的后代阿布·萨阿德·图斯塔里成为专为查希尔提供奢侈品的承办商，并卖给查希尔一个黑人女奴。1036年，查希尔哈里发去世后，这个女奴成为瓦里达，她是继任哈里发穆斯坦绥尔的母亲，她与图斯塔里一起幕后操纵哈里发。图斯塔里积聚了大量财富，他曾送给瓦里达一艘银船和一顶银帐篷，总价值十三万迪拉姆。他从未改信伊斯兰教。诗人里达·伊本·绍布写道：“埃及的人们，我给你们一个好的建议，变成犹太人，因为天堂本身已经成为犹太人的。”1048年，图斯塔里被土耳其军队谋杀，耶路撒冷加昂深感悲痛。与此同时，西班牙格拉纳达的伊斯兰宰相是耶路撒冷的另一个支持者：撒母耳·伊本·纳格拉王子是一位博学的医生、诗人、《塔木德》学者和将军，他可能是唯一一位指挥伊斯兰军队作战的犹太人。他的儿子继承了他的职位，但在1066年的格拉纳达屠犹运动中被杀害。
＇5＇ 阿尔斯兰的胡子很长，直垂到肩上。当被俘获的皇帝被带到他前时，他问道：“假如我是犯人被带到你的面前，你会怎样处置我？”罗曼努斯四世狄奥吉尼斯回答：“我可能会杀了你，或把你带到君士坦丁堡的大街上示众。”但阿尔斯兰却回答说：“我的处罚更重，我会原谅你并放了你。”但阿尔斯兰自己并没有活多久。发现行刺者时，他让随身侍卫闪到一边，想展示自己的射术，击退刺客。但他的脚一滑，刚好给行刺者机会刺杀了他。死前，他告诫他的儿子马利克沙：“要记住这个教训，不要让你的虚荣心战胜你的直觉。”他位于梅尔夫的墓地的墓志铭具有雪莱诗作的讽刺韵味：“那些见证过高高在上的阿尔普·阿尔斯兰的人，看啊