自己封拜的东方州郡官吏背叛自己，又因大臣反对迁都，十分恼怒，乃杀原来替袁绍等人说话的伍琼、周毖，并免去杨彪、黄琬的三公职位，还征召屯兵扶风的左将军皇甫嵩回朝，以防他配合东方联军夹击自己。京兆尹盖勋与皇甫嵩长史梁衍劝嵩起兵讨卓，篙因兵力不足，不肯听从，还是应征回朝了。
皇甫嵩回朝以后，洛阳以西再无能够反抗董卓的人。初平元年（190年）二月，董卓强令献帝及群臣西行，洛阳城内外人民数百万口被迫西迁，路上被卓军车骑践踏，加以饥病交迫，死亡相继，积尸满路。董卓自己留镇洛阳毕圭苑内，纵火焚烧洛阳二百里内的宫庙、官府、居家。又令吕布发掘诸帝及公卿陵墓，取其珍宝。还遣将四出虏掠。使东汉近二百年来在洛阳的建筑文物毁灭略尽。这许多文物皆劳动人民血汗造成，董卓的罪恶固在不赦，但东汉王朝长期以来的腐朽统治实是招致董卓为虐的根源，所以我们说历史上的罪人并非只董卓一人。从董卓的所作所为可以看出他并无真正统治天下的能力，只能猖狂一时，为新的朝代开拓道路而已。
董卓的罪恶既如洪水滔天，至于起兵讨伐董卓的诸将又是怎样呢？
袁绍等人虽然打着勤王招牌，但从他们的阵营来判断，其中多数将领没有战斗经验和韬略。在太平时日，他们靠交游士林和养名钓誉，以捞取功名官位。但在战争年代，他们便缺乏决敌致胜的真实本领。他们外慕勤王戡乱的美名，内实胆怯畏敌，诚如史书所描述：陈留太守张邈是个“东平长者，坐不窥堂”；豫州刺史孔伷只会“清谈高论，嘘枯吹生”；冀州牧韩馥本系恇怯庸才；青州刺史焦和则是“入见其人，清谈干云，出观其政，赏罚淆乱”。在起兵讨卓的十余人中，累世公卿的袁家就有三人，其中山阳太守袁遗是袁绍的从弟，他喜欢读书，学问渊博，但无军旅之才；后将军袁术最狂妄骄奢，虽无才干，可野心顶大；袁绍在当时最有声望，为豪杰所归向，但身为盟主，既不能部署诸将，给董卓以有效的打击；他自己也未曾接一仗，发一矢，只图谋占领地盘，扩充实力。诸人对董卓打仗，虽畏缩不前，可是自相兼并，却越来越卖劲。曹操后来曾经作诗形容这时的情况说：“军合力不齐，踌躇而雁行。势力使人争，嗣还自相戕！”当时同卓军作战比较积极主动的有两个人，即曹操和孙坚。
曹操看到诸将不敢与董卓争锋的畏惧心理，乃慷慨激昂地向他们说：“举义兵以诛暴乱，大众已合，诸君何疑？向使董卓闻山东兵起，倚王室之重，据二周之险，东向以临天下；虽以无道行之，犹足为患。今焚烧宫室，劫迁天子，海内震动，不知所归，此天亡之时也。一战而天下定矣，不可失也”。曹操虽言之谆谆，但诸将既害怕董卓兵强，又想保存实力，不肯听从。曹操只好独自引兵西进，打算占据军事要地成皋。诸将对他进军，不肯支援，只有张邈遣将卫兹带领一支部队随操。
曹操进到荥阳（在今河南荥阳县东北）西南的汴水，遭遇卓将徐荣，双方交战，曹操部队多是招募的新兵，人数既少，又缺乏训练，自然不是久经战阵的涼州军的对手，所以吃了败仗，士兵伤亡甚多，操本人也被流矢射中，所乘马受伤，幸亏从弟曹洪把自己的马给操骑了，才得于夜色朦胧中逃回酸枣。
曹操虽然战败，但整天的坚强战斗，也使徐荣存有戒心，以为酸枣联军不易攻克，便引兵退走了。
曹操退到酸枣以后，关东诸军共十余万，天天置酒高会，不图进取，曹操责备他们，并再次献策说：“诸君听吾计，使勃海引河内之众临孟津，酸枣诸将守成皋（今河南荥阳汜水镇），据敖仓（今河南荥阳县北），塞轘辕（今河南巩县西南）、大谷（今河南登封县城东南），全制其险，使袁将军率南阳之军军丹、析，入武关（今陕西丹凤县东南），以震三辅：皆高垒深壁，勿与战，益为疑兵，示天下形势，以顺诛逆，可立定也。今兵以义动，持疑而不进，失天下望，窃为诸君耻之！”由此可知，曹操也看到了董卓兵强，但人心不附的两种情势，故主张采取稳扎稳打，以待其变的策略，说明曹操能够随宜制变，并非一味冒进。可是依然得不到袁绍等人的采纳。曹操只好自己去扬州募兵，扬州刺史陈温、丹阳太守周昕给操四千余人，回来经过龙亢（今安徽怀远县西）时，士卒叛逃很多，只剩下千余人，屯于河内。（《资治通鉴》卷59献帝初平元年胡注：“从袁绍也”）。
孙坚原为长沙太守，因他起自武官，素被荆州刺史王叡所轻视。及州郡起兵讨伐董卓，王叡、孙坚亦皆起兵，坚遂杀叡。进兵到南阳，有部队数万人。南阳太守张咨不肯以粮供军，坚诱而斩之。坚虽勇悍善战，但因自己出身地方豪强，名望不高，还是到鲁阳（今河南鲁山县）投靠了袁术，术遂有南阳。术表坚行破虏将军，领豫州刺史。坚以鲁阳为据点，进兵讨卓。献帝初平元年（190年）冬，坚与官属会饮于鲁阳城东，卓军步骑数万，猝然来临，坚视若无睹，照常行酒欢笑，但令部队整顿行列，不得妄动。后敌骑越来越多，坚始罢坐，导引部队入城。卓将见坚兵整齐，不攻而退。坚乃谓部属曰：“向坚所以不即起者，恐兵相蹈藉，诸君不得入耳”。此后，坚与卓军战于梁县（今河南临汝西）及其东之阳人聚，先败后胜，杀卓都尉叶雄。孙坚的英勇战斗，使袁术心怀忌妒，怕孙坚力量壮大之后，难以驾驭，因而停止调运军粮。孙坚立即驰往见术，曰：“坚所以出身不顾，上为国家讨贼，下慰将军家门之私仇（袁绍、袁术起兵后，卓杀袁家之留在洛阳者）。坚与卓非有骨肉之怨也，而将军受譛润之言，还相嫌疑！”术无言可答，只好调发军粮。
董卓惮坚猛壮，欲笼络之，派人说坚，欲与和亲，令坚疏其子弟堪任刺吏、郡守者，许表用之。坚曰：“卓逆天无道，荡覆王室，今不夷汝三族，悬示四海，则吾死不瞑目，岂将与乃和亲邪！”于是进兵向洛阳，连败卓及其将吕布等。至洛后，扫除汉宗庙，得传国玺于城南甄官署井中。复分兵击卓于新安、渑池间。卓谓其部下曰：“关东军数败矣，皆畏孤，无能为也。惟孙坚小戆，颇能用人，当语诸将，使知忌之……坚……固自为可（胡注：言其才可用也），但无故从诸袁儿，终亦死耳！”卓令其将董越屯渑池（河南今县），段煨屯华阴（陕西今县），牛辅屯安邑（今山西夏县西）。其余诸将亦分守诸要县，卓自引军回长安。
孙坚在洛阳重新把东汉各帝陵墓修理一番，然后退回鲁阳。
董卓西去后，关东联军解除了西顾之忧，可是他们之间的兼并战争也激烈展开了。
三、李傕等之乱
董卓西归以前，他已自为太师，官位居诸王之上。他到长安，公卿迎拜，卓不还礼。卓所乘车装饰极为华丽，同于天子御驾。卓如此骄奢僣拟，适足说明他没有安定天下的大志。关东诸将的互讧，也助长了他的嚣张气焰。卓以弟旻为左将军，封鄠侯，兄子璜为侍中、中军校尉，分别统率军队，卓之宗族亲戚，盘居要津，卓侍妾怀抱中子亦封侯，未及笄的孙女，则封邑君。卓府第在长安城东坚固营垒中，尚书以下官员处理政务都要到卓府请示。卓在郿县修建了与长安城等高的坞，号称“万岁坞”，多积粮谷于内，够三十年食，卓自言“事成，雄据天下；不成，守此足以毕老”。
董卓残忍嗜杀的习性，至此也充分暴露出来，大臣讲话稍不合意，即遭诛戮。被俘虏的关东士兵和被捕获的关西人民更遭到惨不忍睹的折磨与屠戮。因之众叛亲离，人心惶惶。当时朝中大臣受卓倚重的是王允，他是并州祁县人，“少好大节”，素有名誉。卓入京时，允为河南尹，卓以允为守尚书令，初平元年（190年），进允为司徒，仍领尚书事。献帝西迁后，卓留镇洛阳期间，朝政全由王允主持。允对卓佯为尊重，得其信任，献帝及大臣也靠王允佑护，得以粗安。
初平三年（192年），王允与司隶校尉黄琬、尚书仆射士孙瑞等密谋诛卓。卓亲信部将吕布，并州五原郡九原县人，初为并州刺史丁原手下亲信将领。灵帝死，何进召董卓、丁原进京，卓到京，欲专兵柄，诱布杀丁原而并其众。布善骑射，膂力过人，号称飞将，卓对布颇宠信，两人誓为父子。卓自知怨己者众，常令布卫护左右。卓性暴急寡虑，忿不思难，吕布因一细事惹卓恼怒，卓立即以手戟掷布，布眼明身捷，躲闪过去，向卓请罪，卓怒始息。自此，布稍衔恨。后布与卓侍婢私通，恐被发觉，心不自安。布与王允同为并州人，允早已着意笼络布。及布将卓掷戟事吐露给允，允知离间卓、布的时机已至，当即劝布除卓，为朝廷建立奇功。布以与卓有父子关系为虑，允曰：“君自姓吕，本非骨肉，今忧死不暇，何谓父子？掷戟之时，岂有父子情邪？”布遂许诺。
初平三年（192年）夏四月丁巳，献帝有疾初愈，群臣朝贺未央殿，董卓乘车入朝，途中步骑夹道，戒备森严。吕布使同郡骑都尉李肃率亲信勇士十余人，伪著卫士服，待卓于北掖门内。卓入门，李肃即挺戟刺卓，卓内披甲，未得刺入，伤臂，坠车，卓大呼：“吕布何在？”布曰：“有诏讨贼臣！”卓大骂：“庸狗，敢如是邪！”布以矛刺卓，令兵斩卓首。布从怀中取出诏书以今吏士曰：“诏讨卓耳，余皆不问”。于是吏士皆称万岁。百姓歌舞载道，长安士女市酒肉以相庆贺，填塞街市。王允使皇甫嵩往郿坞攻卓弟旻，杀卓母妻宗族。“坞中有金二三万斤，银八九万斤，锦绮、奇玩堆积如山”。
但是，当此政局发生重大变化的关键时刻，身系朝廷安危的王允，却缺乏应变能力。他原先惧怕董卓，故屈身降志，委曲承奉，杀卓之后，以为再无患难，就居功骄傲，同朝臣接触，常乏和悦颜色，因之群僚对之不甚亲附。王允对吕布也瞧不起，只以剑客待之。吕布自恃功大，嫌允轻己，于是两人不和。王允的杀蔡邕，即措施失当的事例之一。蔡邕闻卓被杀，只在王允坐前“有叹惜之音”，王允即视之为卓党，而收付廷尉狱，蔡邕承认罪过，“愿黥首刖足，继成汉史”。士大夫及太尉马日多矜救之，允均不从。终使邕死于狱中。邕虽受卓亲用，却也谈不上卓党，卓所重用的还是王允自己。蔡邕的被杀，颇使卓部属将吏恐惧。王允之更大错误是低估了卓所属涼州将士的实力，没有及时颁下赦诏和做出适当安置。当时“悉诛涼州人”的传言已经广泛流传。诸将校以为“蔡伯喈但以董公亲厚尚从坐，今既不赦我曹，而使解兵，今日解兵，明日当复为鱼肉矣”。于是他们拥兵自守。原先卓女婿牛辅领重兵屯驻陕县（今河南三门峡市），曾遣校尉李傕、郭汜、张济等率步骑数万往中牟击朱。当吕布遣李肃持诏书来诛牛辅时，李傕等尚未归还，牛辅只以见兵就打败了李肃，说明涼州诸将兵力甚强。牛辅虽然打了胜仗，但仍极胆怯，因营中偶然发生惊扰，便恐惧出奔，致在途中为部下所杀。这又说明辅等涼州将帅实无作为。假如王允措置得当，尚可免除或减轻祸殃。牛辅死后，李傕等始回陕县。他们甚怀恐惧，不知所措，乃派人到长安请求大赦。王允此时仍不应允。傕等益恐，想各自解散，回归乡里。这时讨虏校尉贾诩向傕等献计曰：“诸君若弃军单行，则一亭长能束君矣，不如相率而西，以攻长安，为董公报仇。事济，奉国家以正天下；若其不合，走未晚也”。贾诩，涼州武威人，在军中素以多谋著称，他的倡议，立即得到傕等同意。他们乃相与结盟，率军数千，晨夜西行，边走边收兵，临近长安时，已有兵十余万，并与卓故部曲将樊稠、李蒙等合围长安城。长安城墙高厚，本来不易攻下，可是吕布军中的叟兵（蜀地的少数民族军队）发生叛变，导引傕等入城，吕布战败，出奔关东。傕等纵兵大掠，吏民死者数万人。
早些时候，王允以同郡宋翼为左冯翊（官名，辖今陕西省中部西安市以东之地，故亦作地名用），王宏为右扶风（辖今陕西省中部西安市以西之地）。李傕等欲杀王允，恐二郡反抗，乃以朝命调二人回朝。王宏遣使谓宋翼曰：“郭汜、李傕以我二人在外，故未危王公。今日就征，明日俱族。计将安出？”翼曰：“虽祸福难量，然王命，所不得避也”。翼既不从，宏不能独留，遂俱就征。果然，二人刚一回朝，傕等便把他们和王�