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自古帝王临御天下；皆中国居内以制夷狄，夷狄居外以奉中国，未闻以夷狄居中国而制天下也。自宋祚倾移，元以北夷入主中国，四海以内，罔不臣服，此岂人力，实乃天授（承认元朝政权的正统性，为自己替代元朝找理论和“天意”方面的依据）。彼时君明臣良，足以纲维天下，然达人志士，尚有冠履倒置之叹。自是以后，元之臣子，不遵祖训，废坏纲常，有如大德废长立幼，泰定以臣弑君，天历以弟鸩兄，至于弟收兄妻，子征父妾，上下相习，恬不为怪，其于父子君臣夫妇长幼之伦，渎乱甚矣（这些指斥，按照儒家伦理，确实都有根有据）。夫人君者斯民之宗主，朝廷者天下之根本，礼仪者御世之大防，其所为如彼，岂可为训于天下后世哉！
及其后嗣沉荒，失君臣之道，又加以宰相专权，宪台抱怨，有司毒虐，于是人心离叛，天下兵起，使我中国之民，死者肝脑涂地，生者骨肉不相保，虽因人事所致，实乃天厌其德而弃之之时也。古云：“胡虏无百年之运”，验之今日，信乎不谬（到了清朝，“胡虏”终于打破这一怪圈，长达二百多年的“运”）。
当此之时，天运循环，中原气盛，亿兆之中，当降生圣人，驱除胡虏，恢复中华，立纲陈纪，救济斯民（近代孙中山的檄文，就借鉴了这几句）。今一纪于兹，未闻有治世安民者，徒使尔等战战兢兢，处于朝秦暮楚之地，诚可矜闵。
方今河、洛、关、陕，虽有数雄：忘中国祖宗之姓，反就胡虏禽兽之名，以为美称，假元号以济私，恃有众以要君，凭陵跋扈，遥制朝权，此河洛之徒也；或众少力微，阻兵据险，贿诱名爵，志在养力，以俟衅隙，此关陕之人也。二者其始皆以捕妖人为名，乃得兵权。及妖人已灭，兵权已得，志骄气盈，无复尊主庇民之意，互相吞噬，反为生民之巨害，皆非华夏之主也（告诉大家，只有我老朱才是正统，别的军阀都是刮民残众的贼寇）。
予本淮右布衣，因天下大乱，为众所推，率师渡江，居金陵形式之地，得长江天塹之险，今十有三年。西抵巴蜀，东连沧海，南控闽越，湖、湘、汉、沔，两淮、徐、邳，皆入版图，奄及南方，尽为我有。民稍安，食稍足，兵稍精，控弦执矢，目视我中原之民，久无所主，深用疚心。予恭承天命，罔敢自安，方欲遣兵北逐胡虏，拯生民于涂炭，复汉官之威仪。虑民人未知，反为我仇，絜家北走，陷溺犹深，故先逾告：兵至，民人勿避。予号令严肃，无秋毫之犯，归我者永安于中华，背我者自窜于塞外。盖我中国之民，天必命我中国之人以安之，夷狄何得而治哉！予恐中土久污膻腥，生民扰扰，故率群雄奋力廓清，志在逐胡虏，除暴乱，使民皆得其所，雪中国之耻，尔民等其体之（高扬民族主义大旗，以圣明天子自居，在道义方面占领了制高点）。
如蒙古、色目，虽非华夏族类，然同生天地之间，有能知礼义，愿为臣民者，与中夏之人抚养无异。故兹告谕，想宜知悉。
北伐，从精神层面上讲，朱元璋非常有优势，何者，他以汉人为正统，以民族主义为号召，在标榜“天命”的同时，自称是前去驱除“胡虏”，从道义上就明显占据了“上风”。
而且，老朱在檄文最后也留个“尾巴”，表示只要“胡虏”诸族规规矩矩不反抗，一样可以宽大处理，成为大明顺民。
其实，早在元顺帝至正十九年（1359年）秋，听说察罕帖木儿平汴梁、定山西，尽有秦陇之地，老朱当时吓得心惊肉跳，忙派人从方国珍处搭船入海绕道去北方，侦察形势。不久，他在两年后正式派汪河去察罕帖木儿处，明朝史书都讲是去“通好”，实际上是老朱派人携厚宝向元朝称臣。
天不祚元，最有能力中兴元朝的察罕帖木儿被红巾军降将王士诚刺死，其势遂衰，虽然其义子王保保（扩廓帖木儿）骁善能战，却无其义父的政治远略。所以，当王保保在至正二十三年（1363年）春派人携书来“通好”时，老朱态度大变，拘其使节不遣。
元朝方面，乱成一锅粥。自孛罗帖木儿与扩廓帖木儿两军开始“内战”，一直到李思齐、貊高、王保保等人在晋地厮杀，整整八年过去，元朝的正规军与杂牌军一直在北方相互绞缠，杀得你死我活。正是由于这样，江南的朱元璋才能从容放开手脚，先后消灭了陈友谅、张士诚、方国珍、陈友定等人。除江南地区外，湖南和两广也尽入朱元璋手中。
在北方元军诸部人脑子打成猪脑子自相残杀正酣时，至正二十七年底，朱元璋正式开始了北伐。这位要饭花子出身的爷们儿很有远略，他并不主张直捣大都，而是这样向诸将布置：
“元建都百年，城守必固。若悬师深入，不能即破，顿于坚城之下，馈饷不继，援兵四集，进不得战，退无所据，非我利也。吾欲先取山东，撤其屏蔽；旋师河南，断其羽翼；拔潼关而守之，据其户枢。天下形势，入我掌握，然后进兵元都，则彼势孤援绝，不战可克。既克其都，走行云中、九原，以及关陇，可席卷而下矣。”
于是，明军（两个多月后的至正二十八年，即“洪武元年”，1368年正月朱元璋才建立“大明”，此时应称为“南军”）二十五万人，由徐达和常遇春率领，浩浩荡荡杀向北方。
果然，一切皆按朱皇帝先前布置施行，明军所至皆克，迅速逼向大都。
眼见国家危亡在即，元顺帝下诏重新强调皇太子“总天下兵马的威权”，诏谕诸将，作了最后一番垂死挣扎而又详尽的“战略部署”：
“复命扩廓帖木儿（王保保）仍前河南王、太傅、中书左丞相，统领见部军马，由中道直抵彰德、卫辉；太保、中书右丞相也速统率大军，经由东道，水陆并进；少保、陕西行省左丞相秃鲁统率关陕诸军，东出潼关，攻取河洛；太尉、平章政事李思齐统率军马，南出七盘、金、商，克复汴洛。四道进兵，掎角剿捕，毋分彼此。秦国公、平章、知院俺普，平章琐住等军，东西布列，乘机扫殄。太尉、辽阳左丞相也先不花，郡王、知院厚孙等军，捍御海口，籓屏畿辅。皇太子爱猷识理达腊悉总天下兵马，裁决庶务，具如前诏。”
王保保接诏，并未遵诏而行，而是向云中（今山西大同）方向进发。其帐下将有不少很狐疑，问：“丞相您率师勤王，应该出井陉口向真定（今河北正定），与在河间的也速一军合并，如此可以截阻南军（明军）。如果出云中，再转大都，迂途千里，这怎么能行？”
王保保敷衍：“我悄悄提军从紫荆关入袭，出其不意，有什么不好？”
倒是他身边谋士孙恒一语挑明：“朝廷开抚军院，步步要杀丞相。现在事急，又诏令我们勤王。我们驻军云中，正是想坐观成败！”
进言者听此话，只得默然。
可见，大都元廷急上房，王保保仍持坐观态度，元军其余诸部可以推想。
很快，明军打到通州。元朝知枢密院事卜颜帖木儿像条汉子，出兵力战，可惜兵败被杀。
眼看大都不守，元顺帝在清宁殿招集三宫后妃、皇太子等人，商议出京北逃。左丞相失烈门等人谏劝，一名名叫赵伯颜不花的太监更是跪着叩头哀嚎：“天下者，世祖之天下，陛下当在死守，奈何弃之！臣等愿率军民及诸卫士出城拒战，愿陛下固守京城！”
顺帝已经吓破胆，当然不听。1368年阴历七月二十八日夜间，元顺帝最后看了一眼元宫的正殿“大明殿”，嘴里嘀咕了一句什么，即率皇后、皇太子等人开健德门，出居庸关，逃往上都方向。八月三日，明军攻入大都城，元朝灭亡。
元朝的宫殿正殿，名字就叫“大明殿”，元顺帝临行前看着那三个字，肯定和我们后人想得一样：莫非这是“大明”取代“大元”的象征？其实，如同“大元”取自《易经》“大哉乾元”之语一样，元朝的“大明殿”也是出自《易经》乾卦的彖辞：“大明始终”；元顺帝逃走时所经的“健德门”，出自乾卦彖辞：“天行健”；厚载门出自坤卦“坤厚载物”；咸宁殿出自乾卦“万国咸宁”；等等，大多是根据《易经》为宫殿和宫门起的名字，至于日后与“大明”暗合，也是小概率的巧合吧。
元顺帝在一年多后因痢疾病死，终年五十一，蒙古人自己上其庙号为“惠宗”，他之所以被称为元顺帝，是朱元璋日后以为这位元帝知顺天命，退避而去，特加其号曰“顺帝”。
元顺帝遁走，徐达上《平胡表》给朱皇帝：
惟彼元氏，起自穷荒，乘宋祚之告终，率群胡而崛起。以犬羊以干天纪，以夷狄以乱华风，崇编发而章服是遗，紊族姓而彝伦攸理。逮乎后嗣，尤为不君，耽逸乐而招荒亡，昧于竞业；作技巧而肆淫虐，溺于骄奢。天变警而靡常，河流荡而横决，兵布寰宇，毒布中原。镇戍溃而土崩，禁旅颓而瓦解，君臣相顾而穷迫，父子乃谋乎遁逃。朝集内殿之嫔妃，夜走北门之车马。臣（指徐达自己）与（常）遇春等，已于八月二日，勒兵入其都城。
百年汉族郁结之气，竟能在这一篇表章中一泄而出。
元朝，自顺帝跑出大都后，标志着蒙古人在中国统治的终结。日后再提及这个流亡政权，就只能称其为“北元”了（明朝称“鞑靼”或者瓦剌）。元朝虽亡国，但并没有灭种。
元顺帝从大都出逃后，一路惶惶然如丧家之犬，用了近二十天工夫逃到上都。但此时的上都宫阙府衙先前曾遭红巾军一部劫掠焚烧，根本不像个都城，到处残垣断壁，四处瓦砾。见此情景，顺帝一行人心凉了大半，本想再远窜和林，不久就听说明军并未有大部队来追，诸人方敢喘口大气。
元朝虽亡，当时的残余势力仍旧很让元顺帝觉得有重回大都的希望：辽阳有兵十万，云南仍旧在蒙古宗王手中掌握，王保保有大军三十万在山西，李思齐、张思道有数万兵在陕西，加上各地杂七杂八的零散武装以及集民自保的所谓“义军”，全部军队人数加起来有几十万之多。
可惜的是，由于从前当众砍杀了宗室阳翟王，顺帝对西北诸藩的“亲戚”们不抱幻想，他目前最大的心愿就是夺回元朝政治统治的象征地大都。其实，早知如此，他当初就不应逃跑得那样仓促。
朱元璋是位懂谋略的帝王，他深知山西的王保保不除，元朝仍旧有死灰复燃之日。于是，他下令徐达、常遇春两人即刻统军去平山西，同时又增派汤和等人提军赴援。明军一路基本顺利，接连攻下泽、潞两州（晋城和长治），准备合围云中（太原）。
王保保在元顺帝的死催下正往大都方向赶，听说明军正要倾其老巢，他立刻回军。走到半路，明军已经拿下太原。双方对垒，王保保挑选数万精兵，准备拼死一决。
未料想，明军策反了王保保部将“豁鼻马”（估计是绰号），连夜劫营。元军刹时惊溃，王保保惊慌中跳上一匹马就跑，狼狈得脚上只穿一只靴子。由此，数万劲骑，王保保带走的只有十八骑，余众不是被杀，就是投降明军。
王保保先逃至大同，惊魂未定，又驰往甘肃。由此，山西皆为明军攻克。
明军一鼓作气，稍事休整后又开拔，准备克复陕西。
元顺帝思念大都心切，命右丞相也速率数万骑兵经通州攻大都。当时通州由明将曹良臣驻守，兵员不满千人，他只得使“疑兵计”，在白天夜里轮流不断让人摇旗呐喊击鼓不绝。以为明军人多，也速竟然惊骇退走，失去了进攻大都的最好机会。
朱元璋得知顺帝用意后，急遣大将常遇春率所部从凤翔急行军驰援大都（明朝已将大都改称“北平”），在优势兵力下，明军数战皆胜，连接攻克会州（今辽宁平泉）、大宁州（今辽宁朝阳）。
偷鸡不成蚀把米，大都影都不见，现在元顺帝连上都也呆不住了，只得逃往应昌（今内蒙克什克腾旗）。
常遇春明军势锐，一举攻克上都，斩首数万，降敌一万有余，得辎重、牲畜、粮草无数。
陕西方面，徐达一军直下奉元（今西安），元将张思道未战即逃，李思齐虽有十万大军，也不敢做像样的抵抗，西奔临洮。
徐达与诸将异议，坚持己见，他认定要先拿关中元将中最硬的李思齐开刀，直下陇州（今陕西陇县）、秦州（今甘肃天水）、巩昌（今甘肃陇西）、兰州。由于事先做过不少“思想工作”，李思齐向明军投降，附近元军残部皆望风降服。
张思道从奉元逃跑后，向宁夏方向逃跑，留其弟张良臣和姚晖等人守庆阳。到了宁夏，穷蹙势孤的张思道走投无路，只得向王保保“报到”。王保保这个气，张口大骂：“从前你这