数道并进，号称百万，直趋北平方向进军，并飞檄山东、河南、山西三省助给军饷及后勤支持。
众将出发前，建文帝御大殿送行。如果是讲些“旗开得胜，马到成功”的官话废话都不打紧，偏偏建文帝饱读诗书，又是柔仁之主，他劝诫众将：“从前南朝梁国萧绎为了登上帝座，命令他的属下时有‘六门之内，自极兵威’（意思是怂勇他的手下趁乱杀掉他的三哥、侯景所立的简文帝萧纲）之语，这样的事情不祥至极。现在，你们这些将士将要和燕王对垒交战，千万注意不要杀伤燕王，不要使朕有杀叔父的坏名声留于后世。”——这种“谆谆”嘱托是建文帝一生以来最臭的一招棋。
燕王朱棣造反，威胁大明家国社稷，双方主力未接，皇帝竟讲明不能让这位“反贼”叔父有损伤，诸将投鼠忌器，兵士又不敢抱“擒贼先擒王，杀贼先杀头”之心，由此，就可以预见日后明军面对燕兵时的困窘之境。
大战之一——真定之役
建文元年（公元1399年）九月，明朝长兴侯耿炳文等人率三十万大军进驻真定，徐兵率兵十万驻河间，潘忠率数万军驻莫州，杨松率九千精兵为先锋进扎雄县，准备与潘忠会军攻打燕军。由此，明、燕两军的第一次大战——真定大战揭开序幕。
燕将张玉骁勇有谋，他先行化装对耿炳文明军进行了一番实地侦察，回营后向燕王朱棣报告：“耿炳文所率明军毫无纪律，自恃人多，杂乱布营。潘忠、杨松扼我军南路，应该先吃掉这两个人的部队。”
朱棣闻言大悦，亲自率兵至涿州。
他在娄桑稍作修整后，引军急渡白沟河。上岸后，他对诸将说：“今夜是中秋佳节，明军不知我军已至，必会饮酒作乐，乘他们不备，我们必破敌军！”
半夜，燕军静悄悄赶至雄县城下，缘城而上。
城内明军丝毫没有准备，酒酣刚刚入睡，忽闻刀枪呐喊之声，个个惊起。毕竟这些明军是先锋兵，只是思想麻痹，战斗力意志力并不弱，纷纷死战，但最终因枪械刀器不及操持，不敌武装到牙齿的燕兵。结果，杨松与其九千明兵全部战死，其上好骏马八千多匹也全为燕军所获。
朱棣并未在雄县城内大摆庆功宴。他预料到在莫州驻军的明将潘忠知道雄县有事必会提兵赶来增援，急命将领率千余人渡月样桥，在水中埋伏。诸将问因由，朱棣讲：“潘忠想不到雄县城这么容易被我攻陷，我们半路埋伏截击，必能活捉此将。”
潘忠闻先锋兵受到进攻，果然率军望雄县杀来。刚过月样桥，忽然望见对面远处燕军迎面冲来。正惊愕间，路旁火炮大作，从桥下水中乱窜出浑身是水的燕军，举刀朝明军乱剁。
潘忠想后撤，月样桥已被燕军所据，进退失据，明军掉落桥下溺死无数，潘忠本人也被燕兵生擒。
连番胜利，朱棣自己也觉喜出望外，急询众将下一步该怎么办。燕将张玉出主意：“应该直趋真定！我军新胜气锐，乘敌立足为稳，可一举击破！”
众人称善。
行至半路，耿炳文手下部将张保来降，告知说明军三十万部队中已有十三万先至滹沱河，分据南北两岸。
朱棣安抚张保，让他回转明营，以自己兵败被俘、乘间逃出为借口，作为燕兵进攻时的内应。
燕军诸将都觉不妥，认为应该乘敌不备，忽然袭取，不应该放回张保。
朱棣老谋深算，讲出自己的计策：
“明军分据河南、北两岸，说明他们已知道我军正往前进，有所准备。现在让张保回答告诉我们已经临近，明军必定把南岸的兵马全部调往北岸，并力与我军相战，这样我们可一举消灭南北两岸十三万明军。如果明军分屯南、北两岸，我军战胜北岸明军后，疲累喘息之际，南岸明军忽然进攻，我们必败无疑。而且，我们临阵向明军耀威，告知其雄县、莫县军队已经被歼，他们兵将定然气沮，可一举灭其威气。”
布置妥当后，燕王朱棣只率三骑至真定东门，突入明军运粮后勤部队，捉了两个“舌头”，一问，明军果然已经南营北移。
朱棣率数十轻骑，边呐喊边冲锋，绕出城西南，连搅明军两营。
耿炳文闻讯，赶忙率兵出迎，燕将张玉、马云、朱能等人率燕兵冲前奋击，朱棣率数百奇兵循城从背后夹击，一行人虎狼般横贯明军南阵。
明军立足未稳，一时大溃，耿炳文见己军已败，连忙往后撤退。
退至滹沱河东，耿炳文整残兵数万，重新列阵与燕兵对决。
燕将朱能举槊大呼，率先冲入明军阵中，燕兵也高呼狂叫，跟随主将入阵击杀。
明军见敌人勇猛，各自掉头逃命，自相蹂躏，死者无算。
耿炳文策马逃跑，直往真定城内窜奔。剩余跑得快的明军惊乱之间，争门而入，又挤死踩死许多，最终只有少数明军入城，放下沉重的城门，凭城固守。
明将吴杰等来援，还未及至，听说耿炳文大败，明军皆抱头鼠窜。
野战可以凭藉勇气一冲而胜，攻城却是另外一回事。燕军猛攻三日，真定城内明军死守。朱棣见燕兵已疲，反正已经旗开得胜，军心已稳，就率军回北平休整。
败讯传回京师，建文帝大怒，说：“耿炳文老将，竟一战而摧锋，以后怎么办！”
黄子澄安慰建文帝：“胜败乃兵家常事。现在再调五十万军队，齐围北平，以众击寡，必能克敌。”
黄子澄建议以李景隆替换耿炳文。建文帝亲自在江边为李景隆（李景隆父亲李文忠是朱元璋亲外甥，所以他是建文帝表哥）送行，赐其通天犀带，并诏令这位大将有专征杀伐之权。
大战之二——北平之役
曹国公李景隆春风得意，专征专杀专制大权在手，他这辈子，幸亏燕王造反，才修来如此的福分和风光。他乘豪华的皇家驿车赶至德州，收集耿炳文的残兵败将，调集各路军马凑集五十万众，在河间扎下大营。
一直镇守辽东的明将江阴侯吴高也与耿瓛等人率军包围了燕军驻扎的永平城。
燕王朱棣乍听明军又有五十万兵马来攻，起先很是忧虑。再听说是李景隆为主帅，朱棣眉头顿展，哈哈大笑起来：“李九江（景隆小名叫九江），膏粱竖子耳！此人寡谋而骄，色厉而馁，未常习兵见阵，皇帝授予他五十万大军，实是坑害自己啊。”
燕军诸将不知虚实，从前也没和李景隆这位“高干子弟”打过交道，纷纷劝朱棣不要轻敌。
朱棣笑言道：“兵法有五败，（李）景隆皆蹈之。为将政令不修，上下异心，一也；北平早寒，南兵衣单，不足披冒霜雪，加之兵无余粮，马无宿草，二也；不量险易，冒入趋利，三也；领而不治，智信不足，气盈而愎，仁勇俱无，威令不行，四也；部伍喧哗，金鼓无节，好谀喜佞，专任小人，五也。李景隆五败皆备，何能为也！”
同时，朱棣做出一个极其大胆的决定：“李景隆知道我本人在北平居守，肯定不敢来攻。我现在要去驰援永平。李景隆知道我不在城里，必集大军攻城，到时我回师反击，坚城在前，大军在后，必能破敌！”
燕军将领虽都认为燕王言之有理，但仍认为北平城军队太少，众寡不敌。
朱棣开导他们：“城中部队，出战则不足，守城则有余。我率兵在外，随机应变。我出兵并不是为了救永平之围，主要是赚李景隆来围城。江阴侯吴高为人胆怯，我本人一到，他必从永平撤走，到时我就不会在外面耽误，立马杀个回马枪。”
临行前，朱棣严嘱居守的世子朱高炽坚守北平，切勿出战。
朱棣一直是奇兵取胜。当他亲率燕兵至永平时，江阴侯吴高等人的明军还正在城外垒营。
燕王猝至，吴高大败，数千明军被杀，退保山海关。
朱棣有勇有谋，认为吴高战斗之中虽然常怯阵，但为人行事缜密，善于城守。于是，他就使“反间计”，给吴高写信盛赞其作战有方、为人厚道。
建文帝闻讯，马上下诏削夺吴高的侯爵，徒广西安置，只令明将杨文守辽东。
1399年11月，朱棣置北平于不顾，乘胜率燕兵直趋大宁。
驻守大宁的是朱元璋另一个儿子宁王朱权，他是朱棣的十七弟。大宁在喜峰口外，东连辽左，西接宣府，为明朝巨镇，有甲士八万，革车六千。建文帝继位后，深恐宁王朱权与朱棣合谋，下诏削朱权的护卫三军。
朱权正郁闷间，忽闻燕王从刘家口间道直趋大宁，未来得及反应，燕兵已经攻克大宁西门。
朱棣单骑入宫，极称自己受建文君臣迫害之状，兄弟二人抱头大哭。
朱棣奇袭大宁，此招是险中求胜，一举两得。因为当时大宁朱权属下的明军多是蒙元降附将士，战斗力极强，全都聚集在松亭关防御。这些将士的家属，都在大宁城内。
朱棣入城后，厚抚大宁将士家属，松亭关的明朝蒙裔将士，听闻子弟妇孺安全，纷纷暗中约结投附。
宁王朱权对外事一无所闻，天天和皇兄朱棣饮酒称冤，因为他本人并未造反与朝廷相抗。
见诸事已了，燕王朱棣辞行，宁王朱权肯定要与皇兄送别。刚至郊外，正执酒送别间，伏兵四起，燕兵劫持这位泪眼未干的宁王，入关而西，直奔北平。随燕军后行的，还有未曾与燕军一战就降附的骁勇蒙古兵——朵颜诸卫数万人及战车数千辆。
福兮祸兮。这位宁王朱权被裹挟造反，糊里糊涂地被四哥连同世子嫔妃一干人众劫持入燕。朱权善谋，又会写文章，被劫持后就也死心踏地，常常亲自为燕王撰写檄文。朱棣当时答应他，成功后“当中分天下”。当然，这也就是说说玩而已。朱棣称帝后，朱权知道自己再要求回大宁肯定会受疑忌，就请求朱棣封自己在苏州或杭州为王。朱棣认为两地皆太近南京，不许，最后封其地于僻远的南昌。朱权深知皇兄嗜杀好疑，自构豪华别墅一间，整日读书鼓琴，朱棣在位期间也一直没有“惦记”他。朱棣死后，明仁宗朱高炽继位，朱权倚老卖老，上书说南昌本来不是他的封国，要回大宁。明仁宗回信，抢白他一顿：“南昌之地，叔父受之皇考已二十余年，非封国而何！”碰了钉子之后，朱权索性不再想别的，天天与一帮文士饮酒赋诗，还撰《通鉴博论》二卷，善终于室。
回头再说明军统帅李景隆。
李景隆听说朱棣本人自率军队出攻大宁，非常高兴，连忙率明军进渡芦沟桥，直逼北平。
见桥上并无燕兵把守，李景隆沾沾自喜，言道：“连此桥也不派兵把守，可见燕兵将帅没有见识！”
其实，朱棣临出发前就讲过：“就要使李景隆困于北平坚城之下。”因此他下令撤掉芦沟桥的燕军守卫。
李景隆率明军把北平城围得铁桶一般，在九门筑垒，挥军猛攻北平。
明初虽有攻城火炮，但攻城仍是非常困难的事情。加之燕王起兵以来一直早有准备，深沟高垒，城墙加厚，五十万明军一时间也无可奈何，只能眼看着进攻的将士在城下“前仆后继”。
攻击北平丽正门的一支明军战斗力很强，已经有一股部队冲开城门，逼得城内一帮妇女都在城上掷瓦投石，帮助燕兵御敌。
如果李景隆指挥有方，再派上数千后备队，丽正门必破无疑。坚城再牢，只要一门被攻破，很快就会全城陷落。但李景隆号令不严，已经登城的明军忽然撤退。可见，明军的战斗力不弱，约束力很差。攻打丽正门明军看见后面没有后援，就自作主张回到营垒休整。
受此惊吓，北平燕军防守益坚。同时，燕世子朱高炽严密部署，用人得当。燕兵燕将还常常乘夜缒下城闯入明营中乱杀一气，明军扰乱纷纷。
不得已，明军退营十里。
胶着期间，明朝都督瞿能奋勇当先，在他两个儿子的帮助下，率精骑一千多，乘乱杀入北平张掖门，锐不可当。攻入城门后，燕兵拥上厮杀，瞿能父子一面抵挡，一面派人飞速报告李景隆派兵增援。
李景隆妒忌瞿能勇武，怕他夺取攻燕头功，不仅没派人支援，反而派信使阻止瞿能，让他们退出城门，说是等大队明军齐至时一起再攻入。
“机不可失，失不再来”。燕兵连夜在城墙上泼水，天寒冰结，转天早上，整个北平城变成坚硬光滑无比的大冰墙，任明军再有天大本事也登附不上。
北平守军争取了宝贵时间，燕王朱棣回军路上也十分顺利。朱棣在会州还做了短暂休整，检阅将士，把军队分为五军，各以张玉、朱能等勇将为帅，并把在大宁的归附蒙古骑兵分编入各军。
1399年12月，朱棣所率燕兵乘北河水冻结，突然对明先锋都督陈晖发起进攻，大败明军，败逃明军掉头逃跑，人多脚重，冰河大开，淹死无算。
燕兵乘胜，奇兵左右出击，连破明军七营，直逼李景隆中军大营。
燕将张玉等人部勒军马，