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但奏折并未真正引起崇祯皇帝的重视。
崇祯十七年（1644年）正月，李自成在西安建国改元后，旋即渡河东征，一路势如破竹。这时，明朝的精兵良将已经丧失殆尽，正如大学士黄景昉所说，吴三桂手下的几万关宁铁骑成了崇祯皇帝手中的最后一张王牌。
正月十九日，崇祯皇帝在德政殿召集大臣，正式商讨调吴三桂入关事宜。
这其实是饮鸩止渴的一步棋，吴三桂入关，就意味着撤去了满洲人面前最后一道屏障。面对这个难以决断的问题，大明朝的官僚系统最后一次典型地表现了它的低效性。先是，满朝的文武大员面面相觑，怕承担责任，都不敢发言。内阁首辅、大学士陈演，首先打出“一寸山河一寸金”的旗号，坚决反对弃地，同时又认为调兵势在必行。这位老丞相慷慨激昂了半天，却等于什么也没说，可是满朝文武却大受启发，纷纷按这个调子发言，结果调兵之事一议再议，拖延了一月有余仍然没个结果。李自成却不必等待廷议的结果。这一个月之中，他的大军已逼近畿辅。北京的陷落看来只是时间问题了，只有到这个时候，崇祯皇帝才下了最后的决心。
三月初，崇祯帝诏封吴三桂为平西伯，命其入关勤王。明朝辽东的军队都奉命撤入关内勤王，在平西伯吴三桂、辽东巡抚黎玉田带领下，明军于三月十三日全部进关，驻扎于昌黎、滦州、乐亭、开平一带。可是吴三桂等人还没来得及赶到京畿，李自成就兵不血刃地进了北京城。
当入关勤王的将领们得知大顺军已经占领北京，明朝廷覆亡时，就同山海关总兵高第一道接受了李自成的招降，归附大顺政权。黎玉田被大顺政权委任为四川节度使，奉李自成之命与明朝投降的总兵马科领军西行，以收取四川。至此，秦岭、淮河以北的明朝军队已全部收编，地方除辽东外均为大顺政权接管。
在形势一发不可收拾之前，崇祯曾经试图选择与满清求和，以便来集中精力对付国内的李自成。
袁崇焕死后，东北已无得力大将可用，边防更危急。崇祯十四年（1641年），清兵攻锦州，四月，围城。明朝蓟辽总督洪承畴率八总兵，十三万人援锦。八月，明军大败，洪承畴率残部入松山。清兵围松山。崇祯十五年（1642年）二月，清兵破松山，俘洪承畴，洪承畴降清。三月，清兵又破锦州，明总兵祖大寿投降。“松锦之役”后，明朝东北的主力被消灭，元气大伤。
松锦大战以来，崇祯皇帝真是坐卧不安，寝食俱废。松锦之战失败后，他的心也凉了半截，他的希望，他的寄托，全随着这次大战的失败化为了泡沫，消失了，飞散了，他不明白，为什么祖宗创下的基业，到了他手里，就会这么风雨飘摇，动荡不安，莫非，这就是命吗？
崇祯皇帝在这个时候开始考虑和满清议和，以便专心对付李自成、张献忠军。兵部尚书陈新甲早就明白，以朝庭现在的实力，无力两线作战，于是暗中崇祯皇帝筹划对满清讲和。崇祯和陈新甲不断商议，虽然秘密，但朝中其他大臣还是听到了风声，便纷纷上奏，反对和议。崇祯皇帝矢口不认，说根本没有议和的事，你们反对什么。
崇祯皇帝每次都亲笔写手诏给陈新甲，还不断郑重告诫：这是天大的机密，一定要缜密，千万不可泄漏而让群臣知道了。崇祯十五年八月，崇祯皇帝派亲信又送了一道亲笔诏书给陈新甲，催他尽快设法和满清议和。不巧的是，陈新甲刚好外出，不在家里，信使便将崇祯皇帝的密诏留在陈新甲书房中的案几上。陈新甲的家童误以为密诏是普通的“塘报”（各省派员在京所抄录的一般性上谕与奏章，称为“塘报”），按惯例将密诏拿出去交给各省驻京的衙门传抄。这样一来，崇祯皇帝与陈新甲暗中主持和议的事就公开了出来，群臣拿到了证据，登时哗然，立刻上奏章反对。
崇祯皇帝再也无法抵赖，恼怒之下，下诏要陈新甲解释，责问他为甚么主张议和。陈新甲当然要为自己上述声辩，还引用了不少崇祯皇帝手诏中的句子，证明这是出于崇祯皇帝的圣意。崇祯皇帝更失面子，恼羞成怒下下旨将陈新甲立即处斩决，理由是流寇破城，害死皇帝的亲藩，兵部尚书应负全责。
这时距明朝之亡已不过一年半，连皇帝也不得不偷偷和国防部长暗中商量议和，局面的恶劣可想而知。从这件事中，可以见到当时对“议和”是如何的忌讳，舆论压力是如何沉重。那个时候，中国读书人的传统思想认为谈和就是投降，就是汉奸，就是秦桧。连崇祯皇帝这样狠辣的皇帝，也不敢对群臣承认有议和之意，为的就是怕背上千古骂名。
崇祯皇帝特别推崇宋朝舍身取义的民族英雄文天祥（1644年二月，崇祯帝曾正式礼敬文天祥，目的是为了激发众大臣学习文天祥死国的浩然正气）。然而，李自成和多尔衮先后脚进北京后，并没有几个人为明朝而死。这是后话。
【八 南迁】
对崇祯皇帝说，他还有最后一个无可奈何的选择，那就是放弃危在旦夕的北京，南下到陪都南京。迁都的建议是由翰林学士李明睿首次提出的。1644年二月十日，崇祯皇帝召李明睿及总宪李邦华、原九江军府总督吕大器议事。当崇祯问到今后的策略时，李明睿的回答相当坦率，甚至在提到北方失利时也无所顾忌。他说，农民军已经逼临京城，朝廷正值“危急存亡之秋”，唯一明智的选择，就是迁都南京。崇祯帝听了大惊失色，对李明睿说：“此事重，未可易言。”（计六奇《明季北略》）
但李明睿并不惊慌，他深知皇帝不过是顾忌道义责任，于是讲了一通天命的大道理。他还为提到历史上南宋迁都杭州后，又统治了一百五十年，类似的南迁完全适合明朝目前的形势。崇祯犹豫起来，似乎有些心动了。
在李明睿明确保证要保守机密后，崇祯四下张望，确信＇‘w‘w‘w‘。w‘r‘s‘h‘‘u‘。‘c‘o‘m‘＇无人偷听后，才开始询问南迁的具体步骤：他将如何出京？
李明睿提出最佳路线是取道山东，先以到文王与孔子庙朝圣的名义出京。一旦到了曲阜，御驾便可快马加鞭南下，很快就可以到达南京。李明睿还斗胆警告说，如果皇上仍然坚持在京城厮守尊位，则明朝必亡。
崇祯帝颇为其言所动，简短答道：知道了。遂令三人退下，自己返回后宫。
当晚，崇祯皇帝单独召李明睿进宫，问了许多南迁的细节问题。李明睿提出当务之急是要召募新兵，但朝中没钱，却是众所周知的事实；就连天子脚下的北京驻军都已经一年没有发过军饷了，更不要说外地驻军，这正是明军演变为抢民的盗匪的根本原因。李明睿壮着胆子提出了动用皇帝内库这一敏感问题：“内帑不可不发，万一行至中途，赏赐不足，出处甚难。”（计六奇《明季北略》）袁崇焕也曾经提过这个问题。
但崇祯不同意动用自己的小金库，于是谈话不欢而散。
但李自成率领的大顺军所向披靡，推进得极快，大同总兵姜瓖和宣府总兵王承允都是不战而降，转眼间大顺军已经兵临居庸关下，京畿大震。
十五岁的皇太子朱慈烺都意识到北京保不住了，他正与东宫讲读项煜讨论《论语》的第一篇，当读到“不亦说乎？不亦乐乎？”一段时，太子沉思良久，痛楚地说：“二‘乎’字可玩。”项煜无话可答。
南迁的话题被迫再一次提上日程。但朝中除了李明睿，以左都御史李邦华为首的重臣们都认为应该派遣太子南下，而皇帝肩负守卫社稷之责，应该留下来守卫北京。这其实是要求崇祯皇帝做出自我牺牲。崇祯皇帝别无它法，只得堂而皇之地宣称：“国君死社稷，恒理也。”但话一出口，他又忍不住满腔怨恨地加上一句：“言迁者欲使朕抱头鼠窜耶？”
大概是因为皇上明显流露出不快，几位大臣急忙改变立场。兵科给事中光时亨愤怒抨击主张南迁的李邦华和李明睿。富有戏剧性的是，当光时亨慷慨激昂地谴责了主张南迁的人之后，在场的二十七位大臣竟有十九位立即表示放弃南迁主张。
显然，这并不完全符合崇祯皇帝的心思，因为他的意图其实是想要代替太子南下，所以双方都招致了皇帝的愤怒。崇祯一面说：“光时亨阻朕南行”，一面又指责李明睿结党欺君：“诸臣平日所言若何？今国家至此，无一忠臣义士为朝廷分忧，而谋乃若此！夫国君死社稷，乃古今之正，朕志已定，毋复多言。”崇祯恼羞成怒下，差点将李明睿处死。光时亨认为如此将使百姓寒心，劝止了皇帝。
后来有人认为，光时亨之所以反对南迁，是因为他暗中与李自成有接触并打算投奔义军。光时亨最终确实投降了李自成。义军夺取北京后，光时亨仍留任兵科给事中，并曾获准密见李自成。与此矛盾的是，光时亨仍然相信南明政权会获得成功。他曾在信中对留在安徽桐城的儿子说：“我以受恩大顺，汝等可改姓‘走肖’，仍当勉力读书，以无负南朝科第。”（计六奇《明季北略》）
但无论如何，“南迁之议寝矣”。
崇祯下令吴三桂进关勤王后，大臣们再次大胆提出送太子到南京，让其督率江南军事。崇祯还不及回答，光时亨火冒三丈地质问道：“奉太子往南，诸臣意欲何为？将欲为唐肃宗灵武故事乎？”所有争论便到此中止。光时亨言外之意是指责提出太子南迁的人是阴谋拥立太子，逼迫崇祯帝退位，这使提出建议的大臣们大惊失措，“遂不敢言”。从此，绝望的气氛笼罩了全京师的军民，“诸臣咸思南窜”。
『注：公元756年，唐玄宗把长安丢给了安禄山叛军，途中迫于禁军的要求，杀了贵妃杨玉环，逃到了四川。当时太子留在了山西西部，以安抚那些希望收复长安的将领。太子本想入川追随其父，但众将劝阻说，应在宁夏灵武重整旗鼓，收复长安，那才是大孝之举。经过五次敦请，太子才同意“勉徇众心，为社稷计！”于是尊其父唐玄宗为“上皇天帝”，定帝号肃宗。唐肃宗在灵武建立了临时朝廷，并由此出发，最终收复了长安。』
崇祯皇帝拒绝了南迁的建议，既不遣太子去南京，他本人也不离京。他这一自我牺牲的决定，对后来满清占领北京时的形势产生了深远的影响，导致满清比较完整地接管了明朝的中央政府，由此接收了明朝几乎全部汉族官吏，拥有了他们外番所缺乏的东西，并依靠这些汉朝官吏接管天下并最后征服南方。而崇祯皇帝的三个儿子都没有逃出京城，后来落入李自成手中，之后就下落不明。于是南明政权中皇室宗亲为了继承权利开始了激烈的派系倾轧（金庸小说《鹿鼎记》提到的唐王桂王之争就是其中之一），内耗掉了许多抗清义士的精力与力量。
值得一提的是，自从李明睿提出南迁后，有一位名叫方开章的官员，曾接到密旨，让他准备一千名兵丁、数百船只，在郊外昼夜待命，随时准备供皇帝顺大运河前往南京之用。北京城破之前，方开章想要见崇祯皇帝，但未能通过宫门岗哨。他一直等到城破前两天，才离开了京城（抱阳生《甲申朝史小记》第四卷）。
【九 最后的议和】
南迁不成，崇祯皇帝开始布置保卫北京。各城门还设置了路障并安放了西洋葡萄牙大炮，以加强防守；又把宦官武装起来，令其把守通往紫禁城的主要道口。皇帝甚至还慷慨地挖出深藏地下的内帑储备，以供太监杜之秩招募一支军队，协助总兵唐通守卫居庸关。
1644年三月十七日，崇祯皇帝照例主持早朝，并将议题转到军饷问题上来。正当他与大臣们讨论为居庸关守军增拨给养时，一封密封急件送到，崇祯看了后脸色大变，坐在那里发呆，许久后才站起来退入后宫。
原来三月十六日，负责监军的太监杜之秩和总兵唐通已经打开居庸关的大门迎接李自成大军；眼下，大顺军已占领了紫禁城西北65公里处的昌平，而且焚烧了位于昌平的明朝皇陵。朝廷上下顿时一片惊恐。大臣们“但相顾不发一论”。尽管他们早知道农民军正在步步进逼，但直到此刻他们才意识到，李自成拿下京城已经是指日可待。
而这时街上的百姓正毫无顾忌地唱着：
〖闯王来，城门开，
闯王不来，谁将衣食与吾侪。
寒不衣兮，饥不食，
还钱粮日夜催，
更有贪臣来剜肉。
生填沟壑诚可哀。〗
穷人们更是兴高采烈，因为李自成的密探一直在京城中散布消息说，李自成到来后，城里的穷苦百姓每人可得到五两银子。
三月十八日一早，崇祯主持了最后一次正式朝会。他步入大殿，登上宝座后，环顾群臣，�