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当清军不战而进入福州时，这座城市几乎空了，城中百姓纷纷逃窜，留下的人则立即开始剃发留辫。郑芝龙已经同清军谈判在先，但事到临头，心中开始没谱，于是他派人摧毁了福州的火药库，自己带人退往家乡安平镇。不过，一个月后，郑芝龙不顾他的儿子郑成功和部下许多将领的反对，在福州正式向清军统帅贝勒博洛投降，博洛答应他任福建和广东总督。
不久后，郑芝龙就在“朝见新皇帝”的借口下被清军派重兵送往北京。1648年（顺治五年），清廷食言自肥，仅授予他一等精奇尼哈番的空头官衔，拨入旗下，实际上遭到软禁。
郑芝龙的儿子郑成功则与父亲分道扬镳，与叔叔郑鸿逵一起率部退往金门。而在郑芝龙自投罗网以后，清军立即背信弃义地攻入安平镇，大肆抢劫淫掠，郑成功的母亲田川氏也被奸污，愤而自缢。郑成功闻讯后，痛不欲生，更坚定了武装抗清的信念。清兵饱掠而归后，郑成功回到安平，料理了母亲的丧事，用黄金铸造了一尊田川氏的坐像，饰以珠宝，朝夕上供，从此开始了他独挡一面的长期抗清斗争。
这个时候，二十二岁的郑成功的力量并不大，但在同清方反复较量的过程中，他成功地将东南沿海地区的抗清势力汇合成一支劲旅，郑成功也逐步在历史的大舞台上崭露头角。
【九 鲁监国的海上政权】
1646年，鲁监国和隆武政权相继崩溃。此时东南一带抗清势力按地理位置分为两大块：在浙江沿海，最强的是黄斌卿；在福建沿海，则是溃散的郑芝龙部下的将领。沿海地区还有众多的海盗组织。实际上，许多明水师将领都是海盗出身，南明在浙江和福建的政府垮台后，他们相互间常常为争夺好水手、基地和给养而争斗。
1646年（顺治三年，鲁监国元年）六月，鲁监国朱以海在张名振等保护下乘船渡海到达舟山。驻守在这里的肃虏侯黄斌卿借口自己是隆武朝廷所封，不承认鲁监国的合法性，拒绝鲁监国进城。鲁监国在舟山群岛上借住了两三个月，无依无靠。
九月间，据守金门、厦门一带的永胜伯郑彩（郑芝龙的族人）、定波将军周瑞带领舟师四百艘来到舟山，见鲁监国处境困难，决定把他迎往福建。鲁监国到达厦门的时候，郑芝龙已经由安平赴福州博洛军前投降，并派人通知郑彩献出鲁监国向清廷请赏。郑彩不愿降清，就把鲁监国藏了起来，另找一个相貌类似的人充当替身，叮嘱部将如果郑芝龙命人来抓鲁监国，就把这冒充的人缢死，蒙混过去。幸好郑芝龙到福州后很快就被清军胁迫北上，顾不上捉拿鲁监国，鲁监国才得以在郑彩军驻地安顿下来。
郑芝龙被诓骗挟往北京后，郑氏旧部对满清更加心怀疑惧。在群龙无首的情况下，郑系将领一时分崩离析，自寻出路。郑芝龙的老部将林察在福州即将失守时率兵保护隆武帝的弟弟朱聿鐭乘船逃往广州，成为绍武政权的主要军事支柱。
原先唐、鲁对立的局势不存在了，但由此针对监国鲁王的新政权在东南沿海的抗清力量形成了新的党派之分。郑芝龙的弟弟郑鸿逵、郑成功和黄斌卿等人都以尊奉已经不存在的隆武朝廷为名，拒不接受鲁监国的领导。不过，大多数幸存的文官武将和浙江、福建绅民都以鲁监国作为抗清复明的旗帜。
1647年（顺治四年，鲁监国二年），清军主帅博洛已率部返回北京，东南兵力薄弱。鲁监国在福建领导了一些列抗清运动。这其中有胜有负，曾经一度形势大好。但复明各派势力之间的勾心斗角，互相倾轧，终致坐失良机，使清廷得以凭借有限的兵力各个击破。
举个例子来说，郑彩曾经因为支持鲁监国而同郑成功闹翻，被鲁监国封为建国公，但郑彩支持鲁监国的目的却跟郑芝龙支持隆武帝一样，都希望能把持朝政。1648年（顺治五年，鲁监国三年）正月，郑彩悍然击杀大学士熊汝霖。义兴侯郑遵谦愤慨不平，郑彩又命部将诱擒郑遵谦，迫使他投海而死。鲁监国对郑彩的跋扈自雄、擅杀大臣极为不满，但却无可奈何。
1647年（顺治四年）十一月，清廷派遣礼部侍郎陈泰为靖南将军，率兵南下福建，配合浙闽总督陈锦的军队大举反攻。鲁监国此时内外交困，内部因为郑彩排斥异己不能团结对敌，在泉州、漳州一带活动的郑鸿逵、郑成功以拥戴不复存在的隆武朝廷为名拒绝同鲁监国合作。从1648年三月下旬起，鲁监国政权在福建所收复的州县重新落入清军之手。
鲁监国在形势恶化的情况下，于1649年正月移驻闽、浙交界的沙埕。六月，定西侯张名振收复了海岸要塞健跳所，鲁监国得以在那里重建他的朝廷。
而一度作威作福的建国公郑彩因为郑成功袭杀其弟郑联，占领了厦门（当时的名称是中左所），向鲁监国上表求救。
郑成功为了扩大地盘，趁郑彩引兵外出，带领舟师向厦门进发。厦门此时只有郑彩之弟定远侯郑联据守。郑成功采纳施琅的建议，以亲亲通好为名，先给郑联送去稻米一千石，要求郑联让自己的军队登岸。郑联正因为缺粮发愁，又认为郑成功毕竟是自家人，爽快地答应了。郑成功军到达厦门后，突然将郑联部士卒缴械，随即捕杀郑联，郑联的部队都被郑成功收编。郑成功吞并了郑彩、郑联兄弟的兵将、船只后，实力大大增强，从而改变了郑芝龙降清后原郑氏集团各自为政的局面。
内讧的情况下，鲁监国没有出面调停，他也没有那个能力。而张名振深恶郑彩其人，更是乘机击破郑彩余军。张名振此举也是想与郑成功结欢。郑彩受此打击后，一蹶不振，后来请郑芝龙的母亲黄氏代为疏通，希望能与郑成功和解。郑成功这才让他返回厦门闲住，终老于该地。
健跳所实际上只是浙江临海县濒海的一个小地方，很难立足。鲁监国及其随从实际上经常住在船上，以防不测。到1649年秋，健跳所的粮食供应严重短缺，鲁监国不得不放弃他在大陆上的立足点。
1649年（顺治六年，鲁监国四年）九月，张名振以舟师护送鲁监国移驻舟山。对于鲁监国的到来，黄斌卿自然是极不情愿。他借口自己是隆武帝封的官爵，不便接待鲁监国，又“以地窄粮寡”的理由，表示难于供养鲁监国属下官兵和他们的家属。张名振和黄斌卿本是儿女亲家，但事情到了这个地步，就只能用武力来解决了。张名振开始和他的部下密谋除掉黄斌卿；兵变发生后，黄斌卿被砍伤后沉入水中淹死，他的两个女儿也投水而死。
鲁监国终于在舟山站住了脚，重新整顿朝政。但这个时候鲁王政权处于孤立状态，除了采取守势外，它最关心的问题就是如何生存下去。从这时起到1651年（顺治八年、鲁监国六年），舟山群岛成为鲁监国领导下浙东抗清武装活动的中心，牵制了东南地区大量清军，这为郑成功部在福建沿海的扩展创造了有利条件。
从1649年（顺治六年）开始，清方大搞策反活动，派奸细潜入义军，借鲁监国政权内部的不稳定因素煽风点火，由此产生了巨大的矛盾。由于意见不和，舟山一些将领先后离开，南下福建投靠郑成功。
1651年（顺治八年）初，在舟山又爆发了张名振同王朝先的冲突。王朝先原来在舟山受到肃虏侯黄斌卿的压制，内心深为不满，于是同张名振策划了刺杀黄斌卿的行动。但之后鲁监国只对张名振信任有加，委以节制诸军大权，王朝先又感到不公平，声称要公开宣传袭杀黄斌卿的主谋是张名振。由于在舟山黄斌卿的旧部尚多，张名振惟恐导致内变，就先发制人，在1651年二月乙卯日早晨由阮进派健卒冲入王朝先帐中。“朝先未衣，奋夺刀，杀进数人，势不敌，走阁部张肯堂邸，肯堂请避入内室。朝先顾身裸不肯入，反与进对仗庭中”，结果被追卒杀害。事后，张名振即将谋害黄斌卿的责任推到王朝先身上，说他“擅杀斌卿，忘谊不赦”。但是，事情并未因此了结，王朝先的部将张济明、吕廷纪愤恨不平，逾墙坠城，夺得船只驶往宁波向清总兵张杰投降，告以舟山虚实，愿意充当向导。很快，清军兵分三路攻舟山。张煌言和张名振力图围魏救赵，奉鲁监国率军北上攻吴淞。然而舟山却遭到清兵的重兵围攻而失陷。鲁监国的大多数亲属和朝臣壮烈牺牲，其中许多人自尽。张煌言、张名振只得率部航海至厦门，依附郑成功。
由于郑成功不承认监国政权，而在西南建立的永历朝廷基本上得到了包括郑成功在内的南明各方势力的一致拥护。1653年三月，鲁监国朱以海为了大局，也承认了永历帝的正统地位，派使者上疏提出退位归藩。永历帝为了维护朱明王朝对东南地区的影响，仍然让朱以海保留监国的名义。但这并没有多大实际意义，福建沿海的抗清实力基本上控制在郑成功手里，鲁监国只是作为“寓公”过着寄人篱下的生活。
鲁监国政权既然已经失去了自己的基地，飘泊无所，粮饷无源，客观上形成投奔郑成功的势态。这样，在鲁监国的文官武将中就出现了分化，有的转入郑成功部下，如闽安侯周瑞等人；有的则以寓公自居。定西侯张名振和监军张煌言始终只愿同郑成功保持同盟关系。
郑成功初见张名振，颇为轻慢。张名振袒背露出刺绣甚深的“赤心报国”四字，郑成功这才肃然起敬。但郑成功对张煌言却一直相当敬重，曾称赞他始终忠于鲁监国“与吾岂异趋哉”。二张在依附郑成功期间，始终保持着军队相对的独立性，避免了被吞并的危险。但双方的隔阂以至疑惧自然是难免的。
在中国一度不明确的混乱中，南明曾经不断派人去日本招募兵士，以取得武器和战争物资。隆武帝曾经派人求助于江户幕府，鲁监国曾与日本中极有势力的岛津氏族联络，但日本人对这些请求都没有给予明确的答复。
【十 郑成功的崛起】
舟山失守以后，鲁监国朱以海来到厦门依附郑成功时，部下的兵将还不少。郑成功把鲁监国的兵败来会，看成是建立自己独霸东南沿海局面的良机。邵廷采在《东南纪事》中记载：“郑芝龙之北也，遗书戒成功曰：众不可散，城不可攻；南有许龙，北有名振，汝必图之。”郑成功自从起兵以来，基本上是按照郑芝龙的路子走的，即以闽海为根据地，对浙江以北、广东以西沿海武装，不管是属明还是属清，一概视作异己力量，千方百计加以兼并。
郑成功不承认近在咫尺的鲁监国政权而遥奉永历，并不是由于朱由榔在血统上近于帝室，而是欣赏“天高皇帝远”，这符合他一贯的思想：“东南之事我为政”。在郑成功内心深处，未必真的尊重那位永历皇帝。1649年（顺治六年）前后，郑成功为了粮饷，与南明永历政权的郝尚久争夺潮州，导致清军乘虚而入，郝尚久一怒下投降了满清。鹬蚌相争，渔翁得利。这样，潮州就落入了满清之手，郑成功和南明永历政权谁都没有占到便宜。这充分说明了郑成功扩张自己的领地的策略，这大概是他们海盗家族的天性使然。只不过在大敌当前的形势下，郑成功这样的表现只能说明他缺乏作为统帅人物的全局观。他遇事容易冲动，往往凭一时的好恶不计后果地处理问题，在许多事情中都表现了出来。下面我们详细来讲郑成功的一生。
1644年国变的时候，郑成功还只是个书生，一直呆在福建老家。中国有句古语说，“百无一用是书生”，对于郑成功来说，若不是1644年的那场大变，他大概永远也成不了名垂青史的民族英雄，因为此时郑家在东南沿海财大势大。
无论是在中国还是日本，郑成功都是一个使史学家、剧作家着迷的传奇人物。郑成功于天启四年（1624年）生于日本。幼读书，为南安诸生。福王时，郑成功入国子监，师礼钱谦益。郑成功开始只以读书为事，未曾预兵柄，一直到郑芝龙投降满清，才慷慨募兵。郑成功回信给父亲的招降信说：“从来父教子以忠，未闻教子以贰。今吾父不听儿言，后倘有不测，儿只有缟素而已。”然后，将他平时所穿的儒服烧了，拜辞孔庙，乘巨船而去。
郑成功在叔父郑鸿逵的支持下，率领部下先在广东南沃岛起兵，继而挺进厦门鼓浪屿，1650年（清顺治七年）占领厦门、金门两岛。以后与清军展开不断的战斗，逐步收复了福建漳、泉地区，并控制了北至浙江舟山，南至广东潮惠的东南沿海地区。
郑成功从1646年底开始组建自己的军队，几年内，郑成功加强了自身力量的积聚，广泛召募文武人才。他“国姓爷”的名头，为他招集兵将、扩大军事实力提供了不少方便。
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