洵（即朱由崧的父亲）为太子的图谋才化为泡影。因此，他们担心一旦朱由崧登上帝位，重翻旧案，自己在政治上将会失势。
礼部侍郎钱谦益当时被视为东林党魁，他两次从老家常熟赶往南京，以“立贤”为名，到处游说，提议迎立潞王朱常淓。支持钱谦益的有南京兵部侍郎吕大器和南京政府的大多数文职大臣。
具有举足轻重地位的南京兵部尚书史可法则处于进退两难的境地。史可法是东林党人左光斗的得意门生，自然对拥立福王有所顾忌，他曾经写信给马士英，说朱由崧“贪、淫、酗酒、不孝、虐下、不读书、干预有司”七不可立的理由（这封信后来成为马士英逼史可法出朝的有力法宝）；但当时史可法作为南京的首席大臣，更关心政局的稳定，他担心舍亲立疏将引起更大的政治风波。
马士英想要兵不血刃地实现拥立福王的计划，就需要强大的军事实力。马士英本人并无足够的军队操纵此事，但他小心游说，争取到淮河流域的镇将们的支持，手握重兵的高杰、黄得功和刘良佐很快都相继作出支持福王的明确表示。山东总兵刘泽清一度支持东林骨干拥立潞王，当他得知高杰、黄得功、刘良佐三镇的动向后，自知兵力不敌，立即随风转舵加入了拥立福王的行列。四月末，福王继统已成定局。
说穿了，福王在这场“贤”与“亲”的竞争中获胜，几乎可以被看作是一场军事政变。《明史》也正是从这一角度来记述这一事件的：“（南京）廷臣集议，吏科给事中李沾探士英指，面折大器。士英亦自庐、凤拥兵迎福王至江上。诸大臣乃不敢言。王之立，士英力也。”
当南京大臣们决定拥立福王以稳定局势时，史可法正在长江对面的浦口。他对此事的默认，宣告了这场皇位继承危机的结束。明崇祯十七年（清顺治元年，1644年）五月初三，马士英等拥立明福王朱由崧监国于南京。福王抵达南京时，朝臣们早已修缮了武英殿供其居住。五月十五日，朱由崧即帝位，年号弘光，史称弘光皇帝。
弘光皇帝在宣布改元的同时，所有官员都进爵一级。新皇帝亲自向任职六部和内阁的每一位六十岁以上的大臣祝酒，愿他们健康长寿；并赦免了被劾免职的官员；任命从北方南逃的未投降农民军的士大夫为官；计划开科取士；宣布大赦天下；废除自1629年始征收的沉重的练饷；河北、山西和陕西免税5年；山东、河南免税三年；长江以北其他地区和湖广的赋税减半；遭到农民军劫掠的四川省及江西部分地区的赋税减免30％。但上述地区都不是南明政权所能完全控制的。（顾炎武《圣安本纪》）
这位弘光皇帝果然同他的父亲福王一样沉溺于酒色，“帝深居禁中，惟渔幼女，饮大酒，杂伶官演戏为乐”，被后来史家称为“暗弱”的典型。在南京即位后，弘光皇帝在其养母（据说这位养母只比他大几岁，而且两人的感情可能已经超过了母子的界线）的催促下，决定娶亲。他坚持只要以美貌著称的杭州姑娘。奉旨前往那美丽城市选美的钦差，便乘机拐骗少女。当钦差未能使其主子满意时，苏州、嘉兴和绍兴地区的百姓也被责令献出最美的少女以供皇帝挑选。据说，马士英和阮大铖二人还从南京老鸨处买来一些将作娼妓的处女献给福王。有一条史料记载，弘光皇帝对这些人肆意蹂躏，在一夜之间，便有两人因福王的酒后纵欲而死亡。弘光皇帝还派人四处逮癞蛤蟆剥取蟾酥，以做春药使用。内官们公然打着“奉旨捕蟾”的旗号督促百姓捕捉，民间因此称弘光为“虾蟆天子”。
『注：明朝还有个“蟋蟀天子”，即明宣宗朱瞻基。朱瞻基听说苏州的蟋蟀特别好，特意命苏州采办，搞得苏州百姓鸡犬不宁。当时有歌谣云：“促织瞿瞿叫！宣宗皇帝要”。』
弘光政权是大官僚军阀派系斗争的典型产物。马士英等以拥戴有功，开始把持朝政，与高弘图等东林党人针锋相对。在百姓的眼里，则是“长官多如羊，小吏贱似狗……可叹江南钱，尽入马家手。”
拥立问题对弘光一朝政局的影响极大（在金庸的名著《鹿鼎记》中我们也可以看到爱国志士们为自己拥护的皇位继承正统而内斗不断）。从后来的事实可以看到，东林党人拥立的潞王朱常淓并不比福王“贤”多少，证明东林党人的真正用意是排除福王，以确保崇祯时期东林－复社党人在政治上的操纵权；特别是如果潞王以较远的宗支而被迎立，钱谦益等人有“定策”之功肯定可以飞黄腾达。这种极端的私心并没有随着弘光皇帝的登基而结束，南明政权陷入了无休止的党争中，后来相继出现了三大案，都是党争的结果。内耗既烈，当然无暇他顾，根本谈不上恢复进取被满清占领的江山。
而史可法本人“当断不断，反受其乱”的性格也从这件事上可见一斑。他缺乏雄才大略，总想处处应付，最后落得个事与愿违。史可法在没有断然决定拥立福王，致使福王朱由崧和马士英求助于镇将，形成后来武将无功封爵、跋扈自雄的局面。史可法从此也大权旁落，这是他自食其果。
1644年五月十六日，马士英入阁主持政务兼任兵部尚书。四天后，史可法渡江往淮阳督师。尽管在整个弘光时期，史可法的加衔都略高于马士英，但在弘光皇帝登基一天后，史可法即被排挤出外，由在朝辅政变成了在外督师，足以说明他的失势。
吴县诸生卢谓率太学诸生上书，极力说史可法不可出，又说：“秦桧在内，而李纲在外，宋终北辕。”一时朝野争相传诵，称为敢言（清·戴名世《乙酉扬州城守纪略》）。可惜为时已晚。
史可法临行前，含泪对人说，他所以北上，是为了报答已故的崇祯帝之恩。有人称赞他说：“史公就像是三国时代的诸葛亮，文武兼备。”史可法回答说：“我恐怕没有诸葛亮那样的才能，却很想效法他‘鞠躬尽瘁，死而后已’的精神！”这是句实话，史可法确实只是个文人，缺乏诸葛亮那样的军事才能。
据《明史》记载，史可法是被马士英逼迫离开南京的。马士英威胁史可法说要将其详举福王劣迹的信交给福王（即前面提过的“七不可立”的信）。史可法可能对此事深怀疑惧，害怕被指控犯有大不敬罪。为自己的安全计，他决定离开朝廷。
史可法还担心自己与马士英的矛盾会引起党争，所以当他动身去扬州前，特意上疏弘光皇帝，疏中赞扬了马士英，并特别提到马士英在弘光帝登基的过程中所起到的重要作用。这奏疏自然是做样子给大家看的，表明他与马士英并无矛盾。
【三 江北四镇】
弘光政权成立时，南明控制的区域，东自黄河下游以南，西迄武昌长江以南，地域广阔，其物力、财赋、人力也比满清所控制地区雄厚。当时南明设江北四镇，高杰驻徐州，刘良佐驻寿州，刘泽清驻淮安，黄得功驻庐州，共拥兵三十万。
高杰，字英吾，陕西米脂人，与李自成同乡。他原先是李自成的得力部将，绰号翻山鹞。李自成最早的妻子韩氏本是娼妓出身，韩氏后来与县役盖君禄私通，被李自成杀死。不久后李自成掠得邢氏为继妻。邢氏不仅貌美，“勇武多智，兼掌军资”。
崇祯七年（公元1634年）十月，明将贺人龙围李自成于陇州。困急之下，李自成派高杰假装向贺人龙约降。不久，贺人龙的军使与高杰来往密切，似乎假戏成真，所有这一切让李自成疑窦顿起。同时，高杰一次偶然到军资仓库去支粮米，为邢氏的姿色所倾倒，一见钟情。邢氏本是良家女子，被李自成抢到军中，并不真的归心，她也爱上了高大魁梧的高杰。
在邢氏的劝说下，又因为担心李自成知道后会引来杀身之祸，高杰于崇祯八年（1635年）带着邢氏及一帮兵士投降了明将贺人龙（贺人龙也是米脂老乡），被授予游击之职。
高杰后来多次参加了对农民军的追剿，累功升任总兵。1644年初，大顺军渡河东征，明朝武将大批归附，高杰因为自认为对李自成有“夺妻之恨”，不敢投降，于是率部由陕西经山西、河南怀庆一直逃到山东。高部进入山东时，见地方百姓对明朝廷已失去信心，都在盼望大顺军早日到来，高部将领竟然冒充为大顺军取得粮饷。
康熙年间金乡知县沈渊记载了当地的一件掌故：“犹忆闻之老者，谓当崇祯甲申三月有号翻天鹞子者，高杰麾下将也。挟逃兵数千人假名‘闯王安民’，兵薄金乡城。方是时，寇贼充斥，金乡官民守城，城门昼夜闭，而见贼言如此，喜其安民，方谋牛酒迎劳，且遥问安民何如？贼且作宣诏状，有‘禁掳、禁杀，敢违者斩无赦’诸语，彼军士则狂走如骛，汹汹不可遏，守者方疑之。”
高杰在夺路狂奔之际，派使者到寿州同凤阳总督马士英联系。马士英得知他部下有兵三万、马骡九千，立即回信招揽：“将军以身许国，当带砺共之。”同时让高杰部屯驻徐州，听从自己节制。高杰赴寿州谒见马士英后回镇徐州，不久就由于太监卢九德的穿针引线，成了“定策”元勋。
黄得功，字虎山，辽宁人，出身行伍。他自少从军于辽阳，并因战功而不断晋升。崇祯年间长期在南直隶江北、河南一带同张献忠、革左五营等部义军作战，升至庐州总兵。明亡前夕随马士英平定河南永城叛将刘超，论功封为靖南伯。
刘良佐，字明辅，北直隶人，因常骑一匹杂色马，人称花马刘。崇祯年间统兵在宿松、庐州、六安一带同义军作战，升任总兵官。北都覆亡时他带的军队驻在河南正阳地区，甲申四月应凤阳总督马士英邀请率部进入南直隶，“沿途淫劫，临淮民闻其将至，严兵固守。良佐怒，攻之，不下”。马士英让他移驻寿县一带。关于刘良佐有一点需要特别注意，他的弟弟刘良臣早在1631年（明崇祯四年）大凌河之役时任游击，就已随总兵祖大寿投降清廷。后来清军南下时，他不战而降当与此有关。
刘泽清，字鹤洲，山东曹县人，出身行伍，崇祯末年升至山东总兵。大顺军迫近北京时，崇祯帝命他率部火速入卫京师，他谎称坠马受伤，拒不奉诏。不久大顺军进入山东，他带领主力向南逃至淮安。在南京诸臣商议立君的问题上，他起初迎合东林党人钱谦益、吕大器等主张拥立潞王朱常淓，后来得知黄得功、高杰、刘良佐和马士英已经决策拥立福王朱由崧，他自知兵力不敌，立即摇身一变，加入了拥福的行列。
四镇中数高杰、黄得功兵力最强。其中高杰彪悍骁勇，最受史可法器重。史可法认为高杰的部队虽然纪律涣散，却是江北各军中战斗力最强的军队。
高杰、刘泽清是望风而逃的败将，本应受到朝廷的惩罚；黄得功、刘良佐在1644甲申年间也无“功”可录，只是由于他们以兵力作后盾使朱由崧得以如愿以偿登上皇帝的宝座，因此都成了定策功臣。弘光皇帝登基后，黄得功进封为靖南侯、高杰为兴平伯、刘泽清东平伯、刘良佐广昌伯；世守武昌的左良玉虽然没有参加定策，但他兵多将广，拥兵二十万，也进封为宁南侯。
四镇都拥有独立的财权和军权。各镇有权自行征税，所得收入不必上缴南京，还有权开荒、采矿和征收商税。各镇若能从农民军手中收复失地，则亦划归该镇管辖，并享有同样的财政、军事特权。一旦天下重新统一，四镇统帅将皆进爵为公，并子孙世袭。这样，四镇将领就成为实际上的割据势力。四镇总兵中立即有人开始通过控制盐商来经营盐业。他们还设立关卡，对过往的货物征收关税。
分封四镇之举在当时遭到严厉批评。明朝的将士，特别是曾在前线作战的将领，纷纷抱怨说，原来的叛贼因杀人劫掠而得封赏，他们反而一无所获。文职官员也群起反对。左都御史刘宗周从杭州上疏朝廷，请抑藩屏：“一重藩屏。刘泽清、高杰有寄家江南之说，尤而效之，又何诛焉。一慎爵赏，败逃之将而得封，谁当不封者？”
但此时军人专政已成定局，弘光帝也叹气说：“事已成，奈何？”南明之所以不像南宋还能偏安一百多年，其源全出于此。弘光政权一开始就是在内讧中粉墨登场，一年后又在内讧中崩溃瓦解。
『注：刘宗周是黄宗羲的老师，在不久后的党争中辞职。据《明史》载，高杰和刘泽清怀恨刘宗周曾经上疏请抑藩屏，派刺客去暗杀刘宗周，但据说当刺客面对这位年高德劭的老人时，竟慌得不知所措。』
因为四镇在出产和收入上的不均衡，加剧了将领之间的地方性对抗，四镇之间因而矛盾重重，勇于私斗，怯于公战。老百姓们也普遍鄙视南明军队，而黄得功的部