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李太清没有想到，他的一张状子很快震动了都察院。坐堂的御使把状子呈给了都御史，都御史一看这个案子不但牵扯的封疆大吏多，而且情节十分恶劣，不敢怠慢，立即与其他都御史共议处理办法。大家一致觉得，这份状纸干系重大，谁也不好轻率处理，应该火速送军机处，转呈皇帝御览御批。
嘉庆皇帝平日处理政务都在乾清宫，但今年春天来得早，仅仅三月中旬，天气已经热起来了，他嫌自己居住的乾清宫东暖阁空气流通不畅快，周围又没有花草树木，景致过于枯燥，就搬到西六宫前的养心殿去住。这里外邻军机处，接见臣工们比较方便，内贴永寿宫，离后妃们居住的地方也近，而且周围花树繁茂，空气新鲜，批阅奏折之暇，可以随时在那盛开的花树前，浏览一下那盎然的春意。这天早晨，他感到有些疲惫，本不想批阅奏折，可是当他走进放着御案的西间房时，看见在堆积如山的奏折中，急待批阅的却只有两件，就坐下来准备批阅完后再去御花园小息。谁知一坐下来，他就被都察院呈送的紧急奏折缠住了。
都察院奏报的正是李毓昌被害案，不知是都御史平日与江南督抚有矛盾，还是都察院对黄河赈济亏空事久有不满，这道奏折措辞十分激烈，建议皇帝亲自审理此案，以惩贪官污吏。嘉庆读罢，心头的怒火一下子就烧起来了，他对黄河水患本来就心有余悸，去年秋天，费尽心机筹款送到江苏，原为安定民心，换取个明君的声誉。当各部言官揭发江南克扣赈银时，他又亲自布署，令铁保选员查赈。年底，两江总督铁保，江南巡抚汪日章都递上了黄河水患已平的报折。他误以为自己的三令五申起了作用，黄河赈银都如数用了灾区。没想到竟然会有人到都察院状告江南官府通同舞弊，连自己信赖的铁保也被卷了进去。他更没想到一个小小的山阳县令，竟敢光天化日之下谋杀省派大员，并且居然受到上自督抚、下到府道的庇护，这样下去江南吏治如何整顿？象李毓昌这样的清正官吏哪里还有活路？他越想越气，不觉站起身来，把都察院的奏折狠狠地掷在案上。秉笔太监见皇帝突然震怒，慌忙跪倒，恳请“万岁息怒”，嘉庆虎着脸指着那封奏折问：“这道折子你可看过？”秉笔太监说：“奴才看过了，由于案情重大所以才放到了急办折内。”嘉庆恶狠狠地自语说：“江南官吏，个个该杀！”秉笔太监说：“奏折所言仅是山东李太清一个人的举发，究竟是虚是实尚未定论，万岁不必如此震怒。”嘉庆“啪”的一声，把手击在案上说：“此事如果不实，谅李太清一介布衣也不敢进京越衙上控，一个平头百姓一下子告到了封疆大吏的头上，他有几个脑袋？”秉笔太监被皇帝一喊，吓得再也不敢抬头了。
嘉庆重新坐到龙案上，把那份奏折反复看了三遍，又从奏折后取出了附录的李太清原状，认真披阅，对内中的细节进行了仔细推敲，他断定李毓昌的死一定大有文章。作为一个皇帝，嘉庆深知吏治不正对封建皇朝是一个多么大的危害。自登基以来，他也曾三令五申要吏部制定整顿吏治的章程。但各地方官吏的贪污受贿、营私舞弊情况却越来越严重，直至今天发生了布衣百姓冒死参告封疆大吏的怪事。如果对这件事都等闲视之，那么举国上下就不会有一块清白的地方了。嘉庆托着李太清的状子，开始考虑如何发落。按惯例这样的案子可以原件发回都察院，责成三法司（刑部、大理寺、都察院）会审，但是三法司掌印官员的官阶仅与两江总督相同，让他们秉公究查恐怕有困难。发到江苏省让他们自审呢？更为不妥，那样做的结果只能是告状者倒楣。看来，这个案子只有由自己亲自过问了。于是，他提笔在奏折上批道：“江南官府历来备弊成风，早该查究。山阳县李毓昌暴死案疑窦甚多，必有冤抑，亟须昭雪。李毓昌在县署赴席，何以回衙后遽尔轻生？王伸汉厚赠李太清，未必不因情节支离，欲借此结交讨好，希冀不生疑虑。李毓昌之仆李祥诸人，俱为厮役，王伸汉何以俱代为安置周妥？其中难保无知情、同谋、贿嘱、灭口情弊。黄河水患殃及数县，灾区官吏，不思与民解忧，反而层层克扣，亦属事实。朕屡降旨，派员查赈，孰料查赈委员竟遭暴卒，致使区区布衣京控督抚大员，案关职官身死不明，总应彻底根究，以其水落石出。”写罢又发了一道给山东巡抚吉纶的圣旨，责令他把李毓昌的尸体运到省城，详加检查，究清致死原因。圣旨发下后，他仍感到不放心，又降了一道急旨，着刑部、吏部会同把山阳知县王伸汉及有关人证调进京城，由军机大臣与刑部直接审讯。他特别强调李祥、顾祥、马连升是案中关键，务必不令其逃逸或自尽。待把这些圣旨拟好发出后，时间已经过了正午。春天的阳光，斜照在养心殿的窗棱上，把夏目的暑意送了进来，嘉庆感到一阵燥热，他叫过守在身边的秉笔太监说：“你去军机处传朕口谕，这个案子要尽速查清，朕当三日一催，五日一问，倘若断得有误，休怪朕的宝剑不留情面。”秉笔太监恭恭敬敬地记下了圣谕，出去传旨了。嘉庆又闷着头，生了一会儿闷气，这才起身往储秀宫走去。
山东巡抚吉纶，在两天以后就接到了京城以八百里加急形式送来的圣旨，这位在山东做了六年最高执政官的文人，竟有点不敢相信自己的眼睛。在他的经验里，日理万机的皇帝是不可能直接插手一个地方的案件的，何况告状的人仅仅是一个普通老百姓。但是皇帝的圣旨白纸黑字，如何能够怀疑？他暗暗想：“不知这个李太清花了多少钱才弄到了这样一道圣旨。”但他也不敢违旨，当天就派出了一队士兵，护送一位六品执事官，前往即墨押送李毓昌的灵柩，又亲自下令让按察使衙门选拔五名有经验的仵作，共同检验李毓昌的尸身。
三月二十四日，李毓昌的灵柩运到了省城济南。吉纶亲自监督验尸，无数胸中燃着怒火的山东人，从各地赶来观看，他们为自己的同乡无辜被害感到气愤，要亲自看看李毓昌是怎么死的。仵作班的领班是一位须发已经全白的老人，据说他在山东臬台衙门当了一辈子仵作，断过无数疑难案件，被人尊为“活神仙”。其余四名仵作也是从各府抽来的验尸能手，这些人稳稳地坐在棺木前的长凳上，似乎胸有成竹。卯时二刻，巡抚的大轿来到了。吉纶今天显得特别严肃，他传令百姓人等须在棺木三丈以外围观，不得向前拥挤。还告诫维护现场的军丁，只要百姓没有越过界限，不得用皮鞭乱抽乱打，然后稳步走向高擎着的一柄青龙华盖伞下，传令开始验尸。仵作们熟练地打开了棺材，发现尸身已经腐坏，只有骨殖尚且完整。细检各部骨殖，大部分已经变为黑色，惟独胸骨是暗黄色的。几位仵作似有难色，互相对视了一眼。老仵作却不慌不忙拿出一把铜尺来，在尸体头骨上量了几下，又用手扒开保存完好的头发，仔细察看，看罢指着头部对其他四人耳语了几句，那四位仵作连连点头。老仵作这才走到吉巡抚面前禀报：“回抚台大人，李毓昌遗骨已验毕。全骨骨骼青黑，系砒霜中毒所致。唯有胸骨暗黄，说明死者是在毒性尚未攻心前，即因它故死亡。查尸身、脖颈间依稀可辨布带紧勒之痕迹，可断为在服毒后尚未身死前又遭布带勒缠而死。据查山阳报呈的案卷，李毓昌是在房梁上自缢而死。然而《洗冤录》明载，凡自缢者血阴直入发际，今观尸体发际血阴不全，不像自缢而亡。显然是人死之后，被外人抱持悬挂在房梁之上。以此推断李毓昌之死绝非轻生自缢。”吉纶听罢，满意地点了点头，吩咐将尸骨暂用冰块镇起来，妥为保存，以待上宪复验。然后命仵作填好尸单，连同自己亲自主持验尸的经过一齐封装好，仍派八百里加急快马送往京城直呈皇帝御览。
就在吉纶顺利地验明李毓昌死因的同时，刑部派出提调王伸汉与其他人证的差官们却遇到了不少麻烦。提调王伸汉倒没费一点气功，到了山阳就将他拘禁了，但王伸汉的心腹仆人包祥却闻讯逃遁了。刑部缉查人员追到包祥的老家山西平遥县，没有发现踪迹，幸亏山阳县一位被废的教谕章家磷暗中指示，才在河南商丘东郊的一个小村镇中拿获了包祥。马连升的下落也十分难找，费了几备周折在河北省定县把他抓了起来。另外的两名仆人李祥、顾祥直到四月底才分别在长州和宝应县被找到拿获。以至于嘉庆皇帝两次降旨要惩处刑部那些办事不力的缉查差役。
李太清的这一状，不但惊动了京城、山东、河北，也惊动了江苏的大小官府，首先沉不住气的是两江总督铁保，他深悔自己一时轻率，照准了江苏巡抚的报贴。为了挽回损失，亲自下令到山阳县，把合衙差吏都拘禁起来，分头质询，希望能得出个像样的结论来。谁知拷来问去，折腾了一个多月，竟没有发现一点线索。江苏省巡抚汪日章见总督重新过问此案，也坐不住了，他本性就又懒惰又糊涂，不想从头查起，却把藩、臬二司找来询问。藩台杨护所能知道的，只有他的那位钓鱼幕僚告诉他的消息，待进一步追问时，那位幕僚竟不辞而别了，使杨藩台支支吾吾一句整话也说不出来。臬台胡克家收了王伸汉的贿赂，一口咬定他是根据淮安知府王毂的验尸单结案，并不知道内中的详情。及至找了王毂，王毂又把事情一股脑推在了王伸汉身上。等到汪巡抚要想直接找王伸汉商议对策时，王伸汉已被提调进京了，就这样，整个江苏省官府凡是沾了山阳凶案边的，没有一个不战战兢兢地等候着朝廷的最后决断。
嘉庆十四年从夏到秋，北京城里最引人注目的话题，就是山阳凶案。奉皇帝亲笔谕令，军机处派出三名军机大臣会同刑部，审询从各地押调进京的有关案犯及人证。王伸汉自知不管说不说实话，自己都免不了一死，所以横下一条心来，一口咬定李毓昌是自缢。及至会审大臣拿出李毓昌的骨殖来揭穿他的谎言后，他又一问三不知，把事情推了个一干二净。包祥、李祥、顾祥也是守口如瓶，尽管他们知道事情已经败露了，但谁也不肯说出实话来。因此，案子从春天审到夏天，竟没有一点进展。幸亏主审的军机大臣目光敏锐，他看出在所有人犯中，马连升是个最胆小的，就决定从马连升这里突破。一连五个通宵，连审带吓，连摆证据带拉拢劝慰，总算撬开了马连升的嘴，他把谋杀李毓昌的经过原原本本供了出来。审讯官员见他所说的与验尸结果完全一致，就以这个供辞为依据，分头对王伸汉等人加紧追问。在人证物证面前，几个罪大恶极的凶犯不得不投降了，分别招供了自己的所做所为。几个人的口供碰在一起，连细节都十分吻合。刑部觉得这个案子头绪已经清楚了，就将审理结果具折报给了嘉庆皇帝。
九月初，嘉庆同时接到刑部、两江总督和江苏巡抚的三道奏折，都是报告对李毓昌案件的侦审结果，但内容却大相径庭。刑部与军机处的会审结论，情节清楚，证据确凿，主犯王伸汉等人俱已画押，可谓真相大白，嘉庆不觉点头赞许。而两江总督的那份奏折，是以八百里加急送来的，打开一看，折上奏道：“万岁严旨缉查山阳凶案，臣窃思李毓昌暴死实为可疑，恐系王伸汉为掩饰克扣赈银之罪，在酒席宴中投毒，致使毓昌饮毒而亡。但几个月来，遍询当时同席之人，竟没有一人提出线索。臣又抓捕当日宴席之厨役人员，严加审讯，也无结果。故席间投毒之疑。可以摈弃，内中是否还有其他隐情，臣正留意缉查，待访得实信后再行禀报……”嘉庆读罢奏折，勃然大怒，大骂铁保昏愦胡涂已极，省中发生如此大案，竟然毫不觉察，乃至案情已然真情大白，还在那里痴人说梦，欺蒙上聪。大骂之后犹不解气，提起朱笔来批道：“铁保身为封疆大吏，昏愦无能，如痴如盲，着将铁保即刻就地革职，发往乌鲁木齐效力赎罪，旨到即行，勿庸申辩。”发落了铁保以后，他又拿过了�