袁世凯于3月31日任命黄兴为南京留守，仍总辖南方各军。留守府成立后，其组织和人事情况如下：
总参谋长：李书城，秘书长：陈凤光，军务处长：张孝准，参谋处长：欧觐文，政务处长：马良，副官处长：徐少秋，总务处长：何成浚，军械处长：曾昭文，军需处长：徐桂亭。
留守府统辖的各单位及其主管是：
军官学校校长：金永炎，入伍生总队长：沈靖，四路要塞司令官：官成鲲，宪兵司令：茅迺封，军需学校校长：刘文藻，测量局局长：章焕祺，金陵机器局局长：宾步程，巡警总监：吴忠信，南京府知府：方潜。
4月14日袁世凯颁布《南京留守条例》，留守府直隶大总统，有维持南方各军和南京方面的责任。成立留守府的主要目的，在整编和裁撤南方各军，同时又须顾及和保全革命实力。当时南京驻军的番号，共有七个军，26个师、51个旅。号称30万人，但编制不一，名号各异，情形非常复杂。一个师的兵力有1000人的，有几百人的，师长们均自认对革命有功，日日奔走留守府，索饷索械，甚至使用手段勾引他师营连长来归，下级干部遂致朝秦幕楚，以士兵为个人资本。
黄兴在留守任内编组了一支模范军“第八师”，欲以这支部队为革命基干。第八师由赵恒惕所部和广西巡防军合并改组而成，本拟派赵恒惕为师长，因为需要敷衍北方，所以改派冯国璋的女婿陈之骥为第八师师长。
参谋总长一职黄兴既坚决不就，袁又欲以之予南京卫戍司令徐绍祯。徐是个好好先生，也表示不就。袁乃请副总统黎元洪兼任，黎虽答应，却不肯离开武昌，于是黎便在武昌遥领副总统和参谋总长。陈宦则以参谋次长职代行参谋总长职务。
5月1日，参议院改选议长，选吴景濂为正议长，汤化龙为副议长。2日，唐绍仪总理率领内阁各部总长列席参议院，报告自己的政见。
唐绍仪以阁揆身份首先致词，他说：内阁将遵照袁大总统的施政原则——建议从稳健入手，措置以实事为归。今后施政将分别缓急先后，第一是军民分治；第二是裁兵，简练精兵；第三清朝与各国所签订的条约，均将切实遵守；第四改良法律，建立独立的司法制度；第五普及教育；第六统一币制，整顿金融；第七振兴实业，发展交通。
海军总长刘冠雄第二个致词，他认为海军急务有四，均需款办理，一为海军常年经费及推广学校，多派留学生，每年约需320余万元；二为新旧各船操演费，每年约需200余万元；三为已定内外各厂巡船、炮船、鱼雷船尚需我付价款1000万元；四为养船费每年130万元。
陆军总长段祺瑞致词时说：政府统一后，应筹军民分治之计划，一为精简军队以恢复地方秩序，由于武昌起义后各省自行召募，军队林立，较原有增多几达一倍，必需解散；二为拟制定军官为终身职；三为培植陆军人才，调查军官资格，分别其条件以派往东洋或西洋；四为制定征兵制度；五为设立兵工制造厂；六为设立被服厂；七为改良马政。
农林总长宋教仁致词说：农林政策应循渐进政策，十年树木正是这个意思。农业纯为生产事业，当以增加生产力为要着，增加土地之生产力有三途：一为垦荒地；二为修林政；三为兴水利。此外则设立农业金融、教育机关，以助长生产力。
司法总长王宠惠致词时说：整顿司法有五项步骤，一为实行司法独立，免除行政干涉；二为培养司法人才，遍处设置裁判传习所，以训练独立的司法官；三为励行辩护制度，既可牵制法官，且可代人民诉讼；四为采取陪审制度以昭公平；五为改良监狱。
教育总长蔡元培致词，他首先提出教育方针，分普通教育在于养成国民健全人格，和专门教育在于培养专门人才；二为教育设施亦为普通教育与专门教育；三为划定中央教育行政权限；四为教育经费之规定；五为分析京师教育现状；六为对海外留学生的计划。
交通总长施肇基致词时说：交通情况因兵事影响，组织多未完全，损失极为重大。当兹民国初建，所有路、电、邮、航四政，急应通盘筹划，现拟分为三个步骤，一是恢复秩序，二是改革弊政，三是统一进行。〃奇〃书〃网…Q'i's'u'u'。'C'o'm〃
代理工商总长王正廷致词，他说工商是全国的命脉，振兴工商办法：一驱除工商的障碍；二保护现有的工商。
民国成立后的政府主要的问题在于财政，所以财政总长熊希龄在参议院的致词是一篇重要资料。他分析当时的财政情况，同时说明如何整顿财政的办法。
他说：清朝末年的财政已濒临破产，民国成立，因各省宣告独立，致财政更形分裂。当前财政的特色，是只有支出全无收入，而支出的费用则全赖举借外债，实在是非常危险的情况。关于财政亏竭情形，可分为两端：
（甲）民国纪元以前的财政：（一）岁入不敷5400余万两；（二）追加筹备经费银2400万两；（三）新外债息款银1000余万两。以上三项合共不敷8800万两。
（乙）民国纪元以后的财政：（一）临时筹办经费约银11000余万两（内分外债2080万两，南北补发军饷1920万两，恩恤6000万两，建设1000万两）。（二）常年不敷经费，约银17052万两（内分岁入减收5000万两，军费增加3000万两，内债息款252万两，旧额不敷8800万两）。以上两项合共不敷28052万两。
由于整个情况如此，使得在财政上度支奇绌，在经济上则金融窘迫，因此财政部只好审度时势缓急轻重，以决定办法的先后，共订八策：一为减军费。由于民国成立前各省独立，支出均以军费为大宗，所以应解中央款项均为截留，故首务在节减军费；二为成立国家银行，以期金融复活，工商振兴；三为开铸通用银元，废去生银习惯；四为改良税则以均国民负担，尤应先改田赋及印花所得税，但需假以时日，契税及酒税则可速办；五为筹划盐烟专卖；六为划分国家税和地方税；七为制订会计法规，以期出纳之确当；八为整理公债以保盐民之信用。
从熊希龄在参议院的报告，可以看出民国成立初期财政的困难和严重情形。世界上没有这么奇怪的政府，要全靠举外债来应付支出的。
5月3日袁世凯批准教育总长蔡元培的建议，将京师大学堂改称北京大学校，大学堂总监改为大学校长，任命严复为首任北京大学校长。京师大学堂的前身是官书局，官书局的前身是京师强学会。
5月6日总统府秘书长梁士诒把已濒停业的交通银行增资复业。交行本为梁所创办，后来被盛宣怀所排挤而脱离，现在梁是袁的大红人，所以收回交行，自任总理。5月27日改组大清银行（光绪三十三年成立，官商股各一半）为中国银行，并定为民国政府的中央银行，任命吴鼎昌为中国银行监督。
5月7日袁任命魏宸组为国务院秘书长，张国淦为铨叙局长，冯自由为临时稽勋局长。
5月18日袁令改大理院正卿为大理院院长，任命许世英担任。
卅六、袁唐分手
唐绍仪虽然是袁世凯的老朋友，但他受到北洋系军人的排挤，前面已经提到过。自唐正式就任内阁总理后，很有意依照《约法》规定，成为责任内阁，这一来更给反唐的人一个借口，乃愈发在袁面前攻击唐，说唐挟革命党以自重，有独树一帜之意。唐也听到了这种闲言闲语，但以为袁大约不会被这种没有见识的人所蒙蔽。可是有一天唐在袁面前说出自己一些对政策的看法时，袁忽然很不耐烦地说：“少川，我已经老了，你就来做总统吧！”这突如其来的话，使得唐大吃一惊，才明白袁的确已对他有了芥蒂。
唐想实践责任内阁的愿望，首先便被内务总长赵秉钧所破坏。赵从来不出席国务院会议，他凡遇重大问题都直接向袁表示，根本不把总理放在眼内，而内务部也像一个不属于内阁而直接承总统命令的一个部了。除了内务部外，财政总长熊希龄也遇事制肘唐绍仪。
这要从财政困难说起，民国成立时最艰苦的，莫过于财政问题，仅北京一地，每月需款就达350万元。每月25日发饷时，当局中人一个个如热锅蚂蚁。在那350万元支出中，收入只有长芦每月解款10万，北方数省每月各解二三十万，合共不到80万元。至于全面支出方面：外交部217958元，内务部308950．162元，财政部5105954．732元，教育部112710．618元，陆军部4534350．92元，海军部232538．82元，司法部66250元，农林部46070元，工商部13700元，交通部41379．59元，合共需10679862．842元。加上每月积欠，以及拖欠应还未还外债，这个刚刚呱呱落地的中华民国，被债务已压得气也喘不过来了。
清朝末年列强曾组成了一个四国银团，统一和垄断了中国的借款，这个银团是英美德法四国组成的，其后日俄两国也参加。中国有识之士一直想打破这个财团的独占性，唐绍仪组阁时就决心要冲破这个“蛛网” ，于是他径行向比国财团签约借1000万镑（南京临时参议院只核准借500万镑）。这个借款合同签订后，四国银团大哗，一方面施外交压力对袁政府，一方面用种种手段胁迫比国，使这个借款合同流产。脆弱的北京政府怎经得起这种国际压力，因此唐绍仪面对银行团的抗议，一方面表示歉意，一方面应承取消向比国借债合同。同时在民国元年5月3日与英美德法日五国银团会议借款，银团方面提出两项约束，就是所有借款的支付需由银团监督：（一）每月预算先列表，经外国顾问官核准才能给付；（二）所有军队遣散，须在北京设一陆军协会，由外国武官会同商定办法，在武昌、南京各重要处所执行遣散，并由外国武官会同监督。每一兵缴械后即发支票一纸，自往银行取款。唐绍仪认为这两项办法有损中国主权，当场拒绝，结果借款会议遂不欢而散。唐于会后召集国务院会议，报告经过，主张放弃借外债，自行强迫公债，找1000个中国富翁各买1万元公债，如此一举便有1000万元了。蔡元培则认为革命士兵可以晓以大义，不必付款即可解散。宋教仁则认为当前情势非借款不可，只好委曲求全。其他国务员多同意宋主张，于是商定一个转圜办法，由财政总长熊希龄自行担负从头磋商的责任，并由袁世凯先约银行团作为给银行团面子，然后才由熊出面。唐对此颇抱悲观，熊认为不妨一式，同时计划整顿盐政，预计每年可以增加8000万两，以此应付外债，足有余裕，甚至可由洋人派一盐政顾问以资监督。
熊希龄独任借款的交涉后，中国借款问题便先后在伦敦和巴黎先由银行团谈原则，最后获得结果是六国银团对中国大借款，条件如下：（一）大借款总额为六万万两；（二）六万万两分五年陆续支出；（三）大借款以汇丰（英）、德华（德）、道胜（俄）、汇理（法）、正金（日本）、花旗（美）六家银行为代表；（四）借款用途之监督以五银行之权限行之；（五）对于作抵之盐税，当以现在之关税制度整理盐政，并代为征收盐税。
当中国和六国银团正在洽商大借款时，中国政府于6月20日函银行团，希望先垫付300万作为紧急支付。六国银行本不欲先处理枝节问题，但中国方面坚持要先解决小额垫款，于是由英美德法四国承允垫借300万，不过这300万两垫款开支时，须照监视开支暂时垫款章程办理。其章程是：（一）在财政部附近设立核计处，用核计员二人，一人由银行团任用给薪，一人由中国政府任用给薪。（二）凡向银行团提款拨款之一切支票，须经该核计员签押。（三）中国财政部应将各项支付用途，预具说帖，送交银行团核允，此项说帖先须经由参议院核准之后，同时刊登官报。每次开支时财政部备具应有详细清单说帖等类送交核计员，以资查核。该核计员查对无误，应即照章签字支单，不得再问。（四）每次开支款项，均须具详细领款凭单，按照新式簿记法办理。此项凭单财政部须编订存留，以备核计员在核计处稽核。（五）关于各省发给军饷及遣散军队费用，须由该地方军政府备三联清单，由中央政府委派高等军官，及该地方关税司会同签押，并须予该军官、税司以调查应需之便利。此项签押之四联清单，一份存该省都督府，一份存陆军部，其余一份与领款凭单一同送交北京财政部，再由该部遂交核计处稽核。（六）预备支付之款应由税务司存储，为节省汇费起见，由中央政府令地方税务司得由海关收入项下拨款，但须该核计员等由暂时垫款项下，照所拨关税数目支出，汇存上海总税司存款项下。（七）如在北京及其附近发放军饷，或遣散部队，由中央政府派一高等�