广东人民曾经受过桂系军阀的蹂躏，对桂军很有恶感，对滇军也没有好感。广东军人一向具有地方主义的排外性，滇桂军这次驱逐陈炯明后，竟以新的统治者自居，广州人为之侧目。同时陈炯明早就散布了种种流言，说是“客军入境，广东亡省”。现在滇桂军所作所为正证明了陈炯明的话，因此广东军人就有“救省”的口号。
1月18日粤军第一第三两师由江门调回省城，召集海珠会议，公推魏邦平为广东讨贼联军总司令。19日魏邦平宣布就职，这是粤军团结御外，对抗客军的一次行动。
于是，粤军驻扎河南，滇桂军驻扎河北，形成了划河为界的相持状态。有人把这种情况向上海的孙中山报告，孙针对这种情况，打算第一步把滇桂军调出广州，第二步帮助滇军回滇，桂军回桂，湘军回湘。湘军是指驻扎西江的洪兆麟、尹骥等所统率的陈炯明旧部，他们虽然打着粤军旗帜，但是湘籍将领有一个师长和九个司令，两部兵士也以湖南人为最多。
粤军的团结和流露出强烈的排外性，引起了滇桂军的严重反感。1月22日沈鸿英部的李易松公然派兵进攻观音山，收缴了由邹鲁指挥的讨贼粤军第一路司令谭启秀的枪械。这一行动当然又激起了全体粤军的公忿，主客军互相敌视的情形更为严重。
沈鸿英有督理广东的野心，而传闻北京也有要发表沈为广东督理之命，所以沈部一入广州即盘据官署，占取税收，图谋不轨。同时向滇军煽惑，宣称魏邦平联合粤军，不日即将解散滇桂军，所以滇桂军必需要联合一致对付粤军，诱擒魏邦平。
滇军初抵广州，一切生疏，遂中了沈鸿英之计。
沈鸿英向杨希闵游说，杨竟被说动，于是用杨希闵、刘震寰的名义，于1月26日在江防司令部杨如轩的旅部，邀请在广州各军将领举行军事会议，讨论地方善后及分配防务问题。参加的人有省长胡汉民、特派员邹鲁，还有卫戍司令魏邦平、海防司令陈策等。李烈钧洞烛机先，仅派代表参加，一面于江防屠布防，预为防范。杨希闵称病派参谋长夏声代表出席。沈鸿英和他的部将李易标、刘达庆、黄鸿猷、陈天太等都携带枪械和卫队，在江防司令部四周密布步哨。开会时，刘震寰任主席。李易标诘问魏邦平：“陈炯明已走，为什么又有粤军讨贼总司令部之设立？是不是以滇桂军为贼？”魏邦平解释说不是，可是不能令滇桂军将领满意。魏邦平这时想把题目转换一下，建议各军停止开放赌禁，并将所占机关房屋和商店民房腾让出来。于是李易标忿然说：“我们是为了维持军队伙食，才抽收赌捐的。”接着他痛骂魏邦平是个反复无常、朝三暮四的小人，广东每次政变他都东倒西倒，指责魏没有发言资格，李的话才说完，沈鸿英就把枪拿出来，搁在会议桌上，大声说：“今天的会议，有不接受我意见的，我就请他尝试这家伙。”接着麦胜广和刘达庆跃起而擒魏邦平，从后握其两手，陈天太和沈部卫队即发枪示威，分向胡汉民、刘震寰、邹鲁猛击，一时秩序大乱。胡汉民在混乱中从楼梯上跳下，胡的两名卫士为流弹击毙，邹鲁避入杨如轩旅长的卧室，杨如轩正伏地避弹，刘震寰逃入后座，陈策则跳楼受伤。
滇军将领这时才知上了沈鸿英的当，原来沈想一网打尽，杀害胡、邹、刘、陈等人，不是当初所说只除魏邦平一人，于是杨希闵乃命杨如轩和夏声出而保护，亲送胡、邹等出险，魏邦平则留在杨希闵军中。
沈鸿英一计不逞，再施二计。他预料胡当晚必回大沙头寓所，乃密令旧官纸局所驻部队，预备机枪准备截杀，晚8时有一辆旁立卫队的汽车从东堤驶来，沈部即开枪轰击，结果却杀错了人，原来是沈部的军长刘达庆和参谋长黄鸿猷被误杀，胡汉民车在后，闻警乃驶回沙面，寄寓日本领事馆。
由于江防之变，广州陷入暴乱，胡汉民等无法执行权力，遂于1月27日乘卢山丸往香港，邓泽如、邹鲁、林直勉同行。沈鸿英派他的第二军军长古日光兼任广州市公安局长，李易标则派兵收缴警察枪械。
杨希闵、沈鸿英联名宣布魏邦平罪状，指魏勾结陈炯明，要魏的第三师缴械解散作为释放魏的条件，魏亲笔函劝第三师师长郑泽琦、公安局长吴飞不得进行抵抗。第三师将枪械缴与滇军，但是魏仍未获释。
二○三、孙中山回粤就任大元帅
孙中山并不反对北京政府的和平统一计划，不过他的主张比张绍曾的有内容，而且实际。孙于12年1月26日在上海莫利爱路私宅招待各报记者，发表和平统一宣言，主张裁兵救国，这个通电发出后，立刻得到黎元洪、张绍曾、段祺瑞、张作霖、卢永祥等的赞成。
孙本拟于1月27日由上海启程赴广州，因于26日晚获悉江防事变，乃临时中止启程。
江防事变后，刘震寰率领所部移驻石龙，粤军集中江门，程潜也在江门主持广州外围军事。朱培德部滇军开抵梧州，许崇智的东路讨贼军由福建回师广东。广州虽然还在滇、桂军控制之下，可是杨希闵的态度已逐渐和沈鸿英分离。因此，从2月4日起，沈的态度也有了转变，除发表宣言“援粤任务告终，应请孙、岑二老迅速回粤主持”外，又派郑士瞻到上海迎接孙中山回粤，并请胡汉民回省主持政务。同时咨请滇军接收市内防务，部队开往北江，他所委派的行政人员也纷纷退职。这才使广州情势逐渐恢复正常。
2月6日，英、美、日三国领事联袂赴农林试验场把魏邦平接了出来，魏已在那儿住了十天。魏恢复自由后，于8日前往香港休息，胡汉民则于9日由香港回到广州。
胡汉民抵广州的第二天，向上海孙中山处电告军情，略谓：
“据确报，陈逆在港会议：一、预计兵力，洪兆麟廿营在潮、汕，钟景棠十二营在梅县，陈炯光十四营在五华、兴宁，林虎五千人在兴宁，黄凤纶三营在蕉岭，翁式亮九营由揭阳开往梅县，杨坤如一千五百人在老隆，除某部外，均归林虎指挥。二、饷项由洪筹措，不足由林逆补之，闻潮、汕开赌，每日可得万余元。三、许军迫，则健部退入江西。四、与沈决裂时反攻省城。五、陈逆现在陈席儒家。七日蔡成勋有代表二人到，商对付闽粤办法。六、马育航在南京来电云得齐燮元助款云云，以上须注意，已电闽。”
沈鸿英派郑士瞻到上海谒见孙中山，表示服从命令，孙中山复书谕以大义，略云：
“国家之事须正当办法，乃能得正当解决。绝非挟私任术，好逞阴谋，与民治之道背驰者所能胜。中间或能侥幸，得一二胜利，结果亦终归于败，可以断言，此古今中外之成事具在，可资考证者也。”
孙这时在上海强化国民党党本部，制定“中国国民党中央干部会议规则”，并组织党本部军事委员会，以柏文蔚、吕超、黄大伟、蒋作宾、蒋中正、顾忠琛、朱霁青、路孝忱、叶荃、吴介璋、朱一鸣、吴忠信、熊秉坤为军事委员。
12年2月15日孙中山偕谭延辏А⒀钍啊⑿焐荑宓扔缮虾６恚�17日抵香港即下榻杨西岩寓。
18日孙在香港发表蒋中正为大本营参谋长，并电催来粤，电云：
“介石兄鉴：顷阅兄与沧白、湘芹兄函，甚慰。展、季二兄现时均有重要职务，须暂留沪及赴浙、奉，此间须兄助至切，万请速来勿延，并已发表兄参谋长，军事枢机，不可一日无人也。”
20日孙中山在杨西岩宅对香港的工商领袖演讲“裁兵筑路”，略云：为实践裁兵宣言起见，当从广东裁兵始，或谓广东若裁兵，他省来攻奈何？则应之以兵不贵多而贵精，苟广东有10万兵，将其裁去一半，余一半之精兵，当能卫省及保护地方有余。至所裁之兵用以筑路，则全省道路自通，地方自然发展，则兵之工价虽厚于兵饷亦无妨，而兵亦甘于筑路而不愿当兵也。
21日，孙由香港抵广州，先至省长公署，接见各界欢迎代表后，即找邓泽如来，询问林树巍、林直勉、陆志云三人现在何处？邓答林树巍和陆志云在高州，林直勉已往香港，孙即嘱拍电，叫他们即日返穗。原来这三人是在陈炯明叛变时追随孙蒙难的侍从人员。
为了接待孙中山，滇军让出农林试验场为大元师府，孙自己改称大元帅，不再回任总统。
孙中山这次回粤，不再提护法二字，同时把所有军事力量改称为讨贼军，这是一大转变。由于直系军阀为了消灭南方护法的借口，唱出了恢复法统，同时恢复旧国会，实际上参加这个旧国会的议员都是热中名利投机钻营的政客。所谓的国会已经成为军阀的工具和摇旗呐喊的应声虫，因此以护法为目的的民主革命并不符合全国人民的愿望。此刻的目标应该是针对阻碍民国进步的南北各省军阀。孙中山回粤后不恢复总统名义而改称大元帅，同时宣布进入讨贼时期，这所谓的“贼”，就是反对民主、自私自利的各省军阀。因此讨贼时期就是反对军阀时期。而讨贼的意义更广泛，对象更实际，同时也正是千千万万中国人民的愿望。
大元帅府设立后，任命胡汉民为大本营总参议，与孙洪伊、汪兆铭、徐谦驻上海，廖仲恺为财政部长，邓泽如为建设部长，谭延辏谡砍ぃ槌辔饨徊砍ぃ庞Ψ椅ㄖ凭殖ぃ跫臀奈蠹凭殖ぃ炫嗟挛尉ぃ钍拔厥槌ぃ衷期胛鹂庵魅危焐荑逦愣〕ぁ�
12年2月23日大元帅命令：
“桂军总司令沈鸿英着将所率全部移驻肇庆，所遗北江一带防地，着滇军总司令杨希闵迅即派队接防，西路讨贼军总司令刘震寰所部，着驻石门、东莞、虎门各地；东路讨贼军第四师长石春荣所部移驻罗定等地，此外各部队，就现在地点驻扎，自经此规定后，各部军队非奉本大元帅命令，不得擅自移动，致滋纷扰。”
李烈钧于1月奉命自港回粤后，即转赴潮汕等地收抚陈炯明部洪兆麟、尹骥、李云复诸悍将，打通了闽粤交通。同时收编尹骥、李云复、翁式亮、赖世璜、苏世安五师以待命。
李在汕头有电给孙中山云：
“此间情况日来甚有进步，以师长尹骥、赖世璜为主干，极便运用联络。现计划将全力离开潮梅，而凶寇方面进行详情，确定续报。需用开动作战费数十万元，恳电港沪筹助。”
孙批示云：“筹款不易，港商亦必畏缩，然当尽力去做。沪上潮商或有望，着潮汕各官联名发电来潮州会馆，请各潮商协力。”
3月17日任命李烈钧为闽赣边防督办，令与许崇智调防。李奉到命令即率部赴闽，以潮梅交许崇智接防。这时厦门闽军总司令臧致平颇持两端，李烈钧晓以大义，片言折服，臧遂以礼相待，并时加接济。
大本营成立后，孙中山首先致力于裁兵工作。先调查各军实数，限于3月20日前，将该军营数和驻扎地点，造具军官姓名、履历及兵士名册，呈报大元帅府，由大元帅派员分赴各军驻在地，逐一点验，倘有虚额不准再招，而老弱无枪支者，则一律裁汰。
3月20日孙中山发表“裁兵之重要与处置方法。”
孙此番回粤，对内布置情形已如前述，对外方面则力求西南各省步调一致，几经磋商，乃与唐继尧、刘成勋、熊成武、赵恒惕、谭延辏А⒘跸允赖任髂狭煨淞ǖ纾娑晕髂鲜本种饧诔疲�
“我西南各省，决以推诚相见，共议图存，弃前事之小嫌，开新元之结合。分灾恤患，载之简书，外间内谗，一切勿受。兵为防守，不为争夺，虽折冲疆场，为义兴师，而终不背和平主旨。其他各省有被直系蹂躏，颇同心敌忾者，文等为之敬执鞭弭，所不辞也。”
3月22日任命赵士北为大理院长。26日派谢持为全权代表，执行中国国民党本部党务事宜。28日沈鸿英电称遵照大元帅命令，移防西江，设司令部于肇庆。29日任命杨希闵为中央直辖滇军总司令，刘震寰为中央直辖西路讨贼军总司令。
4月3日把陆海军大元帅府由农林试验场迁至水泥厂。
蒋中正被任为大本营参谋长，时在上海，曾电许崇智，主张先破沈鸿英以防其引北军入粤。果然沈鸿英以移防西江为名，将所部集中新街、韶关等处，召开秘密军事会议，欲与北京勾结，遂其督粤迷梦。
二○四、南北之间
孙中山主张先裁兵再谋全国统一的计划，曾获黎元洪、张绍曾、段祺瑞、张作霖、卢永祥等的赞成。不过张绍曾认为裁兵问题必须召集全国性的军事会议才能解决，所以他仍主张先召开“国事协议会”解决统一问题。黎、张两人本来打算派代表到上海与孙商讨实现和平统一的具体办法，不料12年1月26日广州发生了沈鸿英的江防事变，张绍曾错误地认为孙中山在南方已没有实力，已经无足轻重，因此所派代表临时中止出发。
同一时间，曹锟和吴佩孚一再催�