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此次战事，皖方以新锐的武器与陈旧之直军相争，正如以石投卵，决无败理。岂知有石而不能用，则卵虽软弱，亦可淋漓尽致，使你无能为力。可知无将兵之才，虽有坚甲利兵，亦是徒然。此次皖方之败，即由于此。
合肥自败讯到来，即蛰居府学胡同寓邸。上呈自劾，请将一切官职勋位荣典一概褫革，听候处分，一人负责实践独自负责诺言。此老倔强负责，却为可佩。但在北方之皖系军队，从此完结，北洋军队，从此解体，不幸言中，不胜感叹。
是役也，论者谓又铮所拟作战计划，颇合军事原理，而仍失败，以为不照他计划而行之也。余不知军事，又未见又铮计划，不敢置一辞。惟以愚见所及，为客观之评论。段香岩本称宿将，又是老辈，不免倚老卖老，自负轻敌，以为奉军何堪一击，直军更无论矣。他狃于复辟之役，不察情势之不同，甚至在车中打牌，由北京制造馒头，送到军前。他料此次军事，指日可胜，判断错误，此其一。曲同丰、陈文运。虽系日本士官出身，曲是山东老粗，勇而无谋。陈则无军人气，只知趋承，未战先怯，绝少住宿兵营，已背官不离兵，兵不离官之原则，更谈不到与士卒同甘苦，何能当指挥之任，此其二。边防与西北两军，成军不久，训练不足，下士虽经讲武堂训练，均未经过战事，指挥未如意，兵士不能人自为战，此其三。边防军以马子贞（马良号）一师训练最好，调驻山东，不及调回，致后备无军可援，此其四。吴光新被扣留于武昌，影响军心很大，此其五。此次因重奉轻直，故以徐又铮当东路。假使以又铮西北军当西路，先击败直军，则奉军亦不致先入关援曹。又铮东路已将入天津，实为西路所累也。我曾于开战前问坂西利八郎顾问，他是参战军顾问。以这次战事之预测，他说边防军训练不足，指挥官及下士都没有战争经验，用以作战，未免过早。这支军队只能服从命令，不能人自为战，全靠指挥官之如何了。真是一语破的。”
以上是亲历目睹这场战争的报导。
段祺瑞迭接败耗，不料他数年心血，竟毁于一旦，三天的考验才知道皖系的军队如此“不经一战”。他是一个刚强的军人，这时真想自戕，幸左右监护严密，劝他不必寻短见，因为直军虽已开火，成为敌人，究竟还有同袍之谊，是不会过分的。于是他把靳云鹏找来，靳这时见到老段，也不知用什么话安慰他，段只是简单地说：“事已至此，你和他们还可以谈话，赶快去和他们商讨停战吧，条件方面我没有什么意见，只希望不要把战争带进北京城。”
靳云鹏从府学胡同段公馆出来，就去找傅良佐，请他去天津跑一趟，代表靳自己向直军求和。傅到了天津径赴直隶省长公署求见省长曹锐，曹锐没有见他，也不准他离开，他便被囚于省长公署。
北京城内紧张万分，前线军队狼狈退下。段祺瑞没有办法，只好亲自去见徐世昌，请徐下一道停战令，免得北京城不可收拾。徐世昌待段辞出后，望着他的背影，冷笑说：“早知今日，何必当初呢？”
当天，徐世昌颁下停战令云：
“前以各路军队因彼此误会，致有移调情事，当经明令一律退驻原防，共维大局。乃据近日报告，战事迄未中止，群情惶惧，百业萧条，嗟我黎民，何以堪此？况时方盛暑，各将十躬冒锋镝，尤属可悯。应责成各路将领，迅饬前方，各守防线，停止进攻，听候命令解决，用副本大总统再三调和之至意，此令！”
十九日，段有通电引咎辞职，电云：
“保定曹经略使、天津曹省长、盛京张巡阅使、南京李督军、南昌陈督军、武昌王巡阅使、开封赵督军、归化蔡都统、宁夏马护军使同鉴：顷奉主座电谕：‘近日叠接外交团警告，以京师侨民林立，生命财产极关紧要，战事如再延长，危险宁堪言状？应令双方即日停战，速饬前方各守界线，停止进攻，听候明令解决’等因，祺瑞当即分饬前方将士，一律停止进攻在案。查祺瑞此次编制定国军，防护京师，盖以振纲饬纪，并非黩武穷兵，乃因德薄能鲜，措置未宜，致召外人责言，上劳主座之廑念。抚衷内疚，良深悚惶！查当日即经陈明，设有贻误，自负其责。现在亟应沥陈自劾，用解愆尤，业已呈请主座，准将督办边防事务，管理将军府事宜各本职，暨陆军上将本官，即予罢免；并将历奉奖授之勋位勋章，一律撤销，定国军名义，亦于即日解除，以谢国人。谨先电闻。”
在这个电报中，他故意漏去直军最重要的一个人吴佩孚，可以见到段对吴咬牙切齿之恨。
段在皖军战败后，由团河回到府学胡同，既不逃天津，也不奔租界。
皖系之败，不只在东西两战场上，其他各处也是败讯频传。山东德州本被皖军马良攻入，守将商德全退走，嗣由奉军往援，夺回德州。信阳方面皖军赵德龙与河南旅长李奎元激战，赵亦败北。察哈尔都统王廷祯响应曹吴，率军入驻康庄，在居庸关方面与皖军一战，皖军大败。
一七一、惩办祸首处理善后
直皖两系从冯国璋入京接任总统后即开始冷战，前后历时三年，这也是北洋军阀统治期间一个特色——冷战期长，热战期短。直皖冷战了三年，可是打仗不过三四天。尤其怪异的，是两系的阵容并不鲜明，真正敌对的，在皖系方面是段祺瑞和徐树铮可指挥的边防军，在直系方面则是曹锟和吴佩孚所统率的直军。其他各省的两系军人都按兵不动，坐观成败。
边防军战败，第一个倒台的是段祺瑞。段的失败给徐世昌带来一个美丽的幻想，段未倒前，徐有如芒刺在背，现在太上政府既垮，他是北洋的元老，自然可以做北洋派的真正领袖了。徐世昌是大家公认的老狐狸，他有他的打算，他想在直奉两系之间保持一个均衡，同时希望其他各省的军阀也保持原有地盘和地位，以与直奉两系造成鼎足而三之势，互相牵制，这样他就可以成为一个有职有权的总统了。所以他希望直奉军都不要开进北京城来，至于战争完了的后事如——惩办祸首、撤销边防军、改组内阁等等，最好由战胜一方提出具体意见，由他——大总统统一办理，他主张对段宽大，不为己甚，只要解除了兵权，就可自由安居，且应予以相当的优遇，至于皖系和安福分子，除了少数首要外，也尽量少予株连。
徐的宽大主张颇得张作霖的赞同，奉张和皖系并没有血海深仇，不必赶尽杀绝，更微妙的是他乘此机会如能收集皖系的残余，岂不是壮大了自己，所以他的态度非常缓和。曹锟主张惩办一切与事实有关的皖系政客和安福系分子，不过他为了保持和奉系的友好，因此尽可能将就张作霖。可是吴佩孚则主张彻底要肃清安福分子，查抄祸首的财产充作善后经费，解散安福国会，幽禁段祺瑞于汤山。
直皖战争虽然18日已经结束，可是直到23日直奉两军的先头部队才开到北京，24日大队人马开到，分别接管了南北苑兵房。
7月23日北京政府特派王怀庆督办近畿军队收束事宜。24日准免财政总长李思浩、司法总长朱深、交通总长曾毓隽职。派田文烈兼署交通总长，财政、司法两部则由次长代理部务。又准免京畿卫戍司令段芝贵职。26日令撤销曹锟、吴佩孚等处分。批准京师警察总监吴炳湘辞职，派殷鸿寿继任。28日准督办边防事务兼管理将军府事务段祺瑞辞职。令裁撤督办边防事务处。令撤销西北军名义。29日派昭武上将军、热河都统姜桂题兼管将军府事务。
皖系战败后的主戏是直系要求惩办祸首，直系的祸首名单始终未曾公布，据闻名单内有曹汝霖、陆宗舆二人，因为这两位是经手向日本借款的人，陆宗舆在直皖开战前还垫付了定国军（段军）一笔军费。可是曹、陆两人的名字在徐世昌笔下删除了。
江苏督军李纯也电请加入王揖唐祸首之一，湖北督军王占元也请求把吴光新加入，徐世昌认为这两个人都不在北京，没有直接参加战争，应当另案办理。
7月29日北京政府下令通缉祸首，令文如下：
“国家大法，所以范围庶类，缅规干纪，邦有常刑。此次徐树铮等称兵畿辅，贻害闾阎。推原祸始，特因所属西北边防军队，有令交陆军部接收办理，始而蓄意把持，抗不交出。继而煽动军队，遽启兵端，甚至胁迫建威上将军段祺瑞，别立定国军名义，擅调队伍，占用军地军械，逾越法轨，咨逞私图。曾毓隽、段芝贵等，互结党援，同恶相济，或参预密谋，躬亲兵事；或多方勾结，图扰公安，并有滥用职权，侵挪国帑情事，自非从严惩办，何以伸国法而昭炯戒？徐树铮、曾毓隽、段芝贵、丁士源、朱深、王郅隆、梁鸿志、姚震、李思浩、姚国桢等，着分别褫夺官职勋位勋章，由步军统领京师警察厅一体严缉，务获依法讯办。其政治交通等部款项，应责成该部切实彻查，呈候核夺。国家虽存宽大，而似此情罪显著，法律具在，断不能为之曲宥也，此令。”
奉军入京后曾到安福俱乐部去进行搜查，8月4日徐世昌下令解散安福俱乐部，不承认安福系为政党而认为是一个构乱机关。但又声明：
“除已有明令拿办诸人外，其余该部党员，苟非确有附乱证据者，概予免究。其各省区设有该部支部者，一律解散。”
这道命令引起曹锟、吴佩孚和长江三督的严重不满，于是徐世昌乃于8月7日补发命令：
一、“据江苏督军李纯电呈：王揖唐遣派党徒，携带金钱，勾煽江苏军警及缉私各营。并收买会匪，携带危险物，散布扬州镇江省城一带，以图扰乱，均有确凿证据，请拿交法庭惩办等语。王揖唐经派充总代表职务，至为重要，乃竟勾煽军警，多方图乱，实属大干法纪，除已由国务院撤销总代表外，着即褫夺军官，暨所得勋位勋章，由京外各军民长官饬属一体严缉务获，依法惩办，此令。”
二、“前以安福俱乐部为构乱机关，业有令实行解散，所有籍隶该俱乐部之方枢、光云锦、康士铎、郑万瞻、臧荫松、张宣或多方勾煽，赞助奸谋，或淆乱是非，潜图不逞，均属附乱有据，着分别褫夺官职勋章，一律严缉，务获惩办。其余该部党员，均查照前令，免予深究，务各濯磨砥砺，咸与维新。此令。”
“祸首”呢？中国俗话说：成则为王，败则为寇。皖系失败了，气焰煊天的徐树铮也落得如丧家之犬，逃到东交民巷。通缉的十大祸首中，除了财政总长李思浩单独逃往苏俄道胜银行外，全都是躲到东交民巷日本军营内。直奉两系都要求北京政府交涉引渡，当时外交团中英美法三国公使是帮助直系的，主张驱逐罪魁，可是日本和意大利公使则持异议，所以东交民巷中只有英、美、法三国公使馆通饬所属侨民不准容留中国男子，如有容留限即迁出。北京外交部向各国公使馆行文索交祸首，日本公使馆竟坦白承认收容了十祸首中的九位，其复文云：
“徐树铮、曾毓隽、段芝贵、丁士源、朱深、王郅隆、梁鸿志、姚震、姚国桢等九人，咸来本使馆恳求保护，本公使鉴于国际上之通义，及中国几多往例，以为事情不得已而予以承认，决定对于此等诸氏，加以保护。刻将此等诸氏，悉收容公使护卫队营内，并严重戒告，在收容所内�