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余自公府辞出后，即见合肥，告以已代为权允病愈后往谒面谈。并递上河间致项城手函。合肥看罢，即掷之于地曰：
“冯华甫本来是狗，现在看来，简直连狗不如！”
我说既已权允病愈往见，则不能称病到底，事先应有准备才好。合肥曰：“又铮来过，亦为此事担心，汝可找又铮共商。”
我找到又铮，出示冯函，又铮曰：“我们还是抓定自己的原则，即第一：不论直接间接，积极消极，均反对帝制到底。第二：欲项城中途取消称帝野心，据张季老相告，已完全失望。所以合肥还是始终称病不见为上。”我反驳曰：“不见固佳，但不能称病到底。”又铮思之有顷，忽拍案叫曰：“得矣，我可派人扬言于梁燕孙、杨皙子辈：‘只要合肥愿见项城，项城可答允合肥一切要求，所谓要求，包括人事调整’云云。彼辈一闻此言，恐被指名调整，必多方设法以缓项城与合肥之见面，则吾人可从容坐视其变。”
余每暗服徐之勇迈而兼有雅量。因一再相约曰：“一切如君所论，但请从速进行。”
果然，此后多日，项城不再召我，又铮之谋告成矣。
忽一夕梁燕孙过访……曰：“顷间项城相告，谓据足下转陈，合肥已允病愈往谒。果能如此，何事不可商量。第一，冯华甫即不敢再如目前之作壁上观，而将一切责任推诸合肥身上。第二，东南西南各省督使，对我方必立刻改变观念，而有所顾虑，以共寻求缓冲之道。则项城做不做皇帝，均得有时间从长计议。……”我答曰：“合肥已决定病愈往谒，但项城左右，恐非每个人都如阁下想法。……合肥个性，阁下所知，决不可供群小玩弄。”梁氏云：“足下之言是也，容将此意往陈项城，得其了解，再来就商。”
梁去后，余即往告又铮，徐曰：“有我徐某在，决不令此獠猖獗祸国也。”
我问曰：“君谓南皮项城，是半豪杰，作何解？”徐曰：“南皮一生，以骂人起家。项城一生，以骗人起家。非豪杰不敢以骂人，非豪杰不足以骗人。然真豪杰，则既不骂人，更不骗人。今南皮与项城一骂人，一骗人，吾故曰半豪杰也。豪杰而曰半者，其他一半，属屠沽故也。”徐氏述毕，关于梁燕孙与我晤谈之应付，又铮毅然曰：“我料梁氏旨在窥探吾人意向，暂时决不会怂恿项城召见阁下。因我所做工夫重点，即在投彼辈所好，可使项城一时更不图见合肥，请君高枕看我好谋。”我深信又铮之能，遂亦置之。
项城欲与合肥见面，终因又铮窥破项城左右意图，略施拖延小计。不久蔡松坡云南起义，项城亦势成骑虎，不能登其大宝。
某夕。又铮过访，谓项城又有请合肥复出相维之意，幸为其左右所阻。继又曰：“只要我们能消极到底，军事方面，久持必生变，虽倒河倾海，亦无能为力。”河海云者，指河间与东海也。又铮只坚持此一策略，以成合肥再造共和之局，合肥亦能动心忍性，以增益其所不能。
又铮最重视者，为项城将来如何收场，合肥又如何出而善后，我们为其左右者之如何预筹也。又铮之中心主张，为佛头上着不得一点粪。无论项城以何种名义授合肥，纵使实际上授以全部军权，亦不能接受。一接受，则头上着粪，永远难洗。反之，纵使空虚到委蛇伴食，予以间曹，也当拒绝。不拒绝，头上又着到粪了。故吾人不能轻易授人以口实。则项城之败，敌人不一定能收全功，而我们则操胜算之一半。后来事实演变，一如其所料。虽以东海之善于操纵，河间之亟思染指，而北洋军权，始终控制于合肥手上者，胥又铮此一坚决主张，为奠定其基。
当袁氏取消帝制，手令东海，请合肥同筹善后，一切请合肥处理，惟不能再用徐树铮。合肥一开此言，大怒曰：“事到如今，尚一点不放松。我宁不干，我又如何能干！”
曾氏又云：“大徐最怕小徐，但有时亦爱小徐，且想利用小徐，而小徐终其身，只接受其怕，不接受其爱，更谈不到利用。而合肥则不然，能使小徐终其身不见其爱，只见其信任。不见其怕，更不见其利用。信任矣，爱何加焉。利用矣，怕必随之。然则大徐之智出合肥下矣。”
黎元洪就职总统后，任命段祺瑞为国务总理，这是段的第三次组阁。段组阁时有一个老问题，就是要任命徐树铮为国务院秘书长，黎也是坚决不同意的，段把这意思请张国淦向黎去讲，袁死前段亦是请张国淦向袁要求派徐为秘书长而被拒。张知道黎也不会同意，可是又不能不讲，才向黎一提，黎就沉下脸来说：“请你告诉总理，一万件事我都依从他，就这一件我办不到。”张不好把这话对段讲，就去请教徐世昌，徐怕黎、段两人因此闹僵，乃亲自去见黎说：“我以为你一万件事都可以不依从他，这一件非依从他不可，不要怕又铮跋扈，芝泉已经够跋扈的了，多一个跋扈也差不了多少。”徐世昌的话一点也没有错，在当时的情势，段有没有徐树铮都是一样，他的眼中根本就没有黎元洪。
当黎同意徐树铮为国务院秘书长时，有一个保留条件，就是规定国务院秘书长来见总统陈事时，须先知会总统府秘书长一同入见。这个规定也是令人不解的，原来黎做总统后，段从不以总理身份去见总统，而是由国务院秘书长前往。徐树铮见黎时也并不尊敬，黎有时问起某一件公务时，他总是这么说：“现在是责任内阁制，有总理负责，总统不必多问。”
小徐有才气但任性，段能倚信小徐，实在很难得，可是小徐的缺点是跋扈，很难与人共事，像张国淦这样能够忍让的人，亦无法和小徐相处，竟于8月1日辞职，由丁世峄继任。丁鉴于张的失败，所以采取不让步态度对小徐，并提出府院办事手续草案，建议：“大总统得出席阁议发表意见，但不得参加表决；大总统对国务自由行使其职权。如用人不同意，得拒绝盖印。阁员应随时向总统面商要政，国务会议前须将议事日程陈报，会议后须将议事纪录呈阅。”
黎自丁世峄入幕后，声势一振，其左右如哈汉章、金永炎、黎澍、蒋作宾等，亦附和丁的建议。段一怒而请假不视事，赖徐世昌等调和，段才稍稍让步，于八月廿六日手谕徐树铮：“本院呈请大总统核阅文件，应责成该秘书长躬自递呈，用印后赍回，无论风雨黑夜，不得假手他人，以昭慎重而免差异。”又呈报黎：“逐日文件，均由树铮躬递。该员伉直自爱，不屑妄语，其于面对时，凡有声明为祺瑞之言者，祺瑞概负全责。”对有关府院权限问题，亦议定折衷办法，即
（一）国务会议议事日程先期呈阅，事后送呈议事纪录；
（二）国务会议散会后，推国务员一人入府报告议决事项；
（三）每星期五，国务员齐集总统府会商政务。举行聚餐；
（四）总统对国务会议议决案如有认为不合者，得命总理及主管阁员说明其理由，如仍认为不合，得交复议一次；
（五）未经国务会议议决之命令，总统得拒绝盖印。府院职权因此明确划分。
徐树铮不只和总统府秘书长对立，在国务会议中也引起了极大的麻烦。在第一次阁议中，内务总长孙洪伊就和徐树铮吵了起来。照法理讲，国务院秘书长只能列席内阁会议，并无发言权，那次阁议中，讨论到广东李烈钧和龙济光的纠纷，徐主张电令闽、粤、湘、赣四省会剿李烈钧，孙主张去电和解，其他阁员皆赞成孙的主张，不过为了段的面子，没有制止小徐发言，小徐竟于阁议后，将会剿李烈钧的电报拍发，待四省复电国务院，阁员们才知其事，孙洪伊遂在阁议席上指责小徐，小徐也反唇相讥，两人几乎拍桌吵闹，而段却有左袒小徐的意思。
总统和国务院职权划分后，国务院大权几全集中于徐树铮之手，不止孙洪伊不满，其他阁员也不满意，不久发生了任命郭宗熙为吉林省长和查办福建省长胡瑞森案，遂使内阁的火药气氛接近爆炸。这两案都是徐树铮擅行决定，得段同意办理，既未经阁议审查，又没有主管内务总长副署，徐即以国务院名义径行咨复国会。孙洪伊认为小徐眼中完全没有内务总长，段也不尊重自己，乃当面质问段：凡与各省民政长及有关的问题，内务总长是否无权过问？院秘书长是否有权擅自处理？段无言回答，只说了一句：“又铮荒唐。”吩咐把胡瑞森一案的咨文追回，可是国会已经印发了出去，无法追回，孙乃于八月三十日愤而辞职。段一面派许世英致意慰留，一面调整内阁办事程序五点：（一）凡答复议会之质问书，须由主管部起草；（二）颁布命令须由国务员副署；（三）院令须经国务会议通过；（四）阁议通过者，秘书不得擅改；（五）各项法令非经总理及主管部总长副署，不得发出。黎闻知此事，乃于十月一日召见孙，面予恳留。
不久，孙以裁汰内务部员司，为被汰人员祝书元等28人借口不合文官任免休职条件，控拆于平政院，平政院决定受理，限孙五日内提出答复。孙认为平政院是袁所设，其本身地位有问题，因而置之不理。10月7日平政院认为内务部非法，任免令一律取消，由院呈请大总统下令执行。孙则力斥平政院非法设立，不在民元《约法》内。双方争执甚为激烈，孙认为这是徐树铮幕后策划出来的。
孙和总统府秘书长丁世峄同为国会中的韬园系，这一系在国会中颇有力量，所以孙亦有恃无恐，与丁联合对抗小徐。丁对小徐处处防范抵制，不似张国淦那么随和，因此遂使当时政治空气紧张。
10月18日，徐树铮忽然手持“孙洪伊着即免职”的命令请黎盖印，黎为之骇然，坚决不肯盖印。此后，徐一连到公府催促四次，最后一次公然很不礼貌地说：“总统不盖印，就只能不准伯兰（孙）出席国务会议”！此时，黎一肚子的火大喝一声：“你说的是一句什么话”！徐冷冷地回答说：“这是总理说的”。
这次政潮的范围非常之广。国会议员王玉树等提出对政府的质问案，认为要罢免一个总长，应该由国会提出弹劾，而不能准许国务总理独断独行。孙洪伊本人则认为“国务员对总统应负联带责任，内阁可以总辞，不能单独免一个阁员的职。”
10月24日，很少到公府来的段忽然来到了公府，亲自请黎在免孙的命令上盖印。黎仍然拒绝。段乃气势汹汹地说：“总统不肯免孙伯兰的职，就请免我的职吧”！黎被他这一将军抵挡不住，便又无可奈何地说：“可以让伯兰自动辞职，免职令还是不下的好”。但是孙洪伊表示除非总统下令免职，自己决不自动辞职。
10月27日，黎请参谋总长王士珍与孙同到公府来商量这个问题。王士珍劝孙让步，以一个专使的名义出洋考察，不开去内务总长的职，由次长代理部务，以便和缓政潮。孙表示不愿出洋。
国会中韬园派议员吕复、褚辅成等提出了弹劾院秘书长徐树铮案，并且还拟进一步弹劾国务总理段祺瑞。徐看见问题闹大了，不免情虚胆怯，便表示“只要伯兰辞去内务总长，维持总理的威信，可以调任为全国水利总裁，或者外放省长”。孙表示：“什么官我都不要，只要维持我的人格”。段听了孙不辞职，不出洋，不外调的话，不禁怒冲冲地说：“好，我们大家都辞职，让孙洪伊一个人去干”！
一方面表示决不辞职，一方面表示不把他逐出内阁就不能维持总理的威信，可是如果维持了总理的威信，势必又会影响到总统的威信，这个问题纠缠不清，始终找不出一个适当的解决办法来。于是黎的策士主张电召“隐居”卫辉的徐世昌到北京组织内阁以代段。他们认为，段的政治资本是北洋派，而徐世昌在北洋派中的资望远在段之上，并且张勋对徐抱有特殊好感，因此以徐代段不会引起严重后果。黎也觉得傀儡总统和盖印机器做得太