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就在慈禧太后、肃顺八大臣以及恭亲王奕？三方明争暗斗、形成三足鼎立之势时，肃顺心腹幕僚王辏г诵葱鸥八胨嗨沉郑氏婢氡本柚勾褥蟮拇沽碧Ｔ砻娑哉夥庑琶挥凶鞒龌赜Γ谛奈幢孛挥写笃鸩ɡ健�
就在这个时候，慈禧太后主动联合恭亲王奕？，在北京发动了辛酉政变，抢先逮捕以肃顺为首的八名顾命大臣。慈禧太后本想以贪污罪置肃顺于死地，不过抄家时才发现肃顺各处家产加起来不到二十万，连恭亲王奕？的十五分之一都不到，最后不得不定了个“假传圣旨”的罪名。八名顾命大臣中，肃顺处刑最重，被立即押赴菜市口斩首，怡亲王载垣和郑亲王端华被迫自尽，其余人则被革职。咸丰十一年（1861）十一月初一，慈禧太后与慈安太后在养心殿正式垂帘听政。由于慈安太后性情“和易少思虑”，不愿多问朝政，朝廷大权遂落入慈禧太后一人之手。自此，这个少年丧父、青年丧夫的女人正式登上了中国的历史舞台。在之后长达四十七年的政治生涯中，她还将经历中年丧子、晚年丧国的不幸。
墙倒众人推，肃顺败亡后，僧格林沁趁机将第二次鸦片战争期间天津的败绩诿过于肃顺。曾国藩对此十分不满，慨叹说：“天下无真是非。”以他阴冷虚矫的性格，加上为人之谨慎，出此言语十分罕见，可见他对肃顺并非如传说中那样没有任何感情。
［咸丰十年（1860），英法两国政府为了在中国掠夺更多的特权，开始积极筹备侵华战争。当年春天，英法两军陆续开到中国。六月中旬，英法联军舰队两次在天津大沽口外集结。当时，清朝负责天津一带防务的为科尔沁亲王僧格林沁。僧格林沁将全部重兵布置在大沽，在北塘一带只埋设了一些地雷，没有布置任何防务。此情况被先期到达渤海湾刺探清军情的俄使伊格纳切夫得知后，密报给英法联军。于是英法联军决定自北塘登陆，再抄袭大沽炮台后路。六月十五日，英法联军顺利登陆北塘，没有遇到任何抵抗，大沽炮台立即陷于腹背受敌的境地。七月初三，英法联军开始进攻大沽口。镇守北岸炮台的清直隶提督乐善率守台将士顽强抵抗后，全部壮烈殉国，北炮台最终陷落。驻守南炮台的僧格林沁见大势已去，率部撤往天津。直隶总督恒福在英军的威胁下，将南炮台及全部军火物资拱手交给英法联军，自己也逃回天津。僧格林沁撤回天津后，认为天津“较之大沽，不啻天渊”，更难扼守，于是将天津炮台大炮拆下，连夜运回北京，小炮及绿营官兵则撤至通州。此举相当于将天津拱手让给了英法联军。七月初八日，英法联军入驻天津，因与清廷谈判无结果，又继续向北京逼进。咸丰皇帝一面派人与英法联军议和，一面令僧格林沁在河西务一带防堵。谈判破裂的当日，僧格林沁兵败，通州失陷，英法联军继续向西推进。八月初八，咸丰皇帝自圆明园逃往热河。八月二十一日，英法联军抵达北京城下，负责防卫的僧格林沁不战自溃，退往西郊圆明园。英法联军尾追不舍，于次日占领圆明园。在进行大肆抢掠后，侵略者放火焚烧了这座世界名园。］
慈禧太后垂帘听政后，不遗余力地铲除肃顺党羽，对肃顺一手扶持的曾国藩自然也没有什么好印象，不过当时湘军势大，清廷又需依赖湘军剿灭太平天国，是以慈禧一直对曾国藩和颜悦色，除了示好笼络外，别无他法可想。
慈禧太后派人抄肃顺的家时，发现了一个大箱子，里面装的是全国各地官员与肃顺的往来书信，各省督、抚、将军、都统等地方政要无不在其中，却偏偏没有曾国藩的。之前肃顺当权时，幕府中有著名的“湖南六子”，其中的王辏г烁怯朐磺榉饲场６嗨场捌饺沼胱吞嘎郏Ｐ恼墼恼ㄔ┲读俊薄Ｕ庋桓霰凰嗨尘９以谧毂叩娜耍疵挥幸环馔吹氖樾牛馐窍嗟笨删刹赖模舴巧钅痹堵恰⑿幕畛林耍炎龅健Ｋ淙辉纱税谕蚜擞胨嗨车牡撑蠊细鹣右桑湫募朴朐都抟筛么褥蠊⒐⒂诨场⒆⒉话病：罄创褥蟮髟街绷ァ⑴陕硇玛莸搅浇硐值闷炔患按褪遣话驳拿髦ぁ�
除此之外，清朝自立国以来，便严格防止汉人掌握实权。后来虽然不得已重用曾国藩等汉人官员，清朝显贵心底深处却依旧是汉人只可利用、不可重用，只可使用、不可信用的观点。尤其是对坐大一方的曾国藩，其人有野心独步天下的谣言不绝于耳，怎么能令慈禧太后睡得安稳？正因为她费尽了心机，好不容易才将曾国藩这条潜龙从两江的深海中捞出，搁置到了直隶的浅滩上，但现在又要重新放龙入深海，这又是什么道理？
马新贻遇刺的消息传到北京时，慈禧太后刚刚丧母，正处于悲痛之中，身体也不是很好，政事由恭亲王奕？处理。奕？与慈禧当时正处在面和心不和的时期，他也知道马新贻是慈禧心腹，负有追查太平天国宝藏的秘密使命，因而不敢多说马新贻一案，只是提议让曾国藩回任两江总督。
［慈禧太后姓叶赫那拉氏，小名兰儿，最初以秀女身份入选进宫。她父亲长年在南方为官，那拉氏自幼随父亲生长在南方，擅长唱南方小曲，由此得到咸丰皇帝宠幸。咸丰五年（1855），时为懿嫔的那拉氏“遇喜”（即怀孕），咸丰皇帝欣喜若狂，破例下旨允许那拉氏之母入宫。那拉氏之母入宫照看孕中之女开了清代宫廷先例，后来更被写进《钦定宫中现行则例》中《遇喜》一条：“内庭位有生母者，许进内照顾。”］
以奕？的才干和眼光，自然一眼就看出了事情的关键——他知道被裁湘军流落在两江，多有不法之事，而马新贻赴任两江后认真办事，得罪了一大批湘系的人。马新贻之遇刺，湘军决计脱不了干系。以两江眼下的局面，只有曾国藩回任，才能镇抚得住。
当时曾国藩正在天津处理教案，对洋人卑躬屈膝，杀害中国无辜良民取媚外国，身败名裂，被国人称为“卖国贼”，已经到了千夫所指、众口唾骂的地步。就连一向以出了曾国藩为傲的湖南同乡也将京师虎坊桥长郡会馆、教子胡同湖南会馆等处由曾国藩所题的匾额砸烂焚毁，把凡有“曾国藩”之名者尽数刮掉，以此来表示对其人卖国的鄙夷和唾弃。
［自咸丰十年（1860）《北京条约》签订后，法国天主教传教士在天津望海楼设立了教堂。这种靠侵略强行进入的外来事物，在很长时间内都为有良知的中国人所抵制。尤其是教堂长期以来不断强占民田，拐骗人口，声名很差，更加引发了民众的怨恨。同治九年（1870）五月，设置在教堂附近的育婴堂突然离奇死了三四十名婴孩，教堂偷偷外运尸体时被民众发现，引发了轩然大波。与此同时，天津不断有用迷药拐骗幼童的事情发生，传说与教堂有关。五月二十一日，拐骗犯武兰珍在用下有迷药的红薯糖诱骗幼童时，被民众当场抓获。武兰珍被扭送到天津知府衙门，知府张光藻本不想问案，但见民众群情激奋，不敢不接，只好当众讯问武兰珍及一干证人。武兰珍供出了迷药来自天主教民王三，所拐骗的幼童均交给了育婴堂，王三付给报酬洋银五元。又有亲眼看见死婴尸体的证人说尸体胸膛尽开，心肝俱无，眼珠也被挖去。张光藻怀疑有人借机煽动民心，造谣闹事，但还是同意去找洋人对证。随后，天津知府张光藻与天津道周家勋联名向法国育婴堂发出照会，让他们交出罪犯王三，但是遭到了拒绝。五月二十三日，张光藻、周家勋带着武兰珍和人证来到育婴堂对质。结果，育婴堂里没有王三这个人，武兰珍在法国传教士及教民的指责下也说不出所以然来。张光藻和周家勋只好当场向法国人赔礼道歉，讪讪而退。官府退走后，民众依旧愤愤不平，与教士发生了口角，继而演变成互殴。法国领事馆离教堂不远，领事丰大业（Victor Fontanier Henri）闻讯后勃然大怒，立即要求三口通商大臣崇厚派兵镇压。崇厚不愿意事态扩大，装模作样地派了几名官弁应付了事。丰大业十分不满，带着秘书西蒙（Simon）闯入崇厚的衙门，向崇厚开枪恫吓，幸好没有射中。回去的路上，丰大业刚好遇上闻讯赶来的天津知县刘杰一行。暴怒下的丰大业二话不说，拔枪就射，结果打死了刘杰的随从高升。周围的民众怒不可遏，一拥而上，当场将丰大业及西蒙打死，接着鸣锣聚众，焚毁法国教堂、育婴堂、领事署及英、美教堂，先后打死二十名外国人。这就是天津教案。事件发生后，法、英、美、俄、德、比、西等七国联衔向清廷提出抗议，并调集军舰到天津、烟台一带，进行战争威胁。清廷先是派直隶总督曾国藩赴天津“查办”，又改派李鸿章会同办理。曾国藩、李鸿章判处中国民众二十人死刑，缓刑四人，二十五人充军，天津知府张光藻、知县刘杰也被革职遣戍，向外国赔款白银四十九万两，并派崇厚为钦差大臣赴法国赔礼道歉。］
其实，曾国藩之前主持平定太平天国时，就曾在日记中相继记载了其处理洋务时的主张：“此前英法联军进入北京，不伤毁我宗庙社稷，眼下在上海、宁波等处帮助我大清王朝攻打太平军和捻军。二者皆有德于我。中国不宜忘其大德而计较小怨。”在他看来，英法联军打入北京烧杀抢掠，仅仅因为没有推翻清廷，就是大德。而一系列丧权辱国不平等条约的签订，不过是小怨而已。
在这样的思想原则指导下，曾国藩与外国人打交道时腰杆子就没直过，天津教案只不过是他主张的一个小小体现而已。不幸的是，国人终于在这次教案中看清了他的嘴脸，他本人靠平定太平天国积累起来的声名，最终在这次教案中毁于一旦。
更令曾国藩忧心的是，天津教案其实是因谣言和起哄产生的暴力冲突，之所以闹得一发不可收拾，是因为有直隶提督陈国瑞在其中挑拨离间、造谣生事，因而这件事还不仅仅是中国与法国之间的外交纠纷这么简单。陈国瑞当时正受醇亲王奕（道光皇帝第七子，光绪皇帝生父，福晋为慈禧亲妹）宠信，风头极劲。台湾著名史学家吴相湘（湖南常德人，于2007年病逝于美国，享年九十五岁）在其著作《晚清宫廷实纪》中指出：天津教案实为醇亲王奕指使与曾国藩素有积怨的陈国瑞所为。自蒙古亲王僧格林沁为捻军杀死后，八旗子弟自动集中在醇亲王周围，意图恢复昔日八旗劲师雄风，与湘军、淮军抗衡。醇亲王甚至还与僧格林沁的儿子布颜纳谟诂结成了儿女亲家。醇亲王策划天津教案的主要目的，就是要打击曾国藩（直隶总督兼任北洋大臣，须常驻天津办理洋务）。而醇亲王背后的支持者，自然就是他的妻姐慈禧太后。
［陈国瑞，湖北应城人。少年时曾被太平军掳为童子军，后改投湘军将领黄开榜，被黄收为义子，因骁勇善战、性嗜杀，成为轰动一时的勇将。陈国瑞有一句名言说：“战要战得稳，追要追得狠，退要退得紧。”后加入僧格林沁部，极得信任，与僧王情若父子。僧格林沁被捻军杀死后，身负重伤的陈国瑞本已侥幸逃脱，闻讯后又冒死潜回，找到僧格林沁的尸体背上，昼伏夜行，七天后才回到军营，在当时传为佳话，因而“僧战死，从将多获罪，国瑞以骁勇独留军”（吴相湘：《近代名人小传》）。不过陈国瑞为人桀骜不驯，喜鸦片，好美色，加上自恃功高，自僧格林沁外，罕听节制，且不约束部下，时常与友军争夺军饷枪械，与曾国藩、李鸿章、左宗棠等人多有冲突，因而总被这些重臣刻意压制。后来他出钱助修黄鹤楼，拟一对联道：“黄鹤飞来复飞去，白云可杀不可留。”时人均不解“白云”之意。陈国瑞自己解释说：“君未读唐诗乎？‘总为浮云能蔽日，长安不见使人愁。’浮云比安禄山，非其可杀者乎？”（清王之春：《椒生随笔》）有一种说法，陈国瑞笔下的“白云”即是指曾国藩，以致一度传出他酒后持剑追杀曾国藩的故事。事见清人吴光耀所著《华峰庚戌文钞》。吴光耀为湖北人，与陈国瑞同乡，曾在�