恭亲王奕？出面，力荐马新贻接任两江总督兼南洋通商大臣，理由是：“马新贻精明强干，操守亦好。他在安徽服官多年，对两江地方最熟悉。剿捻的大功告成，淮军裁遣回籍，非得要马新贻这样的人，才能把那些骄兵悍将妥为安置。”原两江总督曾国藩则调任直隶总督。
当时的八大总督中，以直隶总督地位最尊，其次是两江总督。但论实权，两江总督却要排在第一。而直隶总督虽位列各地总督之首，但地近京畿，上有朝廷，下有顺天府尹，位尊而权轻。加上同时兼任北洋大臣，须常驻天津办理洋务，并不是一桩轻松的好差事。
马新贻升官速度快得匪夷所思，在不到两年的时间内就由二品官升到了疆臣中最有实力的两江总督，实在令人吃惊。当时他才四十七岁，是最年轻的总督。这其中，固然有马新贻自己个人才干的因素，但可遇不可求的机遇远比才华更为重要。当时，太平天国已经平定，曾国藩兄弟名盖天下，但流言也与功名一样多。多年以来，中外纷传曾国藩有谋取帝位的野心。清朝因曾国藩军功封其为一等侯时，曾国藩幼女曾纪芬说，曾家人听到后都说：“侯爵太细。”意思是嫌侯爵的官职太小，不满之情溢于言表。曾国藩势大如猛虎，让这样一个人在江南坐大，真是让慈禧太后坐卧不宁，因此考虑将曾国藩调离江宁成为必然的选择。只是由马新贻来接任两江总督，不仅天下人惊讶，整个湘军系统的人惊讶，曾国藩惊讶，就连马新贻自己也相当惊讶。朝野对此议论颇多，舆论普遍认为马新贻资历尚浅，德不高望不重，让他接替曾国藩的两江总督，太过破格。
在曾国藩接到调任直隶总督的谕旨前，马新贻早已知道自己即将接任两江总督。他的心情，应该是且喜且忧：喜的是他现在是大清朝最让人眼红的大红人，以朝廷心腹的身份当上了两江总督，受圣眷之隆，一时无二；忧的是两江素来是湘军的地盘，他们在那里经营了多年，岂能轻易让给他这个外人？
同治七年（1868）五月十六日，时任闽浙总督的马新贻从杭州坐轮船到达天津，次日到达北京。应该是这个时候，他已经知道慈禧太后的心意。五月二十六日，马新贻被召进宫中，很久才出来，出来时大汗淋漓，神态极为反常。这之后，他突然请了二十天假，回到山东菏泽老家探亲扫墓。离家时，马新贻突然将二位兄长和儿子召到身边，秘密嘱咐说：“我此去吉凶难料，万一有什么不测，千万不要到京告状。一定要忍气吞声，方能自保。”
此时，正式任命他为两江总督的谕旨尚未下达，他却已经在交代身后事，难免令家人大为吃惊。这也就是马新贻临死前交代儿子马毓桢“别忘了当日为父在菏泽交代你们的话”的由来。
显然，马新贻在一开始就已经预料到：他孑然一身赴江宁，既没有自己的军事力量，还需完成朝廷交代的公开和秘密的双重使命，无异于孤身入龙潭虎穴。但是，他不想就此服输。
未到江宁前，马新贻曾致信给曾国藩，商议交卸等公事。曾国藩除了按礼节回信外，还给马新贻送去“巡捕郑兴仪一员，戈什哈四名，聊供驱使”。尚未交接，便送去几名保镖，这份见面礼，着实耐人寻味。在这之前，天下人盛传将来继任曾国藩两江总督的人选是其弟曾国荃，就连曾国荃自己也一直认为总督是自己囊中之物。也许曾国藩也如同李鸿章那样，担心马新贻“威望过轻”，湘军由此愤愤不平，“长江从此多故”？
［曾国藩有一幕僚名邵顺国，邵之妹夫名郑兴仪，一向被曾国藩尊称为“郑世兄”，似乎私人关系非同一般。未及考证曾国藩所送巡捕即是此人。］
当年九月二十日，马新贻到达江宁。九月二十六日，曾国藩向马新贻交卸关防印信。这期间，江苏巡抚丁日昌和湖广总督李鸿章先后赶到南京，面见曾国藩。曾国藩为此奏请“会商公事，暂缓启程”。
十一月初四，曾国藩终于乘船离开江宁，据说“金陵士民焚香酌酒以饯送者，填咽街巷”。如此情形，想来马新贻心中也不是个滋味。
马新贻到两江上任后，立即着手为百姓做了一些好事，比如奏请以宽免钱粮来劝垦招领江南荒废田地，使得编民早得复业。这些措施确实为他赢得了一定民心，他一度很受鼓舞，又提出了“应办最要者六条”，即：培养民生以筹办善后；修筑运堤以宣防河务；清查官亏以讲求吏治；选择将才以整顿绿营；酌留水师以联络江防；恪守条约以办理洋务。当然，他自己心中最清楚，这六条中，“清查官亏以讲求吏治”、“选择将才以整顿绿营”、“酌留水师以联络江防”三条，其实都是有计划地针对湘军的。
为了有效地制衡湘军，马新贻还与手中握有淮军的李鸿章暗中结成了联盟。当时，湘军和淮军的军饷主要来源于两江地区，李鸿章为了保留自己的淮军精锐，主动向马新贻求助军饷。马新贻爽快地答应了，大大增加了淮军的军饷，此长彼消，湘军的军饷自然被相应的削减。如此一来，不提马新贻所谓追查太平天国宝藏下落的秘密使命，单是此一项，便是公然得罪了曾国藩和湘军。军饷减少涉及最切身的利益，湘军中大大小小的人物无不因此对马新贻切齿痛恨，甚至包括那些已经退伍的湘军。湘军戾气本重，最终形成了湘军暗斗马新贻和淮军的局面。淮军尚有旧情可念，马新贻则是有怨无恩，首当其冲。
然而，尽管马新贻采取了种种措施来抑制湘军，但他很快就发现他自己确实是过于乐观了。湘军势力根深蒂固，从军队到后勤自成体系，地方割据局面已经形成，别说他马新贻，就是中央朝廷也绝难撼动。虽然他与李鸿章的淮军暗中结盟，但依旧不过是以军饷的利益为纽带，并非牢不可破。实际上，以李鸿章的性格，马新贻真要出了事情，第一个跑的准保就是李鸿章自己。换句话说，老谋深算的李鸿章其实也是在利用马新贻来对付湘军，只不过他在暗，马新贻在明而已。
在没有有力同盟者和支援者的情况下，马新贻上任两江总督两年多徒劳无功就很正常了。他诸多对付湘军的手段并无任何成效，唯一的结果就是造成了他本人与湘军——尤其是与湘军的嫡系和精锐长江水师——嫌隙越来越深。天津教案发生后，曾国藩处理教案不力而身败名裂——传说天津教案本身就是朝中有人有意针对曾国藩——湘军为此愤愤不平，开始在两江滋事。而天津教案还引发了外交冲突，外国列强以军舰聚集于天津和烟台，对清廷进行武力恐吓。在战争一触即发的情况下，清廷急令马新贻调长江水师布防。本来就有心惹是生非的长江水师自然不肯听从调遣，多有阳奉阴违的事情发生，矛盾和冲突开始表面化了。
所以，不到一个月后，当刺客一刀刺中马新贻的时候，他感到这是他早已经预料到的结局，才大叫了一声：“扎着了！”
不过，刀扎中的不仅仅是两江总督马新贻，还有慈禧太后的心痛之处，以及清王朝风雨飘摇的时局。马新贻遇刺后，举国侧目，疆臣人人自危，朝野为之震荡。
肆、各方反应
马新贻遇刺后，江宁将军魁玉用六百里飞驿紧急驰奏朝廷。奏折送到北京后，十五岁的同治皇帝看了大惊失色，深感骇异，将这一事件比喻为“武元衡盗起身旁”。
［武元衡，字伯苍。缑氏（今河南偃师东南）人。武则天曾侄孙，清雅俊逸如鹤，有唐朝第一美男之称。曾任西川节度使，与名妓薛涛交好。薛涛所得“女校书”的称号，就是他向朝廷奏请所得。唐宪宗时任宰相，因力主削藩，遭藩镇忌恨。元和十年（815）六月初三早朝时，为藩镇派遣的刺客暗杀，号称“唐朝第一惊天大案”。］
次日，清廷连发了四道谕旨：第一，命魁玉督同司道各官赶紧严讯，务得确情，尽法惩办；第二，曾国藩著调补两江总督，未到任以前著魁玉暂行兼署；第三，密旨安徽巡抚英翰加强长江防务和地方治安；第四，著魁玉督饬司道各官，设法熬审，务将因何行刺缘由及有无主使之人一一审出，据实奏闻。
［雍正七年（1729），雍正皇帝在设立军机处的同时，还建立了“廷寄”制度。“廷寄”与“明发”相对应。所谓“明发”，是指皇帝的谕旨由军机处代起草后，先经过内阁，次及于部院，层层下发，无须保密，称为“明发”。而对于需要保密的谕旨，则不经过内阁，由军机处本处密封后，直接交给兵部捷报处，用寄信的形式发出，直达收件人，称为“廷寄”（又称“寄信”）。“廷寄”的内容一般均为机密要事，下发时，根据缓急程度，分为日行三百里、四百里、五百里、六百里，及六百里加快几种。凡给经略大将军、钦差大臣、参赞大臣、都统、副都统、办事领队大臣、总督、巡抚、学政的叫“军机大臣字寄”，凡给盐政、关差、布政使、按察使的，叫“军机大臣传谕”。字寄、传谕封口处盖有军机处的印信，封函的表面均注明“某处某官开拆”，只许受命者本人拆阅，不许别人代拆。“廷寄”制度的建立，减少了很多中间环节，加强了中央和地方的联系，大大加快了办事速度；同时，也使得皇帝摆脱了内阁的约束，使皇帝的意志可以毫无阻碍地直达地方。］
因一件事一天之内连发四道谕旨催办，这在清朝的历史上是十分罕见的。四道谕旨的口气越来越严厉，可见清廷一开始就意识到此案非同一般，怀疑张文祥背后另有主谋。
四道谕旨中，最值得关注的是第二道——重新命曾国藩回任两江总督，这是恭亲王奕？的意思。第三道给安徽巡抚英翰的密旨也不容忽视。英翰是满人，不属于湘军一系，而且他本人与马新贻交好，可以说，是目前朝廷在两江唯一信得过的实权人物。秘密交代英翰加强防务，实际上就是预防兵变。可见从一开始，湘军就已经被朝廷放到了怀疑的天平上，现在就要看曾国藩的反应了。
对于曾国藩，执掌大权的慈禧太后和恭亲王奕？都对他没有任何好感。曾国藩之掌握兵权，得力于咸丰朝御前大臣肃顺的倚重和推荐。尤其是后来曾国藩得到梦寐以求的两江总督，全仗肃顺的居间运作。说肃顺对曾国藩有莫大的知遇之恩，一点也不为过。
恭亲王奕？一向与肃顺不和。奕？为咸丰皇弟，才干过人，差点被道光皇帝立为皇储，所以一直被兄长猜忌。咸丰登上皇位后不久，勒令奕？退出军机处，改由肃顺取而代之。咸丰皇帝重用肃顺，明显有牵制奕？的意思。奕？与肃顺从此成为冤家对头。咸丰皇帝病死于承德避暑山庄后，六岁的儿子载淳即位，是为同治皇帝。以肃顺为首的八名“赞襄政务王大臣”受遗诏辅弼幼主，掌管朝政。奕？在皇族宗室中名望最尊，竟然无缘于辅政大臣之列，由此势必要与肃顺等人展开一场权力之争。
而慈禧太后与肃顺的恩怨，则更加是你死我活的局面。昔日汉武帝临死前担心“主少母壮，女主干政”，处死了太子刘弗陵的生母钩弋夫人，肃顺曾经以此故事游说咸丰皇帝除掉载淳生母懿贵妃，也就是后来的慈禧太后。咸丰皇帝一时心软，未能下手。后来慈禧太后知道究竟后，恨肃顺入骨，务必除之而后快。
而肃顺之前曾大力整顿吏治，惩办贪官，得罪的人不计其数。戊午科场案中，力主将主考官、大学士柏葰斩首；又弹劾户部宝钞处与官票所官吏和不法商人因缘为奸，交通舞弊，籍没官吏、商人数十家。他为人刚硬，办事不讲情面，加上恃宠而骄，目中无人，引起不少王公大臣的嫉恨。这些人为了自己的利益，争相投奔到恭亲王奕？或是慈禧太后门下。其中，就包括手握重兵的蒙古亲王僧格林沁和兵部侍郎胜保。
咸丰皇帝临死前虽然将朝政交给肃顺等八名辅政大臣，但为了防止重新出现清朝初年权臣鳌拜欺君专权的情况，又分授私章“御赏”和“同道堂”给皇后钮祜禄氏和懿贵妃那拉氏（实际上是给了小皇帝载淳，但由懿贵妃掌管），即后来的慈安和慈禧太后。这两枚私章作为皇权的象征，代表了至高无上的权力，凡下达诏谕，必须有二章为印讫。由此杜绝了权臣专政，却也撕开了后宫女人干政的口子。慈禧太后时年二十五岁，没有年轻守寡的悲痛，反而野心勃勃，不甘心朝政大权落于肃顺等人之手。刚好此时御史董元醇上疏，以皇帝年幼为理由，请求由皇太后暂时权理朝政。慈禧太后也一心想效法古人，垂帘听政，遂联合慈安太后，努力与肃顺八大臣及恭亲王奕？争权。董元醇上奏的第二天，慈禧太后召见肃顺八大臣，要求他们照董元醇所