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由于得到皇帝的亲自推荐，张伯行自此名声大噪。他后来从江苏任上迁福建巡抚时，江南百姓沿途相送，称赞他任官数年“止饮江南一杯水”。而当时“天下言廉吏者，虽隶卒贩夫皆知称公”。
张伯行在福建巡抚任上只做了两年，很快就被重新调回江南，任江苏巡抚。江苏虽然也是两江的管辖范围，但按照清朝制度，总督和巡抚同为省级封疆大吏，均直接向皇帝负责，二者之间不相统属。之前，张伯行早就与噶礼不和，康熙皇帝心知肚明，却有意将这个号称“天下第一清官”的人重新放回江南，显然有制衡约束噶礼的意思。尽管前一阵张伯行因被噶礼挤压，不得不以身体多病为由提出了辞官，但皇帝不是照样没准吗？这便是皇帝有心整饬江南的明证。
左必蕃脑袋灵活，心思缜密，转念间便想通了前后的因果，眼见赵晋正与噶礼眉开眼笑地交谈，便找了个理由溜了出去。这一溜，日后保住了他一条命。
但事情并没有就此了结，噶礼离开贡院后，赵晋再次找到左必蕃，做了多番暗示，左必蕃均佯作不解。说到最后，口干舌燥的赵晋终于明白了，对方是不想参与，心里骂了一句“胆小鬼”，便自行出去了。之后，尽管不断有各种买卖关节的风言风语传到左必蕃耳边，但他始终装作不知道。
终于到了八月乡试时间。本场三场乡试的题目，头场为四书题：“能行五者于天下为仁矣”；次题为“博厚所以载物也”三句；三题为“孔子登东山而小鲁”一节。
表面看起来，一切都很平静。直到九月初九发榜，解元为刘捷，中举者除苏州十三人外，其余多为扬州有钱盐商及权势人物的子弟。尤其是同考官句容知县王曰俞举荐的吴泌，同考官山阳知县方名所举荐的程光奎，二人均是有名的文理不通之徒，舆论顿时一片哗然。
苏州一千多生员在南京玄妙观集会，推举廪生丁尔戬为首，将五路财神像抬入府学，供在明伦堂孔子像旁边，表示这次乡试是“惟财是举”。还有人用纸糊住贡院匾额，改“贡院”二字为“卖完”。贡院的大门上也被人贴上一副对联：“左丘明两眼无珠，赵子龙一身是胆。”讽刺主考官左必蕃对舞弊行为视而不见；而赵晋则胆大妄为，收受贿赂。又有人作打油诗讽刺说：“能行五者（金子、银子、珠子、绸缎、古玩）是门生，贿赂功名在此行。但愿宦囊夸博厚，不须贡院诵高明。登山有竹书贪迹，观海无波洗恶名。一榜难为言皂白，圣门学者尽遭坑。”其中暗合乡试的题目。
不过，尽管时论对主考官左必蕃和赵晋冷嘲热讽个不停，但二人毕竟是外来的和尚，人生地不熟，明眼人一眼便能看出其背后另有主谋。既然乡试的受惠者最多的是盐商子弟，就不能不让人怀疑到与盐务有关的官员身上。
在清朝，制盐业是重要的官方工业，盐价和盐税收入是与田赋收入同等重要的官府财源。当时直接负责两淮盐务的是苏州织造李煦和江宁织造曹寅（李煦妹夫，曹雪芹祖父），二人隔年轮管，管辖范围涉及盐场、运输、税课、稽查等。另外两江总督噶礼也于盐务上有重大责任：一是缉拿盐商走私；二是官督商销，即招商办课，由专商垄断盐引和引岸，盐商向官府缴纳引税后领取盐引（一种凭证，准许持有人向官方产盐机构认领盐，属于官方垄断性资源），在指定地点买盐及销售。
曹寅到江南任织造已经有二十年。其母当过康熙皇帝的乳母，他本人也当过御前侍卫，深得康熙皇帝信任。康熙皇帝前后四次南巡，均住在曹寅家里，关系之密切由此可见一斑。自他和李煦接手盐务的肥差后，旁人均不敢问津，但自噶礼上任两江总督后，情况便有所不同。噶礼一到任，就向康熙皇帝参劾说：曹寅和李煦亏欠两淮盐课银三百万两，请求皇帝公开查处。噶礼表面是树立清廉形象，其实是想染指肥得流油的盐务。殊不知康熙皇帝素来将曹寅当做家人，当然没有理睬噶礼的上奏，但也暗地派人告诫曹寅和李煦，必须要设法补上亏空。自此，曹寅和李煦大为收敛，反倒是噶礼开始插手盐务。
以曹寅和李煦的身份位置，不方便也没有这个能力插手科举，那么乡试通弊中嫌疑最大的当属两江总督噶礼了。一时间，满城风雨，谣言不断。生员抬着五路财神像游街时，南京城万人空巷，人们蜂拥而出观看，景象蔚为大观。
两江总督噶礼见到这般情形，当即火冒三丈，派兵将丁尔戬等十多名为首的士子拘捕，准备按诬告问罪。士子们更加群情汹汹，普通百姓也被激怒了，大有一触即发之势。一直密切关注事态发展的江苏巡抚张伯行自然不会坐视不理，第一个向康熙皇帝上疏，这便是本篇开头所提到的一幕。
只见张伯行在奏疏中写道：“今年江南文闱，榜发之后，议论纷纷。九月二十四日，有数百人抬拥财神，直入学宫，口称科场不公，臣未敢隐匿，相应奏明。”奏疏中还对他了解到的一些情况作了描述，比如副主考赵晋受贿十万两纹银，出卖举人功名；同考官王曰俞、方名等人通同作弊；而正主考左必蕃知情不报，有意欺瞒圣上；本年江南乡试取士造成了很不好的影响，江南士子一片哗然，众怒难犯，如果不及时查办，恐怕要生大变。
康熙皇帝看了后还未作出反应，江南乡试主考官左必蕃的奏疏也到了。原来左必蕃看到事情越闹越大，担心祸及他这个正主考，日夜惶恐不安；又听说张伯行已经给朝廷上奏，生怕日后被安上个“知情不报”的罪名，也急忙上奏说明江南乡试一事。不过，他没有揭发副主考赵晋卖关节一事，当然更不敢提及两江总督噶礼，仅仅是奏道：“撤闱后闻舆论喧传，有句容知县王曰俞所荐吴泌、山阳知县方名所荐程光奎，都是不通文理者，臣也感不胜惊愕。”
先后接到了张伯行、左必蕃的奏疏，江南乡试出了大丑闻已经是确认无疑的事情，但康熙皇帝并没有像他的父亲顺治皇帝那样立即采取火暴的行动，而是依旧在等待。他有着多疑狡诈的天性，从不轻易相信汉人大臣的话，他还要等待另外两封密折从江南送来。
清朝档案最机密者，当属军机处的档案，这些都是级别最高的国家机密。但自康熙皇帝开始，还有比国家机密更为机密的密折。一般的奏折，比如江苏巡抚张伯行的、江南乡试主考官左必蕃的，都是先交通政司审阅，然后再呈交皇帝。特别长的奏折还需要“贴黄”，即在黄纸上概括要点，附在奏折上一同呈交皇帝。康熙皇帝创造的“密折”制度则是专奏专闻，这种密折不必经过通政司，而是直接递到皇帝手里。折面上也不写奏者姓名，只写“南书房谨封”的字样。这当然是为了防止泄密，除了皇帝本人，谁也不知道密折是谁写的，密折里面又讲了些什么。对这类奏折，康熙皇帝格外重视，均即时批复。他一度患病，右手无法动弹，但依旧不假手他人，强用左手批复密折，从不耽误。
能够拥有奏密折权力的人，自然都是康熙皇帝的心腹。康熙皇帝正在苦苦等候的密折，便是来自他派在江南的密探——苏州织造李煦、江宁织造曹寅以及杭州织造孙文成（曹寅的母系亲戚）。这三个人都是康熙皇帝派驻在江南的耳目，一年四季不间断向康熙呈递亲笔缮写的密折，奏报内容短小精密，大部分是关于江南地方上的雨水、收成、米价、疫病、民情、官吏的名声等等。传说《红楼梦》中错综复杂的家族关系，就是以这三位织造为背景。巧合的是，江南辛卯科场案案发的这一年，刚好就是曹雪芹的出生年。
果然没有令康熙皇帝失望，李煦、曹寅的密折很快就来了。二人详细报告了榜发后物议沸腾、民愤难平的情况。曹寅更是密奏说：“今年文场秀才等甚是不平，中者甚是不公，显然有舞弊行为，因此扬州秀才扰攘成群，将左必蕃祠堂全部拆去。后传闻是副主考赵晋所为，始暂停息。”
康熙皇帝这才拍案而起，怒气冲冲地道：“我勤政爱民五十年，还从来没有见过如此胆大妄为的奸臣贼子。若任他们这样狂妄下去，岂不是要毁掉我大清江山。”于是派户部尚书张鹏翮为钦差大臣，会同两江总督噶礼、江苏巡抚张伯行、安徽巡抚梁世勋在扬州审案，务必将科场案彻底查清。
张鹏翮，字运青，四川遂宁人，康熙九年（1670）进士。传说其容貌俊美，“貌如好女子，诸同年皆戏弄之”（《西征随笔》）。不过，张鹏翮自步入仕途后，一直有公直廉明的名声，“不避权贵，人皆惮之”，是康熙一朝的名臣。他曾经出任江南学政。到任后，不少富家子弟手持京师权贵人物亲写的“荐函”，打算来走后门，但听说张鹏翮刚正无私，最终还是“踯躅逡巡，不投而去”。当时的规定，凡呈学使报册都须交些“部科费”（手续费），但张鹏翮“两袖清风，毫无以应，人亦绝口不索”。后来回京师任职，张鹏翮为了应付说情请托之人，特意在府邸的厅堂上竖了一尊关圣帝君塑像。每逢有人登门请托时，他便指着塑像说：“关帝君在上，岂敢营私徇隐！”这样清操的大臣，当然深得康熙的信任，誉为“天下廉吏”。
［张鹏翮为清初明臣，得到康熙、雍正两代皇帝的嘉许，史料对其为人多褒奖有加，唯独汪景祺在其所著的《西征随笔》对张鹏翮的人品大力贬斥，说他“龌龊鄙秽，无志下材，刻薄寡恩，顽钝无耻”。汪景祺为浙江钱塘人，少负才名，因而恃才傲物，“豪迈不羁，谓悠悠斯世，无一可友者”。康熙五十三年（1714）中举人，其后两次参加会试，均未能中进士，而刚好这两次的主考官都是张鹏翮。科场失意后，汪景祺改投到当时炙手可热的抚远大将军年羹尧幕下，写成《西征随笔》一书。不久，年羹尧被雍正皇帝下令赐死，汪景祺也因为《西征随笔》中有“大逆”之言被雍正所杀，家小全部被流放宁古塔，成为雍正一朝第一起文字狱的受害者。汪景祺被斩首后，头颅长悬于北京宣武门外。一直到雍正皇帝死去乾隆皇帝登基，其早已成枯骨的首级才被取下与身合葬。《西征随笔》一直为禁书，直到清末民国初期方现身于世。］
对于两江总督噶礼，张鹏翮一点也不陌生。他之前曾受命调查噶礼举报苏州知府陈鹏年所作《重游虎丘诗》是反诗一事，当时噶礼极尽威胁利诱之能事，但张鹏翮没有理睬，照旧“按奸发状，振摘是非，无所容回”，最终的结论还是“直鹏年而曲噶礼”，证实噶礼完全是诬告。
张鹏翮与张伯行也是老相识了。他任河道总督时，“丁忧”（清朝制度，官员父母去世，官员要去职三年归里守孝，称之为“丁忧”）在家的张伯行因自发组织民众抗洪堵堤，得到张鹏翮的倾心赏识，向康熙皇帝力荐，称其“堪理河务”。正是由于张鹏翮的大力举荐，张伯行才进入了康熙皇帝的视野。
正因为张鹏翮刚正廉洁，不畏权贵，所以凡有重大的案件，康熙皇帝总是派他去处理。对于这桩朝野瞩目的江南乡试案，张鹏翮更是众望所归，被认为定然能够秉公办理。在这样的状况下，时人均认为局面对张伯行有利，而对噶礼不利，岂料事情完全出乎众人的意料。
上谕下达的当天，张鹏翮便动身赶赴江南，一路马不停蹄。第一次会审，在扬州行辕举行，由钦差张鹏翮主审，两江总督噶礼、江苏巡抚张伯行、安徽巡抚梁世勋陪审。一切都相当顺利，没有费任何周折，副主考官赵晋便当堂供认受贿黄金三百两，同考官王曰俞、方名也供认徇私舞弊，将事先约好的关节“其实有”三个字卖给了程光奎、徐宗轩、吴泌等人，并将有关节之人均取中举人。钦差张鹏翮当即决定革去赵晋、王曰俞、方名一切功名，收监看管，等待皇帝的处置。
下面是提审行贿人程光奎、吴泌。二人被带进大堂后，钦差张鹏翮听说这两名举人是有名的文理不通，于是先简单考了下二人的学识，结果吴泌连两句《三字经》都背不下来，程光奎写《百家姓》�