申时行侍奉皇帝到皇极门，然后叩头退下。临行时他向万历致以慰问，万历则答称“先生劳苦”。这时候首辅固然既饥且渴，极度疲惫，但是相比之下皇帝的任务要更为劳累，他还要到奉先殿去向列祖列宗汇报，汇报完毕还要参见慈圣太后。
申时行不能算是一个迷信的人，从各种记录上都看不出他相信通过占卜祈祷的方式就可以和宇宙的神秘的力量有所来往。他在一次给万历的奏章上说，“臣等不习占书，不知事验”，足以清楚地说明了他的态度。同时，也不能认为万历是一个过度迷信的人。在选择皇帝陵寝的过程中，廷臣曾因风水问题，展开了激烈的争辩，最后万历表示“当日秦始皇在骊山筑陵，何尝不讲究风水”？从这一达观的态度来看，他对风水的信仰，也只能在若有若无之间。
但是迷信与非迷信，其间的分野也可能极为模糊。例如，当一个人强迫自己对一件事情、一种前途建立信念，则其与宗教式的皈依就相去极微。因为凡是一个人处于困境，他就不愿放弃任何足以取得成功的可能性，即使这种可能性极为渺茫，没有根据，他也要把它作为自己精神上的寄托。在这1585年亢旱的初夏，朝廷上下的情形就和此种情况极为接近。当时一天过去又是一天而仍然是骄阳酷日，人们的焦虑也就达到了最大限度。因为每一个人都知道，皇帝的宫廷不能永远建立在一个土地干得发裂的京城里。皇帝亲自出动，以最虔诚的态度和最庄严的仪式向上天求雨，不论是出于迷信，或者其动机是维系人心，最低限度表示了事情并未绝望。希望就产生于这种人为的奋斗之中。他的挣扎，他的自我责备，以及他对臣僚所作的爱民的训示，都可以安慰困窘中的人心，有如一服清凉剂。他的政府一向认为精神的力量超过实际，因此他这次求雨即是做皇帝克尽厥职的最高表现。
最后，一场甘霖有如千军万马，突然降临到人间。最初是雨中带雹，旋即转为骤雨，稍停以后又是一阵骤雨，雨势一直延续到第二天。这场雨发生在阳历6月12日，距离皇帝徒步天坛求雨已将近一月，但是任何人也不敢妄议这不是圣心感动上苍的结果。皇帝自己也当仁不让，兴高采烈地命令百官感谢上苍的恩典。首席大学士也为他感到高兴，因为在这时候，万历皇帝可以在精神上引以为自慰和自满的机会已经不是很多了。
申时行理解万历的感情，同情他的处境，但是他和其他文臣一样，仍认定皇帝的职分应当在宫殿之内，除了行礼如仪之外，他不应当置身于其他事情之中，以生轻妄的观感。比如说万历想亲自操练兵马，申时行就会和其他文官合作，竭力阻止。朱翊钧是否有军事天才？这一问题没有历史家能够解答，我们所知道的，则是他即使有任何创造的能力，也因为他身着龙袍，贵为天子，而无法施展表现。而在阻止他发挥个性的群臣中，首席大学士申时行的力量虽不显著，却极为重要。
文官们阻止万历亲自操练兵马，他们自认有历史上的先例，因为本朝除了开基创业的祖宗以外，御驾亲征的事例极少。最近一百年内仅仅有一个正德皇帝做过这样的事情，而正德的行动，又被公认为离开了传统的轨道。为人君者，就应该安居垂裳，所以不仅练兵要遭到反对，就是外出旅行也应该在限制之列。今上的祖父嘉靖皇帝一生，仅在1539年一度回到湖广承天府巡视过他的出生之地，此后的27年中就没有离开北京一步。父皇隆庆在位5年余，仅仅到京郊谒陵一次，而且为时只有4日。而万历在1583年春天到1585年夏天却已谒陵4次，这毫无疑问是过于频繁了。
尤其使群臣为之不安的是，谒陵这个庄严的典礼竟成了皇帝督视内操的借口。谒陵的随从武装是御林军。这支军队当年经过张居正的同意而在1581年建立，驻在京城东北角，受御马监太监的节制。近年来，这支部队的兵员倍增，训练加紧，每天黎明以前，马队在街上的铁蹄声每每把居民的好梦惊醒。1584年夏天，一个溽暑蒸人的日子，皇帝亲自在皇城内观看御林军的射箭比赛，比赛延续到傍晚才宣告结束。好几个宦官因为受不了酷日的煎炙而晕倒，而皇帝却依旧神清体健。文官们对皇帝过人的精力毫不欣慰，反而接二连三地送上奏本，指责内操的不当。劝说无效，他们就对申时行施加压力，希望首辅运用他的影响使这种操练停止。
从法制上讲，廷臣所提出的诤谏是否具有成宪的根据则很难概说。本朝从没有宣布过皇帝不能亲率禁军。永乐皇帝所用过的长矛一直供奉在午门楼上，就是皇帝带兵的实证。正德皇帝的行动虽然大干物议，然而他始终没有向舆论低头。而且以前皇帝的御林军都属于宦官管辖，就此一点，今上的措施也就无法直接批判。因此，文官们只能举出一些道德上的理由，例如兵凶战危，皇上舞剑弄枪有损承平气象等等，其所用辞语显然不能中肯。
然而文官们的意见又岂能完全忽视？他们是本朝政府的支柱。全部文臣既以伦理哲学作为基础推行了现今的统治方式，当然讨厌皇帝亲率禁军，造成文武均衡甚至武高于文的局面。只因为他们又个个都是忠臣，不便站在对等的地位去和皇帝谈判，更不能借势要挟。然则这些不便不能之处却没有使他们放弃初衷，即作诤谏时，他们胸中有数，意志坚决，目的不达，决不甘休。
老成练达的申时行善于洞察事情的阴和阳。他知道，道德不过是借口，问题的症结是廷臣的安全感。真相既明，他就采取最有效的方式来解决问题。他不事张扬，悄悄地和宦官们谈判。他后来写下的文章，阐述了此中奥妙。申阁老此时质问御马监的诸宦官：几千个官兵带着武器在皇帝身旁，谁能保证他们中间没有人参与做坏事的阴谋？万一有变，其他警卫人员救护不及，谁负得起这样重大的责任？诸位身为将领，又岂能置身事外？首辅还可能在此时提出江彬的先例，用本朝的历史，引证凡是和文官集团公开作对的人，没有一个能得到善终。即使是皇帝最亲信的人，迟早也会被大众清算。这一番危言耸听的游说取得了预期的效果，用申时行自己的话来说，就是“诸珰竦然”。
带兵的宦官既已为申时行的言辞所震慑，他们不再愿意参与内操，转而劝说皇帝放弃亲率禁军。这种釜底抽薪的办法，为效极显；而且皇帝不是一个没有理智的人，他知道如果坚执己意，他和臣下的冲突势必与他叔祖正德一朝的情况相类似。他既不愿意走此极端，迟早就得让步，所以从这时起他就对禁军逐渐不加过问。1585年之后，御马监勇士相次为人遗忘，禁军这一组织也就逐渐于无形中瓦解。
申时行以办理外交的方式来主持内政，御林军事件的顺利结束，更证明了这种方式确实卓有成效。他欣赏自己“从中调剂，就事匡维”这一处世和执政的原则，对待皇帝的办法则是“显谏者不若潜移为妙”。因为这种办法既对皇帝的权威无损，而臣下的目的又可以达到，这比之于臣下在奏章上奚落昏庸的皇帝，而皇帝用荆条痛打犯上的群臣总要高明得多。申时行所始料未及的，就是万历皇帝比他申先生又更高一手，他看透了这种斗争的真情实相，知道自己生气都属无效，莫若用“无为”的办法，对付所有的纠缠，因之他的消极也越来越彻底了。
自从1585年以后，万历除了仅仅于1588年对自己的定陵再度视察过一次以外，30多年，他没有走出过紫禁城一步，创造了自古至今的最高纪录。
皇帝离开京城不到百十里竟然会成为一个严重问题，也是当日国家组织的特别现象。万历于1583年至1585年之间的四次谒陵，其真正的目的是在寻觅及视察他自己的葬身之地。然则既要经过祖墓的附近，谒祭即不可免。既为谒陵，种种仪式自然应当周到齐备。因之每次出发以前，礼部必须斟酌成例，拟订各种详情细节，有的陵墓由皇帝亲自祭谒，有的则由驸马等人代为行礼。御驾每次出动，京城立刻戒严，每一座城门都由一位高级文臣和武将共同把守。皇弟潞王当时尚未成年，他的任务是把铺盖搬到德胜门的城楼上居住，密切监视御驾必经之路。这支谒陵队伍声势十分浩荡显赫，其中有陪同皇帝的两位皇太后和皇后皇妃，加上随从的宦官宫女、文官武将、大汉将军、御马监勇士、京军等等，人数多达几千。到了郊外，皇帝及其家属住在佛寺里，对其他随从人员则临时搭盖帐篷以供休息住宿，这一切要先期准备周详，不能少有差错。
在这几十里的道途上，一些地方官、耆老以及学校的教官被引导在御前行礼。皇帝对他们慰勉有加，并宣布他所经过的地区免税一年，以酬答当地居民对他这一行所作的供奉。
这样的队伍和排场，两年半之内要组织四次，廷臣就感到是过于频繁了。于是，使皇帝扫兴的事情就纷至沓来。北方边镇驰报蒙古部落颇有蠢动的征象，叩请御驾谨慎小心；礼部的官员据此坚请皇帝缩短出行的时日。有一次，皇帝的侍卫旁边发生逸马狂奔的非常事件，又有一次有若干文官误入禁地，这些都由御史据实奏报御前，以期引起应有的警惕。经过这些周折，本来应该是很愉快的小事游憩已全无乐趣之可言。1589年万历曾经表示还想出巡一次，监察官听到以后立刻上书诤谏。他们说，皇上已经感到自己火气过旺，必须放弃早朝以事休养，那么就更不应该出城游玩而使火气增加。皇帝读完这些奏章，从此就没有再提出巡一事。
万历所巡视的为自己预筑的陵墓动士于1584年的夏季。这项巨大的工程微妙地体现了把皇帝不当作一个有血有肉的人，而把他当作一种机构的看法。万历皇帝缺乏坚强的意志和决心，但并不缺乏清醒和机灵的头脑，然而他竟欣然接受了这种精神上的活埋。
陵墓内的葬室筑有停放梓宫的石床。石床上留出来的位置共有三个，除了皇帝和皇后以外，还有一个位置留给下一代皇帝的生母。万历目睹之余，不禁感慨系之。他所心爱的女人即使不能在生前成为皇后，在死后也应当陪伴在他的身旁。否则，他和世界上唯一能够心心相印的女人在皇城的寺院里双双祈祷又所为何来呢？朱翊钧在生之日有妃嫔数十，宫女无数，可是与皇贵妃郑氏始终形影不离。可见生死同心，是他们的宿愿。这样美好的宿愿又是否能成为现实呢？当日皇帝想到这些，这大峪山的工程，就又和立储一事相始终而不可分割了。
皇帝在世之日预筑陵寝，在本朝有洪武、永乐、嘉靖三朝的成例可援。其不同之处，在于定陵竟然预筑于万历皇帝的青年时代。据申时行后来说，这一建议始创于1583年张四维做首辅的时候，当时皇帝还不足20岁。但这建议一经提出，他立即欣然同意，并亲自参与地址的选择和工程的设计。他当然不是认为自己去死不远，而是踌躇满志地感到他已经不折不扣地取得了列祖列宗的地位，足以让千秋万岁之后的人们崇敬。同时，他虽然年未二十，但是已为人父，而且御字已经10年，具有足够的资格承当这一光荣。
这次预筑陵寝的工程和别项工程不同，差不多完全没有廷臣劝谏。惟一的争执在于风水问题，已如上文所述。最后由于皇帝宸衷独断，才平息了这场纠纷。争论者没有想到，平日他们以道德的名义解决技术问题，现在却要用技术的名义去解决道德问题，只是皇帝以秦始皇和骊山为例，不肯过于讲究，以致坚持风水的人，不能继续用这个名目作党争的根据。
筑陵是本朝大事，有司职责所系，于是组成了一个类似于委员会的机构，成员有尚书三人、司礼监太监和高级军官数人，总其成的是定国公徐文壁和首辅申时行。军官之所以参加这个机构，是由于大量的土木工程需要兵士的体力。徐文壁是开国勋臣徐达之后，各种重要的礼仪都少不了由他领衔，而全部的擘划经营无疑还要由申时行一力承担。到1587年，申时行已亲赴大峪山督工多次，其尽瘁王事的忠忱，当然会被年轻的皇帝所体会并因此增加对于申先生的信任。
定陵的建筑经过详见于当日工部的记录报告之中，其建筑结构则因1956年的发掘而为400年后的人们所了解。整个看来，玄宫的宗教色彩浓厚。其石制椅案缀饰以帝后的标志如龙凤，其下缘则为莲瓣，乃是佛家传统。其懵懂于下世超生的观念，实际上是一种希望，一种幻想。内中埋藏的金银和瓷质的面盆固然予人以现实化的感觉；可是木雕的人俑马匹却又只有玩具一样大�