促使皇帝的一举一动接近于文官集团的期望。天子既要使用他人间的绝对权威而又不能掺进他个人的爱憎，这本来就不容易恰到好处，而要申时行采取硬性办法督促，事实上也是无法做到的。
指斥申时行有意让皇帝拖延立储的说法是毫无根据的。官方记录所载，还在常洵刚刚出生的时候，他就曾呈请皇帝早立常洛为太子。在问题刚刚露头的时候就以明确的方式提了出来，见微而知著，不可以不谓为远见卓识。
立储问题会成为万历朝中的一大难关，申时行在受命册封郑氏为皇贵妃的时候可能就有所预感。他当时位居文臣之首，这隆重的册封仪式自然需要他的参加和领导。他和定国公徐文壁在御前接受了象征权力的“节”，在礼官乐师的簇拥之中向右顺门进发。主管的宦官在门口恭迎。他们两人以在严稳重的态度把“节”、金印以及制册交付给宦官，然后再由宦官捧入宫中授与贵妃本人。这一套安排等于宣告于全国臣民，封妃的典礼既由朝廷中最高的文武官员主持，则被封的郑氏已非仅闺房之宠幸而实为国家机构中的一个正式成员。连带而及的则是皇贵妃的地位仅次于皇后而在其他妃嫔之上，那么来日她的儿子常洵可能继承皇位，就不能说是全在廷臣预闻之外了。
但是万历皇帝却坚决地否认这种关系。他说册妃与立储是两不相干的事。申时行在册妃之日，曾奉万历之命，作诗歌咏其事。诗中有云：“汉殿俱矜宠，秦台早得仙，今朝被李赋，参和《小星》篇。”他深感天子虽为天子，仍不免有闺房儿女之情，因之万历提及他和郑贵妃的关系（详附录二），申先生不置一辞。他还理解，皇帝仍然是一个有血有肉的“人”，也有他理智和感情的交战。关于立储一事，申时行自始至终主张忍耐，等待万历改变主意，他的皇上兼学生不是一个没有理智的人，假以时日，他自己必然会对这问题找到合理的解决，而施加压力则于事无补。
日后事态的发展证明首辅的估计并不正确。时间并没有成为有利因素。他在文渊阁八年半的任期中，接触过各种复杂的人和事。他的“大事化小，小事化了”的办事方针，并不能永远做到弥患补阙，相反，有时造成的严重后果，竟会大大超出他的始料所及。
申时行在1583年担任首辅。开头的两年，他的前任张居正一案得到解决。这个问题一天不弄得水落石出，万历和他的老师就一天不知道彼此的真正意图。到了1585年，这一大案件才被彻底了结。于是此后有好几个月太平无事。到了1586年初，常洵出生，郑氏被册为皇贵妃，立储的争执已经肇始。但就在这前后，万历已经发现他想做的事情统统不能做到，于是他想励精图治的念头就一天天减退。随之而来的是臣下的奏疏中指斥他荒怠的字眼也越来越无忌讳。有一本奏折上说，如果皇帝不接受他的意见，天下臣民必将视之为无道，而列祖列宗也必将痛哭于九泉。皇帝刚刚批示说此人语无论次，应当降级外调，另一个人跟着奏上一本，内称皇上的朱批不甚合适，那位进谏的人乃是忠臣，不但不应降级，而且应当表扬奖励，以表现虚怀纳谏的人君风度。这种“上下否隔”的情形既已开端，至1587年就更加恶化。
申时行是一个敏感的人，他具有窥测旁人心情的能力。他办事的原则基于对本朝政治制度的深刻了解。在这种特殊的制度之下，人君和人臣务必互相迁就互相让步。倘不如是，一方面坚持大义所在，丝毫不放松，则只有逼使对方采取消极态度。臣僚可以请求辞职，首先由个人“乞骸骨”而延及集体，如果被革职，反倒被视为荣誉；皇帝不能让位推贤，他所能采取的方式是怠工，即不出面主持礼仪，不见群臣。1587年，当首辅申时行还只是顾虑到有这种可能性时，万历的朝廷已经朝这个方向迈进了。
在这一年还未到岁暮之际，皇帝所使用监视内外的秘密警察遭到了攻击。东厂直属于司礼监，下辖锦衣卫，其秘密情报为皇帝处理政务所不可或缺。情报的内容非常广泛，包括市场上重要商品的价格、各个城门的进出人员和交通工具、北京市内火灾的情形等等，其中又万不可少的一部分，乃是从各处窃听得来的谈话。这种情报机关在本朝已有两百年的历史，早已成了政治体系中之一环。凭心而论，在本朝历史上，万历皇帝不能算是过分地运用厂卫钳制臣僚的君主。然则对百官来说，特务机
构总是无形的枷锁；政治上的迫害先不说，即使“家中米盐猥事，宫中或传为笑谑”，也大大地损害了他们的自尊心。他们早想动手制裁厂卫而苦于没有找到恰当的机会。
其后冲突的导火线出人意外。北京城在本朝为大兴、宛平两县所辑。是年任职的大兴县县令，因为一件小事责打了太常寺供奉祭祀的乐舞生，而乐舞生有其不可侵犯的地方，责打他们，也就是蔑视祭祀大典。因之这个大兴县令被发交三法司审问。所谓三法司，即刑部、都察院和大理寺三个官署混合组成的法庭，通常只受理复审。这次所以破例，是由于太常寺提出了冒犯宗庙的重大罪状。文官们虽然觉得这罪状近于小题大做，但如果经过三法司这一机构审问，事情可以早日了结。
事情又牵涉到了东厂。东厂下设镇抚司，凡属触犯皇帝的案件和牵涉到官员们的刑事案件，这个镇抚司同样具有讯问以至拷打之权。当得知三法司已经受理大兴县令这一案，他们表示不再争执审讯权，只要求派出两名锦衣卫校尉出席旁听，以便把经过情况向皇帝报告。
刑部尚书李世达认为这一案件属于文官内部的纠纷，用不着东厂锦衣卫的干预。但是东厂提出要派两个校尉参加旁听，他又没有严辞拒绝，而只是托辞推诿，说什么人犯未齐，尚未审问。及至开庭审问之日，这两个校尉则给维持秩序的文官所阻挡，不得入内参与旁听。
如是情状据实报告到皇帝跟前，致使龙颜大怒。万历对于太常寺和大兴县的冲突并无兴趣，他所以震怒，乃是文官们拒绝校尉旁听，明明是故意和他过不去，因之已不能对此表示沉默。于是他一面让宦官口传圣旨向文渊阁提出质问，一面声称他要把这一案件移交东厂镇抚司审问。这时，首辅申时行又以和事佬的身分出现，劝说李世达向皇帝赔礼道歉。李世达照此办理，皇帝因而得以保全面子，取得了精神胜利。可惜的是这精神上的胜利维持的时间未免过短，几个月之后，文臣们又找到了管理东厂宦官张鲸的差错，群起而攻之。
检举张鲸的奏章中指斥他与某些文官勾结，并且接受贿赂。其所列举的罪状看来都凿凿有据，只是当时勾结为奸，纳贿贪财的一段罪状也可以加之于许多高级廷臣身上，写奏呈的人似乎全未计及。张鲸事后感慨，由于他的嘴巴说话太多，所以才招致了那么多的攻击，不能算是事出无因。只是根本的原因还是在于机构本身，其职务与文臣的利害相违。万历一朝的冲突，文臣占优势，与天启朝厂卫跋扈、缇骑气焰冲天的情形恰为尖刻的对照。
起初，万历皇帝还没有意识到事态的严重，他以为对张鲸作一番口头申斥就足以了事。廷臣见参劾无效，索性一不做二不休，准备参劾全部的大学士。以造成张鲸不除、内阁也别想安生的舆论压力。由于群情鼎沸，万历只好承认失败，把张鲸免职。据当时接近皇帝的人透露，这件事曾使皇帝大为伤心。但就在张鲸将去未去之时，尚有一个下级官员不知道皇帝已经屈服，竟然又上了一个奏本，说张鲸如此难去，想必是皇帝陛下也接受了他的贿赂。这种无礼的奚落使这位官员挨了六十廷杖，但是年轻的皇帝却为此而更加心灰意懒。他本来已经对早朝和经筵感到极度厌倦，至此他拿定主意，今后再也不愿意公开接见这些不诚实的、口是心非的臣僚了。他隐居在深宫里，唯一能和他呼吸相通、忧患与共的就是贵妃郑氏。
多年之后，申时行辞职家居，追思往事，他既不埋怨皇上，也不指责自己。他在著作中只是提到了年轻人不知世务，轻举妄动，以致弄得事情不可收拾。他回忆起在他担任首辅八年半的时间中，曾经有过一个绝好的机会襄助皇帝成为尧舜之君。此即1585年张居正一案落实之后、1586年初常洵尚未出生之前的几个月。然而这机缘却又这样地短暂，他稍一忽视，就一去而不可再得。
当时的万历皇帝真是精神焕发、励精图治；对申先生提出的要求也全力以赴，极为难得。在我们形式化的政府中，表面即是实质。皇帝既能热心参与各种典礼，就充分表示了他的诚意，足以策励臣工趋向勤俭笃实。申时行只要闭起眼睛，就立刻会在记忆中浮起当年皇上步行祈雨的一幕情景。这件事发生于1585年，岁次乙酉，即当日“万历之治”可能成为现实的短时间内。
这次祈雨与往常不同。在经过的仪式中，万历第一次也是最后一次向普天之下表示了他关心民瘼的诚意。1584年入冬以来，北京一带就缺少雨雪。次年春夏之间亢旱更甚，河流见底，井中无水可吸。御前对此极为焦虑，在命令各个地方官求雨无效之后，他决定亲自向上天祈祷。所采用的祈祷的仪式，一部分由礼都在档案中参考成例草拟，但具体细节却出于皇帝御制，比如要求全体人员徒步走赴天坛圆丘而置轿马于不用，就完全是他自己的主意。
仪式举行的前三天，皇帝已经斋戒。前一天，他又在宫中奉先殿默告祖宗，随后又面禀慈圣太后。致上天的表文则亲笔称臣签上朱翊钧的名字，先一日送至南郊神库。
阳历5月16日黎明，皇帝驾到皇极门，他的卫士和随从排开成为一个长方形的队伍。此时礼官报告，各官在大明门整队已毕，皇帝就开始步行出发。
北京的居民从来没有看到过这样庄严而朴素的仪式。所有的人员，包括皇帝、文武百官和宦官，一律穿蓝色布袍，颈部和下缘以黑布镶边，平日的金银玉带此时全部不用而代之以牛角带。旗帜和乐队也概行免去。大街左边是两千名文官，右边是两千名武官，都列成单行两相对称，浩浩荡荡，和皇帝一起步行前往天坛。
这些幸运的居民得到了一生中唯一的机会亲眼看到了当今天子。祈雨的队伍经过大街，一切交通当然需要暂停。但是天子平时出行时采取的“除道”措施，即要求全部店铺关门、行人敛迹的规定，这次却免予执行。这也是皇恩浩荡，允许小民有一睹天颜的机会。居民们所看到的万历皇帝是一个相貌端正的年轻人，脸圆须短，身材稍胖。他以如此虔诚的姿态迈着稳重的步伐，使看到的人无不为之感动。
对万历皇帝来说，这十里之遥的长途步行当然不是一件轻松的事情，因为这是他有生以来第一次的如此跋涉，而且当时的天气已愈来愈热。
天坛圆丘在北京城南部，为今上的祖父嘉靖皇帝在1530年所建。万历皇帝在这同心圆的最下一层石阶上跪下祈祷，上香之后，又向上天叩头4次。文武百官列队站立在南墙之外，当皇帝跪拜时，赞礼官在昭亨门传赞，百官也依样跪拜如仪。
行礼既毕，皇帝召集大学士、六部尚书和其他高级官员在左棂星门外所设的帐篷内发表训辞。万历声称，天时亢旱固然是由于他本人缺乏德行，但同样也是贪官污吏克剥小民、上干天和的结果。现在务必要改弦更张，斥退坏人，引用好人。申时行即席代表全体官员致答辞，声称臣等奉职无状，以致天降亢旱。皇上代表全体臣民祈祷，当然会上格天心。如果还有官吏不能仰体皇上的诚意，臣等一定要严加申饬。万历当即指示把这种要旨公之于天下。1585年5月16日的敕文就体现了这个指示。救文告诫贪赃枉法、酷害百姓的官吏必须痛加改悔，绝不能再把中枢的命令示为具文，如有违不奉行者，定当严惩不贷。同时万历又命令户部在灾害严重的地区免征赋税一年。
仪式结束，准备起驾回宫，宦官们让御轿抬到万历跟前，但他坚决不坐，仍和百官步行回宫。这支队伍人数众多，起止需时，到达大明门已经是下午最炎热的时候。队伍刚刚解散，兵部的一个主事就迫不及待地从袖子里抽出一把折扇使劲地挥动。负责纠察的御史发现这一情状，认为其时虽然已经散队，但此人如此不能忍耐，仍然属于失仪。为此这位主事被罚俸半年。
申时行侍奉皇帝到皇极门，然后叩头退下。临行时他向万历致以慰问，万历则答称“先生劳苦”。这时候首辅固然既饥且渴，极度疲惫，但是相比之下皇帝的任务要更为�