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申时行既然身居首辅，他不能不感到这种局势的危险。文官名义上任职于各部院寺，各有其官方的组织，但是背后又有他们私人派系。他有一次在给朋友的信内提到这个问题，深深感叹这种公私“阴阳”的区别。可是他有什么办法？他自己还不是依靠张居正的栽培才有今天的地位？申时行不是理想家，他深知人类的弱点不能完全避免。张居正一案已成过去，他现在的任务是要竭诚帮助年轻的皇帝治理国家大事，当务之急是增加文官之间的互相信赖。与其暴露各人的阴，毋宁提倡他们的阳。正因为如此，他被很多人目为放弃理想以妥协为前提的政客。然而还有人比他更为务实，认为所有伦理道德全是空中楼阁，最多也不过是一种理想和一种装饰。对这种看法，申时行也不能同意。理想与装饰究竟不同于虚伪，一个人仍能以此作为起点去推行他的诚意。
即算本朝推行伦理道德以作为治国的标准，收效不如理想，可是也别无更好的办法。假如没有这些观念和原则，我们政府靠什么而存在？如果放弃“四书”上说的正心诚意，仁民爱物，嫂溺则手援，如何能使2000名京官对事情有一致的看法？又如何能使18000名地方官和衷共济，或者无端受罚而仍然歌颂“皇恩浩荡”？我们还有什么更好的标准去教育全国约100万的读书人，还有什么更好的标准去表彰他们的祖先、寡母、贤妻？个人的私心会随时随地变迁，只有伦理道德永恒不变。古代的圣贤写作“四书”的时候如此，朱熹注解“四书”的时候如此，今日仍然如此。正因为如此，它才可以在经筵上被讲解者发挥，也可以在墓志上被镌刻，以为后人的典范。
这种伦理教育所收到的效果，可以用前面提到的邹元标为例。邹元标在1577年得中进士，时年26岁。当时他还没有任何官职，然而根据圣贤的教导，他竟上书指出张居正的不肯丁忧的可耻可恶。这一封奏章使他在午门外受到廷杖，进士的头衔革去，降为士兵，流放于贵州的穷乡僻壤。一去5年，直到1583年冤案昭雪，他才被召回北京，任命为给事中，职司监察，穿上了绣有獬豸的袍服。到任不久，他又上书直接批评万历不能清心寡欲。皇帝用朱笔在奏章上批“知道了”三个字，给他面子，免予追究文句的唐突。然而邹元标不识抬举，过不多久，他二次上书，奏章上的用语更无忌讳，竟说万历扯谎，有过不改，而且引用“欲人勿
闻，莫若勿为”的谚语，揭穿皇帝的装腔作势，说他没有人君风度。这就不能不使万历勃然震怒，准备把这个不知感恩的谏官再次廷杖。
一个从七品的下级文官，过去对朝廷的惟一贡献只是检举了张居正，今天居然具有这种道德上的权威，敢于直接指斥皇帝，其凭借者安在？万历的看法是，邹元标和其他诤谏者并非对他尽忠，而是出于自私自利，即所谓“讪君卖直”。这些人把正直当作商品，甚至不惜用诽谤讪议人君的方法作本钱，然后招摇贩卖他正直的声望。
这种看法不无事实上的根据。有些文官熟读诗书，深知百世流芳之说。他们可以找到一个题目，宁可在御前犯不敬之罪，今日受刑，明日名扬史册。这样的做法，说明了忠臣烈士的名誉，确乎是一种高贵的商品。否则，何以有许多人愿意付出这样昂贵的代价，放弃经过千辛万苦挣来的进士出身，继之以血肉甚至生命去追求？
既有这种人物具有这样看法，则内阁首辅虽然承认现实，却又不能放弃理想。
申时行决心做和事佬，他的诚意得到了某些文官的尊重，但并不能为全部人士所谅解。他有时被批评为张居正的循吏，有时则被指责为“首尾两端”，即遇事左顾右盼，缺乏决心。但是申时行却并不因这些批评而改变作风。旁人处在他地位上，可能采取比较直截了当的硬性办法。申时行之“蕴藉”，半由天赋，另一半则因为在前任和后台那里得到的教训。张居正死后被参，家产籍没，子弟流放，如果他仍然按照张的作风办事，至少也是没有头脑。今日他端坐在文渊阁中张居正留下的公案后边，当然不能忘怀张居正当年的神情气概。这位烜赫一时的首辅，确乎把他申时行当作门生和属吏。但也正因他申时行能够虚心下气，才有进步成长的机会，而终于成为张居正的继任人。
他的前任和后台是一个聪明绝顶的人物，能够记忆千头万绪的详情末节，同时又极能了解各种人事的机微。在隆庆皇帝去世的时候，几乎所有的廷臣都厌恶高拱，而对张居正却表示好感。甚至他为了获取首辅的地位，不惜与大伴冯保周旋，并以此得到慈圣太后的垂青种种情节，也得到同僚的谅解。1572年他开始为文渊阁主人，确实是一帆风顺。然而在10年之后竟身败名裂，成为历史上一大悲剧的主角。申时行对这一悲剧的内容十分了然，张居正的根本错误在自信过度，不能谦虚谨慎，不肯对事实作必要的让步。申时行生平不愿宣扬别人的缺点，对于提拔自己的人，更不会妄加批判。他只是从这悲剧的内幕中得到了教益。
张居正的10年新政，其重点在改变文官机构的作风。这一文官制度受各种环境之累，做事缺乏条理。张居正力图振作，要求过于严厉，以至抗拒横生。在他有生之日，他犹可利用权势压制他的批评者，可是一旦身故，他的心血事业也随之付诸流水。
加强行政效率乃是一种手段，张居正的目的，在于国富兵强。理财本来也是他的专长，但就是在此专长之中，伏下了失败的种子。这其中有很多复杂情况，是为外人所未能深悉的。
这种复杂性首先见于税收。本朝1100多个县，表面上看来都是相等的行政单位，但实际每县税粮总数不仅不同，而且相去极远。在多种情形下，总数一经规定，就因袭而不加修改。一个富裕的县份，其税粮总数可以是一个穷僻县的300倍到500倍之间。
当一个县官详细察看他的辖区时，他更可以发现很多难于置信的事实。这足以证明我们所称为制度，往往只是一个理想。比如说，官方所用度量衡和民间所用的就有大小的不同。又比如，很多县份的耕地几个世纪都没有作过系统的丈量，其间有的增加，有的减少，甚至该地区的地形都有了改变，过去所定税粮数额，可能已与现在实际情形大相径庭。至于土地的所有权，经过几易其手的典押，有时也难以认清谁是真正的地主。
有些县份的税额很低，粗粗一看，似乎必须提高税额，至少这样的县份再也不应该有税粮的积欠。但实际情形是，由于原来税额低，不少农民已升为地主，而这些小地主，多系自耕农或半自耕农，仍去饥饿线不远，他们的生活与农村富裕的地主和居住在城市的地主当然不可同日而语。这也就是说，低税的实惠，早已为当地人视作当然，成为生活中不可缺少的因素，欠税欠粮的事情，不能因全县税低而遏止。
有些县份的税粮比较高，这就更不可能如数进入仓库。在一般情况下，收税达到一定的税额，例如某县已征收了税额的60％，则再催征其余的40％极端困难。即使富裕的地主也会仿效贫穷的自耕农拒不纳粮。他们根据多年经验，知道一个县官无法长期和成百成千以拖拉方式拒不纳粮的户主抗衡。旧税未清常常是新税之累，所以官方只好用种种名义把未收的部分减免，其后果就等于鼓励拖欠而拒不纳税。县官对欠税的户主没有别的办法，只能拘押一些人在官衙前拷打，以为其他欠税者戒。然而这些欠税人也另有对付的办法，他们可以贿赂衙役，雇佣一批乞丐代他们挨打，称为“倩人代杖”。南直隶苏州府向称鱼米之乡，就是这样一个典型的地区。申时行生长于苏州吴县，对这些情况已司空见惯。张居正自然也深知此中积弊，所以他给别人的一封信说苏州以赖粮著名，“其乡人最无赖”，此地可称“鬼国”。
百姓缴纳税粮，在规定数字外尚有所谓“常例”，即各地方官按照习惯收入私囊的附加，县官如此，以下村长里长甲长也无不如此。地方官向上缴纳税金税粮，总是先扣常例，至于税额是否如数，则是另一回事。
张居正担任首辅的时候，他用皇帝的名义责令各府各县把税收按照规定全部缴足，这一空前巨大的压力为全部文官所终身不忘。批评张居正的人说，他对京城和各地库房中积存的大批现银视而不见，而还要用这样的方式去敛财，必然会通致地方官敲扑小民，甚至鞭挞致死。这种批评也许过于夸大，但是张居正的做法和政府一贯所标榜的仁厚精神相背，却也是事实，同时也和平素利用乡村替老缙绅所行“间接管制”的形式不符。这种间接管制虽然行政效率极低，实际上却为事势所需，它在成万成千农民之间解决了官方鞭长莫及的难题。
张居正还有一个错误，则是他忽视了文官集团的双重性格。固然有很多官僚凭借特权，引用私人，扶植地主和高利贷者的利益。但是“四书”所揭橥的、为文官集团所标榜的宗旨，也并不全是口头禅。如导之以诚意，一些有责任感的年轻人如邹元标辈，又真能不顾一己安危荣辱，为仁民爱物的宗旨拼命。这种自我牺牲的精神，能在存亡于肤发之间击退北方游牧民族的内犯，也能在万苦千辛中修复黄河的决堤。他们经常批评万历皇帝，其用心也未必真是“沽名卖直”，而是他们深知自我牺牲，必须得到皇帝的肯定和合作，才能使亿万百姓沾惠受益。他们之所以攻击张居正，也正因为在他们心目中，张居正的措施放弃了古圣先贤的宗旨，而是急功好利，企图以世俗的行政效率来代替这种伟大的精神，最终必然窒碍难行，落一个引用私人的下场。
从客观条件来看，张居正之引用私人，是无法避免的。以我国幅员之大，交通通信又极落后，任何有能力的内阁，也不能对各种地方官有周密的了解和实际的控制。张居正一心改弦更张，10年“专政”之后，各地税额并没有调整；地方政府仍然无法管理农村，官吏薪给之低，依然如故。总之，这种维新不过是局部的整顿，而非体制上的变革。张居正本人认真办事，一丝不苟，他亲自审核政府的账目，查究边防人马的数额，下令逮捕犯法的官吏，甚至设计各种报表的格式，规定报告的限期。他所派遣的总督和任命的尚书个个精明能干，然而他们的诚信仍有问题。因为撇开他们本身不说，他们属下的低级机构，依然处于各种各样不合理条件之下，离开了权术，这些高级官员也无精明能干之可言，而权术又总是和诚信背道而驰的。
在名义上张居正是皇帝的顾问，并无决策和任免的权力。为了贯彻自己的意图，他经常以私人函件的形式，授意于他亲信的总督巡抚，要他们如此如此地呈奏皇帝，然后他以内阁大学士的身份票拟批准他自己的建议。为了鼓舞亲信，他有时还在函件上对他们的升迁作出暗示。这种做法，实际上是以他自己作中心，另外形成一个特殊的行政机构，以补助正常行政机构之不及。这在旁人看来，就是上下其手；以气节自负的人，自更不愿向他低头，以免于趋附权势的讥讪。
张居正的全套措施，彻底暴露了这一大帝国中央集权过度的不良后果。在下层行政单位间许多实际问题尚未解决以前，行政效率的增进，必然是缓慢的、有限度的。强求效率增高，超过这种限度，只会造成行政系统的内部不安，整个文官集团会因压力过高而分裂；而纠纷一起，实际问题又会升级成为道德问题。
张居正既不能撇开文官集团而自起炉灶，他的所作所为也就无法避免矛盾。举一个例子说，他个人物质生活的奢华惹人议论至多。数年之前，小皇帝万历听说张先生要改建住宅，增修一座阁楼以便悬挂御笔，于是就亲自下令由内库拨发白银一千两以为资助。因为在小皇帝的心目中，他的老师官俸并不丰厚。但是张居正去世之后，万历皇帝才听说北京张宅的增修费用，竟为白银一万两。更令人惊讶的是北京张宅刚刚修造完毕，湖广的江陵立即出现了一座规模相同的张宅，主其事者是锦衣卫的一个庞姓军官，建造的费用不消说来自官库。张居正获悉此事，自称于心不安，但并