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关于这次灾难的起源，有两个版本。一个是徐宗亮《归庐谈往录》记载，永州镇总兵樊燮曾经拜访湖南巡抚骆秉章，身为幕僚的左宗棠出与樊燮共谈，不料双方“意大龃龉”，虽然樊燮为二品大员，左宗棠以一介举人，居然“进起批樊颊”，并且大肆詈骂，使“樊不能堪”，两人从此结下不解之怨。
而据刘成禺《世载堂杂议》记载，咸丰九年，永州镇总兵樊燮因事谒见骆秉章。骆秉章让樊燮直接去见左宗棠。总兵是二品大员，但清代重文轻武，左宗棠更是看不起胸无点墨的武官。樊燮自恃大员身份，见了左宗棠没有请安，惹得傲慢惯了的左宗棠怒气大发：“武官见我，无论大小，皆要请安，汝何不然？”不料樊燮也是个倔性子，顶撞道：“朝廷体制，未定武官见师爷请安之例，武官虽轻，我也朝廷二三品官也。”
左宗棠平时最忌讳人家提他的“师爷”身份。中不了进士才去给人家当师爷，这是表面上风光无限的左氏内心的隐痛。他最受不了别人因为他的师爷身份而轻视自己，因此勃然大怒，上前一脚踢翻了樊燮，嘴里还大骂：“王八蛋，滚出去！”不久，左宗棠就怂恿骆秉章弹劾樊氏，使他被革职回了老家。
事实是否真的如此具有戏剧性已不可考。但是左宗棠怂恿骆秉章弹劾樊燮确有其事。官场之上，冤家宜解不宜结，因为你不知道哪块云彩有雨。樊燮与湖广总督官文关系极为密切。在官文的支持下，他一个状子把左宗棠告到了朝廷，说左宗棠是“劣幕”，一官两印，嚣张跋扈。一个师爷敢打二品大员耳光，这还了得？朝廷发下谕旨，命人逮捕左氏，“果有不法情事，可即就地正法”。一时之间，不可一世的左师爷头颅岌岌可危。
闻听左氏遇祸，曾国藩“焦灼极切”，他不光为朋友忧，也为大局忧。他在家信中忧心忡忡地写道：
湖南樊镇一案，骆中丞奏明湖南历次保举，一秉至公，并将全案卷宗封送军机处。皇上严旨法责，有“属员怂恿，劣幕要挟”等语，并将原奏及全案发交湖北，原封未动，从此湖南局面不能无小变矣。
左宗棠遇到的这一大难，可与曾氏家居困境相比。左当时对曾是雪上加霜。此际曾国藩却对左雪中送炭，关爱有加。他十分体谅左宗棠此际的心境，怕他因为惊忧过度，损害健康，因此去信加以宽解。九月三十日，曾在给左的信中写道：“得闻樊案又生波折，深恐台端愤悒自伤，适丁果臣一信，道所以处之之法，甚精当，想润帅已抄送左右矣。”
除了温辞慰问，曾国藩还全力以赴，托关系走后门，帮左氏解脱。咸丰帝将此案交湖北正考官钱宝青审办，钱宝青是曾国藩的门生，于是曾氏以座师身份，请他设法缓解。在钱的努力下，左氏暂时未获牢狱之灾，得以顺利离开湖南。
咸丰九年十二月，左宗棠退出了巡抚的幕府，以北上会试为名，打算“直之于朝”，在皇帝面前剖白此事原委。他对这个极端的办法本来也心里没底，一路风雨交加，前途茫茫，心情极差。路上他收到了胡林翼写来的信，劝他不要北上，因为陷害他的人并不会因为他离开幕府而罢手，正在四处布置，他去北京，无疑是自投网罗。左宗棠看了这封信，感到进京既无出路，回到老家，对方仍能“寻踪而得”，深感“侧身天地，四顾茫茫”，无安身之地。思前想后，他决定避难军营。于是调头南旋，来到宿松曾国藩大营。曾国藩对左氏的到来大表欢迎，二十天中，他与左“昕夕纵谈东南大局，谋所以补救之法”。左宗棠向曾国藩表示，请让他自带一队湘军，以一个普通小营官自效，万一官文等“必不相舍，山北山南网罗密布，即匿影深山，亦将为金丸所拟”，那就带队“策马冲锋”，在战场上结束自己的生命。可见悲观到了何等地步。
天下之事，每每祸福相生。谁也没想到，这一次天子亲自问罪，竟成为左宗棠一生命运的重大转折。由于左氏一人事关湖南大局，所以许多大吏特别是两湖官员，积极展开营救。除了曾国藩的努力，还有许多人共同出手。胡林翼写信向官文说好话，老朋友郭嵩焘向肃顺求助。在一番紧锣密鼓的营救下，事情出现了戏剧性的转机。
在“樊燮京控案”以前，就多次有人向咸丰皇帝举荐过左宗棠其人。咸丰因此对左氏印象颇深。这次案件中，又有这么多人为左宗棠求情。潘祖荫甚至对皇帝说出“国家不可一日无湖南，湖南不可一日无左宗棠”这样的话。皇帝因此对左氏更加好奇，因此特意专旨询问曾国藩，想听听曾国藩对左宗棠的评价，以及能否调到曾的麾下使用。曾接旨大喜，于咸丰十年四月回复说：“查左宗棠刚明耐苦，晓畅兵机，当此需才孔亟之际，或饬令办理湖南团防……或破格简用藩、臬等官，予以地方……俾得安心任事，必能感激图报，有裨时局。”
曾国藩明知樊案之后左宗棠已不可能再在湖南办团，但却将此列为首选，其用心在为左宗棠谋取实际官阶，即疏中明白说明的“藩、臬”之职。曾国藩推荐左宗棠，不似胡林翼、潘祖荫那样渲染铺张，但却直截了当地为之谋官谋权，更有力度。
皇帝于是命左氏以四品京堂候补，作为曾国藩的助手，襄办湖南军务。而此前左宗棠因做多年幕僚，得到的官衔是五品兵部郎中。左宗棠做梦也没想到曾国藩等一干朋友的援手，居然使他枯木逢春，化大凶为大吉，他说对此际遇感到“实非梦想所期”。一没有掉脑袋，二没有回老家，对朝廷与朋友们感激涕零，遂摩拳擦掌，准备在曾国藩麾下大干一番。得到左宗棠这样的有力助手，曾国藩当然如虎添翼，他决定放手让左氏大干，派他到湖南募勇，自成一军，以做独当一面的打算。左宗棠仅一个月时间，就募了五千人。此刻的左宗棠意兴勃勃，雄心大炽，他在家书中写道：“此去务要尽平生之心，轰烈做一场，未知能遂其志否？”
二
虽然深受曾国藩的举荐之恩，但左宗棠对曾国藩，自始至终毫无唯唯之态。在曾国藩麾下带兵之初，左宗棠就表现出不甘人下的特立独行风格。
以前，凡是曾国藩麾下的军队，统称为“湘军”，而左宗棠却独树一帜，将自带的五千人号为“楚军”。其他湘军将领募军练勇一遵曾国藩成制，而左宗棠却对曾国藩的那套做法不太感冒。曾国藩选将专要朴实的读书人，以其有根底，有操守，大节不苟。而左宗棠却多用武夫，“亦不尽朴实之选，止取其能拼命打硬仗耳”。左宗棠有左宗棠的算盘。原来，读书人有功名，立了战功很快可以高升，不再为己所用。而武人升到提督已是非常不易，不得不一直在自己脚下盘桓，容易控制。曾国藩招兵，多从原籍湘乡一县招募，左宗棠认为这样弊端尤多，因为一旦失利，往往是举县尽哀，士气容易受挫。所以他从全省各府县招募，优中选优，强中择强。至于营制，他也参用后来脱离曾国藩系的王鑫之法，处处与湘军有所不同。
事实证明左宗棠的名气不是吹出来的。首次亲自带兵打仗，他就旗开得胜。咸丰十年底，太平军兵分三路，包围了曾国藩所驻的祁门。曾国藩四面楚歌，陷于惊恐之中。幸好左宗棠在景德镇经过一日一夜激战，将太平军将领黄文金率领的数万人军队击败，令曾国藩转危为安。
事后，曾国藩专折为左宗棠请功说：“左宗棠初立新军，骤当大敌，昼而跃马入阵，暮而治事达旦，实属勤劳异常，惟系襄办京堂大员，应如何优擢奖叙之处，出自圣裁。”于是皇帝发布谕旨，着左宗棠以三品京堂候补。
曾国藩侥幸渡过此难，不料更大的危险紧接着到来。咸丰十一年二月，太平军李世贤部再度进入江西，并于二月底击败左宗棠，攻占了景德镇，兵锋直指祁门。曾国藩文报不通，饷道中断，又一次陷于绝境，在日记中写道：“忧灼特甚，夜竟不能成寐，口枯舌燥，心如火炙，殆不知生之可乐，死之可悲矣。”甚至给曾纪泽写下了遗嘱。
在这关键时刻，左宗棠再次力挽狂澜。景德镇失败后，他退守乐平，三月六日与李世贤大战于此，左充分利用地形优势，命人开挖壕沟，引水塞堰，大大限制了太平军骑兵的作用。在他的指挥下，左军奋力进攻，结果大败太平军，杀敌五千多人。李世贤大败狂奔，曾国藩再一次走出绝境，他大喜过望，对左宗棠当然又一次奖誉不已，向皇帝汇报称：“（左宗棠）以数千新集之众，破十倍凶悍之贼，因地以审敌情，蓄机势以作士气，实属深明将略，审越时贤。”请求“将左宗棠襄办军务改为帮办军务”。曾国藩甚至对皇帝说，他以此事断定左“将来必能为国家开拓疆土，廓清逆氛”。可谓推崇备至，也预见到了左宗棠后来收复新疆之功，诚可谓“知人之明”。
皇帝又一次接受了曾国藩的建议，“命候补三品京堂左宗棠帮办两江总督曾国藩军务”，左由襄办改为帮办，一字之差，变成曾的副手。随后又晋为太常寺卿，正三品，这是左出山十年来第一次被授真正实职官职。
三
左宗棠也没有想到，在曾国藩的麾下，他晋升能如此迅速。
太平军被赶出江西后，却在浙江势如破竹。咸丰十一年九月，浙江全省几乎全部被太平军占领。咸丰十一年十月十八日，朝廷命曾国藩督办江苏、安徽、江西、浙江四省军事。
曾国藩用人，抱定立人、达人之原则，绝不因自己用着顺手就把这个人压在自己手下不使其升迁。他早就想为左宗棠谋得更大的发展空间。浙江失陷，给了他这个机会。他决定将浙江军务全盘交给左宗棠，让他从此独当一面。十一月十六日，曾国藩在复左宗棠的信中写道：
昨奉廷寄谕旨，谬以鄙人兼办浙江军务。位太高，权太重，虚望太隆，才智太短，殆无不颠蹶之理。即日当具折请辞，而推阁下督办浙江军务。
他说到做到，当月二十五日，他上《恳辞节制浙省各官及军务等折》，说明了自己的想法：“以臣遥制浙军……不若以左宗棠专办浙省……其才实可独当一面。”
左宗棠闻讯大喜。这么多年来，他一直盼着有离开曾国藩羽翼，自己开辟乾坤大展拳脚的一天。他率领军队，兴冲冲地准备起程。这时曾国藩却给他寄来信件，命他按兵不动。原来此时太平军已经把浙江巡抚王有龄围困在杭州，王有龄凶多吉少。如果左宗棠马上出兵救援，万一失败，左氏得承担救援不力之责。如果救援成功，把王有龄救出来，那么浙江巡抚还是要由王有龄来做，左宗棠如何安置？因此直到十一月底，得知浙江巡抚王有龄在围困中自缢而死，曾国藩才密奏清廷，请以左宗棠为浙江巡抚，同时命令左宗棠迅速入浙。曾国藩心机权术之深，可见一斑。
十二月二十四日，清政府任命左宗棠为浙江巡抚，从此，当过多年“假巡抚”的左宗棠成了真巡抚，正式步入大员系列。在投奔曾国藩之初，左宗棠所期望不过是“以小营官自效”，孰料“进步”速度如此之快。这当然全是曾国藩提携之效。曾国藩好事做到底，不但把驻扎在赣浙边界的湘军统归左宗棠节制，而且慷慨地给了他向皇帝的专奏权和征收厘金权。
入浙是左宗棠一直以来的梦想。早在楚军出湘之始，左就注意到浙江这个最富之地。曾国藩这次超额满足了他的梦想，令他快慰无已。而曾国藩在入浙时机上的选择，更让他看到曾国藩为他考虑的细致周到。此时的左宗棠，对曾国藩发自内心地尊重感激，和曾国藩交往中，变得毕恭毕敬，“修敬先达之礼”，“每事必请教而后行”，称“涤帅与我，情意郛洽之至”。这是双方合作中最情投意合的一段。
获得了更大平台的左宗棠的才干更挥洒无余，他竭尽平生才力，专注于浙江军事。同治二年三月，清廷超擢他为闽浙总督。
左宗棠担任巡抚，已经属于破格超升。而仅仅一年之时间，就又擢升总督，居然与曾国藩平起平坐，分庭抗礼了。他说：“近奉冲圣寄谕，吾与涤公均平列。”这一年多中间，左宗棠并无特殊建树，何以如此轻松取得与曾国藩平列的地位呢？
这道圣旨的背后隐藏着大清朝廷极为深刻的用心。原来，曾国藩此时权倾天下，拥兵过广，已经令清廷不放心了。他们怕曾国藩尾大不掉。使左氏与曾分庭抗礼，就是为了分裂湘军，牵制“兵权过重”的曾国藩，达到分湘系集团而治之的目的。
而之所以起用左宗棠来牵制曾国�