这是万历五年的事。经过一年底推行，居正对于条编，更加感到兴趣。万历五年，他不再说“法贵因地”，只是说：“条编之法，近旨已尽事理，其中言不便，十之一、二耳。法当宜民，政以人举，民苟宜之，何分南北。”（书牍九《答总宪李渐庵言驿递条编任怨》）以后经过几年的推行，到万历九年正月，再用诏旨通行全国，一条编法，遂成为通行的法制。
居正六个儿子，敬修、嗣修、懋修、简修、允修、静修：尤其是敬修、嗣修、懋修这三个，居正对于他们盼望更切。懋修底天资最好，居正曾和他说：“汝少而颖异，初学作文，便知门路，吾尝以汝为千里驹。”（书牍十五《示季子懋修》）居正看到当时有才学的人，便罗致给儿子们做朋友，他认为只有这样，才可以敦促他们上进。第一个罗致的是沈懋学，后来万历五年丁丑科进土第一人；其次便是《牡丹亭》底作者汤显祖，不料显祖却拒绝了，居正死后万历十一年癸未，显祖才成进士。敬修是万历元年癸酉科举人，次年甲戌科会试下第。据说居正因此大为生气，甲戌科不选庶吉士，便是敬修下第底结果。万历四年丙子科乡试，懋修失败，（见《示季子懋修》）所以五年丁丑科会试，只有敬修、嗣修同到北京就试。这次敬修依旧落第，嗣修原定二甲第一人，神宗拔为一甲第二人及第。
嗣修登第的事，对于居正，当然是一种快慰。他在这一年和王之诰说起：“豚儿寡学，谬窃科名，其躐登上第，则出主上亲拔，非仆庶几所敢望也。”（书牍九《答司寇王西石》）大致他对于敬修、懋修的希望，还很热切；对于第四子简修，便冷淡了。以后简修由武职出身，所以居正在给之诰信上又说：“简儿叨授一职，遣归完娶。”信上又提及他底父母，和继配王夫人，这时都在江陵。居正曾说“门巷阒然，殆同僧舍”；他在北京的寓居，真有些僧舍底意味。
嗣修登第，毕竟是一件不厌众望的事。明代辅臣在位的时候，儿子会试及第的，不止一次，但是除杨廷和当国，其于杨慎以会试第一人及第，群情翕服以外，其余没有一次不发生许多非议。尤其在居正当国十年之中，万历五年会试，嗣修第二人及第，万历八年会试，懋修第一人及第，敬修同时及第：兄弟三人先后及第，更引起不少的责难。万历十六年顺天乡试，辅臣王锡爵之子王衡第一名中式，当时的风波又来了，大家指摘锡爵，锡爵恨极，次年会试，不许王衡就试，直到锡爵去位多年以后，万历二十九年会试，王衡始以第二人及第，这才证实王衡底才学，同时也表明锡爵底坦白。自此以后，辅臣当国的时候，其子不应会试，成为科举制度底故事。
这里的是非，本来一言难尽。明代的制度，对于大臣底儿于，有文荫或武荫。在大臣建功或是几年任满以后，照例可以荫字。文荫从荫一子入国子监读书起，以后补尚宝司丞，尚宝司卿，这算是一条路。武荫从锦衣卫百户、千户起，以后补指挥同知、指挥佥事，这也是一条路。这两条是怎样的路呢？大学士底儿子不能补大学士，尚书底儿子不能补尚书。由荫生升到大学土、尚书的，没有看见一个。明朝一代，父、子大学士惟有陈以勤、于陛父子二人，但是于陛底大学士，是从乡试、会试挣扎出来的，井不靠以勤底庇荫。惟有乡试、会试才是出身底大路，荫生不但不是大路，甚至反是一件障碍。这是居正始终迫促敬修、嗣修、懋修由乡试、会试出身的原因。居正自己曾经说过：
或言大臣子弟应举，不当与寒士争进取者，此论非也。自晋、唐以来，士人咸重门第，王、谢子孙，与六朝相终始，至隋、唐设科取士，寒素乃得登用，而建官要职，仍多用世家，大臣恩荫，皆得至将相，如唐萧、卢、崔、郑，累世宰相，有至八、九人者。中唐以后，进士一科，最为荣重，而李德裕以其父荫，为备身千牛；或劝之应举，德裕言好驴马不入行，后亦为宰相。盖世家子弟，自有登用之路，不借科目而后显，是科举大臣子弟一人，则退寒士一人矣。若本朝则立贤无方，惟才是用。高皇帝时，用人之途最广，僧、道、皂隶，咸得至九卿、牧、守，大臣荫子，至八座、九卿者，不可缕数。宣德以后，独重进士一科，虽乡举岁贡，莫敢与之抗衡，而大臣恩荫，高者不过授五府幕僚，出典远方郡守而止，即有卓荦奇伟之才，若不从科目出身，终不得登【月无】仕，为国家展采宣猷矣。岂古人所谓乔木世臣之义乎？故大臣子弟，不宜与寒士争进之说，在前代则可，非所以论当今之务也。（文集十一《杂著》）
《杂著》是居正随时的杂录，其中所载的事实，有年、月可稽者，最后为万历七年赐广寒殿镇殿金钱四枚之事。因此不妨假定论世家子弟应举一节，正为嗣修等诸人登第而作。居正《西陵何氏族谱序》（文集八）曾言“采灵菌于粪壤，拔姬、姜于憔悴”，大致是仕宦未遂之作，现在他说“乔木世臣”，显然是仕宦已遂之后的言论。居正对于国家是大臣，对于嗣修等是父亲。是大臣便应当为国家求人才，是父亲便只能为儿子谋出路。也许在嗣修等几次会试的时候，他把父子底关系看得太重一点罢。但是我们眼前看到有些国家，当国的人物正在不断地替儿子争取地位，那么即是居正不免有一些舐犊之情，我们不妨认为这只是人类社会共有的弱点。
万历五年五月，总督两广军务右佥都御史凌云翼进攻罗旁瑶，对于少数民族，又来一次压迫。罗旁在德庆底南面，东西数百里，都是瑶山。宪宗成化年间，韩雍经略两广的时候，曾经讨平一部分，但是后来瑶人不断起兵，成为两广的祸患。殷正茂提督两广军务，又提议讨伐罗旁。万历三年，正茂去职，云翼继任，于是这个责任，落到云翼身上。万历四年，居正去言说：
罗盘、渌水之事，石汀公在任不能处，乃诿难于后人，诚为不恕。然此地不沾王化数十百年，义所当讨，在公诚不宜使之跳梁于卧榻之前也。但须审图而后动，动而必胜，胜而无损，乃为万全。不然，又不如姑置之之为便也。（书牍八《答两广凌洋山计剿罗盘寇》）
云翼到任以后，从容布置，广西总兵李锡，广东总兵张元勋底军队都调齐了，万历五年进攻，不久就打一个胜仗，居正再去一信说到：
罗旁之役，闻已获功万余，计所卤获，又当称是，即有伏逸，谅亦无多。宜乘此势，多方招部，开其生路，随宜处置，务绝后患，则一劳永逸之策也。（书牍九《答两广凌洋山》）
这年五月，“大功告成”，云翼在这次“战功”里，俘斩招降四万二千八百余人，确实是一个大役。云翼上疏，主张开辟州、县，招徐农垦，经过一度迟疑以后，居正接受这个建议。他说：
罗旁之役，初意但恐宿寇初除，根株未尽，姑少迟建设，以俟人心之定，会新司马（兵部尚书王崇古）亦以此为言，遂从再议。近来彼中人来，皆言此地在四府之中，素称沃壤，与广右边徼不同，且远近之民，愿受廛者众，不设官建治，何以统之？是以知再议之为迂谬也。伫俟大疏至，即属铨部选除矣。但闻愿附籍者，多系远县之民，其中或有来历不明，流浪无根，或贼党诡名伪姓，若但务招徕，不加审别，兰、棘并植，狼、羊同饲，将复为昔日之罗旁矣。窃以四方邻近之人，亦自有就招者，彼风土既习，板籍有据，环数百里之内，封壤相接，迁徙无难，且彼素被贼患，茹苦日久，今界之以沃土，与之以安乐，亦所以偿之也。其中徭赋务从轻省，法令不宜烦苛，使人怀定居，远迩争附，数年之后，可尽化为乐国矣。夫戡乱非难，已乱为难，当此重开再辟之时，即宜为长治久安之计，惟高明择焉。（同卷《答两广凌洋山计罗旁善后》）
这是广东罗定州（本为泷水县、万历五年升为罗定州、今罗定县。）底来历。罗定州新开二县，东为东安县，（今云浮县）西为西宁县。（今郁南县）从此广州、高州、肇庆、梧州四府交界的原野，又添了国家的新壤。
万历五年五月宫内文书官邱得用口传圣旨，“慈庆、慈宁两宫，著该衙门修理见新，只做迎面。”这只是一件不重要的工程，而且是仁圣皇太后、慈圣皇太后底住所，谈不到驳回，但是居正认为这是不急之务，立刻拒绝。在神宗尚在冲龄的时侯，实际的政权，在皇太后手里，然而居正顾不得，他认定大臣有大臣底身分。居正疏称：
臣等再三商榷，未敢即便传行。窃惟治国之道，节用为先，耗财之原，工作为大。然亦有不容已者：或居处未宁，规制当备，或历岁已久，敝壤当新，此事之不容已者也。于不容已者而已之，谓之陋，于其可已而不已，谓之侈，二者皆非也。恭惟慈庆、慈宁，乃两宫圣母常御之所，若果规制有未备，敝壤所当新，则臣等仰体皇上竭情尽物之孝，不待圣谕之及，已即请旨修建矣。今查慈庆、慈宁，俱以万历二年兴工，本年告完。当其落成之日，臣等尝恭偕阅视，伏睹其巍崇隆固之规，彩绚辉煌之状，窃谓天宫月宇，不是过矣！今未逾三年，壮丽如故，乃欲坏其已成，更加藻饰，是岂规制有未备乎？抑亦败坏所当新乎？此事之可已者也。况昨该部、该科，屡以工役繁兴，用度不给为言，已奉明旨，“以后不急工程，一切停止。”今无端又兴此役，是明旨不信于人，而该部、科，必且纷纷执奏，徒彰朝廷之过举，滋臣下之烦言耳。方今天下民穷财尽，国用屡空，加意撙节，犹恐不足，若浪费无已，后将何以继之？臣等灼知两宫圣母，欲皇上祈天永命，积福爱民，亦必不以此为孝也。臣等备员辅导，凡可将顺，岂敢抗违，但今事在可已，因此省一分，则百姓受一分之赐，使天下黎民，万口同声，祝圣母之万寿，亦所以成皇上之大孝也。伏望圣慈，俯鉴愚忠，将前项工程，暂行停止，俟数年之后，稍有敝坏，然后重修未晚。臣等干冒宸严，无任悚栗之至。（奏疏五《请停止内工疏》）
这一个奏疏上去，文书官随即口传圣旨，“先生忠言，已奏上圣母，停止了。”皇太后和神宗对于居正，到了言听计从的时候，居正认定自己底责任，所以不得不说。万历五年，整个国家的财政，已经有了良好的基础，但是居正认为国防民生，都需要很大的经费，在有余的时候，还要计划怎样轻徭薄赋，使百姓们得到实在的利益。他舍不得把铢积寸累的资财，浪费在琼楼玉宇上面。他知道这次修理两宫，是皇太后底意思，但是为了国家着想，他决定在皇太后面前顶一下。
万历二年，《穆宗实录》修完，神宗加恩居正，荫一子做中书舍人，居正两疏辞免。万历五年，《世宗实录》修完，神宗因为居正是实录馆总裁，再行加恩，吩咐内阁拟敕，居正把加恩同官的敕书拟定奏上，但是没有提到自己。神宗随即着文书官邱得用口传圣旨：
皇祖四十五年《实录》，字字句句都是先生费心看改几次，我尽知道，先生恩该首加，却怎的不拟这敕？着令改拟了才行。
这一次居正在复疏里，痛切地把自己底心境说清。他说：
臣以羁单寒士，致位台鼎，先帝不知臣不肖，临终亲握臣手，属以大事。及遭遇圣明，眷倚弥笃，宠以宾师之礼，委以心膂之托，渥恩殊锡，岂独本朝所无，求之前史，亦所希觏。每自思惟，古之节士感遇知己，然诺相许，至于抉面碎首而不辞，既已存亡死生矣，而犹不矜其能，不食其报，况君臣分义，有不可逃于天地之间者乎？用是盟心自矢，虽才薄力儯郑弈苁髦埠杈蓿源鹗饩欤┯诠抑拢宦鄞笮。辉裣芯纾擦λ芪炙蔽撸淘副现墙吡σ酝贾∠釉褂兴ケ埽痛嵊兴ゴ牵┪癯坦拢桓矣幸缓陵槎髂崩模褂诔甲臃忠澹跎倬≡贫９首曰噬狭儆岳矗佑诔迹奈渎灰瘢秽此摹⑽逡樱冀晕锤伊臁Ｗ蛞跃拍耆温噬嫌诔家匀伲家晕宓戎唬家嗫沂璩麓牵氐们攵笠选Ｆ窀乙熘谖撸怨亮魉字眨扛撬厮耸恼咧林兀桓易员称涑跣墓室病＝暌岳矗贾宀幻鳎词轮啦唤玻从谐叽纾瓷＜剑＜讲坏茫场敬箟客糁醋笕鸨ㄓ谏险撸记苑侵坑陨砦识茨芤病＝衲艘澡使┓钪郏催逗岫魑赵笾剑蚱饺账匀懊阏撸允艚梦保耸胄胖看顺妓哉棺嘉胁荒芤蝗兆园舱咭病３嘉湃顺际戮抟椋薅恰＝癯妓裕砸颜嫱路纬Γ抢砭憬撸栉┗噬细瓷昵懊家嗖还僦创舜牵伦嗦盘冢杂锓充拢�