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2013年10月29日，在联合国没得到帮助的情况下，新欧洲联盟表示愿意承担起在南克之间维持局势的义务，并且表示将派部队进入南克两国的边境地区。
2013年11月2日，新欧洲联盟的第一支2000人的快速反映部队抵达了南克边界上克罗地亚一侧的科瓦尔，开始正式负责在两国边境上的巡逻任务。但是此时已经晚了，南克双方的正规军已经展开了战斗，局部地区的冲突已经很严重。而南斯拉夫做为新欧洲联盟的成员国之一，而新欧洲联盟的军队已经开进了克罗地亚，克罗地亚就认为这是新欧洲联盟的侵略。实际上南斯拉夫与克罗地亚交战的部队只是2，3线的后备军人，南斯拉夫国防军已经在新欧洲联盟进行军事整合的时候被划进了新欧洲联盟军团，自身并没有大规模的军队。新欧洲联盟的行动引起了克罗地亚的怀疑，当天克罗地亚就向英美两国发去了请求，表示克罗地亚愿意加入以美国为首的新北美自由贸易组织，但是英美要负责克罗地亚的安全。但是英美两国都没发表态度。
2013年11月15日，由于没有得到英美两国的支持，而新欧洲联盟已经部署了2万人的部队在两国边界上，冲突的局势已经得到了控制。但是这天一支由原南斯拉夫国防军为主的新欧洲联盟的军队在进行巡逻时，遇到了克罗地亚游击队的袭击，当场就被打死了20多人，虽然在后面的战斗中，这支100多人的巡逻队打退了克罗地亚游击队的进攻，也歼灭了对方40多人，但是这并不能平息南斯拉夫籍军人的愤怒。在返回军营经过一个克罗地亚村庄的时候，这支巡逻队中的南斯拉夫籍军人袭击了这个村庄，全村庄200多人出了一个躲在地窖里面的年轻姑娘逃过了死亡外，其余的全被杀害。最为要命的是，这个姑娘当时正在为家人拍照片，而在村庄被袭击的时候，照相机正在她的手上，所以南斯拉夫籍军人的残酷暴行就被拍了下来。这队军人在把所有被害者都掩埋了后，以为天不知地不知，就离开了村庄，并向上级隐瞒了事情，时候才知道他们是怕受到处罚，事后集体决定隐瞒真相的。而在这支军队离开后，幸存下来的这个姑娘就跑到了克罗地亚军队控制的地区。
2013年11月17日，克罗地亚主要的报纸，以及世界上各大报纸都刊登了克罗地亚一个村庄200多人遭到南斯拉夫籍士兵的集体屠杀，而上面还附上了幸存者的口述已经拍摄的照片。世界舆论大哗，这下可不得了，各个国家都攻击了新欧洲联盟军队。此时美国也参加了进来，表示美国愿意帮助克罗地亚彻底调查这一事件。而这一事件也在克罗地亚国内引起了巨大的动荡，民众都要求新欧洲联盟军队撤出克罗地亚国境，并且要求新欧洲联盟交出凶手。一些克罗地亚的激进组织还要求向南斯拉夫进攻，结束停火。
2013年11月20日，新欧洲联盟逮捕了制造这一事件的80多名南斯拉夫军人，并且对其中的10个主要负责人进行了审判。本来这一事件应该能够平息了。但是好事多磨，在这时候，这批南斯拉夫军人中的一个，经受不住良心的谴责（时候发现是被美国收买）向公众透露了整个事件真相，以及很多以前并没被发现的暴行，其中包括规模较小的几次对克罗地亚人的屠杀，强奸，纵火等。本已经平息下来克罗地亚民族情绪再次被点燃。新欧洲联盟遇上了巨大的困难。
2013年11月25日，中俄两国都表示愿意派遣调查人员帮助调查所有事件的真相。但是克罗地亚拒绝了中俄的帮助，因为他们认为中俄实际上是站在新欧洲联盟这边的，对调查的公平性有不良影响。最后接受了南非派出的调查官来调查事件的真相。
2014年1月27日，南非调查官递交了完整的调查结果，其中包括了数次南斯拉夫籍军人对克罗地亚平民的屠杀，强奸，纵火等事件，而新欧洲联盟军队的别国籍军官并没阻止南斯拉夫军人的行动，数次在知道实情后还帮助南斯拉夫军人隐瞒事情。这一调查结果马上就受到了新欧洲联盟的职责，并且表示新欧洲联盟的军官不会是这种人。但是在事实与证据面前，那些当事军官都承认曾经帮助南斯拉夫军人隐瞒事情。世界再次被震惊了。最后新欧洲联盟表示将不继续审理这一案件，将交到设在瑞士的中立国法庭来审理，这也是对克罗地亚的让步，制止克罗地亚已经膨胀的民族情绪继续升温。
2014年2月14日，在瑞士的中立法庭结束了案件的审理，宣布当事的80名南斯拉夫军人中的15人有严重罪行，其中10人被判处死刑，5人无期徒刑，另外还有35人是轻度罪行，分别被判了20年到2年的徒刑。剩下的40人被宣布无罪释放。而新欧洲联盟军团在这一事件中负有不可推卸的责任，被判向克罗地亚受害者赔偿高大50亿新欧元的赔款。瑞士法庭的判决虽然满足了克罗地亚的要求，但是却不能被南斯拉夫所接受。
2014年2月20日，南斯拉夫爆发了更大的新闻，南斯拉夫揭露了克罗地亚游击队在南斯拉夫境内所犯下的暴行，当然，同时提供了详细的证据，并有人证！而克罗地亚政府表示这并不是克罗地亚政府的行为，克罗地亚并不会负责。
2014年2月25日，南斯拉夫把克罗地亚游击队的罪行提交瑞士的国际法庭，要求对克罗地亚审判，但因为这并不是克罗地亚政府行为，所以瑞士国际法庭表示只可以对那些游击队员进行审判，而不应对克罗地亚有所指责。但是这些证据并不能证明是哪支游击队，哪个游击队员干的，所以并没有多少法律上的效力。南斯拉夫对他受到的不公平待遇表示了严重的抗议。
2014年3月5日，南斯拉夫的敌后游击队在克罗地亚境内开始了大规模的破坏活动。克罗地亚遭受了严重的打击与损失，这主要是发生在边远地区，克罗地亚政府军根本拿这些来去无踪的游击队没有丝毫办法。而对这些游击队进行追击时，到达南克边境的时候总会受到新欧洲联盟军队的阻拦，而放跑了南斯拉夫游击队。
2014年4月20日，克罗地亚表示新欧洲联盟军队是在帮南斯拉夫游击队对付克罗地亚，要求新欧洲联盟军队撤离克罗地亚，不然对新欧洲联盟军队的安全不负任何责任。
2014年4月21日，新欧洲联盟表示，他们的军队并没有帮助南斯拉夫游击队进行对克罗地亚的打击报复行动，只是在维护边境地区的安全与稳定。而新欧洲联盟军队并不怕克罗地亚的威胁，而将在南克边境继续执行任务。同时宣布在南克边境的新欧洲联盟军队将增加到25000人。
2014年5月5日，一支200人的新欧洲联盟军队的巡逻队在克罗地亚境内距离南克边境线5公里的地方受到克罗地亚游击队的袭击，新欧洲联盟军队的巡逻队在救援部队的支援下，打退了克罗地亚游击队的袭击，虽然击毙了多达30名的游击队员，但自己也死亡12人，受伤50多人，2辆装甲车被击毁。到5月底，一共有多达16支的新欧洲联盟军队的巡逻队遭到了克罗地亚游击队的袭击。
2014年6月1日，新欧洲联盟就自己巡逻队遭受克罗地亚游击队袭击的事件发表了声明，表示如果克罗地亚不能控制好自己国内的人民的话，那么新欧洲联盟将“帮助”克罗地亚政府来干好本应该是他们自己的事情！新欧洲联盟已经完全愤怒了，在5月中，新欧洲联盟已经向克罗地亚发去了几次外交照会，要求克罗地亚约束其游击队，但是都没得到克罗地亚方面满意的答复。
2014年6月7日，新欧洲联盟在南克边境地区的军队已经增加到了5万人。新欧洲联盟已经开始准备对在克罗地亚境内的克游击队展开报复打击了。
2014年6月9日，新欧洲联盟军队对在克罗地亚境内的克游击队基地进行了打击行动。在空中战斗机的支援下，新欧洲联盟的地面进攻取得了一定的成效。克罗地亚国防军也起飞了战斗机对新欧洲联盟的攻击飞机进行了拦截行动，但是在被迅速打下了3架后，克罗地亚空军就再也不敢出动了。此战，新欧洲联盟一共清除了克罗地亚3支游击队，消灭了8个游击队基地。这是远远不足的，据新欧洲联盟的军事专家估计，克罗地亚人数在1000人以上的大型游击队至少有8支以上，还不包括那些只有几十人的小部队了。
2014年7月26号，新欧洲联盟对克罗地亚非政府游击队的打击结束，在一个半月的行动中，新欧洲联盟军队一共清除了10多支克罗地亚大小游击队。消灭战斗人员多达2000多人，俘虏5000多名游击队员，其中大部分是克罗地亚正规军的退役人员。而新欧洲联盟的军队主要是依靠空中打击来进行反游击战的，所以自身伤亡微乎其微。但是克罗地亚的2支最具实力的游击队却逃过了打击。新欧洲联盟怀疑这2支游击队是由克罗地亚政府军直接改建的！
2014年7月27日，新欧洲联盟公布了反游击战的结果，并且表示如果克罗地亚还继续在暗中支持游击队袭击新欧洲联盟部队的话，那么新欧洲联盟的打击报复范围将不只限于游击队上。同日，克罗地亚对新欧洲联盟的指责进行了反击，表示克罗地亚并没在暗中支持任何对新欧洲联盟军队进行袭击的行动。
2014年9月2日，平静了一个多月的南克边境再次出现战火。一支在南斯拉夫境内距离南克边境线5公里处巡逻的新欧洲联盟军队受到了游击队袭击，而后在赶来的南斯拉夫内卫部队的帮助下赶跑了这支游击队。事后确认是克罗地亚游击队“克罗地亚民族旅”干的。
2014年9月3日，新欧洲联盟对再次出现游击队袭击新欧洲联盟军队巡逻队的事件向克罗地亚表示了严重的警告，并且要求克罗地亚交出这支游击队的主要负责人，让瑞士国际法庭审判。克罗地亚当即拒绝了新欧洲联盟的要求，并且表示这一切与克罗地亚政府无关。
2014年9月8日，一支新欧洲联盟军队的特种部队在克罗地亚境内30公里处的“克罗地亚民族旅”逮捕了该旅的二号人物库克。并且在随后的审讯中，发现了这支游击队完全是由克罗地亚政府军改编的，而克罗地亚政府也一直对其提供援助。
2014年9月15日，新欧洲联盟宣布了对库克的审讯结果，并且指责了克罗地亚政府的不光彩行为，要求克罗地亚解除这支游击队，不然新欧洲联盟将对克罗地亚进行报复性打击。
2014年9月16日，克罗地亚政府宣布新欧洲联盟的审讯并不能证明克罗地亚政府与“克罗地亚民族旅”有任何关系，并且不会解散这支游击队，因为这更本不是克罗地亚政府管辖的范围。而克罗地亚也不会畏惧新欧洲联盟的威胁。同日，克罗地亚全国进入了紧急状态。
2014年9月21日，新欧洲联盟在数次得不到克罗地亚的满意答复后，开始了对克罗地亚的打击行动，行动由空军的轰炸开始。在第一波攻击中，克罗地亚的雷达，指挥，防空系统都受到了猛烈打击，克罗地亚已经丧失了国土制空权。
2014年10月15日，新欧洲联盟在用空军基本上摧毁了克罗地亚的武装设施，与军事能力后，地面部队正式参战。
2014年10月28日，新欧洲联盟已经攻陷了克罗地亚首都萨格勒布，克罗地亚政府流亡美国。同日，由新欧洲联盟扶持的新克罗地亚政府宣布在萨格勒布成立。新欧洲联盟对克罗地亚的军事行动宣告结束。但是在克罗地亚各地展开的游击战一直持续到了1年以后，当新欧洲联盟对克罗地亚进行了大规模的经济援助，帮助克罗地亚新政府发展了经济，全克罗地亚人民的生活水平得到了巨大提高后，游击战才没了生存的土壤，克罗地亚的局势才得到稳定。
克罗地亚战争是新欧洲联盟成立以来进行的第一场战争，虽然其中受到了很多挫折与损失，但最后成功�