嘉靖时期
武宗无子嗣无兄弟。死后由孝宗弟兴献王长子朱厚熜即位，是为明世宗。世宗一即位，罢黜各地镇守太监，整顿税收，节俭财政，似乎要有所作为。但是大礼议事件严重损害了朝政：世宗要求称生父为皇考，称孝宗为皇伯考。但内阁辅杨延和、礼部尚书毛澄等坚持以为不可，但是也有一些大臣纷纷迎合帝意。最后世宗尊其生父恭睿渊仁宽穆纯圣献皇帝，庙号睿宗。这样睿宗神主就升祔太庙，而跻于武宗之上（嘉靖帝隆庆元年，罢睿宗明堂配享）。大礼仪引起轩然大波，朝臣中反对者均受打击，或被罢官，或被入狱。受杖者一百八十余人，杖死者十七人。自嘉靖二十一年（1542年）“壬寅宫变”后世宗即不视朝。此后宠臣严嵩专政2o余年。
嘉靖一朝，北面鞑靼部趁明朝衰弱而占据河套。嘉靖155o年，鞑靼领俺答汗进犯，在北京城郊大肆抢掠之后西去，明军在追击中大败，此为庚戌之变。穆宗时，明朝与蒙古通好，俺答被封为顺义王，在南部海疆，倭寇横行，人民生活生产受到严重破坏。但是后为戚继光、胡宗宪、俞大猷剿灭。
隆庆新政
世宗去世后，皇子朱载垕即位，是为明穆宗，改元隆庆。穆宗在位六年，任用能臣如高拱、徐阶、张居正等。
隆庆朝名臣名将荟萃，6上与蒙古达成和议，史称俺答封贡；海上开放民间贸易，史称隆庆开关；因为这两项伟大措施，明朝又重现中兴气象，史称隆庆新政，为万历中兴奠定了基础。
张居正改革
隆庆六年，明穆宗突然中风驾崩，子朱翊钧继位，改元万历，是为神宗。由于年幼，由太后摄政。重臣高拱由于与太后信任的宦官冯保对抗而被罢官，张居正得到冯保的支持。
张居正辅政十年，推行改革，在内政方面，提出“尊主权，课吏职，行赏罚，一号令”，推行考成法，裁撤政府机构中的冗官冗员，整顿邮传和铨政。经济上，清丈全国土地，抑制豪强地主，改革赋役制度，推行一条鞭法，减轻农民负担。洪武年间，全国耕种田地有八百五十万零七千六百卅二顷。到了15o2年降低到四百二十二万八千零五十八顷。而万历九年经过张居正的治理后达到七百零一万三千九百七十六顷。军事上，加强武备整顿，平定西南骚乱，重用抗倭名将戚继光总理蓟、昌、保三镇练兵，使边境安然。张居正还启用潘季驯治理黄河，变水患为水利。同时严惩贪官污吏，裁汰冗员。张居正改革后，万历初年呈现出太平盛世的景象，史称万历中兴。
万历中兴
张居正死后初期，万历帝尚能保持对朝政的兴趣，但不久就开始怠政。万历14年后，神宗就开始连续不上朝。万历十七年元旦后，神宗以日食为由免去元旦朝贺，此后每年元旦神宗再也不视朝。由于神宗不理朝政，缺官现象非常严重。神宗委顿于上，百官党争于下，政府完全陷入空转之中。官僚队伍中党派林立，互相倾轧，如东林党、宣党、昆党、齐党、浙党等名目众多，但其所议议题却不是如何改良朝政，只是人事布局而已。然后正是由于这些原因，民间工商业以及文化得到极大的展，万历年间是明代经济最达的时期，所谓资本主义萌芽，正是兴盛于此。
万历朝包括援助李氏朝鲜抵抗日本侵略的壬辰倭乱、平定宁夏啺葜摇⑵蕉ü笾菅钣α业耐蚶笳鞫既〉昧耸だ�
万历四十六年8年），后金汗努尔哈赤以“七大恨”告天，誓师叛明。次年在萨尔浒之战中大败明军，明对后金从此转为战略防御。万历48年，神宗病逝。
天启时期
泰昌元年2o），光宗驾崩。长子朱由校继位，是为明熹宗，改元天启。熹宗文化水平不高，又喜欢木匠工作。阉党魏忠贤趁势而起，结党乱政，明朝社会更加黑暗。
所谓的“魏忠贤乱政”，是明朝文官集团中占有优势数量的“东林党”和“浙党”、“齐党”、“鲁党”为了各自的利益所引的。皇帝企图通过内廷与朝中少数派的官员联合起来，从东林党把持的内阁中争夺权力的斗争。这种斗争随着天启皇帝病逝而最后告终。天启皇帝死后，崇祯皇帝又开始起用“东林党”官员，1627年十月魏忠贤被皇帝调到凤阳看守皇陵，魏忠贤上吊自杀。
崇祯时期
天启七年，熹宗死去。继任熹宗的是其弟信王朱由检，是为思宗（明安宗初谥为思宗，后改为毅宗，明绍宗谥为威宗），年号崇祯。他即位后，锐意改革朝政。他先下令停建生祠，又逼客氏移居宫外。时机成熟后，崇祯帝下令魏忠贤去凤阳守陵。魏忠贤在前去过程中得知被崇祯帝已派锦衣卫来逮捕他，便与党羽李朝钦一起自缢。崇祯帝将其级悬于河间老家。同时将客氏押到浣衣局处死。阉党其它分子也被贬黜或处死。阉党专权虽然结束，但其后朝中又党争不断，崇祯帝对朝政又开始失望。为中兴国政，他开始加强集权，力图控制百官，任用宦官来贯彻自己的革新意志。
年（崇祯二年月，后金汗皇太极由蒙古人做向导亲率大军，通过喜峰口，从龙井关突破长城，攻陷遵化、滦州、永平、迁安四座要塞，直逼帝都。由于人事变动，朝廷一度失去了对辽西边防军的控制，而卫戍帝都之三大营为后金武力威慑，北京城外园亭庄舍被入侵者蹂躏殆尽。同年12月，崇祯帝诏令天下兵马进京勤王。
年（崇祯三年），帝以“咐托不效，专恃欺隐，以市米则资盗，以谋疑则斩帅”等罪名将负责辽东军务的袁崇焕处死。同年，后金大军直抵北京城外，明廷大震，重庆女总兵秦良玉挺身而出，率领“白杆兵”主动向八旗军起进攻。在北京永定门外，皇太极派出多尔衮部迎战秦良玉部。这一仗，秦良玉率白杆兵在孙承宗等老将的配合下战胜铁蹄骑兵。之后，秦良玉又趁风雪之夜成功偷袭后金大汗皇太极的大营。迫使皇太极不得不连弃滦州、永平、迁安、遵化四城，无功而返，退出关外。
年，明清松锦之战爆，1642年洪承畴在松山被俘，祖大寿在锦州投降。松锦之战标志着明朝在辽东防御体系的完全崩溃，在关外只剩下宁远一座孤城。
年，李自成攻陷洛阳，杀福王朱常洵年十月年李自成攻破潼关，十一月占领西安。张献忠领导的农民军先是攻克了湖广地区，后又攻克四川，建立大西政权年李自成在西安建立大顺政权，年号永昌年（崇祯十七年）三月，农民军攻陷大同、宣府、居庸关。十八日，农民军攻克北京外城。次日凌晨，崇祯帝在北京煤山自缢，明朝灭亡。
南明时期442）
弘光时期
年四月廿一日，李自成亲率部队与吴三桂在山海关外的一片石大战，但由于清军参战，李自成大败，接着放弃北京向西安撤退。五月初二，清摄政王多尔衮进京。八日，清顺治帝进北京，北京开始成为清朝都城。而在南京明朝设有形式上的基本的政府机关年五月初三日，崇祯皇帝的堂兄弟福王朱由崧被推为监国。十二天后，朱由崧即皇帝位，是为安宗，以次年为弘光元年。弘光政府内斗不断，内部由阉党余孽专权，实行“联虏平寇”的错误国策，弘光帝也不理政事沉湎在酒色。此时农民军接连内讧，与清军交战时也连连失败，弘光元年正月，清军攻破潼关，李自成向湖北撤退。弘光元年三月，多尔衮将军事重心东移，命多铎移师南下，进攻南明。清军很快就到了史可法镇守的扬州城，史可法死守七日七夜，城破，史可法被杀，清军随后在扬州进行整整十日的大屠杀，史称扬州十日，死难者达8o万。之后，清军渡江，攻破南京。弘光帝被俘，押解到北京，次年被杀于北京宣武门外的柴市。清军占南京后，又接连攻克苏州、杭州、松江、常州等江南大部。弘光元年六月，清军再下剃令，命令十天之内，清占区汉人一律模仿满族装饰剃易服，“留头不留，留不留头”，引了汉族群众的强烈反抗。江南百姓纷纷起义抗清，其中以嘉定和江阴人民的抗清尤为顽强激烈，先后生了“嘉定三屠”和“江阴八十一日”等抗清事件，但都被清军血腥镇压。清朝统治者野蛮贯彻执行剃易服，期间死难者人数总数逾越百万。
隆武、绍武时期
弘光政权覆灭后，鲁王朱以海监国于绍兴，唐王朱聿键称帝于福州，是为绍宗，年号隆武。隆武帝是南明时期最有作为的一位皇帝，励精图治，关心百姓疾苦，一洗前人弊端，基本国策改以“御虏”为主，但被拥立其继位的郑氏集团架空，处处受制于郑芝龙年（隆武二年）二月，清军开始征伐福建与浙江。六月，鲁王兵败，在张煌言保护下逃亡海上。八月，隆武帝与清朝追兵搏斗时被乱箭射杀于汀州城衙的大堂被俘杀）。十一月初五，隆武帝之弟朱聿鐭称帝于广州，是为文宗，改元绍武，仅41天即被清军俘虏绝食而死。十一月十五，郑芝龙不顾郑成功苦谏，北上福州降清。
永历时期
隆武帝被害后，桂王朱由榔于当年十月初十监国于肇庆，11月18日称帝，是为昭宗，以次年为永历元年。永历政权与已经被击溃的张献忠李自成残部联合抗清，一度收复湖南全境；郑成功坚持在东南沿海地区进行抗清活动，一度攻克过漳泉二府，并奉永历为正朔，永历二年，永历帝指派宁靖王朱术桂到郑成功的部队监国。永历三年后，清军大兵压境，湖南再度沦陷。永历四年，清军攻克广州与桂林。永历帝被迫退守南宁。
永历五年，孙可望迎永历帝入贵州安隆所。不久，以大西军余部为主体的南明军对清军展开了全面反击。李定国率军8万东出湖南，取得靖州大捷，收复湖南大部；随后南下广西，取得桂林大捷，击毙清定南王孔有德，收复广西全省；然后又北上湖南取得衡州大捷，击毙清敬谨亲王尼堪，天下震动。同时，刘文秀亦出击四川，取得叙州大捷、停溪大捷，克复川南、川东。孙可望也亲自率军在湖南取得辰州大捷。东南沿海的张煌言、郑成功等的抗清军队也乘机动攻势，接连取得磁灶大捷、钱山大捷、小盈岭大捷、江东桥大捷、崇武海大捷、海澄大捷的一连串胜利，并接受了永历封号。
之后，刘文秀于四川用兵失利，在保宁战役中被吴三桂侥幸取胜。而孙可望妒嫉李定国桂林、衡州大捷之大功，逼走李定国，自己统兵却在宝庆战役中失利。东南沿海的郑成功也在漳州战役中失利。所以明军在四川、湖南、福建三个战场上没能扩大战果，陷入了与清军相持的局面。之后李定国与郑成功联络，53年、1654年率军两次进军广东，约定与郑会师广州，一举收复广东，但郑军屡误约期，加上瘟疫流行，导致肇庆战役和新会战役没能成功。但郑成功部队并没有闲着，1656年，郑军取得泉州湾大捷，1657年又取得护国岭大捷。
永历十年56年），孙可望秘谋篡位，引了南明内部一场内讧，李定国拥永历帝至云南，次年大败孙可望，孙可望势穷降清。孙可望降清后，西南军事情报尽供清廷。永历十二年58年）四月，清军主力从湖南、四川、广西三路进攻贵州。年底吴三桂攻入云南，次年正月，下昆明，进入云南，永历帝狼狈西奔，进入缅甸。李定国率全军设伏于磨盘山，企图一举歼灭敌人追兵，结果因内奸泄密导致未能大获全胜，南明军精锐损失殆尽，此即磨盘山血战。
这时郑成功趁清军主力大举攻击西南之际，率领十余万大军北伐，接连取得定海关大捷、瓜州大捷、镇江大捷一系列的胜利。一度兵临南京城下，并收复长江中下游四府地方，然而郑军中了清军缓兵之计，最终失败，撤回厦门。清军派大军围攻厦门，企图一举歼灭郑成功，但郑成功沉着应战，取得厦门海大捷的胜利，全歼达素率领的八旗、绿营水师，炮毙清顺治帝于厦门思明港，稳定了东南沿海局势。
此时清军入缅，逼迫缅甸政府交出永历帝。永历十五年三月郑成功派儿子郑经留守金厦，自己攻打被荷兰占领的台湾，经过九月苦战于次年二月复台。永历十六年四月，永历帝被吴三桂绞杀于云南昆明，南明灭亡。
明郑时期283）
永历帝被害后，全国较大规模抗清活动就只有夔东十三家与郑成功在台澎金厦2年清军开始对其进行绞杀，4年，夔东十三家军抗清失败，领李来亨全家**。永历十六年五月郑成功病逝后，郑经从厦门来到台湾接手经营，继续沿用永历年号，表面上仍旧奉明监国宁靖王朱术桂为正朔，并于次年从福建迎接朱