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舰队的丧失使拿破仑确信，必须迅速而有效地把埃及组织起来，必须在埃及站稳脚跟，因为法军还要在此地呆相当长的时间。拿破仑那灵活的、爱思索的脑袋似乎有使不完的劲，战争、防务、税收、政府、法院机构、贸易、艺术和科学，全都引其他的注意。他毫不迟疑地发出一道道命令和指示，为的是防止与失败俱来的迫在眉睫的危险。８月２１日，拿破仑以法国科学院为模式建立了埃及科学院，蒙日任院长，拿破仑任副院长。科学院的任务就是促进埃及的进步和传播文化。考古学者、地质学者和历史学家从尼罗河到阿斯旺瀑布，考察古代王国的遗迹。科学家、工程师们则研究防治传染病和设计灌溉工程。在总工程师、建筑学家勒佩尔的领导下，他们正在进行苏伊士地峡的水准测量和联结地中海、红海的运河开凿工程。由于舰队的覆灭，专家学者们失去了绝大部分的财物和许多机械设备，很多事情不得不从头做起。他们扩大谷物的耕种面积，建造大型烘炉和面包房，以解决粮食供应的困难；他们建造啤酒厂酿造土啤酒，以满足部队需要；他们建立铸造厂和制硝厂，以供应机器、工具和火药。所有这一切就是为了使法军不需要依靠欧洲后方而生存下去。
为了确立法国人在埃及的绝对统治地位，拿破仑对一切胆敢与法国人作对的人绝不手软。驻守在亚历山大港的克莱贝尔将军以叛国罪逮捕了这个城市的百万富翁西弟·穆罕默德·艾里·科拉伊姆。此人被押送到开罗后，法军告诉他，如果想救救自己的脑袋，就交出３０万金法郎。可此人却认为生死在于天命，他说：“如果我注定现在死，那就什么也救不了我，即使交出钱也没用。假如我注定要死，那我为什么还要交出这些东西？〃拿破仑命人砍下他的脑袋，并将其脑袋拿到开罗街上示众，上面写着：“这就是所有叛徒和违反誓约者的下场。〃艾里·科拉伊姆的死引起了一些富裕的阿拉伯人的恐慌，他们如数拿出了法军所要的一切。
由于法军的勒索，开罗在１７９８年１０月末爆发了一次大规模的起义。起义军的势力一度很强大，将前去镇压迫义的１５名法军全都剁成了肉泥。拿破仑怒不可遏，派出大军前去镇压，起义失败，起义者均被绞死。
这次暴动后不久，又有一阿拉伯人部落袭杀了一队法军。拿破仑立即命令克鲁阿泽副官前去包围整个部落。血腥的镇压开始了，房屋被毁坏，男人被杀光，妇女儿童被带到开罗。
几个小时后，开罗广场上出现了一些驮着麻袋的驴子。麻袋打开后，只见那些被杀死的男人的头颅在广场上滚来滚去。开罗居民被这恐怖的一幕吓得魂飞魄散。从意大利到埃及，拿破仑一直认为〃严惩几个〃是控制被征服地区的有效手段。因此，只要谁胆敢触犯一下法国士兵，谁就会受到这位总司令的严厉惩罚。
埃及已成为拿破仑的掌中之物，可一个意外消息使他对这一切感到淡然无味了。他从朱诺那里得知留在巴黎的约瑟芬继续与夏尔中尉保持着暧昧关系，暴跳如雷，气得连话也说不连贯：“约瑟芬！……我在千里之外！……你就这样欺骗我呀！……离婚！公开离婚！让大家都知道！……这两个该死的家伙！……我要亲手干掉这两个伤风败俗、不知羞耻的劣种！……〃拿破仑脾气变得越来越坏。为了安慰自己，他与一位骑兵尉官的妻子勾搭上了。
约瑟芬的不贞使他的情绪非常低落，他写信给哥哥约瑟夫说：“我需要离群索居。壮丽豪华使我感到腻烦，感情的源泉已经枯竭，对荣誉索然寡味。年仅２９，却已历尽沧桑。〃可拿破仑毕竟是拿破仑，这种悲观情绪并没有持续多久，他对战争的热情和强烈的征服欲使他抛开儿女情长，跨上战马又出发了。进军叙利亚土耳其见自己的领地埃及被法国人占领，十分恼怒，苏丹立即派兵朝埃及进发，向法国宣战。１７９９年２月，拿破仑留下狄舍将军保卫埃及，自己率１２０００人向叙利亚进军，迎击土耳其军队。
进军叙利亚的路途同样是艰苦的。沙漠行军的疲劳以及饮水的缺乏使得士兵怨声载道。
他们咒骂共和国，咒骂发起这次远征的人。幸好沿途城市非常软弱，它们一个接着一个向拿破仑投降。２月１７日，法军占领阿里什堡，接着又占领了加沙。２月２８日，这支疲惫不堪的队伍第一次遥望见叙利亚青葱肥沃的田野，士兵们不禁联想起祖国的田园，一种思乡之情油然升起。山峦和绿洲暂时使人忘却了远征的辛苦与艰难。
３月４日，法军包围了美丽的城镇雅法。拿破仑向城中居民宣布道：“若是投降，可保全身家性命。若是顽抗到底，一旦雅法被攻占，城中居民一律杀光。〃雅法没有投降，法军开始猛攻。６日，雅法陷落。法军冲进城中，见人就杀，见东西就抢。这时有人来报，大约４０００名全副武装的土耳其士兵退守在一个设防很坚固的阵地里，拿破仑立即命博阿尔内和克鲁阿泽率军前去收拾他们。当法军到来时，阵地上的守军高声呼喊：“如能饶命就投降，否则，誓死坚守阵地，直到流尽最后一滴血。〃博阿尔内和克鲁阿泽见敌军人数众多，恐硬拚难以取胜，便答应了他们的要求。这些土耳其士兵离开阵地，交出了武器。
当博阿尔内和克鲁阿泽带着４０００名俘虏回来报告时，拿破仑怒气冲冲地指责道：
“你们要我拿这批人怎么办？我有粮食供应他们吗？还是有船装运他们去埃及或者法国？你们为什么这样给我办事呢？〃两位将军辩解说，总司令曾指示他们要禁止杀戮。〃是的，〃总司令以满腔热情答道：“对于妇女、孩童和老人即一切和平居民，但不包括武装士兵。你们的职责是要他们去死，而不该把这帮不幸的家伙带给我，你们要我把他们怎么办？〃当天，拿破仑召集各位师长讨论如何处置这批俘虏，各师长一致认为现在口粮已不足，士兵们已多有怨言，再也不能把面包发给敌人吃，否则，军队将发生哗变。拿破仑犹豫不决，翻来覆去思考了３天，最后决定将这批俘虏枪毙。第四天，４０００名俘虏被押至海岸，一阵枪响，全部俘虏倒地而毙，这一惨剧令每个在场的人不寒而栗。
攻占雅法之后，瘟疫开始在军中流行，法军损失了约８０００人。但瘟疫并没能阻止拿破仑的前进。３月２０日，法军包围了阿克尔城堡。阿克尔城堡位于三面环水的半岛上，是巴勒斯坦的军事要冲，也是土耳其总督杰扎尔赖以顽抗的据点。阿克尔城堡有大炮２５０门，其守将是一位年长而英勇的人，他率领着一支非常强大的守城队伍。另外，阿克尔城堡还得到了一个英国海军支队的支援，这个海军支队拥有２艘战舰和几艘炮艇，其指挥是英国人西德尼·史密斯。在英国海军的旗舰上还有一位暂时充作英国陆军上校的法国炮兵军官菲利波。菲利波原是拿破仑在布里埃纳军事学校的同学，因参与反革命叛乱而被囚禁在巴黎的监狱。１７９８年４月２１日，他同一些王党分子一起帮助扣押在巴黎的英国军官西德尼·史密斯逃出监狱。３月１５日，他们到达阿克尔。由于他们二人在城中协助作战，更增加了法军攻克阿克尔城堡的难度。
这天，装载攻城火炮的法国船只到达阿克尔海边，拿破仑立即下令攻击。不巧海上大雾弥漫，看不清前面的目标，法军船只一直冲入到英国海军的怀抱中，英国海军不费吹灰之力便将船上的法军擒住了。船上的大炮也被土耳仆人拿来对付法军了。尽管没有大炮攻城，拿破仑还是包围了要塞的陆墙。３月２８日，法军发动了第一次不成功的突袭。４月１日，又发动了一场突击，仍未成功。法军不仅攻城损失惨重，而且每周死于瘟疫的多达１４０人。
在此之前，拿破仑从未遭受过失败，这次，他仍相信幸运之神不会其他而去。就在几次攻击失败以后，他还这样对秘书布里昂说：“我知道这个倒楣的地方已夺去我许多人的性命，消费了我许多时间。但是，事已至此，不能不试最后一着。如果我如愿以偿地成功，我会在城中找到总督的财宝和可供３０万人的武器。我要鼓动并武装叙利亚的平民，他们憎恨杰扎尔的残暴。你也知道，每次攻势中，他们都默祷他的毁灭。然后，我要向大马士革和阿勒波进军。向这个国家挺进时，不满暴政的百姓将云集在我的旗帜周围，扩大我的军队。我要向民众宣布废除奴役制和土耳其的暴虐政府。我要亲率大军光临君士坦丁堡。我要推翻土耳其帝国，并在东方建立一个伟大的新帝国，把我的名字载入史册。”
拿破仑对未来充满必胜信心，可阿克尔城堡守卫的强大却打破了他的东方之梦。法军围攻阿克尔城堡历时２个月，期间猛攻８次，均以失败而告终。由于损失惨重，拿破仑不得不放弃围攻。５月１７日，拿破仑宣布返回埃及。拿破仑至死仍对没有攻陷阿克尔城堡感到遗憾，他在圣赫勒拿岛的回忆录中说：“如果阿克尔早陷落，我当改变世界面目。〃〃东方的命运决定于那个小镇。”
５月２０日，法军乘夜间悄悄撤离阿克尔城堡。病号和伤员已先期２天送走了。撤退比进军时更加艰苦，因为已经到了５月末，这些地方酷热难忍。士兵们既为难熬的干渴所折磨，又为火一般的烈日所暴晒，个个意志消沉。为了鼓舞士气，拿破仑不允许自己和其他高级军官有任何特殊化。瘟疫越来越严重，患者不得不留下，只有伤员仍旧带走。拿破仑命令所有的人急忙赶路，马、所有四轮车和马车全部用来运载伤员。这个命令下达以后，他的一个负责管理马匹的军官认为总司令应当例外，问他要哪一骑马，拿破仑大发雷霆，上前给问话的人一个耳光，并大声喊道：“全体步行！我第一个先走！难道你不知道命令吗？滚蛋！”
由于缺少马匹，许多重炮不得不丢弃在沙漠里。士兵们对大炮的丢失倍感痛心，因为大炮曾使他们屡战屡胜，大炮曾使欧洲为之震惊。
５月２４日，法军回到雅法。拿破仑下令炸毁该镇。２７日，一声巨响，该镇顿时夷为平地。１小时之后，拿破仑与数名医师商议后决定，用药物提前结束那些已濒于死亡的疾病患者的生命。
法军继续在酷热的沙漠中穿行。干渴难忍的士兵常常看见那虚幻的海市蜃楼，尽管每次上当，但每次看见时仍奔向那空幻的湖泊。等奔至近前，这些湖泊便化为盐碱沙漠，失望之情难以言喻。战马也因贪饮沙漠中的咸水，大量倒毙在路旁。
经过２５天的艰难行军，６月１４日，法军终于抵达开罗。为了稳定人心，拿破仑发布了一些哄人的公告，他说：“我带回了大批俘虏和军旗，我已扫平了杰扎尔的宫殿和阿克尔城墙。全体居民都已由海道离开该镇，杰扎尔受了重伤。〃他说回转开罗只不过是由于穆拉德贝伊又出来作乱了。他命缪拉将军前去围剿穆拉德贝伊。穆拉德闻讯，迅速退去了。
离开埃及一个月后的一个傍晚，一名阿拉伯使者全速向拿破仑的住处奔来，他送来了驻扎在亚历山大港的马尔蒙将军的一份报告，报告中说：土耳其军在英国舰队的保护下在阿布基尔登陆，１５０００名敌军已经上岸。这个消息并未惊动拿破仑，他期待这个机会已经多时了。
他一刻也不迟缓，迅速率领军队开往前线。
这时，阿布基尔要塞和阿布基尔村后面的一处堡垒均已陷入土耳其军之手，驻守此地的法军全部被俘。坐镇在亚历山大港的马尔蒙曾赶来救援，但见情形不妙，又回师固守亚历山大港。正当马尔蒙担心亚历山大港可能遭土军围攻时，拿破仑的军队及时赶到了。７月２４日拂晓，法军开始攻击土军防线，缪拉率领一个骑兵旅奋勇冲杀，突破土耳其防线，砍伤和俘获了土军司令。土耳其全军涌入海中，被杀者或溺死者达几千人。幸存者重新登舰，抛弃了他们携带上岸的一切，仓皇逃窜。进攻、交战、败北、溃退，全都发生在转瞬之间，拿破仑得意洋洋地写道：“这是我所看到的最出色的战役之一。”
拿破仑已有１０个月没有得到法国和欧洲的任何消息，这次打败土耳其登陆部队，他想借机到土耳其那�