日本大本营于1940年7月23日下达了“大陆命”第438号命令：“华南方面军从中国派遣军战斗序列中解除，直属大本营。”同日还下达了“大陆命”第439号命令，对“中国派遣军”和“华南方面军”今后的基本任务作了规定。其方针是：“大本营力图迅速处理中国事变。为此要同心协力迅速摧毁敌人继续抗战的企图，同时适应形势的变化，加强对第三国的战略。”规定“中国派遣军”的基本任务是：“期望确保大概在西苏尼特王府、百灵庙、安北、黄河、黄泛区、庐州、芜湖、杭州一线以东地区及宁波附近地区的安定；特别要力求迅速恢复蒙疆地方、山西省北部、河北省及山东省的各重要地方和上海、南京、杭州之间地区的治安，确保从岳州到长江下游的交通，依靠武汉三镇及九江，摧毁敌人的抗战企图。其作战地区大概在安庆、信阳、宜昌、岳州、南昌之间。”“及时对整个中国进行空中进攻战，压制、扰乱敌人的战略中枢，同时阻止敌人空军的再建……加强对整个中国的谋略，以促进抗日势力的衰亡。”规定华南方面军的任务除“与海军协同、截断敌人的补给及联络线”外，主要是“对第三国（英、法、美）进行必要的作战准备”。
日本参谋总长等人根据德军突破马奇诺防线的经验，决定加强“华南方面军”的炮兵和航空兵。经日本天皇批准，大本营于7月25日下达“大陆命”第440号命令，将第1炮兵队（以攻城重炮兵为主）配属给“华南方面军”。计有重炮兵第1联队（24厘米榴弹炮8门），独立重炮兵第2、第3大队和第3汽车牵引队等。
7月26日，大本营以“大陆命”第441号命令，将关东军的飞行第10战队第1中队（侦察机）、飞行第14战队（重轰炸机）、飞行第58战队（重轰炸机）、飞行第98战队（重轰炸机）配属给华南方面军。30日，再以“大陆命”第443号命令将“中国派遣军”的第1飞行团（第59战队、第90战队和第41、第91机场大队）配属给“华南方面军”。
为了掌握东南亚地区的军事及地理等情况，1940年日本参谋本部在情报部欧洲课内增设了一个南方班，专门搜集作战资料。6月间向菲律宾、荷属东印度群岛、马来、香港等地派遣参谋进行实地勘察。8月间，根据侦察所得情况，由参谋本部情报部部员濑岛龙三起草了一个《南方作战全面综合计划试行草案》，经参谋本部多次研究后，于10月下旬制订出南方作战的初步计划，规定在“中国事变尚未结束的情况下实施南方作战时，几个方面的兵力配备应该是：对苏11个师团，对华28个师团，对南方11个师团，加上其他合计53个师团”，并“指定以第5、近卫、第48、第18各师团作为11个对南方作战师团中的骨干”。10月12日以“大陆命”第467号命令，将第5师团从法属印度支那北部调到上海，作为大本营直辖师团，“以登陆作战为主，进行训练”。10月22日，又令近卫师团到汕头（后改为广东中山）集结，令台湾混成旅团到海南岛集结，改编为第48师团。同时将上述3个师团的马匹编制改为汽车编制，并指示“进行热带作战训练，特别是登陆作战的训练”。
日本大本营本来预定至1940年8月准备完毕，后又推迟为年底准备完毕。由于敌后战场发动的“百团大战”和正面战场的坚决抗击，日军根本抽调不出进行南方作战所需要的兵力和物资，不得不将南进行动一再推迟。为了执行《处理中国事变纲要》所规定的“特别加强对中国的封锁”，日军将此与登陆作战训练结合起来，在1941年中，进行了一系列的对中国沿海各地的封锁作战。
1941年6月，日美谈判已基本破裂，22日德苏战争爆发。日本于25日开始举行大本营与内阁的联席会议，连日讨论了加快南进步伐的问题，拟制了《适应世界形势的帝国国策纲要》。7月2日御前会议通过了这一国策纲要。它的方针是：“不论世界形势如何变化，帝国仍然坚持以建设大东亚共荣圈”为目的，“帝国仍旧努力于中国事变的处理，并为确立自存自卫基础，继续向南方扩展”。“为达到上述目的，坚决排除一切障碍”，“不辞对英美一战”。
1941年9月8日，日本参谋总长杉山元向日本天皇报告了南方作战的全面设想。其作战目的是：“摧毁英美在东亚的主要根据地，占领必要的领域。同时攻占并确保荷属东印度，以确立自足自卫的态势，并利用此等战争成果，迫使中国屈服。”“使用兵力约10个师团（比预定的少1个师团）、2个飞行集团，开战前在印度支那、华南、台湾、南洋群岛及日本内地展开，大致在5个月内可完成主要作战行动。”攻占的顺序及范围，“计划先对香港、英属马来、英属婆罗洲以及菲律宾、爪哇等地，大致同时开始进攻并迅速占领之，然后再占领荷属东印度。”“攻占香港的任务，由中国派遣军隶下第23军司令官以1个师团为基干的兵力承担；攻取菲律宾，以大约2个师团、1个飞行集团为基干的1个军的力量承担。担任攻取英属马来的兵力为大约5个师团、2个飞行集团（其中1个在菲律宾作战告一段落后由该方面调来使用）组成的1个军。该军的一部还需用于维持泰国的治安。对荷属东印度，拟由3个师团（其中2个师团在攻占香港和菲律宾后由各该方面调来）、1个飞行集团为基干的1个军担任。在以上作战期间，尚需以大约1个师团的兵力，协助印度支那部队警戒印度支那半岛上的中国军队，以确保该地区的安全。以上除攻占香港外，3个作战军及在法属印度支那的兵团，均由1个方面军司令官统率。对缅甸方面，在以上作战期间，只限于排除我对马来作战的障碍，轰炸并努力取得缅甸南部的空军基地。全面作战告一段落后，根据当时的形势，如有必要再正式攻取缅甸。”“在作战中使用的兵力……在不影响满洲及中国作战的前提下，由该方面抽调转用。其余部分再由日本内地征召补充。”
日本“中国派遣军”对南方作战，特别是对从中国方面调出部队表示反对。畑俊六于9月15日派总参谋长后宫淳回东京向大本营提出自己的意见：“我认为在没有解决中国事变以前，就向其他方面伸手或扩大战线，必犯致命的错误。如果想向南方伸手，就要先解决中国问题，然后再干。光是一个中国，日本的力量已经跟不上，不只现地军要依靠中国大陆以图生存，日本的总动员资源也要取自中国，这不是很严酷的事实吗？所以坚决反对南进。”但新任首相东条英机和大本营没有采纳畑俊六的意见。
日本海军联合舰队司令官山本五十六对空中攻击的威力评价极高，“他认为对美开战应在开战之初给予美国舰队主力以重大打击，迫使其采取守势。他早在8月间就提出了使用航母特混舰队主力偷袭珍珠港的建议，但因这一计划危险性大，实行上困难很多，所以一直未能决定。10月19日，军令部总长永野修身决定采纳这一建议，遂与陆军协商，修改了原先预拟的南方作战计划。”11月2日，大本营、内阁联席会议上决定了《帝国国策实施要领》，指出：“帝国为打开目前的危局，达到自存自卫的目的，建设大东亚新秩序，现决心对美、英、荷开战……发动武装进攻的时间定为12月初，陆、海军应完成作战准备。”11月5日经御前会议通过、日本天皇批准，正式出台了《帝国对美、英、荷作战计划》。11月6日，大本营下达了成立南方军的命令。
作战计划中陆军作战的方针、目的、范围等基本上与杉山元的设想相同。其兵力部署为：“第14军以2个师团为主力，在菲律宾作战；第15军以2个师团为主力，在泰国、缅甸作战；第16军以3个师团（其中2个师团在完成其他作战后调来）为主力，在荷属东印度作战；第25军以4个师团为主力，在马来半岛作战；南方军直属部队以1个师团、1个混成旅团和2个飞行集团为主力；中国派遣军所属之第23军以1个师团为主力，参加香港作战；大本营直属的南海支队以3个步兵大队为主力，参加关岛、俾斯麦群岛的作战。”
1941年12月初，日本进行南方作战的准备工作全部完成。12月2日，日本天皇裕仁批准海军军令部总长永野的大海令第12号作战命令。命令通知各日本舰队司令，攻击开始时间定为12月8日（日本时间）。12月8日（夏威夷时间为7日）凌晨3时19分，日本联合舰队对美国驻珍珠港的太平洋舰队实施突然袭击，给予歼灭性打击；同日凌晨2时15分，日陆军第25军在马来半岛东部海岸敌前登陆成功，太平洋战争爆发。
太平洋战争爆发的当日（当地时间为12月7日），日本向美国、英国宣战，美国、英国、荷兰、加拿大、澳大利亚、新西兰、哥斯达黎加等20多个国家相继对日本宣战。9日，中国对日本宣战，同时也向德、意两国宣战。12月11日，德、意向美国宣战，美国、古巴、巴拿马、危地马拉、萨尔瓦多和哥斯达黎加等国也向德、意宣战。同日，日、德、意三国在柏林签订了《日、德、意联合作战协定》，规定三国“以一切可以采取的有力手段，将与美、英的战争坚持进行到胜利为止”；三国间“如果没有相互完全谅解，不对美国及英国的任何一方休战或媾和”。
说到这个宣战，有一个很令人尴尬的事情。当时中国并不是只有一个政府，而是有四个政府（名义上三个）：重庆的国民政府，延安的边区政府，南京的汪精卫政府，满洲国的溥仪政府。太平洋战争爆发后，一半中国人（重庆、延安）加入同盟国阵营反对德意日，另一半中国人（南京、满洲）加入协约国阵营反对英美苏。两个敌对阵营的英美和德意，都收到了自称是“中国政府”发来的宣战书，可谓奇事一件。1941年12月7日日本对美国和英国宣战（在偷袭珍珠港之后），12月8日美国和英国向日本宣战，12月11日，德国和意大利向美国宣战，当天美国也向德国和意大利宣战。但在二次大战中，却没有一个国家向中国宣过战，这倒不是西方国家看不起中国，不屑与中国宣战，而是无法向中国宣战，英美不承认汪精卫政府，怎么向汪精卫政府宣战？德意日不承认国民政府，怎么向国民政府宣战？所以中国没有收到一张来自他国的宣战书。再仔细一看重庆国民政府的“宣战布告”，又感到有些不对劲。国民政府有两个“宣战布告”，一个是对德意的宣战布告，这是一个标准的宣战书，明确说明宣战书开始生效的日期：“兹正式宣布，自中华民国三十年十二月九日午夜十二时起，中国对德意志、意大利两国立于战争地位，所有一切条约、协定、合同，有涉及中、德或中、意间之关系者，一律废止，特此布告。”可是对日本的“宣战布告”，就让人看得丈二和尚摸不着头脑，“宣战布告”没有提到宣战书开始生效的日期，只是含糊地说：“兹特正式对日宣战，昭告中外，所有一切条约、协定、合同，有涉及中、日间之关系者，一律废止，特此布告。”如果当时召开一个记者招待会，外国人问：“中国从哪天开始和日本进入战争状态？中国和日本的条约、协定、合同从哪天开始作废？”中国人怎么回答这个问题？如果勉强按发布文书的日期来解释：“1941年12月9日开始，中国和日本处于交战状态，中国和日本之间的一切条约、协定、合同从今天开始作废。”难道1937年7月7日到1941年12月9日，中国和日本之间的战争是非正式战争？在1941年12月9日之前，中国和日本之间的一切条约、协定、合同仍然有效？只要仔细看一下对日本的“宣战布告”和对德意的“宣战布告”，就会知道对日本的“宣战布告”缺少最关键的生效日期。当今国际间的一切条约、协议、最后通谍、宣战书，最不能缺少的一个要素就是文件的生效日期，如果一个文件没有明确的生效日期，那么就没有任何法律效应。宣战书要符合国际法的规定，没有表明生效日期的宣战书自然无效。所以只要对照一下国际法的基本常识，就可以明白那份对德意的宣战书有效，而那份对日本的宣战书无效。这份“宣战布告”只能内销，不能出口。外国人看了这样莫名其妙的“宣战布告”，是佩服中国人呢？还是笑话中国人呢？
原先，一直有人很纳闷，中国的教科书为什么对“对日宣战”这么遮遮掩掩，看到这个宣战书的原本，大概就会明白这份宣战书拿出来实在太不成样子。想来中国当时的专家也不至于不明白没有确切生效日期的宣战书无效这个国际法常识，恐怕当时国民政府发布这个“宣战布告”�