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备队大将一级的武士由幕府通过御连判众直接任命，这些武士是经过精选的谱代家族出身，或者考核得到出类拔萃评价的中低级武士。备队大将同样是三年一任到期调任他地，禁止备队大将统领自身家乡、同族、亲缘、故旧的备队士兵。
各备队内的基层军官是世兵体系内的普通武士，他们会根据年龄和水平状态由备队大将自行调节升降，非是幕府考核证明的出类拔萃者，不存在地位明显提升的特例。年长的基层武士隐退让出位置给同僚，递补自己的子嗣从基层做起，想得到超拔只有期待自家子孙出个人中龙凤。
就好比大明帝国的科举制度三年一次乡试，考一科的是十万分之一的幸运儿，个个都称得上天纵英才，考核是幕府给世兵设置的一道门槛，迫使士卒不敢耽于安乐放纵军纪的严肃和技艺的磨练，考核又是给世兵一个向上攀登的机会，有本事武士自然能一跃成龙，弄虚作假可逃不过幕府将军的法眼，路遥知马力日久见人心，为弄虚作假者包庇的高级武士也不可能坚持多久。
两府体系并不是让太宰府与镇守府坐拥大军，而是九州太宰府是依靠几位重臣替幕府控制九州的政局安定，他们就相当于幕府任命在九州的宿老话事人，为幕府在九州的政令执行使力气聚人心，如果某个领国甚至整个九州出问题，首先要追究负责该国的奉行的责任，其次要追究九州太宰府的几位重臣的失职。
陆奥镇守府同样也是如此，羽奥的重臣谱代如相马氏、伊达氏族、最上氏、芦名氏、大崎氏、葛西氏、岩城氏要为奥州的安定使大力气，给他们领地恩赏不是白给的，要替幕府好好的做点事情，各领国的内政事物不需要他们管，他们只需要把看到的听到的记录下来，联合当地的奉行商量出解决的方案，解决不掉的联合上报幕府，有监督权、建议权、检举权，但没有裁断权。
幕府世兵体系是经过几番裁撤，综合五畿七道之精华萃选出二十五万精锐，这些人就是世兵每一个人都是勇猛之士，裁撤淘汰者也被妥善的安置在同心警固众内，有点类似北宋厢军花钱养着不让他们闹事的意思，当然他们的作用和厢军不太一样，依然要负责维持治安巡逻等事物。
两府体系、世兵考核体系所得不易，源义时和御连判众反复讨论多年才逐渐完善这一套体系，这套体系恰好契合新的幕政系统，源义时在幕府里设置上中下三个等级次第向下的系统，这三个等级分别是御相伴众、御连判众、御家人。
御家人是基层也就是二十五万世兵，体系外的世人并不知道世兵考核制，这只是御家人体系内的一套汰弱留强的竞争系统，不但备队里的武士是御家人，担任各地政务加担的奉行也是御家人，两府体系当然也是御家人，御家人内部没有文武之分也不讲东西之别，只有内部的分工职责不同。
御连判众是镰仓将军多年常设的机构，最初源义时沿用这个制度也是按照旧例作为奉行众顶层方便管理。经过幕府创立的几年里不断摸索，这个机构早已不是最初的奉行用意，而变成网罗御家人体系内的精华。
这个体系内的成员多达六百多人，这个御连判众体系内择优选择各地的基层优秀武士充实其内，在这里不问出身不管过往，只要他们在地方御家人体系内是有能力的，有人望的代表，就都可以择优录入其中，每两年根据各地御家人体系内支持变动，以及御家人正常的继承权变化而更迭。
御连判众的成员只可连任三次即得退职。允许间隔竞任次数为五任便不可继续当选。如果五个任期还没有升到御相伴众。说明此人没有得到将军的青睐，或者被将军不喜而弃用，这样可以有效的确保御连判众不会结为党团影响幕府的施政，御连判众不存在世袭。这是个只问能力不问出身、不问来历，甚至不问性别的地方。
这六年里曾经担任过至少一任御连判众的武士包括，明智光秀、羽柴秀吉、羽柴秀长、村井贞胜、前田悬以、黑田孝高、竹中重治、山中幸盛、立花道雪、锅岛直茂、宇喜多直家、伊达実元、石川数正、内藤昌丰、高山友照、小早川隆景、岛津岁久。
除此之外还有几个御家人举荐的体系外的几个有趣人物充当特别顾问，这些人限于非御家人体系也只能给予一些建议，其中的高僧策彦周良、快川绍喜属于比较正常的，茶人今井宗久、津田宗及、千利休，连歌师里村绍巴，棋牌圣手本因坊算砂有点剑走偏锋，还有人曾试图举荐弗洛伊斯却因为源义时不喜南蛮教而作罢。到是有一个女人被举荐成功，那就是凶名滔天的出云阿国。
看起来离经叛道的御连判众其实并没有想象中混乱，御连判众设置一个五人的最高管理者，这五个人是由幕府将军提名得到御相伴众支持并亲自任命的，他的任其是一任三年。最多一次连任五任，必须间隔五任方可继续当选。
有趣的是最大连任没有限制，可以想象五个任期是十五年，间隔十五年再连任十五年就是三个十五年，且不说难度到底有多大，就这个时间跨度足以经历两任将军，一朝君一朝臣的体系里几乎是不可能做到的。
将军任命的御连判连署具有召开御连判会议，并在会议上与御连判众成员一起评审政务，经过决议作出支持或者反对的草案的决断，再交给更高层级的御相伴众作出相应的选择，最后是将军作出最终决断即可。
最上层的御相伴众，比这个要严肃的多，讲究出身门第功劳影威望品德等因素，各家的精英子弟各凭本事获得支持，进入御连判众大浪淘沙三五个任期，期间再外放担任奉行或者备队大将一两任，凭借能力得到认可便可以被将军选入御相伴众。
这里早已不是最初御相伴众的养老场所，而是一个严肃的谨慎的为将军把守最后大门的一道防线，这里绝对不会出现平民出身的羽柴秀吉，南蛮教徒高山友照，德川逆党石川数正等鱼目混珠之辈混迹其中的可能性。
坂东八平氏的家督，跟随源义时多年履历功勋的优秀家臣，功劳高威望高处事严明的谱代，这些人家系清白、德行无差、能力和出身都很优秀的武士才是将军的重要辅佐者，御连判众顶多算的上给御家人阶层一个说话的声音缓解矛盾，限制御相伴众的权威和资历影响罢了，御连判众做的决策必须得到御相伴众和将军的双重认可，否则他们只是投个反对票用脚决策而已。
御相伴众成员包含现有幕府的所遇精英，三河出身的本多时正，京都出身的细川藤孝，越后出身的直江景纲，陆奥出身的北畠顕房，关东出身的太田资正，甲斐出身的武田信繁，美浓与幕府双重出身的明智光秀，西国出身的宇喜多直家、毛利辉元，目前属于太宰府体系的北条时政、最上义光、岛津义久。镇守府体系的结城晴朝、伊达辉宗、芦名盛氏、佐竹义重等人都是御相伴众成员。
相比之下，御相伴众的成员总人数非常少，目前的定额为八十人，每三年改选其中一半成员，照顾那些年岁大的身体不好的家臣退职修养，或者遇到父子、兄弟皆被将军选为御相伴众的时候，其中一人退职或者暂时放弃。
御相伴众设置三名别当，依然是由幕府将军提名并得到御相伴众支持而任命的，三名别当每个任期为六年，每六年必须有一人卸下别当职权。不得连任超过两个任期。间隔当选不得超过三个任期。几乎把御相伴众的权力限制的死死的。
在别当与某个成员有亲属关系的情况下允许兼任，这是照顾一些家督父子都是优秀武士的极端情况，御连判众连署没有这方面忌讳，只要是御连判众选出来得到将军和御相伴众审阅的都可以担当。两者的区别还是非常大的。
上杉谦信是首任御相伴众别当，另外的两个人分别是真田幸隆、北条氏康，到今年恰好是第一个任期结束，年过六旬的北条氏康即将卸任，前往京都隐居安度晚年，增选的新任别当是武田信繁，这三个优秀的武士将成为幕府未来六年里至关重要的人物。
这三套体系很复杂，再结合源义时的设置的御连枝众、御门叶众体系，构成一张繁复交错的大网。原本的谱代旗本领、外样制度全面废除，只有御家人一个基础体系，五畿七道六十六国皆由幕府委派奉行结合地方地侍协，形成统一与自治结合的奉行体系。
幕府御家人三年一轮换驻守各地要道，各大港口皆归属幕府。各地金银铜山等各种矿藏归幕府，每年捕鱼期休渔期，捕猎期休猎期皆由幕府制定，这是一个空前强大的幕府，强大到任何武家都不敢生出反逆之心。
佩太刀成为御家人的标志，非御家人的同心警固众只准许佩戴小太刀、短刀、长枪维持地方治安，每一把制式太刀皆由幕府匠作监铸造，刀鞘与刀柄皆有特制钢印，私藏盗取抢夺使用御家人太刀是死罪，佩刀御家人成为真正的武士阶层，这个阶层只有二十五万人，只有少量体系内的别出超拔会逐渐增加人口，这是保证群体利益不被削弱，并维持向心力和竞争力的手段。
……
夜幕降下，江户御所里灯火通明，源义时与夫人们一起用餐，虎姬看着空荡荡的坐席，感伤地说道：“不知道胜王丸、宝王丸、蔵王丸吃的惯住的好吗？蔵王丸还是个几岁的小孩子，这么早就藩真的好可怜，妾身真的很担心孩子们。”
看见源义时沉吟不语，沼田檀香就笑着说道：“姐姐不必担心，殿下说过会让孩子们回到江户的，亲藩每年回江户省亲是幕府的新定式，不久便会见到孩子了。”
源义时的十个儿子里，嫡长子足利义泰是幕府次期将军，嫡流另外有三个男子别出继承足利氏家门，嫡次子胜王丸元服继承吉良氏的苗字，并迎娶长尾政景与绫公主的嫡女景姬公主为妻，改称吉良泰氏，作为御连枝众笔头，就藩伊势国六十万石，称作势州藩。
嫡三子宝王丸过继为畠山高政的养子，迎娶畠山义纲之女澄姬公主为妻，继承畠山家两大门流的家名，改名为畠山重氏，作为御连枝众，就藩越前国六十万石，称作越州藩。
嫡四子蔵王丸过继给斯波义银做养子，由于年纪太小的缘故，只是先期与斯波诠直的养女，实父是北畠顕房的斯波直姬订婚，蔵王丸元服名为斯波赖氏，作为御连枝众，就藩播磨、但马两国六十万石，称作播州藩。
以上三人为幕府御连枝众，石高皆是六十万石分部在近畿附近的三个重要地带，有助于协助幕府稳定畿内局势，伊势、越前、播磨也皆是富庶之地，作为御连枝众的厚待色彩很浓重，源义时准许三个孩子每年回江户省亲避暑，三月来九月走年年往复，领地的奉行也不用亲自操心，自有幕府的奉行众负责打理。
接下来六个庶子的待遇就要低很多，井伊直虎的儿子虎千代，元服名为今川範元，做为今川氏真的女婿继承今川家的家名。他的夫人是今川多智姬，作为御门叶笔头，他被赦封长门一国，周防半国二十五万石，称作长州藩。
沼田檀香的儿子松千代，元服名为一色政久，继承已经灭族的丹后一色氏家名，迎娶织田信长的女儿冬姬公主为妻，获封四国岛伊予大半国二十五万石，称作予州藩。
望月吉野的儿子吉千代。元服名为石桥信房。继承几近绝嗣的四本松石桥氏家名。迎娶武田信繁的嫡女秋姬公主为正室，封地在九州日向国大半国二十五万石，称作向州藩。
织田犬姬的儿子小法师，元服名为渋川幸繁。继承已经灭族的御一家渋川氏家名，迎娶岛津义久的嫡女玉姬公主作为正室，封地在土佐国二十五万石，称作土佐藩。
最上义姬的儿子熊千代，元服名为上野贞朝，继承足利一门众上野氏家门，正室是北条时政之女芳姬公主，封地在出羽国山形城附近二十五万石，作为原最上义光的领地又被称作山形藩。
织田时姬的儿子三法师。元服名为桃井清长，继承一百多年前嫡流灭绝的足利一门众桃井氏家门，正室夫人是正室真田义幸嫡女永姬公主，封地在陆奥国仙台平野原留守氏领地二十五万石，被称作仙台藩。
这六个庶子作为御门叶。领地分部在西国长门、四国伊予、九州日向、四国土佐、出羽山形、陆奥仙台，几乎囊括几个重要的地区，这就是幕府的亲藩拱卫体系，有西国、南九州、四国、出羽、陆奥都有亲藩坐镇，最大程度确保地方的安定。
御门叶还有四个非源义时所出的庶流，其中吉良义安的嫡子吉良义定地位最高，获得肥后国十五万石，并与织田市的嫡长女足利茶茶结缘，作为源义时的女婿将家业传承下去，他的封地虽然在肥后国，但是只需要三年就�