郑成功“驰令勿杀”，施琅却悍然不顾，“促令杀之”。
郑成功见施琅违令擅杀郑氏旧将，断定他是反形已露，于是将他全家都捉了起来，但施琅却在部将的帮助下，在押解过程中逃走了。郑成功获悉施琅已经逃入清方管辖区后，怒不可遏，便把其父施大宣、其弟施显处斩。
此后，施琅走投无路，投靠清朝，并一心与郑成功为敌。
对此一事件来说，郑成功和施琅都有责任，而最大的原因就是两人性格不合，郑成功性刚烈，不能容人，施琅又太有个性，两人在一次，迟早要迸溅出火花，从恩人变成仇人，这也是朱慈烺要将施琅调到京师的原因，另一个原因当然是为建立中央水师做人才储备。
前番议事之后，朱慈烺令施琅到京营，挑选一批会游泳，能做水军的士兵。
施琅听罢大喜，原本，他对自己被招到京师，心中是很忐忑的，不明白太子殿下为什么要召自己？现在才明白，太子殿下这是要建水军啊，而他作为选兵之人，日在在新成立的水师之中，必然会有一席之地——跟随其叔施福在郑家水师中干了七八年，老实说，他对自己的官位和待遇，是很不满意，现在被太子殿下看上，何愁未来没有前途？
所以他如何能不喜？
授命之后，施琅就到京营中去忙了。
据回报，施琅这个人虽然性子高傲，说话难听，但做事却一丝不苟，非常认真。
人的各种好习惯中，朱慈烺始终认为，认真两字最难得。
施琅很快就到了，见到太子，立刻下跪请罪。
太子殿下令他到京营选兵，到现在为止，他不过才选出了三百人，北方人多是旱鸭子，不习水，要从北方兵员中挑选水兵，实在是困难。
朱慈烺微微笑，令他起身，说今日叫他来，不为招兵之事，关于水兵招募，他已经派京营参将董琦到广东了，两到三个月，就可以招到一批熟悉水性的南方兵，到时再交给他操练。施琅惶恐又喜悦，朱慈烺又问起他生活情况，起居还习惯否？施琅更是感激，眼眶都红了，连连谢恩——现在施琅的头衔是京营的一个把总，享受京营待遇，但日常不用接受京营操练，每日只带着选出来的三百人练习水军的一些基本。
朱慈烺听罢微微点头，沉思了一下，缓缓道：“今日叫你来，其实没什么事，只是想聊一下泉州水师……”
“殿下但问，臣知无不言。”施琅并非是郑氏亲信，对泉州水师没有什么好顾忌的，再者，问话的是太子，未来的皇帝陛下，给他两个胆子，他也不敢欺君。
朱慈烺以泉州水师为引子，两句话之后，就转到了郑芝龙的个人身上。
自从在京营成立军情司，朱慈烺就定下了两个重点区域，一个是了辽东宁远，另一个是陕西，这两地分别对应建虏和流贼，两个重点之下，是需要重视的几个地区，首先是京师，但现在已经撤，第二是左良玉的襄阳，第三就是郑芝龙所在的泉州，因为有历史上的不好记录，朱慈烺对这两个军镇一直都抱持戒心，军情司在这两个地方展开，收集情报，就是预防左良玉和郑芝龙两人作出对国家不利的事情。
但军情司毕竟成立时间不长，但现在满打满算才一年，作为重点的陕西还好，其他几个地区的谍报，都只是刚刚铺开，只能了解上报地方上的一些简单情况，尚无法切入郑芝龙的核心，因此对泉州水师和郑芝龙个人，朱慈烺还有很多的不了解——虽然有历史参照，但历史记载的都是大事，小事鲜有记载，更何况，谁又能保证，历史记载都是正确呢？
上一次，郑芝龙进京时，朱慈烺曾经仔细观察，发现郑芝龙表面惶恐，对朝廷恭恭敬敬，但其实内心却自有主见，任何事情都会先在心里用盘算打上几遍，觉得合适了才会做。说他是一个海盗，倒不如说他是一个商人。
如果从商人的角度切入，只要给他足够的利益，他自然就会听从朝廷的命令，但朱慈烺知道，郑芝龙这个人，怕没有表面上这么简单——白手起家，最后建立起一个庞大的海上帝国，这样的人，又怎会没有一些手腕和本事？
再者，朝廷和东印度公司往来，已经动到了郑芝龙的利益，虽然朱慈烺百分百的知道，郑芝龙绝不敢公开反对朝廷。假扮海盗，洗劫东印度公司的商船，不过就是在泄愤。但郑芝龙的泄愤，却威胁到了朝廷和东印度公司的合作，甚至是影响到了朱慈烺逆转历史的大计，因此必须尽速化解，不然拖延下去，郑芝龙真的血洗了东印度公司的商船，造成不可挽回的影响，那就后悔莫及了。
如果是一个直男，首先想到的办法自然是朝廷下旨，严厉训斥郑芝龙，令其不得再打东印度公司商船的主意，破坏朝廷的大计。
但郑芝龙的人假扮海盗，试图洗劫东印度公司商船的事情，现场没有留下任何证据，只要郑芝龙矢口否认，朝廷就奈他莫何，就算是在朝廷的严旨之下，他暂时收敛，但难保以后不会再出幺蛾子，因此，只靠圣旨是不行的。
为了大明海域的安宁，为了和东印度的长期合作，保证粮米的输入，朱慈烺必须想办法令郑芝龙明白，东印度公司的船，他是不能碰的，朝廷的大计，更是他不可以反对的，只要他能忍了东印度公司，未来必有更大的利益等着他，如果他一味强干，他郑家的基业，说不得就会烟消云散。
但这种威胁的话，不能由朝廷来说，而是要让郑芝龙自己明白，并悄悄收手。
朱慈烺可不希望，自己犯下郑成功历史上的错误，将施琅推到敌方阵营里。
施琅在郑氏水军六七年，其叔施福又是郑芝龙的中军心腹，对郑芝龙的了解，一定超过常人，因此朱慈烺想要通过施琅，对郑芝龙有更进一步的了解。
第七百一十七章 瞿式耜
对太子所问，施琅就自己所知，小心翼翼的回答，虽然施琅本人并不是郑氏集团的高层，但他的叔叔施福乃是郑芝龙的亲信，跟随郑芝龙多年，对郑芝龙的底细知之甚深，从叔叔口中，施琅知道郑芝龙不少的事情。
当然了，并不是所有，郑芝龙一些“黑事”，施琅虽然听闻，但却也不敢告知，不然太子震怒，他岂不是为郑氏招来了祸事？
郑芝龙少小落魄，性情逸荡，跅弛放纵，《台湾外记》说他不喜读书，好拳棒，这一点在施琅口中得到证实。因与父亲的小妾私通被逐出家门，在母亲的安排下投奔舅父黄程。后来因缘际会之下投靠了大海商日本平户华侨李旦，李旦很欣赏郑芝龙，认为干儿，赋予重任，随后郑芝龙开始了亦商亦盗的海上生涯，只十年不到，就发展成为华东与华南海域的唯一强权。
而所有的一切，都和郑芝龙的玩命性格有很大关系。
所以郑芝龙绝不是一个胆小怕事之人。
在海上纵横期间，凡是不缴保护费的商船，都难逃被他劫掠的命运，郑芝龙也因此很快富可倾国。人有了钱了，成名了，就想要过一些安稳的日子，因此郑芝龙接受了朝廷了诏安，成了大明的水军将领，但他私下里的生意并没有停，他郑氏水师在港口里是朝廷的水师，出了朝廷，旗帜一换，立刻就是海盗。
在明末那段风雨飘扬的日子，虽然北方大乱，流贼四起，但郑州龙的日子却过的极其滋润，甲申国变，南京投降之后，郑芝龙拥立隆武帝，更是一跃成为了掌握内外的权臣，但郑芝龙胸无大志，更没有国家民族的坚定立场，凡事都以个人利益为第一考量，他对隆武帝，始拥之，终弃之，导致隆武朝很快败亡，之后又不顾家人部将的劝告，投降清廷，最后却由被清廷斩于北京，政治眼光和品格，实在不怎样。
严格来说，郑芝龙没有什么高瞻远瞩，只是一个大胆的商人（海盗），为了利益可以铤而走险，不管他在你面前表示的如何温顺，都不妨碍他为了自身利益，背后插你一刀——这些当然不是施琅所说，而是就施琅所说，朱慈烺联系史料，所揣摩出来的。
但郑芝龙并不是一无是处，他最大的功绩当然就是培养了一个好接班人，郑成功从小接受正统的中华教育，虽在日本长大，但却是一个货真价实的明人，由此可知，郑芝龙对华夷之辨还是很清楚的，不然也不会对儿子要求这么严苛，但为了自身利益，为了保住郑家的荣华，他还是投降了异族的清廷。
“总镇对文人一向都很尊敬……”施琅道。
施琅说的很随意，但朱慈烺却是心中一动，立刻问：“你们总镇最尊敬的大儒是谁？”
“这个……”施琅却是答不出来，
朱慈烺却已经是想到了一个人。
钱谦益。
历史上，崇祯十七年，郑成功进入南京国子监，并拜东林领袖钱谦益为师，不管钱谦益在南京投降中多么的不堪，但就传授弟子来说，他还是称职的，钱谦益还特意给郑成功取了个名字叫大木，意思是是大木诚天，我们现在天都要塌了，你要做一个擎天柱。
郑成功拜钱谦益为师，并非是一时的心血来潮，而是早有准备，这中间，他父亲郑芝龙的名气和携带的重金，是钱谦益愿意收他为弟子的两个重要原因。
由此可知，郑芝龙对钱谦益的名字应该是久仰的，而钱谦益这个人骨头虽然不够硬，但嘴皮子却相当厉害，以他的地位和身份，如果能到泉州走一趟，配上朝廷“查案”的御史，双管齐下，一软一硬，说不得能让郑芝龙老实起来，不再骚扰东印度公司的商船。
“叫瞿式耜来。”施琅退下后，朱慈烺对唐亮道。
瞿式耜，一代名臣，字起田，号伯略，别号稼轩。常熟人，万历四十四年（1616）榜进士。初授吉安永丰知县，任职期间实施利民政策，政绩卓然，1628年（崇祯元年），任户科给事中，七个月里，连上二十多封奏疏，奈何当时党争纷错，政局复杂，瞿式耜陷入党争旋涡，受其师钱谦益牵连，不得不挂冠回家。
历史上，直到崇祯十七年，甲申之变后，弘光朝立，已经五十四随的瞿式耜才被重新启用为应天府尹，旋即又为广西巡抚。岁月蹉跎，冯唐易老，但瞿式耜的心却没有老，到任梧州后立刻发展生产，稳定人心，同时招兵买马，广修坞堡以备不测。在很短的时间内广西的局面就稳定下来，日后广西一度成为南明永历朝抗清的后方基地，瞿式耜的经营可谓功不可没。
其后，瞿式耜一直留守桂林，初次击退清兵的进攻，奈何，南明几个皇帝都是扶不起的阿斗，将兵更是各自为战，内讧不断，瞿式耜难以支撑。
1650年（顺治七年、永历四年）正月，南雄被清兵攻破。永历帝逃向梧州，城中兵马都到逃尽，但瞿式耜却不走，决意死在桂林，他整理衣冠，身着大明官服，端坐在衙门里。
总督张同敞从灵川回桂林，听说桂林已成为一座空城，只有大学士瞿式耜没走。他立刻赶到留守衙门，和瞿式耜同坐，两人一起饮酒，谈笑自若。一直等到东方渐渐发白，清兵冲进衙门，要捆绑他们。瞿式耜笑着说：“我们不怕死，坐等一夜了，没必要绑”。和张同敞昂首阔步走出衙门。
张同敞，名相张居正之曾孙。
汉奸孔有德亲自劝降，张同敞反而揭孔有德的汉奸老底，痛斥其数典忘祖。孔恼羞成怒，打张同敞耳光，手下的卫士，有的揿张同敞颈椎骨，要他低头；有的用刀背敲张同敞膝骨，要他下跪。张同敞坚不屈服，臂骨被打折，一只眼睛被打瞎，鲜血直流。
即便是在关押中，瞿式耜和张同敞也毫不屈服，瞿式耜甚至秘密给旧部焦琏写信，要其袭击桂林。
一个月后，瞿式耜和张同敞被清兵提出囚室。瞿式耜写下绝命诗，张同敞说：“今天出去，死得痛快！死得其所”。两人联翩而出，在仙鹤岩慷既就义。直到永历六年（1652年）七月，李定国大军重新收复桂林，为瞿式耜立祠纪念，并召见瞿的孙子瞿昌文，让昌文为祖父归葬故乡虞山拂水岩牛窝潭。一世忠魂，才终于返归故里。
就南明诸臣来说，瞿式耜的战略眼光虽然不如堵胤锡，对郝永忠、忠贞营等大顺军余部缺乏包容，但就对地方治理能力和节操来说，却也是前三名的。
历史上，直到崇祯十七年，瞿式耜才重获启用，这一世因为朱慈烺的穿越，他命运发生了微妙了改变，去年击退建虏入塞，朱慈烺在稳定了抚军京营的权利后，便想办法将几个记忆中，有能力有节操，但此时还赋闲在家的名臣调入京师，其中就有瞿式耜。
瞿式耜现在是詹事府右春坊的左谕德。
也就是太子的老师之一。
瞿式耜能顺利被启用，除了朱慈烺的暗中活动，也和蒋德璟入�