叛乱。清廷迅平定阿睦尔撒纳叛乱霍集占逃亡南疆投奔其兄波罗尼都。
波罗尼都自返归南疆叶尔羌后与清廷一直保持密切关系一切“听候大皇帝谕旨”。但霍集占逃归南疆后以“准噶尔已灭近地并无强邻收罗各城可以自立”1煽惑波罗尼都。在霍集占的蛊惑之下波罗尼都终于赞同其弟之议杀害了清廷派往南疆库车执行招抚使命的副都统阿敏道于乾隆二十二年（1757）兴兵作乱欲图独据回疆。
清廷得悉霍集占兄弟叛乱后于乾隆二十三年（1758）五月以都统雅尔哈善为靖逆将军率领清军以及维吾尔族阿奇木伯克鄂对所统领的维族士兵1万余人由吐鲁番出前往镇压。战争开始大小和卓曾迷惑了数十万维吾尔族群众参与其中但霍集占叛乱破坏了当时南疆刚刚安定的局面把维吾尔族人民又重新推入水深火热之中所以很快大批维吾尔族伯克、人民纷纷逃离叛军大小和卓归顺清帝。清军占库车时霍集占弟兄逃至阿克苏和乌什当地维吾尔族领闭城不纳只好又返叶尔羌波罗尼都则占喀什噶尔互成犄角之势。清廷调定边将军兆惠率军南下先攻叶尔羌。由于清军长途跋涉兵员又处于劣势致使兆惠所率的三四千士卒被回军包围在叶尔羌城东黑水营达三个月之久。乾隆二十四年（1759）初清定边右副将军富德所率援军到达方解黑水营之围。是年六月清军分两路出击兆惠率军由乌什取喀什噶尔富德率军由和阗取叶尔羌。在清军的强大攻势之下霍集占兄弟弃城夺路西窜部属纷纷归降最后在伊西洱库河谷叛军几乎全部被歼。霍集占弟兄逃入巴达克山部为其领擒杀后献尸清廷。大小和卓叛乱被彻底平定。
清廷在平定天山北路准噶尔部和天山南路的“回部”之后随即采取一1《回疆通志》卷12。
系列措施加强清廷对新疆的统治。
先强化新疆地方的统治机构乾隆二十七年（1762）设置“总统新疆南北两路事务”的伊犁将军驻扎伊犁统辖全疆军政事务。然后在新疆北路设置乌鲁木齐都统和塔尔巴哈台参赞大臣管辖乌鲁木齐、巴里坤、吐鲁番、塔城诸处军政；又在新疆南路设置喀什噶尔参赞大臣下辖叶尔羌、和阗、英吉沙尔、乌什、阿克苏、辟展、巴里坤、哈密等处的办事大臣以及吐鲁番的领队大臣。对于天山南路的“回部”维吾尔族聚居区仍承袭原有的伯克制各城仍设阿奇木伯克（即正城主）和伊什罕伯克（即副城主）但均由参赞大臣奏请皇帝简放品级自三品至七品不等管理当地的回城民政事务。
其次为了展新疆经济和加强对新疆地区的统治清廷在新疆各地大力开展屯田。东起巴里坤西至伊犁河广泛垦田开荒。早在康熙、雍正年间用兵准噶尔时即于新疆屯田乾隆年间屯田范围日广。据不完全统计乾隆三十一年（1766）仅新疆绿营军的营屯亩数已达17929o亩；到乾隆四十年（1775）时仅新疆募民屯垦的户屯亩数已达28o253亩。在大兴屯田的同时为了繁荣工商业清廷在阿克苏设铸钱局铸造“乾隆通宝”铜币行新疆各地。
再次新疆地处西部边陲交通不便为了及时传递消息清廷在天山南北主要交通线普遍设立“军台”。
第五节安定西南辖治蒙区西藏直隶朝廷清入关以前于崇德四年（1639）曾派专使入藏联系。崇德七年（1642）西藏各教派领派遣伊拉古克三等专使到盛京朝贡。同年和硕特蒙古顾实汗杀藏巴汗尊五世喇嘛罗桑嘉错为宗教领袖控制了西藏地方的权力后又于顺治二年（1645）赠四世班禅罗桑却吉坚赞以“班禅博克多”的尊号以分割五世喇嘛的权力巩固其在西藏的统治地位。
清入关定都北京以后清廷进一步加强与西藏的联系。顺治八年（1653）顺治皇帝派恰噶喇嘛、嘉饶喇嘛入藏问候和班禅并邀请五世喇嘛到北京会晤。顺治九年（1654）顺治帝在太和殿设宴为洗尘。翌年五世喇嘛返藏顺治帝又在南苑设宴为之饯行册封五世喇嘛为“西天大善自在佛所领天下释教普遍瓦赤喇恒喇喇嘛”册封顾实汗为“遵行文义敏慧顾实汗”。明确了五世喇嘛的宗教领袖地位和承认顾实汗对西藏地方的统治。
准噶尔部的侵扰结束了长期以来清廷依靠和硕特蒙古统治西藏的局面清廷开始着手重新组建西藏地方政权。采取噶伦共同掌政制度即由清廷委任五人为噶伦（开始时四人）其中一人为席噶伦一总西藏地方政务。乾隆十五年（175o）清廷下令废藏王建立噶厦（令机关）于驻藏大臣和喇嘛之下设四噶伦（三俗一僧）分理政务。四噶伦地位平等互不统属。自此喇嘛由西藏地方的宗教领袖转而成为政治领袖。这样西藏的噶厦即成“政教合一”的地方政权隶属于清帝。与此同时提高驻藏大臣的地位和扩大驻藏大臣的职权。
乾隆五十六年（1791）又生了廓尔喀人（尼泊尔的一个民族）入侵西藏事件。廓尔喀为了达到扩张其势力的目的借口边境税收纠纷大举入侵掠夺后藏残杀藏民。八世喇嘛和七世班禅报请清廷兵。乾隆帝即派大将军福康安率领由满、汉、蒙、藏等各民族人组成的军队一万七千人入藏在藏族人民的支援下乾隆五十七年（1792）五月即将廓尔喀人全部逐出西藏迫使廓尔喀“军前乞降”永不再犯。
廓尔喀军能很快深入后藏地区充分暴露西藏噶厦地方政权的弱点和弊端官吏贪污舞弊兵备废弛若不改弦更张西藏政局就不能安定。乾隆帝命福康安等会同西藏各方人士筹议西藏善后章程。经过先后多次会奏最后经清帝批准于乾隆五十八年（1793）正式颁布《钦定藏内善后章程》。《章程》第一条先明确规定：“驻藏大臣督办藏内事务。”1地位与喇嘛、班禅平等噶伦以下官员尽为驻藏大臣属员事无大小均应禀1《卫藏通志》卷12。
告驻藏大臣办理。特别是清廷接受了以往为喇嘛呼毕勒罕（化身）纷争不已的教训创设了“金瓶掣签”制度即在喇嘛的化身出世之后将西藏各地报出的呼毕勒罕由驻藏大臣将姓名、出生年月日用满、汉、藏文缮写在牙签上投入“金奔巴”（即金瓶）瓶中然后由驻藏大臣亲自用象牙筷子从中取出一根以此认定继承喇嘛的灵童然后在驻藏大臣主持下举行坐床典礼。由此明确规定了喇嘛和班禅转世必须由驻藏大臣亲临并履行“金瓶掣签”手续。此外又规定西藏地方上起噶伦下至营官的所有大小官员一律由驻藏大臣会同喇嘛拣选分别奏补拣放。并对官位的品级、铨选亦作了详细规定。
驻藏大臣对于西藏的3ooo名藏军负有督察、校阅等责任藏军的大小军官均由驻藏大臣会同喇嘛拣放经过考验有权升擢和斥革。另外派绿旗兵一千名驻藏。驻藏大臣每年春伙两季定期巡边并派人沿边设鄂博（用石块堆砌以作定界）。
西藏的外交大权一律集中于驻藏大臣。喇嘛和班禅与邻国的来往书信必须交驻藏大臣阅视回信必须由驻藏大臣代为酌定邻国侨商入藏必须持有驻藏大臣颁的执照。
此外驻藏大臣对西藏的宗教事务、司法案件均有管理和核定之权。
对于西藏的财政亦有“稽查总核”之权。总之驻藏大臣作为清朝中央政府的代表在西藏地方行使全面的统治权力。《章程》还规定西藏地方的赋税和财政收入一律归西藏地方支用。驻藏军队的费用及西藏地方主要官吏的俸禄一律由中央政府支出。在西藏地方设铸钱局铸造银币统一货币的成色和折算比价。对内对外贸易统一税收标准设卡查验。
《章程》进一步以文字的形式肯定了西藏地方与清朝中央政府早就开始的隶属关系具有法律条文的性质。《章程》的制定对于进一步加强清朝中央政府对西藏的统治对于稳定西藏的政局以及维护多民族国家的统一都有很大的积极意义。
改土归流“改土归流”就是废除西南各少数民族地区的土司制度改由中央政府委派流官直接进行统治实行和内地相同的地方行政制度。流官的任免、升迁、调遣均由中央政府决定不能世袭。明代已经在西南地区部分地施行“改土归流”但大规模地在西南地区推行“改土归流”是在清代雍正年间。
我国西南地区历来为少数民族聚居地区苗、彝、瑶、壮、白等兄弟民族分布在贵州、云南、广西、四川和湖南等地。由于地处边陲交通不便经济文化较为落后所以元明时期中央王朝对这一地区推行一种特殊的地方行政制度即土司制度也就是由中央政府指定当地少数民族的部族领充任少数民族聚居区的各级官吏史称土司和土官。土司有宣慰司、宣抚司、安抚司等官爵名号虽是皇帝封赐但实际上具有浓厚的割据性官位实行世袭制。土官是按照汉族的地方行政制度设立府、州、县并委派少数民族的领担任土知府、土知州、土知县。土官虽由朝廷委任但和土司一样亦割据一方世代世袭。初设土司、土官以统治少数民族曾在一定程度上起到维护中央王朝在这些地区统治的作用。但随着土司制度的展土司的势力越来越大终成尾大不掉之势这些少数民族的上层领或不听中央号令或阳奉阴违或动叛乱对抗朝廷他们极力维护落后的旧制度名为朝廷命官实际是割据一方的土皇帝。地处边隅的土司更是“无事近患腹心有事远通外国”。他们自恃拥有辖地广阔的世袭领地和大批骄兵悍将根本不愿受朝廷的约束代表了分裂割据势力阻碍了少数民族地区社会政治、经济、文化的展日益成为多民族国家统一的障碍。清初土司叛乱屡有生。
雍正四年（1726）云贵总督鄂尔泰奏请改土归流胤禛即委派鄂尔泰为云南、贵州、广西三省总督办理西南地区的改土归流事宜。自此清廷即在云南、贵州、广西、四川、湖南等地大力推行改土归流废除土司按照内地的府、州、县行政制度委派非世袭的流官进行统治。军事上解除了土司的土兵清廷另派军队到土司原来的管辖区进行驻扎。经济上由中央政府统一丈量土地然后制定统一的税收标准。
清代的改土归流始于康熙朝盛于雍正朝收于乾隆朝。雍正四年到雍正十三年（1726—1735）是清廷在西南地区实行大规模改土归流的集中时期。清廷实行改土归流的目的是为了强化其在西南少数民族地区的统治。改土归流之后清廷在西南地区实行保甲制度凡遇有事“逐村清理、逐户稽查”加强了封建地主阶级专政。在实施改土归流的过程中使用了武力进剿的手段曾使少数民族地区的人民蒙受很大的战争灾难许多无辜的人民遭到清军的杀戮生产遭到严重的破坏。此外由于清廷完全从有利于其统治目的出因此改流并不彻底。清廷在云南、贵州、四川裁去土司的“土官”称号取消其权力的同时继续授予“土舍”、“土弁”等名目以此作为封建基层统治的工具以及中央委派来的流官的助手。个别地区甚至又设新土司四川就曾新设安抚司11个、宣慰司1个。这就使得土司制度的残余得以长期保存下来。加之清代吏治败坏许多流官贪婪成性到任以后大肆盘剥西南少数民族人民。所以改流以后许多地方残破落后的局面并没有很大变化。
但是作为西南地区政权体制上的一次改革改土归流的历史作用仍然是应当肯定的。先改土归流有利于多民族国家的统一有利于多民族国家内部的经济、文化的交流从而部分地消灭了长期以来存在土司政权的割据状态稳定了西南地区的政局。其次改土归流在某种程度上调整了生产关系促进了西南少数民族地区社会经济的展。过去那种刀耕火种、与世隔绝的状况由于汉族地区先进的生产技术、耕作技术、优良的作物品种传到了西南地区对闭塞落后的西南地区的农业展起了促进作用。再次改土归流后由于政权体制的一致有利于兄弟民族之间的渗透和交融对于中华民族大家庭的巩固和展起了积极的作用。
蒙区尽隶清帝对北方的蒙古族清廷早在入关前后就与其建立了密切的关系。康、雍、乾时期清廷与蒙古族的关系进一步展。康熙年间为了团结北方的蒙古族清朝于康熙二十年（1681）在喀喇沁、翁牛特、敖汉、克什克腾、巴林等部蒙古王公敬献牧场后正式设置了清朝最大的围场——木兰围场。后来避暑山庄和外八庙相继建成后每年夏秋之际清朝皇帝即带领宗室亲王、文武百官以及蒙吉王公、漠南蒙古内札萨克49旗漠北喀尔喀和漠西四卫拉特以及青海蒙古等部札萨克不下百余旗到木兰围场狩猎史称“木兰秋狝”。蒙古各部汗贝勒台吉都要向清朝皇帝敬献“九白”“三贡”和进家宴。行围后清朝皇帝要向扈从行围的蒙古王公贵族和官兵赉宴并赏赐金银、绸