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朱元璋在围攻张士诚的同时派大将廖永忠迎接小明王到应天在瓜步（今江苏东南）渡江时小明王覆舟沉江死这标志着小明王的龙凤政权灭亡。在擒杀张士诚以后又制服了浙东的方国珍平定了福建的陈友定接着又乘胜南进攻克广东、广西实现了除四川、云南之外的整个南部中国的统一。至正二十七年（1367）十月朱元璋又调集精锐部队以徐达为征虏大将军、常遇春为副将军兵二十五万不失时机地北伐中原。北伐军连连得胜攻下山东诸郡至正二十八年（1368）占领开封八月攻克元朝的都大都（今北京）元顺帝慌忙弃城出走逃亡漠北统治达九十九年的元皇朝灭亡。
在南征北伐取得节节胜利的情况下至正二十八年（1368）正月四十2《明史》卷一《太祖纪一》。
岁的朱元璋在文武百官的欢呼声中在应天府登上皇帝的宝座建国号大明年号洪武以应天为南京。
十六年的戎马生涯朱元璋终于由一个横笛牛背的牧童、小行僧开天辟地成为开国皇帝实现了他青年时代的一个梦。
洪武十四年（1381）傅友德、沐英、蓝玉奉命进攻云南次年攻破大理至此基本上完成了南方的统一。洪武二十年（1387）朱元璋又命冯胜、傅友德、蓝玉进攻辽东迫降元将纳哈出。辽东平定后除漠北草原和新疆等地外全国已基本上归于统一了。
第二节皇权的树立革旧鼎新洪武初年官僚机构基本上沿袭元代。在实践中朱元璋渐渐感到其中的弊端于是毅然借鉴历史上成败治乱的经验教训大刀阔斧地进行整顿、改革。
朱元璋对国家的机构改革先是从地方上开始的。元朝行中书省总管一方的军政、民政、财政和司法等大权权力很大。洪武九年（1376）朱元璋宣布废除行中书省分设承宣布政使司、都指挥使司和提刑按察使司分别担负行中书省的职责这三个机构既各自独立又互相牵制这就防止了地方势力过重而闹独立的可能。
朱元璋在废除行中书省的当年设立了浙江、江西、福建、北平、广西、四川、山东、广东、河南、陕西、湖广、山西十二个布政使司。洪武十五年（1382）又增加了云南布政使司一共十三个。布政使司之下设府（州）县。
接着又进行朝廷机构的改革。明初中书省总揽天下政务在朝廷各个机构中位置最高其行政长官左、右丞相负有统率百官之责位崇权重极易与皇帝产生矛盾。洪武初年朱元璋以李善长、徐达为左、右丞相。李善长为人处事向来以小心谨慎著称徐达则较多时间是带兵征战在外他们都没有与朱元璋生大的矛盾冲突。但胡惟庸任相之后事情就生了变化君权与相权的矛盾与日俱增。
胡惟庸是凤阳定远人淮西集团重要人物之一。洪武六年（1373）由于李善长的极力推荐胡惟庸由右丞相升左丞相。胡惟庸专权用事“生杀黜陟或不奏径行。内外诸司上封事必先取阅害己者辄匿不以闻。四方躁进之徒及功臣武夫失职者争走其门馈遗金帛、名马、玩好不可胜数。”1皇权与相权的矛盾达到顶峰。朱元璋见大权旁落自然不能容忍。洪武十三年（138o）朱元璋以“擅权植党”罪名诛杀了胡惟庸趁机取消了中书省废除丞相等官。朝廷政务由六部分理提高六部的品秩各部尚书直接听命于皇帝。丞相制的废除宣布了中国一千多年宰相制度的终结也使朱元璋成了历史上权力最大的皇帝。
同年朱元璋也废除统管全事的大都督府分中、左、右、前、后五军都督府每府设左右都督二名分别管理京师及各地卫所和都指挥使司。都督府的职权与兵部有明确的分工。兵部有颁军令、铨选军官的权力但不能直接统率军队。都督府负责军队的管理和训练但无权调遣军队。每逢战事由皇帝亲自任命军事统帅兵部布调遣令都督府长官奉命出征。战事结束军归卫所主帅还印这样二者互相制约军权集于皇帝一身。在军队的编制和训练上朱元璋和刘基研究了历代兵制创立了明代所特有的卫所制度。这种制度特点是：军籍世代沿袭实行耕战结合平时既屯耕也训练。卫所制分卫、所两级在全事重地设卫次要的地方设所。大体五千六百人为一卫长官为指挥使。每卫下面分五个千户所每千1《明史》卷三o八《胡惟庸传》。
户所辖一千一百二十人长官称千户。千户下分为十个百户所百户所辖一百一十二人长官称为百户。百户下有总旗二小旗十每总旗领五小旗每小旗十个军士大小相连比比成军。洪武二十六年（1393）全国共设有十七个都指挥使下辖三百二十九个卫六十五个守御千户所军队一百二十万人其精锐留驻在京师南京一带。十七个都指挥使分别隶于朝廷的五个都督府这样使权力分散便于皇帝控制。
洪武十五年（1382）朱元璋又对朝廷监察机构进行了改革。将御史台改为都察院设左、右都御史。“都御史职专纠劾百司辨明冤枉提督各道为天子耳目风纪之司。”其下有十三道监察御史以一布政司为一道共设御史一百一十人。监察御史负责监视、纠劾百官。出使到地方则巡按、清军、巡盐、巡漕、巡关、提督学校等其中巡按御史代替皇帝巡视“大事奏裁小事立断”权力很大。这些御史官秩只有七品但却可以以小制大。与都察院职责相似的还有监督六部的六科给事中称谏官与都察院互相配合。
经过一番整顿朱元璋的权力大大加强了但政务也随之繁多起来。过去有丞相协助现在全国大小政务都要他亲自处理即使他“昧爽临朝日晏忘餐”1整天批答奏章也难以承担。洪武十三年（138o）九月朱元璋设置四辅官位列公侯、都督之次协赞政事但因不胜其职不久相继致仕。洪武十五年（1382）朱元璋仿宋朝设殿阁大学士的办法设置了华盖殿、文华殿、武英殿、文渊阁、东阁大学士由品级比较低的编修、检讨、讲读等官来充任帮助朱元璋阅读奏章起草处理文书这是明代内阁的肇端。整肃吏治朱元璋即位后“惩元季吏治纵弛”决心创立一个清正廉洁的朝廷。
为此他详定了官员考课办法凡内外官员根据他们的品秩分别规定考察时间和内容由吏部“综其称职、平常、不称职而陟黜之”。约束官员很为严格。同时朱元璋还用严刑峻法来整顿吏治。他常说：“纪纲法度为治之本。”因此他十分重视法律的制定。
吴元年（1367）在朱元璋的授意下左丞相李善长任总裁官开始了法律的制定工作。是年底初步编成“凡为令一百四十五条律二百八十五条”。但朱元璋觉得所定律令还不够完善又下令修改直到洪武三十年（1397）几经修改才正式颁布了《大明律》。《大明律》共三十卷分吏、户、礼、兵、刑、工六部。它以唐律为蓝本但简于唐律严于宋律。律文包括各项法律章程其中对各级官吏的职权、任务以及应遵守的事项都作出了详细规定对官吏违法乱纪行为也定出了具体惩处办法。
对官吏的贪污处罚特别重。朱元璋认为：“吏治之弊莫过于贪墨”“此弊不革欲成善政终不可得”。他下令“凡是官吏贪污蠹害百姓的都要治罪不容宽贷！”官吏因枉法而贪赃的一概往北方边地充军官吏贪污钱财六十两以上的处以枭示众、剥皮实草之刑。朱元璋把府、州、县衙门左面的土地庙作为剥人皮的场所叫做“皮场庙”。贪官被押到这里剥下人皮塞上稻草再摆到衙门公座两旁使官吏触目惊心知所警1谈迁：《国榷》卷十。
惕。就连官吏因公乘坐官家的牲口、车船携带私人物品过规定重量的也要处刑。如乘坐官府牲口除随身衣物外携带私物不得过十斤每过五斤笞十杖十斤罪加一等最高杖六十；如果乘坐官家的船携带私物过三十斤的每十斤笞十杖每二十斤罪加一等最重杖七十。
洪武十八年（1385）朱元璋颁布了《大诰》以后又6续颁布《大诰续编》、《大诰三编》、《大诰武臣》汇集所诛杀官民的罪状以警示臣民。朱元璋在《御制大诰序》中说道：“今将害民事理昭示天下诸司敢有不务公而务私在外赃贪酷虐吾民者穷其原而搜罪之。”1并令后代世世遵从。
明律的制定和实施在洪武年间得到了认真的贯彻即使朱元璋自己也对制定的明律满怀信心带头执行执法相当严厉这在中国古代封建皇帝中是少有的。他的女婿驸马都尉欧阳伦是马皇后亲生女儿安庆公主的丈夫因为贩运私茶触犯刑律即被朱元璋赐死。开国功臣汤和的姑父“隐常州田不输税”也被朱元璋治罪。
朱元璋整顿吏治收到一定的效果据《明史·循吏传》记载“一时守令畏法”“吏治焕然丕变矣！”然而在整个洪武年间对违法乱纪、贪污受贿的官吏除去平常的零星打击还进行了几次大规模的清洗。典型的就是洪武十五年（1382）的空印案和洪武十八年的郭桓案。
明廷规定每年各布政使司和府州都要派计吏到户部报告地方财政收支情况。为了核算钱粮、军需等款项必须报布政司布政司再报部层层上报一直到户部审核数目完全符合才算了结。但户部审核遇有钱粮有不符的地方就要驳回重新填报。布政使司离京师远的六、七千里近的也千里上下所以为了减少来回奔走的麻烦上计吏就带有事先预备好的盖过官印的空白文册遇有部驳随时填用。这本来是公开的秘密不料到洪武十五年朱元璋现了这一情况认为其中一定有舞弊行为就下令严办凡地方衙门主印长官一律处死佐2官杖一百充军边地。洪武十八年（1385）御史余敏、丁举廷又告北平布政、按察二司官吏李彧、赵全德等人伙同户部侍郎郭桓贪污舞弊吞盗官粮朱元璋抓住线索下令司法部门严加追查于是六部左右侍郎以下的官员统统被处死各布政使司有牵连的官员也被逮捕入狱各地卷入此案的官吏、富豪不计其数。这两案株连被杀的达七八万人。
朱元璋用重刑惩治贪官虽对吏治清廉有一定作用但又不免陷于滥杀这当然与其性格的猜忌多疑有关但从根本上还是出于对明朝长治久安的考虑。
斩除荆棘随着明皇朝的建立和巩固昔日与朱元璋枪林弹雨、风雨同舟的将领成了新皇朝的显贵他们以血战立功封公侯拥有大量的土地、佃户、奴仆享有政治、经济等各方面的特权。这些勋臣武将们无不把明朝的胜利当作自己的胜利认为理所当然地应享受这个胜利所带来的一切财富、荣耀和权力然而事实并非如此。或许在失望、失意之余他们渐渐我行我素起来恃功1《洪武御制全书·御制大诰序》。
犯法的事也屡屡生。这使朱元璋感到忧虑他真担心这些权势烜赫的元勋重臣将来某一天会做出背叛他的事抢走他的皇帝宝座。时间的推移更加重了他的疑虑。考虑到日后的大明江山子孙万代的千秋功业他只好向昔日曾经同甘共苦的兄弟们大开杀戒。
洪武十三年（138o）朱元璋以专权枉法的罪名杀了胡惟庸以后胡案就成了他打击异己的武器。凡是心怀怨望的、行动跋扈的、对皇权有威胁的都被罗织为胡党罪犯处死抄家。以后又加胡惟庸以“通倭”、“通虏”和“谋反”的罪名不断牵连扩大。胡惟庸被杀后十年到洪武二十三年（139o）太师韩国公李善长也被牵连七十七岁的李善长被赐死家属妻女弟侄家口七十余人被杀。这次受牵连及坐诛的达三万多人“乃为《昭示奸党录》布告天下。株连蔓引迄数年未靖云”1。第二年有人上书为李善长辩冤朱元璋不理也没有治罪。
洪武二十六年（1393）又兴“蓝党”大狱。开国大将蓝玉是洪武后期的主要将领他麾下骁将十数人威望都很高。洪武二十一年（1388）率大军十五万打蒙古一直打到捕鱼儿海（今贝尔湖）俘获男女七万七千余人大胜而回被封为凉国公。徐达、常遇春死后蓝玉继为大将总军征战在屡立战功的情况下骄傲起来专恣暴横。他霸占东昌民田百姓向御史告状御史依法提审蓝玉一顿乱棍把他赶走。朝廷明令禁贩私盐他却令家人私买云南盐