佛教都逐渐走向了衰微。宗教学术无法与新儒家们那种平民化的学术思想相对抗所谓三教合一的趋势的主流实际还是宗教的儒化。这主要是由于随着主义皇权统治的不断强化宗教作为统治工具的作用已经最大程度地减弱。明代的宗教只是比较突出地表现在了对于少数民族地区（尤其是蒙、藏地区）的统治作用。与官方宗教的情况相反明代的民间宗教却经久不衰地展成为秘密社会乃至民众的精神武器因此对于宗教的控制也就成为了明代的一个组成部分。
伊斯兰教在明代西北地区得到了展。其他的少数民族地区的宗教如藏传佛教、小乘佛教、萨满教、东巴教等也都有不同程度的展。
明朝后期西方传教士来华开始传播天主教并且打入了士大夫和部分民众当中成为中西文化交流中的一件大事。到明朝末年几乎有机会成为统治者新的宗教选择。
第一节佛教元至正十二年（1352）闰三月一个年轻和尚脱下袈裟投身到了农民起义的大潮之中十六年后这个当年的年轻和尚登上了皇帝的宝座这就是明太祖朱元璋。从和尚到皇帝这样一个特殊的变化也就必然给明初的佛教带来一些特殊的影响这也就决定了明初佛教的微妙地位。据《明史》记载：帝自践阼后颇好释氏教诏征东南戒德僧数建法会于蒋山应对称旨者辄赐金遥卖囊抡偃虢写妥虢猜邸Ｎ庥 ⒒饲谥艚园芜链蠊偈笔奔囊远俊Ｓ墒瞧渫胶嵘醪骰俅蟪肌＞俪已灾钌锍枵咚烨胛褪洗戳⒅肮佟Ｓ谑且韵人蒙剖涝何妓旧枳笥疑剖馈⒆笥也獭⒆笥医簿跻宓裙俳愿咂淦分取５澜桃嗳弧６壬岬朗恐劣馐颉�1但这只是笼统的记述明初朱元璋的佛教政策实际上还是以控制为主。
自洪武元年（1368）设立善世（佛教）、玄教（道教）二院到四年（1371）即行革罢。五年起诏给僧道度牒而此后十年间并未再设立僧道官署。直到十五年（1382）始置僧录司、道录司。
僧录司是明代佛教最高管理机构设官左、右善世各一人正六品；左、右阐教各一人从六品；左、右讲经各一人正八品；左、右党义各一人从八品。各府县则设有僧纲司选精通经典、戒行端洁者掌之。并定全国僧人为三等：曰禅、曰讲、曰教。
这大概就是李仕鲁等儒臣上疏反对明太祖“舍圣学而崇异端”之时。
仕鲁性刚介由儒术起方欲推明朱氏学以辟佛自任。及言不见用遽请于帝前曰：“陛下深溺其教无惑乎臣言之不入也。还陛下笏乞赐骸骨归田里。”遂置笏于地。帝大怒命武士捽搏之立死阶下。1这是儒、释之争在明初的反映。在李仕鲁之类的儒臣们看来对于佛教应该是实行厉禁的。其实在此前明太祖已有对于僧道的限令：洪武六年十二月戊戌上以僧道日多蠹财耗民莫此为甚。乃诏天下府州县止存大观寺一僧道并处之。非有戒行通经典者不得请给度牒。又禁女子年四十以下为尼者。并著为令。2这个限令的下是因为洪武五年给度牒令后取得度牒的僧道一时多达九万六千余人不得不加以限制。然而到十五年设立僧录司后不到三年时间新度牒的僧尼又达二万九百五十四人。
元代的崇佛到明初在民间还有较大的影响而这与明太祖对于佛教的1《明史》卷一三九《李仕鲁传》。
1《明史》卷一三九《李仕鲁传》。
2龙文彬：《明会要》卷三九《职官十一》。
推崇是完全不同的用当时官员的话说：“其实假此以避差役。”3所以从洪武十七年（1384）起限令三年一次出给度牒而且要严加考试。二十四年（1391）更明确规定：凡僧道府不得过四十人州三十人县二十人。民年非四十以上女非五十以上者不得出家。1这一方面为防止劳动力流入僧道一方面防止青年妇女出家影响人口生育。次年再令僧录司造周知册颁行天下天下僧人皆为在册者。到洪武二十八年（1395）十月令天下僧道赴京考试给牒不通经典者黜之。至此明初的佛教管理遂成定制并且完成了官方化的过程。其实早在洪武二十五年（1392）就曾有过大规模的给牒考试而且“就试三千余人悉不习内典”2。太祖为此欲尽付之法。这种强调佛学的做法使得明初的佛教带有浓厚的学术风气佛教开始成为了与朱学并存的学术派别。
明初的洪武、永乐时期带有建国初的种种政治色彩朱子学虽然开始成为显学并占据了统治地位但是人们对于事功的追求给予了各种不同思想以一点活动的余地。当时的名臣宋濂便精通佛学这或多或少对于太祖会有所影响。当时的僧录司左善世宗泐与僧来复齐名都是兼通儒学的高僧明太祖称之为“泐秀才”。洪武四年（1371）十二月的蒋山太平兴国寺广荐法会共征召了高僧十八人宗泐也是其中最著名的一个。后来还俗为官的吴印也是其中之一。至于来复则因上诗谢恩而死于文字之祸。
面对明初佛教的这种变化当时的佛教界似乎并无自我选择展的余地。在极端君主的条件下明初的佛教其实并没有因为吴印等人的为官而有所兴旺与元代相比明显是每况愈下的。
这种情形到永乐中稍有所变化其原因是僧人道衍（姚广孝）帮助朱棣夺位而成为一代功臣。道衍虽然兼通儒、释、道三家之说但是他在自身的学术上坚持佛家的宗旨因此曾著《道馀录》从佛家学说出对于宋儒攘斥佛、老给予反驳。他在序中写道：“三先生（二程、朱）因不多探佛书一意以私意出邪诐之辞枉抑太过世之人心亦多不平况宗其学者哉。”他因此择《二程遗书》二十八条、《朱子语录》二十一条“极为谬诞者”“乃为逐条据理一一剖析”1。这部“专攻程、朱”的著作在当时能够问世一方面固然由于朱子学的一统地位还没有像后来那样绝对同时也由于道衍的特殊身份。待到道衍死后他的这部著作就遭到了儒士的焚毁。其友张洪称：“少师于我厚今无以报但见《道馀录》即焚之不使人恶之也。”3龙文彬：《明会要》卷三九《职官十一》。
1《明史》卷七四《职官三》。
2查继佐：《罪惟录》列传卷二六《永隆传》。
1姚广孝：《道馀录》序。
2目的是要使这部专攻程、朱的著作不再传世。《道馀录》的出现应该说是一个特例道衍死后这种情况便不大再会生了。仅仅十二年以后宣德五年（143o）修成的《明太宗实录》中已经写道：“广孝尝著《道馀录》诋讪先儒为君子所鄙。”3而且永乐初上书“诋讪先儒”的朱季友便曾因此罹祸。
佛教在明初即被定为了经典之学在朱学统治地位日益确立的情况下自然是难得展的。
永乐中佛教得到一定程度展的另一个原因是朝廷对于藏传佛教的重视。不过那只是为了加强对于西南乌斯藏地区的控制而并非真的要展藏传佛教。
永乐以后还有一个较为特殊的情况便是宦官与佛教的关系。宦官因其特殊的身份和心态颇重佛教的修来世之说因此支持建寺度僧。景泰二年（1451）正月太监兴安以皇后旨度僧道五万余人于谦进言不纳从此以后建寺度僧之事便一而不可止。弘治中尚书马文升的奏疏中谈到成化末年寺院僧人的情况：定制：僧道府不过四十名州不过三十名县不过二十名。今天下一百四十七府二百七十七州一千一百四十五县共额设僧三万七千九十余名。成化十二年度僧一十万二十二年度僧二十万以前各年所度僧道不下二十余万共该五十余万其军民壮丁私自披剃而隐于寺观者又不知几何。1马文升用“创修寺观遍于天下妄造经典多于儒书”概括了当时佛教的情况这与明初相比显然有了相当大的展。
从现存的材料看明代佛教的展主要还是在正德以后这与明代思想文化展的情况是同步的。本来也可能在成化时就展起来但是追寻祖制的“弘治中兴”将其推后了二十余年。正德以后心学的兴起对于禅学的展有所刺激到晚明王学末流更走向禅化禅学也随之而得到了展。明代佛教各宗的名僧以及明代的四大高僧均出现于正（德）、嘉（靖）以后。一、禅宗。
明代禅宗主要有临济宗和曹洞宗两个支系。
临济宗的展主要在嘉靖到万历以后从笑岩德宝（1512—1581）以禅学与诸儒学者相交而知名其后有门人幻有正传（1549—1614）正传门人中又有圆悟最为著称。圆悟号密云宜兴人原姓蒋。三十岁以后出家龙池山禹门寺天启三年（1623）于天台山通玄寺开堂说法始有名声。先后主持嘉兴金粟寺、福州万福寺、宁波天童寺等因其弘扬临济宗风故有“临济中兴”之称。
2郎瑛：《七修类稿》卷四三《姚广孝》。
3《明太宗实录》卷一九八永乐十六年三月戊寅。
1转引自《明会要》卷三九。
曹洞宗在明代的著名高僧有慧经及门人元来、元贤和高僧圆澄等。慧经（1548—1618）晚年长期主持江西黎川寿昌寺。他主张农禅并作是一位将躬耕田野与讲禅说法结合起来的高僧。他的门人元来（1575—163o）以提倡“禅、净无二”而闻名。元贤（1578—1657）幼年致力于儒家的程、朱理学由儒而入释的经历对于他后来的展影响颇大他因此重于著述主张兼容并纳。曾经明确提出：“禅、教、律三宗本是一源如鼎三足缺一不可。”并且强调儒、释、道三教一理。1他的思想明显地代表了明后期佛教展的趋势。
二、净土宗。
明代净土宗的展也是在嘉靖以后其主要代表人物是被称为“莲宗八祖”的袾宏袾宏（1535—1615）是明代四大高僧之一。他先后著有《答净土四十八问》、《净土疑辩》等净土宗的重要著作。但是他同时也积极主张“禅净一致”而且重视华严宗的教义代表了明朝后期佛教各宗渐趋融合的展趋势。
三、天台宗。
明代天台宗于万历年间始有“天台中兴”之说其中兴高僧为传灯。传灯（1553—1627）于万历十五年（1587）入天台山习天台之学兼习禅宗和净土宗教义也是博及诸宗的高僧。其后有称明代四大高僧之一的智旭（1599—1655）在弘扬天台教义的同时进一步主张各宗融合三教合一成为明末三教合一的推动者之一。
除去佛教的上述三个宗支外其余各宗如律宗、华严宗等在明代一直处于衰微之中没有突出的人物与学说出现。
明代的四大高僧除净土宗的袾宏大师、天台宗的智旭大师外还有紫柏真可和憨山德清。袾宏与智旭虽然各有宗派但都是主张各宗融合的而且主张儒、释、道的相合。而紫柏与憨山则不仅主张三教的合一而且自身也从无明显的宗派。他们之所以成为名声响亮的高僧其原因也正在于此。紫柏（1543—16o3）后于万历中“妖书案”中被牵入狱而死憨山（1546—1623）亦于万历间以私造寺院罪入狱论戍而其于戍所讲佛居然使戍卒们闻之若痴。
不固执于佛家之说而与儒、道相合就使得佛教为士大夫们所接受这同晚明士大夫们近禅的趋势是一致的。三教合一是晚明儒、释、道三家展的共同趋势林兆恩（1517—1598）的“三一教”更是这种三教合一的具体实践。
1王友三：《中国佛教史》第五编第二章《明清佛教》第749页。
第二节道教道教是中国本土的宗教因此道教历来有着较为广泛的社会基础。朱元璋起自民间对于道教有特殊的感情在他打天下时身边的周颠和铁冠道人张中就都是道士。而他本人也经常阅读道教的经典《道德经》。明初最为著名的功臣刘基也是颇信道教的传说中他曾师从九江道士黄楚望得其天文地理术数之法。在明初的功臣当中刘基近道而宋濂近佛。历朝的统治者都要宣传自己是有天命的因此就要神化自己道教在推算占卜方面的传统于是成为统治者神化自己的工具。
明建国后道教与佛教一样成为朝廷确定的官方宗教。洪武元年（1368）江西龙虎山第四十二代天师张正常被召入朝明太祖命去其天师之号封为真人世袭称龙虎山正一真人秩正二品。另设法官、赞教、掌书各二人。阁山、三茅山各设灵官一人正八品。另设太和山提点一人。这完全是一种特殊的恩封与对于当时全国道教的管理并没有直接关系。掌管全国道教事务的机构还是与佛教的善世院同时成立的玄教院。洪武四年（1371）玄教院与善世院同时革罢。次年开始由朝廷给道士度牒。十五年（1382）始置道录司设左、右正一各一人正六品；左、右演法各一人从六品；左、右至灵各一人正八品；左、右玄义各一人从八品基本与佛教的管理一样。但是道教与佛教不�