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明初于黑龙江下游设奴儿干都司之事，《明史·地理志》中漏而不述，只见于《兵志》，称“洪武、永乐间边外归附者，官其长，为都督、都指挥、指挥、千百户、镇抚等官，赐以敕书印记，设都司卫所。”下列“都司一（奴儿干都司）”，再列卫三百八十四。所谓“边外归附者”，即女真孟森《明史讲义》第一章。
各部。至于蒙古、西番，则均直书其名。
《明史》中另一掩饰之处，则为南明诸帝。自崇祯十七年（44）李自成农民军克北京，随后清军入关，明朝即亡。几乎与清军入北京同时，南京建立弘光朝廷，此后又有隆武朝、绍武朝、永历朝及鲁王监国。永历帝朱由榔于康熙元年（2）为吴三桂所杀，或以为此系明亡之时。而孟森先生作《明史》末述《南明之颠沛》，最后有云“十一月辛卯（十六日），鲁王殂于台湾，明亡，时为清康熙三年此距崇祯之亡，又二十年矣。此二十年南明之史，《明史》亦予隐讳，不承认其帝号，而将其事记述于诸王传中，以示其仍为诸王而非帝统。
说到清初修史之讳，顺便可以略述清初之文字狱。清初著名文字狱，一为庄氏史案，罹祸者至七十余人，死者剖棺锉尸，生者延颈就戮，妻孥极边充军为奴。而观其原书，涉及清室并未有过分讪谤之语，惟于清兵入关之事，直书为“夷氛”、“夷寇”，于“奴酋（努儿哈赤）”名号，迹未加避讳。而于李成梁传中，称努尔哈赤为成梁所豢养“已而并杀教场及他矢于阿台城下。他矢子即清太祖也，以幼得不死，留置帐下。”此为清廷所最忌讳之事，庄氏及诸修史之人因遭大祸。此为涉及清入关前史事之文字狱。涉及南明诸帝的著名文字狱有戴名世《南山集》狱。戴名世，字田有，号褐夫，别号忧庵。清康熙间进士，官编修。留心有明一代史事，网罗散佚，走访明季遗老，考求遗事。著《南山集》，用南明永历年号，以存明朝统绪，为左都御史赵申乔所劾，论斩。凡为《南山集》作序者，如方苞等人，均获株连，达数十人之多。此则为清初又一文字狱大案。由此可知清廷这两大避讳是触及不得的。史官岂敢冒杀身之祸而必书其实？即使有此董狐之风，以清初文禁之严，又岂能留只字于官修史书之中？隐讳史实固然是《明史》一大缺失，又是必然结果。
谢国桢于明清史籍所知博深，其评论《明史》缺失，共列五点，除“毁灭不利清廷之史实”外，尚有四大点一是于明初事实记载不翔实。因清廷讳言明朝驱逐蒙古于漠北，亦犹如讳言建州女真于东北臣于明。又因史官为明末降清人士，对明初统治集团内部矛盾，尽略而不愿详记。二是记建文之事，讳言建文出亡，主张焚于火，以示亡国之君无生之理。此亦出清廷之需。三是除李自成、张献忠起义外，其余农民起义，均只见于有关官员列传之中，且极尽歪曲之能事。四是《明史》出于东南文人之手，于江浙文人尤其是东林党人多立佳传。自明嘉靖以后，内阁柄政大臣，多为东南缙绅所操持，一脉相承，当时谓之“传衣钵”。《明史》对党籍中人，言之刺刺不休，与其他方面人物相比，记述不均，因之是非亦难得其平。
此为先辈学者见识，足资后世读史时体验之。
3。《明史》在史学史上的地位。
如何给予《明史》一个概括的评价呢？前面的评述，基本上还是就其自身内容而论，然而要给《明史》一个总的评价，就不得不把它放到历史中，放到整个中国史学史中去看。
白寿彝教授将明清时期划为中国史学史的第五个时期，他说“明清时期，是中国史学史的第五个时期。它处于中国封建社会的衰老时期。这时，生产力在继续发展，而生产关系却阻碍了生产力的发展。同时，新生产力的发展不够强大，还不能突破封建生产关系的桎梏。这是社会进程的一段微妙时刻，很容易迷惑人，使人给它作偏高或偏低的估计。我们说它衰老，不说它解体，就是说它已经失去了旺盛的生命力，但生命力还是有的，甚至还相当顽强。这种特点反映在史学上，一方面是因循保守气息的充斥，另一方面，是反映时代抗议精神的优秀作品在不断地问世。”在这样一个条件下问世的《明史》与它的编纂者们一样，被打上了深刻的时代烙印。
章炳麟在谈及明末清初浙东史学时说“自明末有浙东之学。万斯大、斯同兄弟，皆鄞人，师事余姚黄宗羲，称说礼经，杂陈汉宋，而斯同独尊史法。”因此《明史》虽然最后定刊于乾隆间，但并没有完全陷于考据学风之中。白寿彝教授指出“万斯同、全祖望对《明史》的工作，其兴趣在于保存明代文献，他们也还有清初学者那样的民族思想。”因此，《明史》虽然是二十四史的最后一部，但是它仍然继承了前代诸史的风格，这绝不仅仅表现在体例上，而且表现在述史的追求上。
但是，正如白寿彝教授所指出的时代特点所限，《明史》已无法像前四史那样去体现史家的思想，也无法像其余诸史那样相对少有避讳。史家们的艰难是在史德与现实中找寻出路。尽管如此，《明史》仍不失为一部历史巨著，它的完善是突出的，它的避讳难言是突出的，它反映出的史家们的艰难也是突出的。这也是清初史学的特点。“但这是社会变革中易于遇到的现象，这是社会变革的矛盾运动在史学领域里的反映，有的反映得明显，有的反映得曲折，有的为封建桎梏所紧紧掌握，有的是要挣脱封建桎梏而又苦于力量不足。”《明史》是中国封建官修正史的尾声，它同前朝诸史一脉相承。《明史》以后，中国封建传统正史便走上了日暮途穷的末路。
白寿彝《中国史学史》叙篇。
白寿彝《中国史学史》叙篇。
第二节私家著作明人文集《明史·艺文志》分经、史、子、集四部而为四卷，所录皆为明人的著作，其中经部收录书目九百零五种，史部一千三百十六种，子部九百七十种，集部一千三百九十八种，以集部为最多。四部之中，经、史多官修书，且史部又多方志，而集部皆属私著，可知其在有明一代的书籍中，占有极大的比例。集部又分为别集、总集、文史三类。三类之中，尤以别集为最，计有一千一百八十八部，一万九千八百九十六卷。总集类以部而计虽仅一百六十二部，但因系总录诗文，故亦有九千八百十卷之数。文史类者，即明人文评诗话之作，志中所录凡四十八部，二百六十卷而已。
明人文集，主要即指别集，是为集部中的主要部分。据《明史·艺文志》所载，明人文集超过千部，几近二万卷，数量之大，令人惊诧，但尚有漏而未收者，由此亦可略知明人文集之浩繁。
明建国之初，太祖文禁虽严，然而当时承元末的学风，文人士大夫们或敢于面对世事变革的现实，或避世而追求诗文唱和的雅兴，以一批由元入明的文人为先导，继之以一批后学，留下了为数颇多，且质量较高的文集。据《明史·艺文志》中所载，洪武、建文两朝文集40余种，其中不乏影响较大者。如宋濂《潜溪文集》三十卷、《宋学士文集》七十五卷；刘基《刘文成集》二十卷；杨维桢《东维子集》三十卷；高启《高太史大全集》十五卷；贝琼《清江文集》三十卷；方孝孺《逊志斋集》三十卷、《拾遗》十卷；练子宁《金川玉屑集》五卷；解缙《解学士集》三十卷、《春雨集》十卷、《似罗隐集》二卷。其中解缙虽入永乐朝，但其主要诗文均作于洪武、建文两朝间，况且他的身上依然带着浓厚的元、明之际的文人风气，当属元末明初学风尾声之代表，清修《明史》，目录名家黄虞稷将其收之于明初，实为卓见。
永乐以后，文风渐趋沉闷，文集成为官僚地位的象征，在通共五十余种文集中，以杨士奇《东里集》为代表的阁部大臣之作，成为当时文集之主流。此外较有影响的文集，也只有太子少师姚广孝的《逃虚子集》十卷，与志中未录的《逃虚类稿》六卷。
洪熙、宣德两朝文集仅二十种，较永乐朝而不及，成为明人文集的低谷。文化思想的禁锢得到了充分体现。
宣德以后情况开始有所变化，这时候的文集中既保持了永乐、宣德以来的身份特征，同时开始有一些名流、才子以及下野官吏的文集先后问世，文集的内容变得丰富起来。著名的有周忱《双崖集》八卷，后人集佚的于谦《于忠肃集》十三卷，李贤《古穰集》三十卷、《续集》二十卷，倪岳《清溪漫稿》二十四卷。也有像刘溥、姚绶之类名流才子的文集，如《草窗集》二卷，《云东集》十卷等；有像徐有贞那样罢职官员的文集《武功集》八卷；还有著名学者薛瑄、吴与弼等人的文集《敬轩集》四十卷、《康斋文集》十二卷。在五十余种文集中，能够包罗如此丰富的内涵，明人文集开始摆脱了那种官僚气，成为所有文人士大夫表现自我的一种形式。
这种变化的直接作用是明人文集在数量与范围方面的进一步发展。从成化到正德五十余年间，可考的明人文集已达二百种左右，从数量上已同洪武、永乐、洪熙、宣德四朝相埒，而著作者的范围则更远非前所能及。其中主要的文集有刘定之《呆斋集前稿》十六卷、《存稿》二十一卷、《续稿》五卷，周洪谟《箐斋集》五十卷、《南皋集》二十卷，陆釴《春雨堂稿》三十卷，罗伦《一峰集》十卷，陈献章《白沙集》九卷，胡居仁《敬斋集》三卷，夏时正《留余稿》三十五卷，陆容《式斋集》三十八卷，桑悦《桑悦文集》十六卷，丘濬《琼台类稿》五十二卷，李东阳《怀麓堂集》一百卷，程敏政《篁墩全集》一百二十卷，吴宽《匏翁家藏集》七十七卷（补遗一卷），何乔新《椒丘文集》四十四卷，沈周《石田诗钞》十卷，祝允明《怀里堂集》三十卷、《小集》七卷，文徵明《甫田集》三十五卷，王鏊《震泽集》三十六卷，杨廷和《石斋集》八卷，杨一清《石淙集》二十七卷，章懋《枫山集》四卷，李梦阳《空同集》六十六卷，康海《对山集》十卷，王九思《渼陂集》十九卷，何景明《大复集》六十四卷，徐祯卿《迪功集》十一卷，王守仁《阳明全集》二十二卷，黄省曾《五岳山人集》三十八卷。
除去这些正式的文集之外，宣德以后，以奏议为别集的情况也逐渐多了起来，比较有名的如《轩奏议》四卷，《姚夔奏议》三十卷，《余子俊奏议》六卷，《林聪奏议》八卷，《叶盛奏草》三十卷，《王恕奏稿》十五卷，《马文升奏议》十六卷，《刘大夏奏议》一卷，《杨廷和奏议》一卷，《杨一清奏议》三十卷。
到弘治中后期，社会风气的变化愈发明显起来，这本来是成化年间即已经开始了的变化，弘治初期因为孝宗与身边一批儒臣发起的整顿而暂时有所收缩，但是到弘治中期以后，这种收缩便不再能够达到预期的效果，孝宗曾经为此而感到苦恼与困惑不解。所谓明朝中叶才士的傲诞之习，便是以此为发端的，这种风气自然也表现在这一时期的明人文集当中。像祝允明、桑悦、唐寅等人，虽然未曾入仕，但均有文集行世。而另一方面，由于科举取士的日趋成熟，入仕必由科举，一些进士出身的士大夫，将乡、会试三场试卷，亦多收入文集之中。两种截然不同的风气，丰富了当时文集的内容，并且为嘉靖、隆庆以后的明人文集开创了先例。
嘉靖以后，进入了明人文集的高峰期，《明史》中将其分为嘉靖、隆庆和万历以后两个时段。从这两个时段明人文集的数量看，基本上是各占一半左右，均近四百种。这一时期，由于明朝人在文化思想和学术思想上的进一步解放，文集也进一步由官僚化走向了名流化。大多数文集不再是政治地位的炫耀，而是更加追求文人士大夫的本色。
嘉靖、隆庆年间的著名文集有罗钦顺《整庵集》三十三卷，吕柟《泾野集》五十卷，杨慎《升庵集》八十一卷，陆深《俨山