木儿戍兵大同屡次派兵争夺晋、冀地盘并与陕西军阀张思道（又名良弼）相联结。张思道与李思齐在关陕为争夺地盘互相攻伐思道在孛罗支持下设伏兵于武功（今陕西武功）大败思齐。二十三年六月孛罗乘扩廓战事方休移兵汴、洛之机南侵扩廓守地遣其将竹贞袭据陕西。当时陕西行省右丞答失铁木儿与行台有矛盾。恐陕西为扩廓所有遂与孛罗相结引竹贞入奉元（今陕西西安）劫御史大夫完者帖木儿印并予拘留。扩廓亦不示弱遣部将貊高合李思齐兵攻之竹贞战败投降。
扩廓帖木儿为集中力量对付孛罗帖木儿采取纵横捭阖手段与据有江淮、势力不断壮大的宋江南行省左丞相朱元璋主动修好。早在至正二十一年八月时元璋就曾以都事汪河、钱祯去察罕帖木儿军中通好察罕帖木儿亦以书报聘元璋以前所遣使不返未予回聘。扩廓帖木儿总领其兵后于二十二年十二月派尹焕章送还使者自海道南下献马。朱元璋东有平江（今江苏苏州）张士诚。西有武昌陈友谅的严重威胁乃采取同样手段于次年正月遣汪河送尹焕章归汴致书扩廓曰：“不意先王捐馆阁下意气相期遣送使者涉海而来深有推结之意加之厚贶何慰如之。薄以文绮若干用酬雅意。自今以往信使继踵商贾不绝无有彼此是所愿也。”（《明太祖实录》卷一二）这种相互利用的关系于双方有利。一旦各自目的达到后这种关系就会破裂代之以兵戎相见。
宫廷内争与此同时元廷内部的斗争也日益尖锐。御史大夫老的沙哈剌鲁人顺帝母舅与宦官、顺帝后奇氏高丽同乡朴不花素不和为奇皇后和皇太子所恶。顺帝将老的沙遣回。老的沙途经大同留于孛罗帖木儿军中。而右丞相搠思监、朴不花与皇太子结成一帮依靠扩廓帖木儿为外援。皇太子屡次向孛罗索要老的沙孛罗不遣。二十四年三月搠思监、朴不花诬称孛罗与老的沙图谋不轨顺帝下诏削孛罗兵权、官职令其归四川。孛罗拒不从命。朝廷下令命扩廓出兵讨孛罗。这时宗王不颜帖木儿等出面上书替孛罗说情并与孛罗会师。顺帝怕事情闹大急忙下诏贬斥搠思监、朴不花孛罗官复原职。
诏书虽下搠思监、朴不花依然留居大都。这年四月孛罗帖木儿以此为由遣前知枢密事秃坚帖木儿率军进攻大都。秃坚帖木儿兵入居庸关朝廷命知院也先、詹事不兰奚迎战败归。皇太子见势不妙率侍卫军出光熙门东走古北口趋兴（今河北承德西）、松（今辽宁赤峰西）。秃坚帖木儿兵至清河。当时京师空虚城中大震诸官吏士卒奉命分守各城门。顺帝命达达国师、蛮子院使去秃坚帖木儿军营问明原委。秃坚帖木儿声称必得搠思监、朴不花。二使反复劝解不听。顺帝被迫交出搠、朴二人孛罗杀之。秃坚帖木儿浩浩荡荡率军自健德门进入京师顺帝赐宴慰勉仍以孛罗帖木儿为太保、中书平章政事兼知枢密院事守御大同；命秃坚帖木儿为中书平章政事退出京师。
是年五月皇太子出奔至路儿岭知孛罗、秃坚复职愤怒不已。遂命扩廓帖木儿调动军队分道进攻孛罗。扩廓乃命白琐住领兵3万守御京师以貊高、竹贞为中道领兵4万以关保为西道领兵5万合击孛罗于大同扩廓则至太原调督诸军。七月孛罗与秃坚、老的沙以“清君侧”名义再次攻京师。前锋抵居庸关皇太子统军迎于清河丞相也、詹事不兰奚屯军昌平锁住军亦抵京师然也军士无斗志琐住部将杨同佥在居庸关被孛罗军杀不兰奚战败逃走。皇太子见势不妙回到京师胁迫东宫官僚随他出走白琐住扈送皇太子由雄、霸、河间直奔太原。孛罗军抵健德门外本拟追袭皇太子因老的沙阻止未去。孛罗等3人进大都顺帝于宣文阁接见分别命孛罗为太保、中书左丞相未几进右丞相节制天下军马；老的沙为平章政事；秃坚帖木儿为御史大夫。八月顺帝加封孛罗帖木儿开府仪同三司、上柱国、录军国重事、太保、中书右丞相节制天下军马。孛罗主政后杀倚纳（与顺帝共习“演揲儿”进行活动的人）秃鲁帖木儿、波迪、哇儿祃等罢三宫不急造作沙汰宦官减省钱粮禁西番僧人佛事并多次遣使请皇太子还朝使者被皇太子拘留于太原拒不还朝。
二十五年三月皇太子在扩廓帖木儿军中下令曰：“孛罗帖木儿袭据京师余既受命总督天下诸军恭行显罚少保、中书平章政事扩廓帖木儿躬勒将士分道进兵诸王、驸马及陕西平章政事李思齐等各统军马尚其奋义戮力克期恢复。”（《元史·顺帝纪》）于是调岭北、甘肃、辽阳、陕西各地军队共讨孛罗。孛罗闻之乃将奇皇后幽禁于厚载门外诸色总管府中遣秃坚帖木儿率军进攻上都附皇太子者调也南御扩廓。也先驻兵永平举师倒戈遣人西联扩廓东联辽阳军声大振。也先袭孛罗将姚伯颜不花于通州虹桥斩姚伯颜不花。孛罗大怒自领大军出通州遇大雨三日而还。
孛罗在京郁郁不乐终日与老的沙饮宴荒淫无度酗酒杀人喜怒无常。顺帝极为不满密令威顺王宽彻普化子和尚寻找机会刺杀孛罗。和尚募得杀手6人于七月二十九日乘孛罗入宫时杀死于延春阁李树下老的沙逃奔孛罗家中携其母、妻及子天宝奴北遁与秃坚帖木儿会合。两人谋与赵王起兵被赵王灌醉缚送朝廷处死。
与各路军阀混战当顺帝在京密谋杀孛罗帖木儿之时扩廓帖木儿派其将关保取太原。皇太子联络也先及魏、辽、齐、吴、豫、幽诸王准备进兵京师。孛罗被杀后顺帝诏皇太子还京。原先皇太子投奔太原时就想用唐肃宗在灵武称帝的故事自立扩廓与不兰奚等不从。现在还京师奇皇后传令扩廓以重兵拥皇太子入城以胁迫顺帝让位。扩廓知其用意兵至京师3o里处即下令分散不入京师。皇太子怨恨在心。
既入京顺帝命老臣伯撒里为右丞相扩廓为左丞相。居两月扩廓请南还视师。闰十月顺帝诏封扩廓为河南王代皇太子亲征总制关陕、晋冀、山东等处并迤南一应军马诸王各爱马应该总兵、统兵、领兵等官凡军民一切机务、钱粮、名爵、黜陟、予夺悉听便宜行事。扩廓置分省官属随之南下其气派之盛大几与朝廷相等。
二十六年二月扩廓抵河南欲守父墓以终丧心腹幕僚孙翥、赵恒献策曰：“丞相受天子命总天下兵肃清江淮。兵法欲治人者先自治。今李思齐、脱列伯、孔兴、张思道四军坐食关中累年不调。丞相合调四军南出武关与大军并力渡淮彼若前顽不受调则移军征之。据有关中四军惟丞相所使不亦善乎！”（《庚申外史》）但各路军阀根本不服扩廓调遣：李思齐与察罕帖木儿同起义兵为扩廓前辈得调兵札后大怒曰：“乳臭儿黄犹未退而反调我耶！我与尔父同乡里尔父进酒犹三拜我然后饮汝于我前无立地处而今日公然称总兵调我耶！”张思道曾与孛罗结盟也拒不受命；孔兴、脱列伯等皆以功自恃各怀异见要求别为一军也不受调遣。四将各令本部曰：“一戈一甲不可出武关王保保来则整兵杀之！”（《庚申外史》）他们共推李思齐为盟主。扩廓遣关保、虎林赤西攻张思道于鹿台而思齐与思道合兵抗之。双方相持一年前后百战胜负未决。
北方军阀混战之际正是朱元璋削平群雄、统一南方之时。至正二十四年元璋灭武昌陈理汉政权后称吴王建百官拓地江北、淮东并准备大举东灭张士诚。二十六年五月扩廓军与诸军阀相持于关中自率中军由怀庆（今河南沁阳）屯彰德（今河南安阳）彰德积粮草达1o万顺帝颇疑扩廓有异志因屡催扩廓兵攻江淮。扩廓遣将攻徐州元璋将徐达分兵击退之。时元璋正兵征张士诚必须避免与北方交兵因而于七月又遣使致书扩廓分析形势陈述利害关系。扩廓面对关中诸军阀不敢寻衅江淮因而于十月遣其弟脱因帖木儿及貊高、完仲宜驻兵济宁、邹县等地名为保障山东实为防南师北上。双方均有避免两面作战的心态因而均十分谨慎虽在徐州生过磨擦但均未形成较大规模的交战。
二十七年扩廓继续增兵关中誓必决一雌雄李思齐、张思道等渐感不支使人求助于朝廷。朝廷因命左丞袁焕、知院安定臣、中丞明安帖木儿传旨令两家罢兵。孙翥进密计于扩廓曰：“我西事垂成不可误听息兵之旨。且袁焕贪人也此非其本意。可令在京藏吏私贿其家则袁必助我。”袁焕受贿后果对扩廓曰：“不除张、李终为丞相后患。”于是扩廓攻张、李益急。七月孙翥、赵恒又进计曰：“关中四军李思齐最强思齐破则三军自下矣。今关中兵将彼此相持不决所畏者惟貊高耳。宜急抽貊高一军疾趋河中自河中渡河驰凤翔覆思齐巢穴则渭北之军可降此唐庄宗破汴梁之策也。”扩廓从之。（《庚申外史》）
八月顺帝命皇太子总天下兵马动员所有兵力南下剿杀各地反元武装。诏书命扩廓帖木儿总领本部军马自潼关以东肃清江淮；李思齐总领本部军马自凤翔以西与侯伯颜达世进取川蜀；以少保秃鲁为陕西行中书省左丞相驻扎本省总本部及张良弼、孔兴、脱列伯各支军马进取襄樊；王信本部军马固守驻地别听调遣。“诏书到日汝等悉宜洗心涤虑同济时艰”（《元史·顺帝纪》）。这道诏书显然是脱离实际的。自至正二十二年元军先后占领汴梁、平定山东后立即代之以军阀混战可谓国无宁日。元朝的军事力量用于内耗。当时没有任何人有力量把各支军阀加以统一指挥。
诏书下后先在扩廓军内生兵变。貊高的部将多为孛罗帖本儿旧部将对扩廓本来就心怀不满。当部队行至卫辉部将夜聚商议道：“我为官军扩廓为总兵用我敌南军犹云可也。今者却闻檄我们粮星驰往河中渡河西趋凤翔李思齐乃官军也以官军杀官军如何？”于是动兵变胁貊高叛扩廓。貊高军攻破卫辉杀守御官余仁辅；夺彰德杀守御官范国英；引军至清化闻怀庆有备遂还彰德。貊高上奏曰：“人臣以尊君为本以尽忠为心以亲民为务。今总兵官扩廓帖木儿岁与官军仇杀臣等乃朝廷培养之人素知忠义焉能俛听命。乞降明诏别选重臣以总大兵。”（《元史·顺帝纪》）
与此同时关保也宣布脱离扩廓上书朝廷列扩廓罪状。关保、貊高皆察罕帖木儿老部将关保勇冠诸军功最高；貊高善论兵为察罕所信任。元廷对扩廓拒不南攻江淮而西攻关陕又跋扈不从命正欲削其兵权而找不到借口。貊高、关保上奏其罪状正好是个机会。这时皇太子用沙蓝答儿、帖林沙、伯颜帖木儿、李国凤计立抚军院总制天下军马专备扩廓帖木儿。顺帝以貊高等能倡大义赐号“忠义功臣”。
十月顺帝以扩廓帖木儿不受调遣、构兵仇杀免其太傅、中书左丞相职以河南王食邑汝州（今河南汝南）与其弟脱因帖木儿同居河南府（今河南洛阳）所有从行官属悉令还朝。凡扩廓所总诸军其主帐由白琐住、虎林赤领之；在河南者由李克彝领之；在山东者由也领之；在山西者由沙蓝答儿领之；在河北者由貊高领之。又命秃鲁、李思齐、张良弼、孔兴、脱列伯率兵东来准备南讨。扩廓帖木儿被迫交出兵权退军屯泽州（今山西晋城）。
正当元廷内部倾轧之时朱元璋在消失灭了劲敌张士诚割据势力后南征北战同时开始了。十月二十一日元璋正式下令命中书右丞相徐达为征虏大将军、中书平章常遇春为副将军率军25万由淮入河北取中原。十一月徐达6续占领山东州郡。十二月徐达军至济南元平章忽林台等遁去。守将以城降。所俘元将官送至应天（今江苏南京）元璋对杨左丞等曰：“王保保本一孺子承李察罕余烈骤得重权恢复山东、河南、北诸郡遽袭王爵遂萌骄纵之心岂有豪杰之见今王保保自除官职其麾下称左右丞、参政、院官不可胜数。而各处钱粮皆收入军中不供国用此与叛乱何异？名虽尊元实则跋扈。”（《明太祖实录》卷二八）这时的朱元璋已把扩廓帖木儿视为与“叛乱”无异的、专权跋扈的军阀。
至正二十八年（1368）正月朱元璋即皇帝位定国号为明建元洪武。明军北伐正按既定方针向大都逼近而元朝统治集团内部依然无止境地你争我斗。
正月元命左丞孙景益分省太原关保领兵守城。扩廓帖木儿立即遣兵进据太原尽杀朝廷所置官。二月皇太子命魏赛因不花及关保与李思齐、张良弼诸军夹攻泽州顺帝下诏削夺扩廓爵邑令诸军共诛之。扩廓自泽州退守晋宁（今山西临汾）关保据泽、潞二州与貊高合。三月明兵已至河南汴梁守将李克彝遁走洛阳。至五月明兵尽取河南察罕帖木儿之父阿鲁温以梁王金印出降。闰七月貊高、关保以兵攻扩廓于晋宁大败被俘。这时顺帝态度又一百八十度大转弯下诏称：“关保、貊高间谍构兵可依军法处治。”于是两人