以两人两域相遇后一度颇为融洽友好常常在一起交游。彼此唱和的诗句不在少数其中有一部分还保存在楚材的《湛然居士文集》和李志常所撰的《长春真人西游记》之中。但是两人的交谊后来竟破裂了。释道两家本不相类这个宗教信仰的矛盾后来在两人之间的关系上表现得很清楚。邱处机在1224年春回到燕京后大力展全真教势力这在当时条件下对于抚定乱离中的百姓、恢复中原的残破局面客观上起了一定作用。但与此同时道徒们拆毁佛寺改佛寺为道观排斥和打击佛教势力这就引起了佛、道之间激烈的斗争。楚材作为一个佛教信徒他自然站在佛门一边对邱处机偏袒全真教的言行进行了严厉的抨击。
当1225年春成吉思汗回到土兀剌河上老营时楚材还在西域这年他在高昌过冬。第二年成吉思汗亲征西夏时楚材已在大军之中。冬十一月蒙古方面攻下灵武将军们争着掠取子女财帛唯独楚材仅仅拿了几部书以及两骆驼驮的大黄。接着疫病流行他以这些大黄治愈了几万名军士。1227年七月成吉思汗去世第四子拖雷监国。不久楚材从西夏经云中（今山西大同）北返。这年冬天楚材奉拖雷之命为搜索经籍从漠北来到燕京。不断有人向他询问“异域”事情他烦于应付并鉴于当时佛道斗争的需要就撰著了《西游录》。
《西游录》分上下两部。上部是西征纪程下部集中阐述自己十件“不许丘公之事”对邱处机大加抨击所以这部分又是当时佛道斗争的重要文献。
楚材酷爱诗歌也喜欢写诗。他有一部《湛然居士文集》传世共14卷文章并不多大半是诗作。他在诗中经常抒自己忧国忧民、守穷待变的心情和不安疏懒、勉力功业的志趣。在西域的经历和感受也不时在他的诗作中反映出来。西域的景物和民情给了他许多诗意使他写下了一些情趣独具的诗篇在古代西域诗歌中占有重要地位。此外他的音乐禀赋也很高擅长操琴常常借弹琴来销忧禁邪陶冶情操。他喜欢弹名曲且弹时别具一格。例如他在冷气袭来的穹庐弹《离骚》“个中真味”确是与一般汉族士大夫不尽相同的。琴阮似是他最深的精神栖息之处。当他感到功业未就甚至诗书乏意的时候依旧以音乐伴随着他的身心。在艺术上他主张一切出于自然这自然甚至归诸“无”。“叩弦声自无中出得勾思从天外还。”这两句诗集中表达了他的艺术观。
1228年拖雷派宗王塔察儿为中使同楚材一起赴燕“穷治”“剧贼”。楚材查明这些强索财物的“剧贼”都是燕京长官石抹咸得卜的亲属和其他势家子弟。在楚材坚持下塔察儿同意处死了恶十六人。于是“巨盗屏迹”燕京的社会秩序很快安定下来。第二年春天楚材才从燕京返回漠北。
1229年秋天蒙古国的宗王和大臣们在怯绿连河曲雕阿兰地方举行忽里台（大会）讨论汗位继承问题。大会进行到第四十一天时才确定当天由窝阔台即位。这主要是根据成吉思汗的遗言办事但看来楚材的支持也有一定的作用。在窝阔台即位时楚材依照中原王朝的传统制订了册立仪礼要求皇族尊长都就班列拜从此蒙古国实行对汗的拜礼。
当窝阔台即位时蒙古国已是一个地域广袤、民族众多、社会形态多样的大帝国。成吉思汗热衷于不断的征服但他还来不及仔细考虑如何统治那些被他征服的文明程度较高的地区。现在这个问题摆到了窝阔台面前。尤其是为了治理汉地窝阔台是确实需要像楚材这样的人才的。
辅佐太宗治理中原窝阔台即位以后立即任命耶律楚材主持黄河以北汉民的赋调征收。楚材成了常在大汗身边的官员之一。他是一个有抱负、有主见的人也是一个敢于向大汗直言的人。他的意见对于窝阔台的治国决策产生了重大影响。当时黄河以北平定不久老百姓常常“误触禁网”楚材主张予以宽宥使窝阔台下诏宣布自庚寅年（123o）正月朔日以前的事勿予治罪。123o年他向大汗条陈十八事主要内容是：“郡宜置长吏牧民设万户总军使势均力敌以遏骄横。中原之地财用所出宜存恤其民州县非奉上命敢擅行科差者罪之。贸易借贷官物者罪之。蒙古、回鹘、河西诸人种地不纳税者死。监主自盗官物者死。应犯死罪者具由申奏待报然后行刑。贡献礼物为害非轻深宜禁断。”窝阔台都加以采纳仅仅认为“贡献礼物”是贡献者自愿的事不必禁止。实际上当时所谓的“贡献”（即颇为风行“扫花”）形同强夺往往是军事势要强行索要的因而楚材的主张是深切时弊的。
关于如何治理中原当时在汗廷中生了激烈争论。当时由于战争的消耗和官吏的私敛国库已十分匮乏。近臣别迭等说：“虽得汉人亦无所用不若尽去之使草木茂畅以为牧地。”但楚材说：“夫以天下之广四海之富何求而不得？但不为耳何名无用哉！”他提醒大汗南伐需要充足的军需给养而中原的地税、商税、酒、醋、盐、铁、山泽之税每岁可得银五十万两、帛八万匹、粟四十余万石。窝阔台听从了楚材的建议让他去实行。楚材于是奏设十路征收课税使委托儒士担任正副使掌握各路征收赋税的实权。第二年春天汗廷又颂布劝农诏书使中原各地农民安于农业生产。这年秋天窝阔台来到云中（今大同）十路课税使把征收到的赋税簿册和金帛放在庭中展示。大汗十分满意向楚材赐酒拜楚材为中书令（主管文书的中央长官）。这次赋税是怎样征收的史籍缺载。据估计当时黄河以北汉民可征赋调的至少接近四十万户如果以四十万户计算那末平均每户承担银1。25两、绢o。2o匹、粟1石。这样的赋税是比较轻的。
楚材辅政的一大目标是企图削弱地方权贵的势力加强皇权。在蒙兴金衰的过程中地方豪强主要是汉人也有契丹、女真人。蒙古利用和依靠他们来建立在中原的统治他们从十三世纪二十年代起逐渐成为一方的新权贵。例如契丹将领石抹明安为燕京行省长官1216年病死后其子石抹咸得卜袭职长期把持燕京一带军政大权。由汉族地主武装势力的头目形成的汉人世侯在成吉思汗1227年去世时大大小小有四十几个。他们往往军政兼管官职世袭自辟衙署自委属官自征赋役自专生杀并且占有一批依附人口。他们对蒙古统治者承担两项基本义务：出兵从征和缴纳贡赋。他们的献纳是蒙古国重要财政来源他们的军队后在蒙古灭金亡宋的战斗中立下了汗马功劳。可是这些权贵独霸一方的状态从根本上说是不利于蒙古统治的巩固的。针对这个问题楚材一再建议实行地方上军民财分权“州郡宜令长吏专理民事万户总军政课税所掌钱谷各不相统摄”。窝阔台允准了他的建议。但是权贵们进行抵制和反对。石抹咸得卜甚至激怒皇叔斡辰大王上奏攻击楚材亲属在金方不宜重用。窝阔台未听谗言楚材更不为所动。但是由于当时迫切需要这些权贵们在攻金前线出力军民分职一事延缓实施楚材只是做到了“课税所掌钱谷”。军民分职这件加强皇权的大事直到忽必烈手中才得到解决。
耶律楚材采取的劝农性的赋税征收政策使中原地区的农业生产很快得到恢复使蒙古的军需供应得到了切实保证从而使蒙古成功地进行了最后灭金的战争。而在灭金战争中楚材的两个特殊功绩则是保障生命和收容人材。面对战争中的残酷杀戮他总是力图保全更多的生命。当1233年正月蒙古军队行将攻占汴梁时大将不台主张按蒙古惯例对这个进行过抵抗的全国都城实行屠城。由于楚材在窝阔台面前力争不能得了土地而失了人民屠城之举才得以免行这一次就使在汴避兵的一百七十四万户免遭惨祸。蒙古对待汴京的这种宽大措施以后成为定例在攻取淮河、汉水流域诸城时也得到遵循。楚材还说服大汗解除了“居停逃民及给资者灭其家乡社亦连坐”的禁令。
在收容人材方面楚材奏准在汴梁挑选其中的“工匠儒释道医卜之流”使他们散居河北各地由官方给予赡养。在聚集汴梁的儒士中不乏贤能卓越的人物。当时一代名士元好问曾写信建议他对亡金士大夫能聚养任用因为他们都是“民之秀而有用于世者”。元好问还特别向楚材提供了一份五十四人的名单。楚材与元好问在思想上息息相通自然接受元好问的建议因而使一批人才得以保存下来。
以儒治国定法立制1234年蒙古灭金以后耶律楚材认为“以儒治国”的时候到了。他的“以儒治国”的方案在《西游录》中已有简要的记述那就是“定制度、议礼乐、立宗庙、建宫室、创学校、设科举、拔隐逸、访遗老、举贤良、求方正、劝农桑、抑游惰、省刑罚、薄赋敛、尚名节、斥纵横、去冗员、黜酷吏、崇孝悌、赈困穷”。由于他得到大汗窝阔台的器重他的方案的若干项目有了实施的机会。1235年窝阔台决定在和林建城修万安宫；部署伐南宋、征高丽和再次西征；下令括编中原户籍由中州断事官失吉忽秃忽主持。关于西征南伐楚材主张“各从其便”劝阻以回鹘人征南、以汉人征西的计划。关于括编户籍楚材反对依照蒙古和西域成法以丁为户按丁定赋而坚持遵循中原传统以户为户按户定赋。这些都得到窝阔台的支持和允准。1236年春万安宫落成窝阔台在这里对楚材大加褒赏。这年秋天失吉忽秃忽完成户口的括编主张按蒙古国俗实行分封得到窝阔台的准许。楚材向大汗陈述这样“裂土分民”的弊害使大汗同意封地设置官吏须出自朝命诸王勋臣除常定赋役外不得擅自征敛以限制诸王勋臣的分封特权。在这次括编户口的基础上楚材制订了如下的中原赋税制度：每两户出丝一斤以供官用五户出丝一斤以与所赐之家；上田每亩税三升半中田三升下田二升水田五升；商税三十分之一；盐每银一两四十斤。这个赋税制度中特别值得注意的是五户丝蒙古语称为阿合答木儿。凡是分封给贵族的人户每五户出丝一斤由政府征收然后给予该受封贵族此外贵族不得擅加征敛。这样蒙古原来的“裂土分民”的分封制在中原延伸时受到了相当大的限制也就削夺了蒙古游牧贵族在中原地区的许多社会经济特权。总的说来楚材拟订的这个赋税制度为有元一代的赋税制度提供了雏形。赋税的定额也是比较轻的有利于当时已遭破坏的中原地区休养生息。在遇到大的灾情时楚材还采取免征的措施。当然由于在征收时逃亡浮客的赋税要由留下的主户负担所以赋税的实征比定额要重。此外有杂泛差役更是随意性很大的。
同年楚材还制订了两项重要的政策。其一废止蒙古国原来的凡商贾失盗不获由当地民户代偿的规定。其二制止西域商人的高利贷盘剥活动。这种高利贷十分严重一年以本加倍算利以后每年连息加倍计算叫“羊羔利”或“羊羔息”。楚材奏准以官银贷还七万六千锭并且规定从今以后不论岁月远近利息达到债本一倍以后不再生息。这两项政策都是有利于减轻人民负担的。此外这年侍臣脱欢奏选天下室女大汗已下诏施行楚材阻止说这样做要骚扰百姓。大汗又要在中原收括牝马楚材也阻止说中原不产马这样做以后会为害百姓。他说服了大汗使百姓可以过比较安定的日子。
据史文记载1236年蒙古已印造和施行交钞但具体情况如何现在已不清楚。在这件事上楚材的主张是要以金章宗时“出钞为利收钞为讳”“至以万贯唯易一饼民力困竭国用匮乏”的教训为鉴戒。他建议“今印造交钞宜不过万锭”得到了窝阔台的支持。
在1237年上楚材又革除了贵族滥用驿站强索物品的弊病。楚材奏准给诸王贵戚给牌札凭牌札才能使用驿站；并制定“饮食分例”不许乘驿使者出规定取要供给。这年他陈时务十策：信赏罚、正名分、给俸禄、官功臣、考殿最、均科差、选工匠、务农桑、定土贡、制漕运“均切于时务悉施行之”。
这几年中楚材在文化教育的选拔人才方面也有一系列重要的措施。1236年他在燕京建立编修所在平阳建立经籍所主持书籍的编纂和刊行。1237年他奏准对儒士进行考试由刘中主持考经义、词赋、策论绪果有4o3o人中试。其中有千人原已沦为驱口中试后作为儒士获得自由。对中试者中间的干才更予以任用。这次考试有力地推动了教育活动的恢复。1238年他又支持杨惟中和姚枢在燕京建立太极书院请赵复等人为师教授儒家的经典。南宋名士赵复的讲学使程朱理学在北方传播开来。
耶律楚材在担任中书令以后的几年时间内一步一步地实施自己“以儒治国”的方案在政治、经济、文化等各个方面做了许多事情。他的目的是要使新兴的蒙古游牧贵族采用汉族以�