到高度重视尤其是水军的训练和扩编被纳入军队展计划之内并在灭宋战争中起了重要的作用。除了在一些万户府中配备炮军和水军外元廷还设立了炮水手元帅府、炮手军匠万户府、水军万户府、水军元帅府等专门机构。这些机构和军队大多属于地方镇戍军队系统。调入都城的炮手工匠等则大多隶属于军器监（后改武备寺）。
上述各种军队都是元代的正式军队。此外还有一种“应募而集”“不给粮饷不入帐籍俾为游兵助声势掳掠以为利”的军队蒙古人称为“答剌罕军”汉人称之为“乾讨虏军”实际上是一种“无籍军”1。其成员多为“无赖侥幸之徒”拢民尤甚2朝廷曾多次下令收编与禁罢这种军队但到元朝末年还可见到它的踪迹。
元代军队的总数在文献资料中没有留下明确的记载这与蒙古统治者“以兵籍系军机重务汉人不阅其数虽枢密近臣职专军旅者惟长官一、二人知之”的制度有关“故有国百年而内外兵数之多寡人莫有知之者”（《元史·兵志一》）。
1魏初：《奏议》“至元九年二月十九日”《青崖集》卷四；《元史》卷七《世祖纪》四；《经世大典序录·军制》。
2姚燧：《平章政事忙兀公神道碑》《元文类》卷五九。
第二节军事指挥成吉思汗建国之后确定了蒙古军队的指挥系统。蒙古军队“自十而百百而千千而万各有长”（《黑鞑事略》）。十夫长又称为“牌子头”蒙古语作“阿儿班那颜”（“那颜”意为“官人”）百户长称为“札温那颜”千户长为“敏罕那颜”万户长为“土绵那颜”。有时还设五十户长称为“塔宾那颜”。由于千户是蒙古军队的基本军事单位所以千户除一些分赐给蒙古宗王（成吉思汗黄金家族成员）外都分编在蒙古左、右两翼军内。左、右两翼军各设万户长一名掌管本翼各千户的军队。在出征作战时蒙古大汗亲征宗王、万户长、千户长等听从大汗的直接指挥。受命指挥军队作战的蒙古宗王有权节制参战的其他宗王和各千户长官万户长和千户长则节制下级军官。
汉军的指挥系统初期比较混乱。成吉思汗西征时授命左翼蒙古军万户长木华黎统管中原汉军但部分汉军实际上听命于东道蒙古宗王（成吉思汗诸弟）。汉军军官或称都元帅、元帅或称节度使、留守、兵马都提控等。窝阔台汗即位后划一汉军编制按万户、千户、百户、牌子头授受汉军军官官职。在汉军万户之上设立统军都元帅多由探马赤军将领担任。都元帅掌管镇戍中原的探马赤军节制各汉军万户统一指挥前线作战。蒙古大军出征都元帅要督率属下军队参战接受大汗指定的宗王、万户长、千户长等前线指挥官的调遣。忽必烈即位之后为加强中央集权改变了蒙古国时期蒙古军分为两翼由万户长而下一统到底和都元帅节制汉军的指挥体制在中央设立枢密院作为掌管全政的最高机构地方统军机构几经变化后也基本趋于稳定形成了一整套制度。
枢密院设立于中统四年（1263）五月。按照忽必烈的规定全队均由枢密院节制“凡宫禁宿卫、边庭军翼、征讨戍守、简阅差遣、举功转官、节制调度无不由之”（《元史·百官志二》）。全国统一之后枢密院的职能更为明确大致包括以下几方面内容：1。筹划军事部署。建立全事镇戍体系布置和调整各地戍军设置地方军府调集军队抵御蒙古叛王的攻扰镇压各地人民的反抗和动对外战争是枢密院议决军政的主要内容。
2。管理军队。自元军分为宿卫和镇戍两大系统后宿卫组织中的侍卫亲军各卫和掌管探马赤军的蒙古军都万户府由枢密院直接管领。其他镇戍军队各有军府所掌管均由枢密院节制、调动。全籍归枢密院掌管枢密院隔一定时间就要派官到各地查阅军籍检视各军。枢密院还负责对伤病贫乏军人的治疗抚恤和制定军事法令约束军队。
3。铨选武官。军官的选任、升迁、袭职、俸禄、赏罚等都由枢密院负责制定有关规定和具体实施。
4。军队的后勤保障。主要是措置军队屯田和制造、管理、调运武器装备为边防戍军提供粮饷、衣装。军队的通讯、马政等由中书省兵部负责不归枢密院掌管。
枢密院初设时只置枢密使、副使、佥书枢密院事等职。枢密使由太子兼领副使二员一为蒙古人一为汉人。太子兼枢密使为名义最高长官并不参决军务实际处理军务的是枢密副使。至元七年（127o）在副使上增置同知枢密院事一员作为枢密院的实际最高长官。至元二十六年（1289）又在同知枢密院事上设知枢密院事（知院）。此后皇太子兼枢密使太子位缺时枢密使为虚衔知院为枢密院实际最高长官下设同知、副使、佥院、同佥等职成为一朝定制。知院原设一员后来不断增加多时达十余员少时也有六员。知院大多由蒙古人充任少数色目人可以跻身其列。同知也基本由蒙古人、色目人包揽副使以下才参用汉人。枢密院主要官员由皇帝亲自择用属官由枢密院自身选择奏举依旨任用。
枢密院向皇帝奏报军情要务一般情况下不经过中书省。重大的军事决策皇帝要召集中书省和御史台等中枢机构官员与枢密院官一同商议。枢密院内的公文传递大多由枢密副使以下的官员负责受御史台官员监督检劾。皇帝夏季赴上都避暑枢密院官员大多从行只留副使或佥院一二员于大都暂司本院事。重要的公文和军情奏报都要转送上都由跟随皇帝的院官处理。
为了保证蒙古各部分驻的漠北草原的军政统一元廷常年以一员知院出镇漠北就地处理军务。有时在西北地区也派知院出镇。
忽必烈设立枢密院后在蒙古军的指挥系统中取消了左、右翼万户长蒙古军诸千户直接由枢密院节制调遣。蒙古国时期分封的蒙古宗王都拥有直属蒙古千户和封地。忽必烈改变了这种做法将自己的几个儿子分派到漠北、陕西、云南、吐蕃等地作为出镇宗王不再封给他们蒙古千户和封地只授以宗王节制当地军队的权力战时作为军队的最高指挥官。出镇漠北的宗王地位在出镇他处的宗王之上。后来宗王出镇成为制度其主要权限是镇戍征伐、监督军政而赋税军站等事务则皆由当地行省官员执掌也就是所谓的“镇之以亲王使重臣治其事”。出镇宗王由皇帝指派部分世袭罔替部分临时指派。
为控制汉军和统一指挥军队对宋作战忽必烈先将统管探马赤军和汉军的都元帅改为统军司不久又将统军司改为行枢密院或行中书省。统军司乃至行院、行省的官员都由皇帝任命具有指挥作战、调配军需物品、措置屯田戍守等权力。
全国统一之后行枢密院相继撤罢在全国分设河南江北、江浙、湖广、江西、四川、云南、陕西、甘肃、辽阳、岭北十个行省。各行省所设平章二员兼管军事总督本省军马。行省平章一般以蒙古人充任间或择用色目人汉人不得任职。行省内的镇守军万户府、元帅府等都是行省的下属军府。在远离行省中心的地区或少数民族聚居区设立宣慰司“掌军民之务分道以总郡县。行省有政令则布于下郡县有请则为达于行省。有边陲军旅之事则兼都元帅府”（《元史·兵志七》）。宣慰司都元帅府下一般设有固定军府掌管部分军队。各行省的军队调需经枢密院批准传旨。行省内的镇戍和屯田也要由行省官员和枢密院协商确定。
当某一地区生战乱先由枢密院传旨所在行省平章调派军队镇压如不奏效则传命附近行省军会剿。有时也在战事颇繁的地区设立行枢密院临时提调从各省调来的军队战事平复后则撤销。
元朝末年为镇压农民起义在地方设立枢密分院、兵马司等机构在中央设大抚军司都是一时的应急措施元廷中央枢密院主管全务、各行省平章掌管地方军政、行枢密院作为临时性军事指挥机构的机制基本没有改变。
第三节兵役制度元朝实行征兵制的兵役制度但其方式则因民族不同而略有区别对蒙古各部采用成年男子皆兵的办法征集士兵其他民族实行军户制度。
蒙古各部十五岁至七十岁的成年男子不分贵贱和家庭人口数量都有服兵役的义务。成年男子平时从事牧业生产或其他工作一旦战争需要或者“空营帐而出”全体出征；或者“十人抽一”、“十人抽二”抽调部分人出征。忽必烈在至元四年（1267）正月对抽调蒙古军作了更明确的规定：“签蒙古军每户二丁、三丁者一人四丁、五丁者二人六丁、七丁者三人。”（《元史·兵志一》）元廷依然保留了签渐丁军出征的做法并在至元十九年（1282）十月有了更明确的规定：“签渐丁军士遵旧制家止一丁者不作数凡二丁至五丁六丁之家止存一人余皆充军。”（《元史·兵志一》）
探马赤军是从蒙古各部中签出来的并定立了专门的军籍。中统三年（1262）三月有人向忽必烈奏报：“在昔太祖皇帝所集按察儿、孛罗、窟里台、孛罗海拔都、阔阔不花五部探马赤军金亡之后散居牧地多有入民籍者。国家土宇未一宜加招集以备驱策。”忽必烈特派人与诸路官员协同招集探马赤军人并规定“若壬寅（1242）、甲寅（1254）两次签定军已入籍册者令随各万户依旧出征；其或未尝为军及蒙古、汉人民户内作数者悉签为军”1。入军籍的人户就成为军户。至元八年（1271）又核定了一次探马赤军的军籍探马赤军户（或称蒙古军户）乃成为元代军户之一种。
蒙古统治者在中原汉人民户中签的士兵也都定立了军籍。宪宗二年（壬子1252）“签诸路军籍”所编军籍称为“壬子籍”2。宪宗四年“初籍新军”至第二年完成所定军籍称为“乙卯年（1255）军籍”3。以后又有“己未年（1259）查定军册”、“至元八年（1271）军籍”和“至元十一年（1274）军籍”4。列名汉军军籍的人户就是汉军军户。
世祖至元二十年（1283）二月“命各处行枢密院造新附军籍册”。这一工作历时数年才完成所以新附军的军籍均以至元二十七年（129o）为准列名军籍的人户就是新附军户。
凡被定入军籍的人按照政府的规定不得改为其他户计也就是所谓“天下既平尝为军者定入尺籍伍府不可更易”5。
1《元史》卷一六六《石高山传》卷九八《兵志》一。
2《元史》卷一三四《阔阔传》《通制条格》卷二《户令·户例》。
3《元史》卷一四七《史天倪传》《元典章》卷十七《户部》三《逃亡》。4《经世大典序录·军制》。
5《经世大典序录·军制》。
汉军军户的签是以民户的财产和劳动力状况为依据的。元代民户分为上、中、下三级九等军户一般来源于中户。各军户的财力和丁口情况毕竟会有很大差别针对部分军户无丁或无力服兵役的状况政府很快推行了正贴户制度。依据军户的不同情况可以二、三户或四、五户合出军一名出人当兵的户就是正军户又称“军头”；其他各户出钱资助称为贴军户。正、贴军户由政府指定不能随意改变。如果正军户缺乏可以当兵的合适人丁由有丁的贴军户顶替正军户改为出钱资助。一旦正军户中有了合适的人丁便要继续出军1。
探马赤军户和新附军户不实行几户合出一军的制度。某些探马赤军户原来拥有“驱口”（奴隶）。驱口释放为民之后按照政府的规定即成为旧主人的贴户出钱资助出军。新附军户均没有贴户。
军户世世代代都要服兵役不能改变。军人如果在出征或出戍时逃亡要到原籍勾取他的兄弟子侄来顶替。探马赤军户以“军驱”（奴隶）代服兵役为政府所明令禁止。所有服兵役的人都要以“正身”（本人）应役不能逃避或“雇觅”他人代役。
如果军人在阵前战死本户军役可以“存恤”一年病死者“存恤”半年到期继续出人服兵役。在战争期间军人没有假期。战争结束后出征军人通常可以放还“存恤”一年或数年。元廷还采取了“番直”或“更戍”（轮流休假）的方法给军户以“作养物力”的机会。世祖时规定侍卫亲军以“十人为率七人三人分为二番：十月放七人者还正月复役；正月放三人者还四月复役更休息之”（《元史·世祖纪十》）。文宗至顺二年（1331）二月做了一点改动“命番休各卫汉军十之二以三月一日放还”（《元史·文宗纪四》）。地方镇戍军大多“岁一更代”一年轮换一次但边远地区往来不便更代时间往往长得多二三年甚至六年才能休假一次1。
探马赤军人的军需装备主要由军户自备不足部分由政府补给。汉军士兵的冬、夏军装和武器