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运河北段的工程主要在京津地区进行。郭守敬于中统二年（1261）上达的水利条陈中曾提议引水通入金代中都（元大都）东至通州旧漕河再南向开河至杨村（在今河北武清县）但通州至大都五十里之间水源匮乏仍难免6路转运之劳因此至元二十八年郭守敬又提议疏导昌平县白浮村神山泉过双塔、榆河再引一亩、玉泉诸水（在今北京昌平县境）至大都和义门（今西直门）入城汇为积水潭（亦名海子今什刹海）积水再东南出文明门（今崇文门）至通州高丽庄入白河。全长一百六十四里隔年河成赐名“通惠”这样漕船北上可一直开进大都城区往南可与白河至大沽河之间的通州运粮河接通。
元代划直大运河的工程在山东西部进行与此同时东部也开成胶莱河。该工程至元十七年提出动议次年作具体规划以“益都、建莱、宁海”卷六四至六六《河渠志》一至三；（二）《经世大典·海运篇》见于《永乐大典》卷一五九四九、一五九五o（含卷一五九五o中的《苏州志》）。
2《元史》卷六五《河渠志》二《济州河》条混载有胶莱河的内容今据诸籍订正。三州一年的赋税“入折佣直”至元二十年初步开成次年十二月第二次大规模疏凿其主体工程可能名“神山河”或“神山桥渠”1。工程南端起胶西县东陈村海口由此往东南凿引河通入胶州湾（入海口可能即明代麻湾海口）再由陈村海口趋西北先后达薛岛西十里的马家壕、高密县东北五十里的亭口河与胶河汇合再经平度州（治今山东平度县）西北七十余里入昌邑县界北端入海口在莱州西北七十里。元于此设朱王海口仓。工程总长三百余里2。
胶莱河凿成后曾一度形成一道自成系统的官方漕运路线：南面的起运点是今江苏苏北涟海平原的满浦仓（仓址在今淮安市北面、淮河南岸）往东循“夺淮入海”的黄河河道“易闸者七”进入涟海海口再傍海北上行进通过胶莱河继续傍渤海海岸“篙行”进入天津直沽。
运河的整治与分水点的选择以上是大运河的主体工程此外运河贯通后还针对各段出现的问题进行了一系列整治或辅助性工程较重要的有至元三十年为解决通州运粮河供水不足在榆河（运粮河的主要水源之一）上源另开小渠增大流量。至正年间还在通州南高丽庄至西山石峡铁板之间开挖一新河全长一百二十余里深五丈宽十五丈使西山古金口水东流至高丽庄接通御河。不过金口水上源桑干河水质浑浊流湍势急沙泥易于壅塞河道不甚便于船只通行。扬州运河入元后废旧不甚通畅延祐四年议定疏浚河身达二千三百余里。江南运河也年久失于修浚元代重点施行了开挖镇江运河、同时疏治练湖的工程。一百三十一里长的镇江运河（在今江苏镇江市向南至丹阳市吕城坝之间的河段）“全籍练湖之水为上流”至元、大德年间曾对运河与练湖进行过整修但成效有限。泰定元年（1324）正月十七日运河分三段作坝挡水施工三月四日完工河面开阔至五丈底阔三丈深四尺加上原有二尺水深可积水六尺。随后又修补练湖漏缺将堤面增阔至一点二丈斜高增至二点五丈。同时增置“湖兵”按需启闭斗门向运河提供水源1。元代大运河是有名的“闸河”据粗略统计通惠河设闸十八处金水河四处会通河三十一处为节制诸水会于济州汶、泗河段上也置有河闸六处。通惠河上源设有“看闸提领”可见也置有河闸。此外宋代于楚扬1《元史》卷六五《河渠志》二卷十二《世祖纪》九。
2于钦：《齐乘》卷二《益都水·胶水》卷三《郡邑》。另据《重刊万历莱州府志》卷二《山川》条载明嘉靖年间山东巡海副使王献曾循元代旧道考察据以疏凿胶莱新河本文所述元代胶莱河道亦参考王献的考察记录。
1俞希鲁：《至顺镇江府志》卷七《山水》；《元史》卷十九《成宗纪》卷六五《河渠志》二。运河上置“斗门水闸”达七十九座2在江南运河河段宋代置有望亭（在江苏苏州西北）、五泻（在今江苏无锡市北）、吕城（今江苏丹阳市东南）、奔牛（在今江苏常州西北）和镇江等处河闸3这些旧闸入元后一般都应予以利用这样元代大运河上的河闸当在一百五十座以上。河闸与堰、坝的作用在于调节水量通行运舟。最初的闸是一种单闸相当于现在的节制闸堰是较低的挡水溢流的建筑物横截河中以抬高水位但运舟过堰最初须借助人力或畜力牵挽不如水闸灵便。宋代则进一步将单闸展为复式船闸即在水位明显相差的河段上设置两个或更多的闸门放闸积水必要时又启闸放水抬高下段水位使船只逐级上行；有时则在河侧附近造“归水澳”以达到蓄水备用的目的因而复式船闸更加省力、省时可进一步提高运输能力。宋代在江南运河中建置的船闸一般都有上下闸称“澳闸”1可视为复式船闸最著名的则是置有更多闸门的淮安、真州闸2。元代建有上下二闸的复式船闸在通惠河上有八处会通河中四处。建有上中下三闸的复式船闸共两处即会通河上的会通镇闸（在河北临清西南）与济州闸。这些复式船闸的形制有了一些新的展：一、较多采用在两闸间修建“月河”3的方式储积水源以取代宋代较普遍于河侧建造“归水澳”积储水源的方式从月河中放水下行应更为方便；二、今江苏沛县东面的金沟与沽头二闸处于会通河南端为防止大船进入会通河阻塞交通在这两处特设“隘闸”以防止宽船只入河（后来又在隘闸下岸立“石则”丈量大船的长度长也不得入河）但该处地势高峻旱天即水浅舟涩。对关键河段中出现的这个问题元廷相继采取了一系列措施：将沽头隘闸调整到金沟大闸之南（当在河道岸侧）在金沟与沽头两座大闸间增置一道小型“运环闸”（实际构成了一组复式船闸）并在沽头闸与新迁隘闸之间选空地构筑一道“滚水石堰”（即有一定高度的石坝）使高于石坝的水流随时下行；另于金沟闸上添置木板积水月河内构建一道大型滚水石堰沽头闸月河内也改修一道大型石堰这样金沟闸内的积水可通过滚水石堰下行经下一道滚水石堰流至沽头闸内“水涨即开大小三闸水落即关闭大闸止于隘闸通舟”克服了高处水浅的困难船只得以逐级上行。
确保水源供给的另一关键是分水点的选择它要求根据自然条件选择2《宋史》卷九六《河渠志》六。
3上述江南运河的河闸均有上下闸其中镇江于南宋时置沿江五闸元天历二年（1329）予以重建称京口闸（见俞希鲁：《至顺镇江府志》卷十四《公廨》）。
1《宋史》卷九六《河渠志》六；嘉定《镇江志》引《四朝国史志》；张国维：《吴中水利书》。2详光绪《阜宁志》引山阳冯仲雨：《间园志遗》；《宋史》卷三o七《乔维岳传》；胡宿：《通江木闸纪略》；沈括《梦溪笔谈》卷十二《官政》二。
3《宋史》卷九六《河渠志》六载：元祐四年于徐州吕梁、百步二洪“开修月河石堤上下置闸以时开闭通放舟船”。元代将这种“月河”的形制进一步推广使用。
一个理想点使之最大限度地汇集水源再让这些水源顺畅地分流到上下河道中去。元代大运河中段的分水点选在济州会源闸在这里向东北方向可通过■城（在今山东泰安西南）石堰节制汶水入汶水向西南流至济州与泗水相汇；济州的东南方面是泗水兖州闸的作用是节制泗水使之西南进入济州。会源闸的建造则使集结来的各路水源分流南北达到“临济鲁之交据燕吴之冲道汶泗以会其源置闸以分其流”的目的。不过从济州往西北至临清“地降九十尺”南至沽头“地降百十有六尺”1北高南低的地势使得会源闸水往北分流比较困难从技术角度考察这是会通河运载能力受限的原因之一。明永乐年间重新选择汶上县西南三十五里的南旺湖为分水点才妥善解决了原有的矛盾。
漕运的管理及运输概况在至元二十四年大规模实行海运前后元代主要施行海运与河、6、海联运的办法解决漕粮的北运。次有计划、有组织的漕运是在至元十三年（1276）。当时以伯颜为统帅的各路大军占领临安但宋将李庭芝、姜才等仍竭力坚守运河必经的淮东之地。元廷为调运粮食北上特地制造了一批轻捷的“鼓儿船”装载浙西漕粮“涉江入淮”由黄河逆水至中滦旱站搬至淇门入御河接运赴大都。所谓“涉江入淮”系指粮船北渡长江经瓜洲、扬州顺扬州运河北达淮安入淮河。此后一度着重于旧河运系统的整建：最初在大都设漕运司与提举司分别负责淇门至通州河西务（今河北武清西北、北运河西岸）、中滦经淇门至河西务的水6转运；扬州漕运司分管江南至瓜洲的运输瓜洲至中滦段的押运人员不属扬州漕运司管辖。南北数千里运司并列互不统属“粮道迟滞官物亏陷”。至元十九年在试行海运的同时元廷调整了上述管理体制：改设京畿、江淮两处都漕运司后者除继续管理江南至瓜洲的运输外另将属官一半于瓜洲置司另一半于中滦、荆山（在今安徽怀远西南）分置上下行司分段管领。每年要求运粮二百万石到中滦取回京畿漕运司的接收字据呈扬州行省备案。京畿都漕运司则统一负责中滦至大都的运输属官一半于大都置司另一半于中滦、淇门上下置行司将江淮都漕运司的二百万石粮食运赴大都。上述以中滦为转运点的南北运输线几经水、6搬迁困难重重实际年运量仅三十万石。于是次年初步开成济州河与胶莱河实行多渠道运输。应该指出至元年间扬州运河尚不甚通畅因此江南漕粮往往要6运至淮安然后一支往西北至中滦另一支逆改道后的黄河送至徐州再经济州河辗转北上；第三支是顺改道后的黄河东下出海口沿海岸行进通过胶莱河北上。为适应多渠道运输的需要元廷增设了淮安分司、济州分司（济州1揭傒斯：《重建济州会源闸碑》《揭傒斯集》卷十二。
都漕运司）和利津分司（胶莱海道运粮万户府）实行的纲运分短运与长运两种。
短运又称军搬、短搬分两段进行。南段由驻扎在吕城的军队运往瓜洲北段由汉军与新附军从瓜洲运至淮安。每个船队由二纲、三纲、四纲组成不等有管军千户、把总和百户负责押送另由驻扎在瓜洲的江淮漕运总司派奏差一员乘坐站船往来催督并在每只船上树一面白旗上书押运官姓名以约束官船的越轨行为。
长运由雇募的民船承运从瓜洲起运二纲、三纲、四纲不等也由一员奏差监督运至淮安后由淮安分司开闸放船进入改道后的黄河然后由中滦和济州分司派来的奏差各领纲船分运两路。
至元二十一年暂罢胶莱河运粮该运道水手、军人各五千充实到内河其他运道中次年又造漕船三千艘充实到通往济州河的运道中去。一般情况下以中滦为转运点的运输线年运量在三十万石左右济州运道二十万至三十余万石不等胶莱河为二十余万石至元二十二年曾达六十万石。在这前后以中滦为转运点的运输线已经罢废。至元二十四年至二十六年官方先后取消对济州河与胶莱河道的利用元代的南北运输逐步趋归于海道为主、大运河为辅的局面。
海运达以后的大运河对官方来说主要职能是运输食盐、茶叶、各地土产、手工业品及海外贡物并供使客往来。此外在官、私粮食运输方面仍起相当作用。官运方面可能是将中原、华北等地的屯田粮运往北方立于天津河西务的“都漕运使司”（见下）属下便有荥阳等三十一纲船九百余只船户八千余纲船主要分布于会通河东西的山东、河南境内运输量亦较可观1。
运河上的民运与商运相当活跃。在大都每年官方投放市场的粮食仅三四十万石其他“百姓食用的粮食多一半是客人从迤南御河里搬将这里来卖有”并且“来的多呵贱来的少呵贵”2为此元廷一方面多次颁布禁止官船、军人与势豪阻挠、刁难客船的法令另一方面为了保证官运的正常进行又不得不对达的商运加以限制。仁宗延祐元年（1314）针对权势、富商以四五百料大船驶入运河阻塞交通的弊端决定在会通河南北的沽头、临清两处设置“隘闸”以限制二百料以上、梁头阔八点五尺以上大船入闸。1《元史》卷八五《百官志》一与卷四一《顺帝纪》四记载荥阳等三十一纲“运粮三百余万石”而至正年间的两淮运使宋文瓒说世祖�