巾军起义爆后又反。其后据有庆元（今浙江宁波）、温、台等地屡受元朝封官官至江浙行省参政。至正十八年（1358）底朱元璋克婺州（今浙江金华）招降方国珍朱元璋授其为福建行省平章。但方国珍又同时接受元江浙行省平章职后又升为丞相封衢国公。至正二十七年（1367）方国珍北通元将扩廓帖木儿、南交福建陈友定以对抗朱元璋。九月朱元璋将朱亮祖、汤和、廖永忠来攻方国珍日夜运珍宝准备下海逃跑。元璋军连克台、温、余姚、上虞、庆元方国珍逃入海中。十一月方国珍被迫投降。
与此同时朱元璋命胡廷瑞为征南将军何文辉为副将军率军南下福建征陈友定。陈友定本为驿卒因镇压红巾军有功累升至福建行省参知政事。至正二十五年（1365）元置福建行省分省于延平以友定为平章“于是闽中八郡皆其所守”（《明太祖实录》卷二五）。元璋军势如破竹于洪武元年（1368）正月进围延平友定自杀未遂俘送应天处死。
此后朱元璋南征北伐同时进行。至洪武元年六月湖南、广东、广西全为明朝所有。南方之地仅剩四川明升、云南梁王把匝剌瓦尔密。明朝灭元后四川、云南才6续归明。
第四节元朝的灭亡扩廓与孛罗之争自至正十五年脱脱被害至二十八年元政权退出大都十余年间妥欢贴睦尔为声色所好更加厌于朝政。起用右、左丞相凡十余人或为奸佞小人或为军阀武夫或为无能之辈结果都祸国殃民加了元朝的灭亡。统治集团内部争权夺利的斗争旷日持久而扩廓帖木儿与孛罗帖木儿之间的斗争既是一场拥兵自重的军阀之间的争斗又是宫廷内部争权白热化的表现。
脱脱死后哈麻拜中书左丞相其弟雪雪为御史大夫。“国家事尽归其兄弟二人矣”（《元史·哈麻传》）。哈麻谋立皇太子爱猷识理达腊事泄遭贬途中被杖死。妥欢贴睦尔起用搠思监主政搠思监贿赂公行贪声著闻甚至印造伪钞政治更加黑暗。而妥欢贴睦尔与秃鲁帖木儿等十“倚纳”益加放肆行大喜乐演天魔舞又热衷于自行设计、自行建造房屋和龙舟对政事益加厌恶。皇太子与其母奇皇后一直谋求内禅使宦官朴不花喻左丞相太平太平不允终于被皇太子和搠思监逼令自杀。搠思监与朴不花“构相表里四方警报及将臣功状皆壅不上闻”（《元史·搠思监传》）。他们根株盘固气焰熏灼内外百官趋附之者十九。又宣政院使脱欢与之同恶相济为国大蠹。朝内大臣恨之入骨纷纷上疏弹劾。御史大夫老的沙是妥欢贴睦尔的母舅意图利用群臣弹劾朴不花来达到排挤政敌的目的引起皇太子和奇皇后的不满便唆使妥欢贴睦尔将他封为雍王逐回高丽。老的沙行至大同跑到孛罗帖木儿军中躲避。于是一场以孛罗帖木儿和扩廓帖木儿为主角的新的内讧即将爆。
元末军阀争权争势始自察罕帖木儿和答失八都鲁。答失八都鲁出身于蒙古珊竹带氏的功臣世家自以为是正宗蒙古贵族；察罕帖木儿出身内迁的畏兀儿家庭以布衣集义兵凭战功成为统帅很不甘愿位于答失八都鲁之下。答失八都鲁总制河南军马但在冀、鲁一带屡战屡败；察罕帖木儿奉命由关陕入河南再入冀、鲁侵占了他的势力范围。答失八都鲁忧愤而死后其子孛罗帖木儿总领其军退守河北井陉口后进驻大同与察罕帖木儿争夺冀、鲁之地双方之间屡有争战。至正二十年（136o）九月朝廷命以冀宁（今山东大同）交孛罗帖木儿察罕帖木儿不从双方又展开交战元廷命各还本镇。
至正二十年（136o）察罕帖木儿在山东被起义军田丰、王士诚刺杀其养子扩廓帖木儿袭父职。这时孛罗与陕西军阀张思道（又名良弼）相联结。至正二十三年（1363）六月孛罗乘扩廓忙于山东战事南侵扩廓守地并遣将竹贞袭据陕西。扩廓亦不示弱遣部将貊高合李思齐兵攻竹贞竹贞战败投降扩廓。
自从老的沙留在孛罗帖木儿军中后军阀之间的交战与宫廷内部的矛盾开始结合起来。右丞相搠思监、宦官朴不花与皇太子结成一伙以扩廓帖木儿为外援强令孛罗交出老的沙孛罗不遣。二十四年三月搠思监、朴不花遂诬称孛罗与老的沙图谋不轨由妥欢贴睦尔下诏削孛罗官职令其解兵权归四川。孛罗知道此诏非皇帝本意遂拒不奉诏。朝廷下令命扩廓帖木儿出兵讨伐孛罗。这时宗王不颜帖木儿等出面上书替孛罗辩解且很快出兵与孛罗会师。妥欢贴睦尔怕局面不可收拾降下圣旨“以搠思监屏诸岭北朴不花窜之甘肃以快众愤。孛罗帖木儿等悉与改正复其官职”（《元史·搠思监传》）。然而诏书虽下而搠思监、朴不花仍留居京城。这样孛罗进兵京师就找到了借口。四月孛罗派秃坚帖木儿率军进攻京师。秃坚本为知枢密院事因得罪皇太子逃奔孛罗军中避祸。秃坚兵入居庸关败京师军至清河皇太子逃奔兴（今河北承德西）、松（今辽宁赤峰西）京师空虚。妥欢贴睦尔命达达国师、蛮子院使去秃坚军营劝解秃坚声称必得搠思坚、朴不花妥欢贴睦尔被迫交出二人孛罗杀之。秃坚帖木儿浩浩荡荡率军入京师妥欢贴睦尔以孛罗帖木儿为太保、中书平章政事兼知枢密院事守御大同；秃坚帖木儿为中书平章政事退出京师。
是年五月皇太子回宫后忿怒不已命扩廓帖木儿调动军队分道进攻孛罗。扩廓命白锁住守京师命貊高、竹贞为中道、关保为西道合击孛罗于大同扩廓亲驻太原调督诸军。七月孛罗与秃坚、老的沙等以“清君侧”名义再次进攻京师皇太子逃到太原。孛罗等入京师妥欢贴睦尔命孛罗为太保、中书右丞相节制天下兵马；老的沙为平章政事；秃坚帖木儿为御史大夫。孛罗主政后杀“倚纳”秃鲁帖木儿、波迪儿等罢三宫不急造作沙汰宦官减省钱粮禁西蕃僧人佛事并多次遣使请皇太子还朝使者至太原均被拘留。
至正二十五年（1365）三月皇太子在扩廓帖木儿军中下令调遣岭北、甘肃、辽阳、陕西各地军队共讨孛罗帖木儿。孛罗调兵抵御败绩于是郁郁不乐终日与老的沙饮宴荒淫无度酗酒杀人喜怒无常人皆畏之。妥欢贴睦尔对孛罗的行为也极为不满密令威顺王宽彻普化子和尚刺杀孛罗。和尚雇杀手于七月二十九日刺杀孛罗帖木儿老的沙携孛罗家眷逃遁至秃坚军中与秃坚共奔赵王王傅府（今内蒙古达茂联合旗阿伦斯木）鼓动赵王起兵赵王缚老的沙、秃坚二人送至朝廷。孛罗帖木儿党至此被彻底清除。
当妥欢贴睦尔密谋杀害孛罗之时扩廓乘机进攻大同取之。皇太子联络也先及魏、辽、齐、吴、豫、豳诸王准备进京。皇太子在太原时想用唐肃宗在灵武称帝的故事自立扩廓等不从。现在进京奇皇后传令扩廓以重兵拥皇太子入城企图威胁妥欢贴睦尔让位。扩廓知其用意兵至京城3o里处即下令分散不入京师皇太子怨恨在心。既入京妥欢贴睦尔命老臣伯撒里为右丞相扩廓为左丞相。居两月扩廓请南还视师。二十五年闰十月封扩廓为河南王总天下兵。十二年六月抵河南驻军彰德（今河南安阳）调遣诸将准备南下江淮。但关中李思齐、张思道、孔兴、脱列伯四将各怀异见要求别立一军不受调遣。他们共推李思齐为盟主各令本部曰：“一戈一甲不可出武关王保保（扩廓别名）来则整兵杀之。”（《庚申外史》）扩廓遣其将关保、虎林赤西攻张思道于鹿台而思齐与思道合兵抗之双方相持一年前后百战胜负未决。
至正二十七年（1367）八月妥欢贴睦尔见诸军互伐不得不下诏命皇太子亲出总天下兵马。又命扩廓以其兵自潼关以东肃清江淮；李思齐以其兵自凤翔以西进取川蜀；秃鲁以其兵与张思道、孔兴、脱列伯等取襄樊；王信以其兵固守山东。诏书虽下皇太子竟止之不行扩廓等也拒不受命。扩廓自恃兵强日益跋扈又杀皇帝派来调解的诏使天下奴其部将貂高、关保十分不满宣布脱离扩廓。两人又罗列扩廓罪状上奏朝廷并兵攻扩廓。当时皇太子用侍御史李国凤等计立大抚军院总制天下兵马专防扩廓。是年十月扩廓被免职以河南王食邑汝州（今河南汝南）其所总诸军分由各将统领。
至正二十八年（1368）朝廷命左丞孙景益分省太原关保驻兵防守。
扩廓遣兵攻占太原尽杀朝廷所置官。妥欢贴睦尔下令削夺爵邑令诸军共诛之。于是一场新的军阀混战又重新开始扩廓退守平阳（今山西临汾）双方相持良久。这时明兵已到达河南思齐、思道率兵西归而貊高、关保进攻平阳甚急。扩廓夜袭其兵营俘貊、关二将。妥欢贴睦尔见扩廓势大立即罢大抚军院下诏复扩廓原职领兵准备南讨。
自扩廓、孛罗构兵以来元廷整整花费8年时间用于内耗之中。这8年中朱元璋从容备战次第削平群雄最后挥师北伐。元廷的统治为它自己挖掘了坟墓。
明师北伐和元朝灭亡至正二十七年（朱元璋吴元年1367）十月朱元璋在消灭了张士诚割据势力后即着手挥师北伐。他对徐达等说：“自元失其政君昏臣悖兵戈四起民坠涂炭。予与诸公仗义而起初为保身之谋冀有奠安生民者出。岂意大难不解为众所附乃率众渡江与群雄相角逐遂平陈友谅灭张士诚闽、广之地将以次而定。尚念中原扰攘人民离散山东则有王宣父子狗偷鼠窃反侧不常。河南则有王保保名虽尊元实则跋扈擅爵专赋上疑下叛。关陇则有李思齐、张思道彼此猜忌势不两立且与王保保互相嫌隙。元之将亡其机在此。”又提出北伐的战略部署：“先取山东撤其屏蔽；旋师河南断其羽翼；拔潼关而守之据其户槛。天下形势入我掌握然后进兵元都则彼势孤援绝不战可克。既克其都鼓行而西云中、太原以及关陇可席卷而下。”（《明太祖实录》卷二五）朱元璋的这一席话充分说明他对全国形势和战局了如指掌以后形势的展果然不出他所料。在长期的战争环境里和激烈的战斗中朱元璋已经锻炼成为一名杰出的军事指挥家。
是月二十一日朱元璋命中书右丞相徐达为征虏大将军中书平章政事常遇春为副将军率25万大军由淮入河北取中原。临行又召见诸将士叮嘱他们“所经之处及城下之日勿妄杀人勿夺民财勿毁民居勿废农具勿杀耕牛勿掠人子女”（《明太祖实录》卷二五）。二十三日布北伐檄文提出“驱逐胡虏恢复中华立纲陈纪救济斯民”（《明太祖实录》卷二五）的口号这一口号对当时的汉族地主阶级有很大的号召力对分化瓦解蒙汉各族上层贵族联合统治的元政权起了很大作用。
北伐的第一步是“先取山东撤其屏蔽”。十月二十四日徐达率军抵淮安遣人往沂州招谕王宣、王信父子。察罕帖木儿死后王宣父子利用扩廓帖木儿打内战的机会攻掠山东全境。徐达派人招降后王宣父子投降王信被授予江淮行省平章政事。未几王宣父子复叛王宣被徐达镇压王信逃遁。徐达率军先后克复营州、滕州、益都、东平、兖州、济南、济宁、密州、登州、莱州、东昌等地。由邓愈率领的偏师也由襄阳北略南阳进展顺利。
至正二十八年（1368）正月朱元璋即皇帝位定国号为明建元洪武。北伐的第二步是“旋师河南断其羽翼”。洪武元年二月徐达等率师进入河南后先进攻汴梁。当时元汴梁守将李克彝、陈州（今河南淮阳）守将左君弼、安丰守将竹昌均屯兵汴梁。左君弼原是天完政权汴梁行省脑长期占领庐州（今安徽合肥）至正二十四年（1364）降元。明军抵达陈桥时左君弼率先投降李克彝奔河南（今洛阳）。明军占领汴梁次第攻克河南各州县。同时由冯宗异率领的偏师攻克陕州（今河南三门峡西）扼潼关西略华州（今陕西华县）以防李思齐军。五月朱元璋抵汴梁召集诸将确定北进大都方略。
七月二十九日山东诸将自益都、徐州、济宁会师东昌前锋分兵渡河。闰七月初二日徐达等自汴梁兵自中滦渡河进取彰德、磁州、邯郸。十一日徐达会诸将于临清。十四日常遇春克德州。北伐的第三步“进兵元都”正在顺利进行中。
这时妥欢贴睦尔如梦初醒。闰七月十九日罢大抚军院复扩廓帖木儿官职命其出援京师勤王御敌。扩廓故意自平阳绕道大同尽管元都危在旦夕他依然观望不进。
闰七月二十日明军下长芦趋清州。二十三日徐达兵抵直沽水6两路向大都进。元中书右丞相也望风逃遁元都大震。二十七日妥欢贴睦尔命淮王帖木儿不花监国命庆童为中书左丞相同守京城。二十八日夜半妥欢贴睦尔率三宫后妃、皇太子、皇太子妃等开健德门北奔上都左丞相失列门等扈从。八月初二日徐达等率至大都攻齐化门命将士填濠破城而入执淮王帖木儿不花、左丞相庆童等杀之。至此统治了