药物”治病，常有奇效，被称为“西域奇术”。元朝中书省礼部属下设有常和署，专一管领回回乐人，回回乐也成为中国音乐一个组成部分。另一方面，回回人久居中国，学习汉族文化，出现了许多杰出的学者、文学家和艺术家。如赡思丁、萨都剌、高克恭、丁鹤年等，他们的作品也是中国文化遗产中的瑰宝。
回回人世代保持伊斯兰教信仰及其制度和习俗。元朝统治者对各种宗教采取兼容政策，因其俗而治其民。根据成吉思汗的“札撒”，给予伊斯兰掌教人员答失蛮等以免除赋役的优待；伊斯兰教的礼拜寺（mesjid，元代音译密昔吉，俗称回回寺）和佛寺、道观一样得到朝廷的保护。回回人的宗教活动和生活习俗都不受限制。元朝政府设置“回回哈的司”（哈的，qadi，阿拉伯语，伊斯兰教法官），掌管回回人的宗教事务及刑名、词讼诸事，使自治其徒。至大四年（3）元仁宗即位后，罢回回哈的司属，规定“哈的大师止令掌教念经，回回应有刑名、户婚、钱粮、词讼并从有司问之”。天历元年（328），因回回大臣倒剌沙等拥立泰定帝子，与元文宗对抗，文宗下令罢回回掌教哈的，并命各地追究倒剌沙的同党，回回势力受到一次较大打击。但不久文宗即诏谕中外“凡回回种人不预其事者，其安业勿惧。”可见这只是一次统治集团内部的权力之争，不涉及宗教或民族斗争。元末来中国旅行的摩洛哥人伊本·拔图塔报道说，当时中国每城都有回回人的居住区，各有一主教（shaihal…islam）总管有关教民的一切事务，一“哈的”掌审判（大概回回人自相诉讼仍由哈的决断是非）；各地回回人都在自己的居住区建有礼拜寺，以为祈祷之所。据至正八年（348）中山府（今河北定县）《重修礼拜寺记》碑文载，当时“回回之人遍天下”，“近而京城，外而诸路，其寺万余”。回回移民散居在中国各地，编入当地户籍，另为一类，通称回回户。元朝廷规定，除答失蛮等掌教念经者外，一般回回民户，需与其他民户一样负担赋役。回回人长期与汉族人民相处，经历数代，受到汉文化日益深刻的影响。他们习汉语，读儒书，并仿效汉人的姓氏字号定姓立名，自元中叶以后逐渐普遍。但在接受汉文化的同时，他们仍保持自己的宗教习俗，世代不易，区别于其他民族的居民，后来形成为中国的回族。
第三节藏族藏族，藏文作bod，蒙文作tobed，元代沿用前朝“吐蕃”之名。元代藏族分布的地区包括朵甘思（mdo…hams，今西藏自治区昌都地区东部、四川甘孜藏族自治州和青海省西南部一带）；朵思麻（mdo…smad，今青海东部、甘肃西南部藏族地区）及乌思藏纳里速古鲁孙（dbusgtsagmgah…rissor…gsum，今前藏、后藏和阿里地区）三部分。北与察合台后王封地及甘肃行省相接，南与印度、尼婆罗和云南为邻，东界陕西、四川两行省，西南与迦湿弥罗相连。
元朝对吐蕃地区的经营蒙古军最早进入藏族聚居区是在22至227年的灭夏战争期间。成吉思汗在灵州击败西夏主力后，分兵进围中兴府（今宁夏银川），自率一军南下，攻占了积石（今青海循化）、西宁、洮（今甘肃临潭）、河（今甘肃临夏）等州。这些地区的吐蕃部落或有归蒙古者。23年拖雷率右翼军假道宋境攻金，掠阶州（今甘肃武都）、文州（今甘肃文县）等地，兼及吐蕃东北部边缘的部落。
235年，窝阔台封次子阔端于西夏之地，并命统军攻南宋四川。阔端率军先取金未降之秦（今甘肃天水）、巩（今甘肃陇西）等州，金巩昌便宜总帅汪世显、熙河节度使（治临洮）蕃部首领赵阿哥昌等降，以阿哥昌为叠州（今甘肃迭部）安抚使，招集蕃部。这是蒙古最早任命的吐蕃官员。23年宗王穆直（察合台子）与先锋按竺迩分兵取宕昌、阶、文等地，招降吐蕃酋长勘陁孟迦等十族，皆赐以银符。
239年阔端派将领道尔达进兵乌思藏热振和杰拉康两寺，不久即退出，向阔端报告乌思藏各教派的情况，建议任命宗教首领管理其地。244年道尔达再次入乌思藏，召萨斯迦派首领萨斯迦班智达公哥监藏（sa…syapaditau…dgahrgyal…mts…ha，简称萨班sa…pa，82…25）来见。萨班奉召，即携其侄八思巴（hhags…pablo…grosrgyal…mtsha，235…280）、恰那朵儿只（hyag…ardo…rje，239…27）启行，24年到达阔端驻地凉州。这时阔端正在和林参加贵由即位大典，次年回到凉州，遂与萨班议定归附条款，由萨班号召乌思藏、纳里僧俗首领归降蒙古，这为元代中央在吐蕃地方建立行政体制奠定了基础。萨班的信中，先申明蒙古军威和对归顺者的优待政策，然后传达阔端的令旨，要点有（）各地世俗首领官仍原职；（2）任命萨斯迦首领为达鲁花赤，赐金、银符；各地方官员处理政务应请示萨斯迦金字长官，不得自由行事；（3）各地编出籍册，开列官员名单、俗众人数与贡物定额，一式三份一进呈，一交萨斯迦、一由本地官员保管；由朝廷遣官与萨斯迦官员共收国赋。信末还开列一长串蒙古人喜爱的金、银、象牙、珠宝、兽皮、羊毛等物。会见后，萨班与二侄仍居留凉州，奉命传法。八思巴随伯父学法，恰那则习蒙古语，阔端命恰那着蒙古装，后赐之以女，受封白兰王。在萨斯迦的带动下，乌思藏纳里诸地归附蒙古。对未归附者，蒙古人继续用兵。
25年宪宗蒙哥即位，命和里■统吐蕃等处蒙古、汉军“仍前征进”，深入到今拉萨北的达木地方。253年，忽必烈征大理，取道四川西部的吐蕃之地，渡大渡河，直抵金沙江，收服了这一带的许多部落。
与此同时，蒙哥还下令在乌思藏括户，并将本地区各地方指定分授给宗王。藏传佛教其他派别的上层人物根据这一分封分别依附蒙古王室必里公受到蒙哥的保护，搽里八受到忽必烈的保护，伯木古鲁、雅里不藏思八托庇于旭烈兀，思答笼剌则依附阿里不哥，且分别接受封赐土地与人户，建立臣属关系。在吐蕃东部极具影响的噶举派喇嘛噶哩麻巴哈失，为同萨斯迦的八思巴争夺在朝廷中的宠信，展开激烈斗争。他也在忽必烈南征大理的行军途中受到召见，但不肯留随，而北依蒙哥可汗。20年忽必烈即大汗位，尊八思巴为国师，赐玉印。命恰那管理吐蕃地方事务。27年恰那死于萨斯迦地方，元廷趁机对吐蕃统治方式作了调整，加强了朝廷的统治权。
对吐蕃的管理吐蕃地方归属中央政府管辖之后，元朝采取了一系列措施与制度实施管理一、在朝廷设立宣政院宣政院初名总制院，即释教总制院，设立于至元元年（24），“掌释教僧徒及吐蕃之境而隶治之”，以国师八思巴领院事，其长官院使（初置二人，后增至十人）或以朝廷大臣兼领之，位居第二者由帝师辟举担任。至元二十五年，尚书右丞相兼总制院使桑哥“以总制院所统西番诸宣慰司军民财谷，事体甚重，宜有以崇异之，奏改为宣政院”（《元史·桑哥传》）。宣政院为从一品衙门，与中书省，枢密院和御史台同为朝廷机构，铨授官吏和处理所掌大小机务均可径奏皇帝，不必通过中书省。其用人“军民通摄、僧俗并用”。吐蕃有军政大事，则设行宣政院前往办理，且与枢密院同议而行。宣政院是管理吐蕃地方的最高行政机构。
二、宗王分镇与帝师的统领忽必烈即位后，继续实行蒙古的分封制度，至元六年（29）封第七子奥鲁赤为西平王，出镇吐蕃之地。奥鲁赤死后，其子镇西武靖王铁木儿不花、孙搠思班相继承袭。至洪武三年（370）明军取河州，元镇西武靖王卜纳剌以所领吐蕃诸部归降明朝。元代吐蕃地区有《萨班致蕃人书》，分见《萨斯迦全集》和阿旺公哥索南《萨斯迦世系史》。巴卧祖拉陈瓦《贤者喜宴》，民族出版社98年版。
事，常由奥鲁赤及其继承者受命处理。
在元朝廷加强集权、藩王权力相对削弱之后，吐蕃地方的军民财赋转由朝廷设置的直辖行政机构宣政院管理。镇西武靖王不能直接处理地方军政事务，而必须将意见陈告宣政院，由宣政院议拟处理办法，上奏皇帝，请旨决定。由于吐蕃地区佛教占有十分重要的地位，元世祖竭力扶持首先归附且有巨大势力的萨斯迦派首领。至元六年八思巴制蒙古新字成，升号帝师大宝法王，领宣政院——管理吐蕃地区的最高机构。故有“帝师之命与诏敕并行于西土”之说。在西藏和其他藏族地区，至今还保存有许多元朝皇帝圣旨和帝师法旨，足以证明。帝师法旨都是以“皇帝圣旨里”抬头，表明系奉旨行令。自世祖以后，元朝历代皇帝都置有帝师。有元一代的十三四任帝师除两三人出身不明外，其余皆出自八思巴的款氏家族（七人）或门徒（四人），至于款氏家族成员被封为国师、国公，司徒、司空，乃至尚公主封王者，为数也甚多。
三、地方机构在吐蕃地区，直接管理地方事务的是宣政院属下的三道宣慰司都元帅府；宣慰司下，设有宣抚司、按抚司、招讨司、万户府、千户所等，在邻近内地的蕃汉杂居区则置路府州县。
（一）吐蕃等处宣慰司都元帅府，所辖主要是朵思麻地方，约在至元初设置。至元六年割巩昌都总帅府所领河州路（治河州，今甘肃临复）、朵思麻路（设有总管府和军民万户府等）隶之。至元五年至八年，又先后割巩昌都总帅府所领安西州、洮州、岷州来属。积石州置元帅府（在今青海循化），贵德州（治今青海贵德）置达鲁花赤、知州等。礼店文州元帅府（治礼店，今甘肃礼县东北），中统初，按竺迩子赵国宝所招文州吐蕃首领勘陁孟迦入朝，赐金符，立文州吐蕃万户府，赵国宝以元帅兼万户府达鲁花赤。松潘叠宕威茂州宣抚司，阔端曾以吐蕃首领赵阿哥昌为叠州安抚使，及松、潘、岩、威、茂等州各部相继来降，遂合置一安抚司辖治之；至大二年（309）宣政院依镇西武靖王和朵思麻宣慰司的建议，改安抚司为宣抚司，迁治茂州汶川县。
（二）吐蕃等路宣慰使司都元帅府，管辖吐蕃朵甘思之地，并辖有四川黎州（今汉源）、雅州（今雅安）等州县，以及奔不招讨司、奔不儿亦思刚和赤思马儿甘万户府等。元初，曾置碉门（今四川天全）等处安抚使、鱼通（今四川康定东）等处达鲁花赤等官，以招谕、镇抚这一带的吐蕃部落。至元二年（25）建吐蕃哈答城（一作匣答，在今四川乾宁北）遣军戌守，十三年以之为宁远府。十五年以吐蕃李唐城为李唐州。至元二十年，又割成都路所领黎、雅两州属吐蕃招讨司。大德二年（298）并吐蕃、碉门安抚司、运司为一，改称“碉门鱼通黎雅长河西宁远军民宣抚司”并置“朵甘思哈答李唐鱼通等处钱粮总管府”为掌管钱谷的机构。
《元史》卷二○二《释老传》。
（三）乌思藏纳里速古鲁孙等三路宣慰使司都元帅府，简称乌思藏宣慰司，纳里速古鲁孙元帅二员，乌思藏各地方万户十一（其中二万户府各置达鲁花赤一员），千户四，管民官二。吐蕃史籍多记元在乌思藏置十三万户（hri…sorhu…gsum）。
乌思藏宣慰司大约设置于至元二十年之前。本钦（dpo…he）是朝廷任命的管理乌思藏十三万户的行政长官，多出于帝师荐举。其治所在萨斯迦。第一任本钦释迦藏卜是在八思巴为帝师时，由忽必烈皇帝敕授乌思藏三路军民万户之印，使任本钦。这是元朝在吐蕃本土最早设置的最高行政长官，时在至元五年。这一年元朝派官在乌思藏清查户口、土地，按万户制划分行政区域，任命各万户长，计有十三个沙鲁（zha…lu）田地里管民万户，在今西藏日喀则南数十里的霞炉地方。搽里八（tshal…pa）田地里管民万户，在今拉萨东郊蔡贡塘。
乌思藏（dbus…gtsag）田地里管民万户，应即萨斯迦本钦直辖的万户，《贤者喜宴》作“lha…sde…gzhug…pa”。出密（hu…mig）万户，在今日喀则西南曲弥地方。
敖笼答剌万户，所在不详。
伯木古鲁（hag…mogru…pa）万户，治聂乌东城（sdhu…gdog…rtse），在今乃东县。
加麻瓦（rgya…ma…ba）万户，在今墨竹工卡县西南甲马之地。
札由瓦（bya…yul…ba）万户，在今隆子县东南加玉地方。
牙里不藏思八（gyah…bzag）万户，在今乃东县境。迷儿军（必里公bbri…gug）万户，在今墨竹工卡东北止贡地方。
拉堆绛（la…stod…byag）万户，在今昂仁一带。