”兼管理将军府事务。但段与袁的矛盾并不因封官而有所缓和。
1915年5月内阁讨论日方关于要袁世凯签订“二十一条”的最后通牒时段祺瑞独持异议主张动员军队对日采取强硬态度。31日段称病辞职未准。当时袁世凯正准备恢复帝制文武官员纷纷请愿、劝进拥戴袁世凯当皇帝。对此段表示反对称病不出进行消极抵制。8月29日袁将其免职并软禁。
袁世凯称帝激起全国人民的强烈反对1916年3月22日袁被迫取消帝制。为了加紧对南方用兵他只好启用段祺瑞。4月22日袁世凯任命段祺瑞为国务卿兼陆军总长。5月8日撤销政事堂恢复国务院和总理名称段为国务总理。但袁对段并不放心对段提出的国务院秘书长人选及裁撤总统府机要局、统率办事处、军政执法处三机关的建议不但不采纳反而暗嘱梁士诒以掣其肘。这更加深了段的怨恨对当时军事政局的变化也不尽心去办。5月12日段下令中国、交通两行停止兑付现金促使人们对袁更加不满。袁在内外交困中于6月6日病死。
袁世凯一死段祺瑞即以现任国务总理掌握国家实权。就在袁死后几小时段表他与徐世昌拟定的《袁大总统遗令》宣告依据《中华民国约法》以副总统黎元洪代行中华民国大总统职权。命令一公布当即遭到南方各党派的反对他们认为《中华民国约法》是袁世凯私造的约法不应执行；黎元洪应照民国元年的《中华民国临时约法》“继任”大总统根本不是“代行”的问题。南北双方展开了新旧约法之争拉开了护法运动的序幕。正当南北双方争执陷于僵持状态时海军突然宣布独立段祺瑞不能不有所戒惧于6月29日接受南方条件遵行《中华民国临时约法》。新旧约法之争告一段落。黎元洪继任大总统旧国会继续开会段祺瑞重新被任命为国务总理。紧接着颁布一系列法令改各省督理军务的将军为督军督办民政的巡按使改称省长。并宣布惩办帝制祸释放政治犯等。
不久段祺瑞和总统黎元洪生争执。最初主要表现在总统府和国务院的权限问题上。1916年8月下旬总统府提出《府院办事手续草案》规定总统得随时出席国务会议总统对国务院议决的事及任免官吏可以退回再议。段祺瑞不能容忍黎元洪插足国务院乃以辞职相威胁最后府院双方议定了几条折衷办法：总统不出席国务会议但国务会议议事日程先期呈阅国务会议记录随时呈阅；总统对国务会议议决的案件如有不同意见可让总理及有关领导说明情况如说明后总统再不满意可交回复议一次。此后黎段矛盾有所缓和。双方的矛盾还表现在关于中国参加第一次世界大战问题上。1917年2月美国政府因德国派潜艇封锁公海影响到它的对外投资宣布对德绝交。4日照会中国政府拉拢黎元洪希望与美国步调一致并表示愿借款给中国作参战军费以摆脱日本的控制。当时段祺瑞也想对德宣战企图利用参战勾结日本借款练军扩充实力。日本也表示支持中国对德宣战。后美国现中国对德宣战将有助于日本扩张在华势力乃又转而指使黎元洪抵制中国参战。黎元洪也怕段祺瑞在参战名义下壮大实力对己不利于是接受美国要求反对对德绝交宣战。黎元洪、段祺瑞各自的态度反映了美、日帝国主义的不同要求。3月3日段祺瑞在日本支持下操纵内阁通过对德绝交案。4日段率内阁成员到总统府要黎元洪在对德绝交咨文上盖印交国会通过并电令驻协约国公使向驻在国政府磋商对德绝交后的条件。黎元洪接受美国要求拒绝签。当晚段祺瑞上书辞职出走天津以示反抗。后经冯国璋“调停”约定今后内阁确定的外交方针总统不再反对。由于黎元洪让步段祺瑞在3月6日复职。接着段密电各省及驻外公使说明黎元洪已同意内阁的对德外交方针。不久众参两院分别通过对德绝交案。
对德绝交案公布后段祺瑞积极准备对德宣战以乘机扩充武力。对此全国各方面人士纷纷通电反对。但段一意孤行召集各省督军到北京开会组织“督军团”说明参战的目的在于取得日本的借款与军械以加强北洋派实力。段的外交方针获得督军们的支持。5月1日国务会议通过对德宣战案。7日对德宣战案提交国会。1o日国会开会审议参战案。段祺瑞为迫使国会通过参战案采取伪造民意的办法用钱雇来北京城内的军人、警察、乞丐、扛夫和失业游民3ooo人组成各种名目的“请愿团”在陆军部人员的指挥下手执小旗散传单包围国会达1o小时之久当场殴打议员打伤2o多人胁迫议员立即通过宣战案。议员们十分气愤宣布停止开会。段的目的没有达到便决定解散国会改制宪法。国会则呈请黎元洪免去段的国务总理职务。黎元洪利用人民反段的要求在美国支持下23日下令免去段祺瑞国务总理兼陆军总长职。段以总统令无总理副署为由不予承认并赴天津策动督军团解散国会。同时派代表去江苏徐州与张勋联系“合作”驱黎。
5月29日安徽、河南通电宣告独立。随后浙江、山东、山西、福建、陕西等省纷纷响应宣布独立。研究系议员对黎元洪罢免段祺瑞采抵制态度。31日汤化龙辞去国会众议院议长。在北洋各省督军和研究系政客的抵制下黎元洪于6月1日召张勋入京“共商国是”。张勋则以解散国会为进京条件。12日黎元洪下令解散国会。14日张勋到北京。7月1日张勋拥清废帝溥仪复辟。2日黎元洪躲进日本使馆同时电请冯国璋代行大总统职务任命段祺瑞为国务总理。
段祺瑞阴谋促使张勋解散国会、待推翻黎元洪的目的达到后又摇身一变打起了反复辟的旗号。7月3日段在天津马厂举兵讨伐张勋自任“讨逆军”总司令。4日段又联合曹锟通电宣布张勋八大罪状。5日段祺瑞就任总理。12日“讨逆军”分三路攻入北京。张勋复辟失败。段借反复辟捞到了“再造共和”的政治资本。
7月14日段祺瑞入京黎元洪通电去职。8月1日冯国璋入京代理总统。4日国务会议通过对德宣战案。14日布《大总统布告》正式宣布中国加入协约国对德、奥宣战并声明废除与德、奥两国所订的一切条约。对德宣战后段为壮大自己实力公开进行卖国活动。8月1o日成立了以亲日派陆宗舆为总裁的中日合办中华汇业银行作为日本向中国投资的机关。自1917年8月至1918年9月段先后以善后借款、银行借款、铁路借款、军械借款等名义共借款16次总额在3亿日元以上。其中8次借款由日本相寺内正毅的私人代表西原龟三同段祺瑞政府交通总长曹汝霖经手合计1。45亿日元。这次借款史称“西原借款”。“西原借款”所附的山东密约即山东问题换文规定：日本军队除济南留一部分外全部均调集于青岛；胶济铁路归中日两国合办经营。日本通过各种借款加强了对中国政治、军事、经济等方面的控制还夺取了德国在山东的特权。
段祺瑞自恃有日本作靠山在重新组阁后把推翻《中华民国临时约法》和“武力统一”作为施政重点甚至公开声明一不要约法二不要国会三不要旧总统。1918年3月1日成立了参战督办处规定参战督办处隶属于大总统综理国际参战事务。段的亲信靳云鹏任参战处参谋处长兼参谋长。不久又建立参战军成为皖系军阀统治的一大支柱。
段祺瑞的卖国行径、不要《中华民国临时约法》、不恢复旧国会的倒行逆施遭到全国人民的反对。1917年9月1o日孙中山在广州就任海陆军大元帅组织军政府领导反对段祺瑞的“护法运动”。段为了消灭孙中山领导的武装力量削平西南地区正在崛起的地方势力动了“武力统一”全国的战争。
1917年11月14日湖南前线的直系将领王汝贤因没有得到湖南督军的位子而擅自行动通电全国要求停战。随之直、鄂、赣、苏四督军联名通电响应。段祺瑞武力统一计划受阻于11月16日通电提出辞呈。对段的辞职冯国璋在22日予以批准。12月18日冯任命段为参战督军。1918年1月18日冯国璋布讨伐令派兵进攻湖南。3月1o日南北战事重起。19日曹锟等27人联名致电冯国璋和段祺瑞请段出山。23日冯国璋表段祺瑞组阁令。26日段召开国务会议决定大举向湖南用兵。此时段对外继续实行卖国政策。5月16、19日先后与日本签订了《中日陆军共同防敌军事协定》、《中日海军共同防敌军事协定》。根据这些“协定”日本“合法”地“迈出了使中国军队隶属化的第一步并且为已在策划中的出兵西伯利亚确保了在中国境内调动军队的权利”。14月2o日段祺瑞离京南下汉口召集军事会议目的是要消除主战派内部裂痕制定对南方的作战方针。但段的“南巡”没有解决问题。8月间吴佩孚接连通电对段祺瑞的“武力统一”进行了猛烈抨击。
1918年大总统任期将满应当改选为了排斥冯国璋操纵新国会选举段祺瑞指挥手下政客王揖唐筹人组织安福俱乐部（因会址在北京西单安福胡同而得名）。安福俱乐部以金钱贿赂收买政客操纵选举获得新国会384个议席占国会两院全部议席的81。36％史称这届国会为“安福国会”。
1918年8月12日国会开幕。9月4日选举徐世昌为大总统。冯国璋与段祺瑞相约同时下野。1o月9日段辞职1o日获准。段虽不当总理但仍任参战督办手中掌握着几个师的参战军。同时他还掌握着国会内阁中又有他的亲信。实际上段对全国行政仍起控制作用。
1918年11月第一次世界大战结束全国人民强烈要求和平统一。北京政府鉴于国内外形势派代表于1919年2月到上海与南方代表进行和谈。由于段祺瑞的作梗南北和谈没有取得任何进展。
世界大战结束协约国在法国巴黎召开和会。中国作为战胜国参加会议。但在会上中国不仅没有得到战胜国应有的权益反要将德国在山东的一切权益让给日本。中国在山东问题上交涉失败激起全国人民特别是青年学生的强烈抗议爆了五四爱国运动。而段祺瑞却在5月14日徐世昌召开的特别会上鼓吹：中国应依赖日本必须无隔阂地与日本保持协调一致的行动中国应在和约上签字。24日段又通电各省主张放弃山东主权无条件签署对德和约1。因全国人民反对中国政府代表拒签和约。
1919年7月2o日徐世昌下令裁撤督办参战事务处改设督办边防事务处由段祺瑞来督办边防事务。8月5日又改“参战军”为“边防军”令段祺瑞将督理参战军训练事宜改称为督理边防军训练事宜。这时段控制1［日］信夫清三郎：《日本外交史》第287页。转引自黄征等著《段祺瑞与皖系军阀》河南人民出版社199o年版第1o2页。
1章伯锋主编：《北洋军阀1912—1928》第3卷武汉出版社199o年版第1o7o—1o71页。的边防军有3个师4个混成旅。徐世昌又命段的亲信徐树铮以西北筹边使兼西北边防军总司令督办外蒙古善后一切事宜。皖系获得控制西北各省区的权利其声势凌驾于其他派系之上成为直奉联合反皖的原因。
1919年秋冬之间直系的直、苏、鄂、赣四省和奉系东北三省组成七省反皖联盟用“清君侧”的策略反段身边的徐树铮。192o年初吴佩孚提出撤防北归。为阻止吴部北上段祺瑞采取安插亲信步步设防的措施结果得罪豫督赵倜使赵参加反皖联盟。
192o年4月9日曹锟在保定召开八省反皖联盟会议商定军队撤回原防地解散安福国会。5月22日吴佩孚率第三师自衡阳撤防北返奉军也借口进关。7月4日徐世昌下令解除徐树铮西北筹边使及西北边防军总司令职。5日段祺瑞以边防督办名义命令边防军紧急动员。8日段又召集军政会议决定起兵讨伐曹锟、吴佩孚。9日段在北京团河组织定国军总司令部自任总司令。14日直皖战争爆。战区分东西两路：西路是双方的主战场在京汉路的涿州、琉璃河、高碑店一带；东路在京奉路杨村一带。战争历时5天皖军全线溃败徐树铮遁逃。19日段引咎辞职。皖系势力从此衰落。段祺瑞全家移居天津。
直皖战争结束直奉之间的矛盾很快尖锐起来。1921年下半年段祺瑞利用张作霖对曹锟、吴佩孚的不满和张作霖联手商讨合力倒直计划。同时又派密使南下和孙中山接洽合作讨伐直系。
1924年1o月第二次直奉战争爆。23日冯玉祥动“北京政变”。26日冯玉祥、胡景翼、孙岳请段祺瑞出山。11月1o日冯玉祥到天津与段会晤并推戴段为中华民国临时执政。
1924年11月22日段祺瑞入京。24日就任中华民国临时执政。同日公布《中华民国临时政府制》规定临时执政总揽军务政务统率海陆军取消总统府、国务院使临时执政兼有两者的权力。