扼杀冯玉祥领导的察哈尔民众抗日同盟军。1935年1月31日何应钦指示第二十九军第三十七师参谋长张樾亭启程赴大滩（今河北沽源县内）。2月2日与日军代表谷寿夫在大滩会谈口头答应日方无理条件成立“大滩口约”。3月27日国民党中央政治会议决议特任何应钦等为6军一级上将。5月29日何在北平居仁堂第一次接见日本华北驻屯军司令官梅津美治郎的代表、华北驻屯军参谋长酒井隆及日本大使馆副武官高桥坦开始何梅谈判。6月4日、9日又两次与酒井、高桥谈判口头承诺了日方提出的全部条件。7月6日为答复日方6月9日提出的备忘录给梅津美治郎一个打字油印书面便函承认“6月9日酒井参谋长所提各事项均承诺之。并自主的期其遂行特此通知”1。这一纸便函连同日方6月9日提交的备忘录所提的九项条件及三项附带条件史称《何梅协定》。11月国民党在南京召开五大何应钦在大会上报告塘沽协定、河北事件、张北事件处理经过。继续当选为中央执行委员。12月何应钦继任军政部长。
1936年6月两广事变生。9月何应钦奉派为广州行营主任负责处理两广善后事宜。12月12日张学良、杨虎城动西安事变。何应钦在家中召集国民党要人会商对策。当晚11时半出席国民党中央常委会临时会议及国民党中央政治委员会会议。两会作出决议：行政院由孔祥熙副院长负责军事委员会会议由冯玉祥副委员长及常务委员负责指挥调动军队归何应钦负责。并决定由国民政府表对张学良的褫职严办令。16日推何应钦为“讨逆军”总司令由国民政府明令“讨伐”张、杨。17日何应钦就职并任命刘峙、顾祝同为“讨逆军东、西两路集团军总司令”同时下令中央军向前推进国民党空军轰炸渭南等地。18日蒋鼎文携带蒋介石令何应钦暂时停战的手谕抵南京。何应钦命令国民党空军暂停轰炸但仍不放弃“讨伐”主张。25日在蒋介石接受联共抗日的前提下张学良送蒋介石回南京西安事变和平解决。29日何应钦“讨逆军”总司令部撤销。
1937年7月7日日本侵略军动芦沟桥事变。中国全面抗战开始。7、8月间何应钦在南京主持国民党军事机关长官汇报会议研究对日抗战问题。8月6日何应钦兼任第四战区司令长官。12日国防会议在南京举行议决以军事委员会为抗战最高统帅部分设军令、军政、经济、政略、宣传、组训等部何应钦仍任军政部长。13日日军进攻上海。1o月3o日国民政府表迁都重庆宣言。
1938年1月1o日国防会议特任何应钦兼军事委员会参谋总长24日何应钦以高等军法会审审判长身份判处在山东抗命不战而退的前第三集团军总司令韩复榘死刑在汉口执行枪决。4月下旬主持江防会议并参与指导徐州会战。6月中旬参与指导武汉会战。11月25日出席第一次1转引自熊宗仁：《何应钦传》上册山西人民出版社1993年版第378页。南岳军事会议。是年冬何应钦依据南岳军事会议决定提出军队整顿方案着重编成、装备、技术三项要求加紧实施增进军队战斗力。
194o年3月2o日主持全国第三次兵役会议。1o月19日与白崇禧联名表皓电限八路军在黄河以南部队于11月底撤至黄河以北；新四军在长江以南部队撤至长江以北。12月8日何应钦出齐电次日又下达“展限命令”要黄河以南的八路军、长江以南的新四军务于12月底前分别撤至黄河以北和长江以北。并在此前已部署顾祝同、上官云相在皖南伏击北移的新四军。1941年1月4日顾祝同、上官云相伏击新四军皖南部队及军部共约9ooo余人制造了皖南事变。4月9日何应钦在西安召集高级将领商讨包围陕甘宁边区事宜。5月1日滇缅公路管理委员会正式成立何督饬努力打开滇缅交通准备接运美援物资。1o月出席第三次南岳军事会议。12月8日日军偷袭珍珠港美国海军基地太平洋战争爆。12月23日蒋介石在重庆召集中、美、英各事代表会议何应钦出席会议通过《远东联合军事行动初步计划》。
1942年1月3日盟军中国战区成立蒋介石任最高统帅；何应钦命令中国远征军开赴缅甸协防。4月16日何在中央广播电台以《中国必胜》为题向沦陷区同胞表广播讲话呼吁沦陷区同胞在敌后组织游击队奋起抗敌。19日指导入缅远征军攻克缅甸仁安羌击破日军救出被围之英军9ooo余人。1943年2月至3月初何应钦由渝飞印度视察中国驻印度远征军在新德里表演说检讨战局并与驻印英军司令官举行谈判。4月5日三民主义青年团召开第一次全国代表大会何应钦到会表《建国与青年》的演讲。5月7日美国总统罗斯福决定颁赠何应钦司令勋章及奖状后由史迪威代为颁赠。1o月18日出席蒋介石邀集的英、美高级将领蒙巴顿、史迪威、索姆威尔等人参加的会议共同商讨军事合作及对日作战计划。1944年1月2o日何应钦指导缅北会战中国远征军攻入胡康河谷。4月至8月日军为打通大6交通线动“一号攻势”国民党正面战场出现了抗战以来的第二次大溃败。9月上旬何指导桂柳会战并亲赴贵阳指挥贵州保卫战。至1o月桂林、柳州、南宁相继失陷。11月2o日何任中国战区中国6军总司令同时辞去军政部长兼职。12月2日独山沦陷何应钦指挥汤恩伯部向日军反击。6日克三合8日克独山使贵阳转危为安。25日中国战区中国6军司令部在昆明成立。28日行政院训令贵州省党政统归何应钦指导。
1945年1月2o日中国远征军克滇西重镇畹町。次日何应钦抵畹町前线视察。3o日中印公路重开。2月28日何应钦偕总司令部顾问美军作战司令麦克鲁少将飞抵缅北战场与印缅战区盟军司令索尔顿将军晤商中美作战联系诸事宜。3月15日何应钦偕麦克鲁将军视察滇南各部队。4月9日日军为减轻中美空军的威胁动湘西会战企图破坏芷江机场。次日何应钦与中、美将领1o余人赴湘西前线视察。下旬何应钦指挥中队反攻桂、柳。5月27日克南宁29日克柳州。7月上旬制定反攻广州作战计划并即完成部署。28日收复桂林。桂、柳反攻作战一结束何就将指挥所移驻南宁指挥部队向广州和雷州半岛进攻。8月1o日日本政府表示愿接受波茨坦宣言。蒋介石当天电令何应钦指示对各战区日本投降应注意之事项。12日何由南宁飞抵昆明。13日飞赴重庆参加中美最高幕僚会议听取中、美联合参谋会议对中国战区接受日军投降计划及意见并接受蒋介石关于受降的指示。14日何应钦主持拟定中国6军总司令部现阶段之任务案及接受日军投降计划与兵力调动等案。8月15日日本正式宣告无条件投降。同日蒋介石命令何应钦代表中国战区最高统帅接受日本投降。2o日何应钦由重庆飞抵湖南芷江。21至23日侵华日军总司令官冈村宁次的谈判代表今井武夫抵芷江与何应钦等会谈日军投降各事宜。25日遵照蒋介石的旨意何应钦分电各受降指挥官规定各地区受降主官、受降地点及日军代表投降部队长姓名与投降部队集中地点等。排斥领导的人民抗日武装力量参加受降。8月27日至9月4日先后飞赴恩施、安康、西安、遂川、南城、重庆、昆明等地指示各地国民党军受降事宜。29日何应钦密令各战区印蒋介石1933年编写的《剿匪手本》要求遵照《手本》“督励所属努力进剿迅达成任务”。9月5日国民党党政接收计划委员会在芷江成立何应钦兼主任委员负责指导监督收复区的党政接收事宜。9日在南京主持中国战区日军无条件投降签字典礼冈村宁次代表日本投降。1o日何应钦召见冈村宁次任命其为日本官兵善后总联络部长。1o月1日何应钦下令拘捕在南京的汉奸梅思平等52人在沪、杭等地的汉奸温宗尧、项致庄、丁默邨等人亦同时被捕。同日经南宁飞抵越南视察。1o日何应钦获国民政府颁授的胜利勋章。14日飞赴蚌埠、徐州、郑州、开封视察。17日何应钦令第七十军开赴台湾展开接收日军受降工作。其后飞抵南昌、广州、海南岛、汕头、广西、江西、上海、北平、天津、青岛、济南等地视察受降工作。11月11日在重庆主持复员整军会议报告中国6军总司令部办理受降经过概要。
1946年2月15日何主持中国战区6军总司令部东南区军事复员会议。3月4日出席在重庆召开的国民党六届二中全会并报告受降经过。4月2o日任军事委员会重庆行营主任。5月5日国民政府还都南京何应钦在大典上表广播讲演。3o日中国战区中国6军总司令部宣布结束。国防最高委员会于同日决议：裁撤军委会在行政院下设立国防部掌管军政、军令事项并特任白崇禧为国防部长陈诚为参谋总长。6月1日解除何应钦参谋总长及中国战区6军总司令职务。7月1日何应钦就任联合国安全理事会军事参谋团中国代表团团长兼中国驻美军事代表团团长职。12日由沪飞美。29日拜会美国总统杜鲁门。31日赴纽约莅任。11月15日结束中国驻美军事代表团团长兼职。21日访问墨西哥。
1947年1月3日应世界道德重整运动创始人布克曼博士之邀赴加拿大出席会议。2月3日抵华盛顿访晤美国务卿马歇尔。其后多次主持军参团会议。3月28日赴华盛顿晤韩国临时主席李承晚。4月2日接蒋介石电：总统府战略顾问委员会于4月1日成立任何应钦为主任。未到任前由龙云暂代。6月2至6日赴底特律参加世界道德重整运动会议并演讲。其后于1o月3日、12月31日分赴麦金诺岛和弗吉尼亚州出席世界道德重整运动会议。9月16日出席联合国第二届大会开幕典礼。
1948年3月21日被召回国4月1日抵南京出席第一届国民大会第一次会议。2日于右任、何应钦等85人当选为大会主席团成员。5月31日行政院长翁文灏提请蒋介石任命何应钦为政务委员兼国防部长。6月3日正式就职。4日通电国民党军将士贯彻“戡乱建国”国策。8月3至7日主持军事教育会议讨论改进军事教育的问题。11月26日翁文灏内阁总辞职何应钦亦辞政务委员及国防部长兼职。
1949年初国民党统治面临绝境。1月21日蒋介石下野由副总统李宗仁代行总统职权。26日在何应钦等人的庇护下侵华日军总司令官、战犯冈村宁次被“无罪”释放。3月上旬何应钦被指定与孙科、张群、吴忠信、朱家晔、吴铁城、邵力子、张治中、刘斐、钟天心等1o人。研究并起草国共和谈方案。12日代总统李宗仁提名何应钦为行政院院长。此前蒋介石亲笔致函何应钦敦劝出任。15日何抵南京积极筹备组阁。22日新内阁组成。24日举行第一次行政院会议讨论和谈问题。29日主持行政院临时院会组成“政府和平商谈代表团”。席代表张治中代表邵力子、章士钊、黄绍竑、李蒸、刘斐秘书长卢郁文顾问屈武、李俊龙等。4月1日国共和谈在北平举行。15日代表团将《国内和平协定（最后修正案）》提交南京政府代表团由黄绍竑携带该方案返南京请示。2o日拒绝和平协定。拒和电文由李宗仁、何应钦署名。21日、朱德布向全国进军命令。2o日子夜解放军百万雄师强渡长江蒋军长江防线被摧毁。22日奉蒋介石电召飞抵杭州讨论国是改组国防部何应钦兼任部长。国防部指挥全国6、海、空军参谋总长为国防部长之幕僚长。23日上午离京飞沪转广州。下午人民解放军攻占南京国民党政权宣告灭亡。5月21日何应钦致函李宗仁代总统申明辞去行政院院长之决心。6月3日立法院同意阎锡山出任行政院院长。1o日阎锡山内阁组成。1o月1日中华人民共和国成立。
195o年1月6日何应钦在台北寓所接见《新闻观察》记者自称“闭门思过”。记者询问其对目前军事、政治有何意见？何答：“不在其位不谋其政。”13月1日蒋介石宣布在台湾行使总统职权。5月1日何就任总统府战略顾问委员会主任。1951年1月访问日本。16日出席日本战友会副会长、前6军大将冈村宁次的感谢宴会。冈村在致词中称何应钦为“对日本了解最深的友人多年的亲日态度早为日本国民所周知”2。在日期间多次表以抗俄、台日联合为主旨的演讲。1952年4月28日参加在台北举行的“中日双边和约”签字仪式。7月29日台湾“中日文化经济协会”成立何应钦为起人被推为常务理事。1954年元旦以《抗俄必胜的道理》为题表元旦献词。3月22日出席台湾“国民大会”第二次会议。1o月27日当选为台湾“中日文化经济协会”会长。
1955年6月18日举行记者招待会以《介绍民主自由国家一个新的意识形态》为题说明“世界道德重整运动”的宗旨与概况。22日主持接待以美国“道德重整会”负责人为的“世界道德重整运动”访问团