国民政府修订公布《市组织法》将特别市改为行政院直辖规定都及省政府所在地不设公安局其主管事项由都警察厅或省会警察机关掌理市政府秘书长改为列席市政会议。市以下分区区设区公所置区长1人、助理员若干人。院辖市、省辖市的区长分别由市长提请内政部、省政府委任。
南京国民政府最初实行省、县两级地方政制因为各省所辖县数太多在实施中多有变通。变通的办法是合数县为一区域。如安徽实行席县长制江西采取区行政长官制江苏实行行政督察制。1932年8月行政院统一地方政制规定每省划分为若干个行政督察区各区设行政督察专员一人兼任驻在县县长并任本区保安司令。行政督察专员即以驻在县县政府为督察专员公署督察所属各县推进政务。行政督察专员是省政府派驻各地的代表本身不构成一级行政机构。
省以下辖县县设县政府。未经开的边远地区在县政府成立以前以设治局代行其职权。设治局置局长1人、佐理人员若干局长由省民政厅提出有荐任公务员资格的人选经省政府委员会议决任用。县依区域大小、事务繁简、户口及赋税多少分为三等。根据1929年6月5日国民政府修订公布的《县组织法》县政府设县长1人由省民政厅提出合格人员2至3人经省政府委员会议决任用；一等县政府下设4科二等县政府下设3科三等县政府下设2科各科科长均直属于县长。此外各县还设立直属于省政府各厅的公安局、财政局、教育局、建设局局长由省政府主管厅任免主管厅对下属局直接行文。县以下划区区置区公所设区长1人、助理员和区丁若干人区长由省民政厅从训练考试合格人员中委任。区以下辖若干乡（镇）。乡（镇）设乡（镇）公所置乡（镇）长1人由县长择任。1934年12月31日南昌行营制定《“剿匪”省份各县政府裁局改科办法大纲》规定：裁撤各县原设的公安、财政、教育、建设各局将其职掌分别归并于县政府各科；公安局撤销后增设警佐1人；科长及佐理人员概由县长遴选呈请省政府核委县政府上行下行文书均以县长名义执行。在裁局改科的同时南昌行营还制定了《“剿匪”省份各县分区设署办法大纲》规定每县划分为3至6区各区设立区署置区长1人、区员2至4人、区丁若干人；区署代行原区公所的职权区长由县长遴荐省政府委任承县长命令办理区务；区员由区长遴荐县长核委协助区长处理区务。1935年1月行政院通令全国一致遵行。
蒋介石认为乡（镇）以下的基层政权应把清查户口、兴办保甲作为施政重点。1932年8月“豫鄂皖三省剿匪总司令部”布《“剿匪”区内各县编查保甲户口条例》规定：以户为单位十户编为一甲十甲编为一保；户长由家长充任甲长由区长委任保长由县长委任；保长受区长指挥监督甲长受保长指挥监督负责维持秩序、征收税赋、训练壮丁、兴修工事等。户长必须签名加入《保甲规约》并与甲内其他户长5人以上共具《联保连坐切结》声明：“结内各户互相劝勉监视绝无通匪或纵匪情事。如有违犯者他户应即秘报惩办；倘瞻徇隐匿各户愿负连坐之责。”1保甲内凡18岁以上、45岁以下的男子均编入壮丁队接受军事政治训练平时由保长甲长率领修筑工事必要时编组武装民团协助军警“围剿”红军。归纳起来保甲制度包括“管”、“教”、“养”、“卫”四个方面。所谓“管”就是清查户口、编制门牌监视人民言行稽查来往人员强行实行连坐；所谓“教”就是制定保甲公约强令居民遵守进行奴化教育灌输思想；所谓“养”就是摊派捐税进行敲榨勒索养活官吏供给军队；所谓“卫”就是组织反动武装缉捕革命志士抽丁拉夫补充兵员。1934年国民政府将这套反动的保甲制度向全国推广。
抗战时期地方机构的变动抗日战争初期国民政府移驻重庆重庆改为院辖市。1938年9月26日国民政府颁布《省临时参议会组织条例》和《市临时参议会组织条例》决定设立省市临时参议会。省临时参议会设议长、副议长各1人由行政院1参见商务印书馆编辑《中华民国法规大全》第2册商务印书馆1936年版第941页。从该省参议员中遴选提请国防最高会议决定；设参议员2o至5o人其中6o％从所属各县市居民中遴选产生4o％从本省文化团体及经济团体中遴选产生；省参议员任期1年必要时可延长1年；省参议员无俸给但开会时给旅费现任官吏和国民参政会参政员不得为省参议员；省参议会6个月开会一次会期14天闭会时由参议员互选5至9人组成驻会委员会。各省临时参议会参议员的名额限定为：江苏、湖南、四川、河北、山东、河南、广东各5o人；安徽、湖北各45人；浙江、江西各4o人；山西、福建、广西、云南各35人；陕西、贵州各3o人；甘肃、辽宁、吉林、新疆各25人；察哈尔、绥远、西康、青海、宁夏、黑龙江、热河各2o人。院辖市参议会设参议员25人由市党部与市政府联席会议从市民及市内文化团体、经济团体具有法定资格者中提出加倍候选人经行政院转呈国防最高会议决定。抗日战争时期部分省和重庆市设立了临时参议会。
为了加强对战区各省的管理和指导行政院于1939年7月18日颁布《战区各省省政府设置行署通则》规定：战区各省省政府认为必要时可呈请设立行署；省政府行署的驻在地及所辖区域由内政部、军政部会同有关机关拟定呈请行政院核准；省政府行署秉承省政府的命令在其所辖区域内代行省政府的职权；行署设主任1人由行政院于省政府委员中选任；行署可根据所辖区域情形酌设秘书处、政务处、警务处各处处长由行政院提请国民政府简派秉承行署主任命令掌理各项事务；行署经费由省政府核定从省库中拨付。此后战区各省在未沦陷的地区设立了一些行署。
1939年9月19日国民政府颁布实施《县各级组织纲要》实行新县制。新县制的特点是合保甲、自治与军事化管理为一体主要内容是：（1）改变县级行政机构扩大县长的职权。新县制重申裁局改科撤销公安局、财政局、教育局、建设局改设民政、财政、教育、建设、地政、军事、社会等科。设科的多少由省政府依县的等次自行决定报内政部备案。新县制规定“县为法人”“为地方自治单位”。县的财政有固定的税源由县政府统筹统支。县长在办理全县自治事项时受省政府监督但不受其指挥。（2）简化基层政权的层次加强对基层社会的控制。新县制将县、区、乡（镇）三级简化为县和乡（镇）两级面积过大或情形特殊的地方可设区署但区署只代表县政府监督指导各乡（镇）办理行政事务及自治事项不构成一级政权。乡（镇）以下实行“管、教、养、卫”合一。乡（镇）公所设民政、警卫、文化、经济等股各股主任由副乡（镇）长、乡（镇）国民兵队队副及中心学校教员担任；保办事处设民政、警卫、文化、经济干事由副保长、保国民兵队队副及国民学校教员充任。（3）设立县参议会作为县级“民意代表机关”。县参议会由每个乡（镇）民代表选举产生的议员1人和从依法成立的职业团体中选举产生的议员若干人（不得过总额的3o％）共同组成。参议员任期2年连选得连任。县参议会每3个月开会一次会期3至7天。县参议会有权议决县预算与审核县决算、县单行规章、县税、县公债及增加县库负担事项、县有财产的经营和处分事项有权建议县政兴革、听取县政府施政报告、接受人民请愿但不选举县长。（4）普遍推行保甲制度实行军事化管理。新县制规定人必归户、户必归甲、甲必归保所有民众都要编入保甲组织其中18至45岁男子编入国民兵队接受军事训练。县设国民兵司令部县长兼任司令；区和乡（镇）设国民兵队区长及乡（镇）长兼任队长。194o年1月1日国民政府通令各省一律改行新县制。由于缺乏各项专门人才和经费新县制的实施步履艰难。1943年11月16日行政院会议作出限期成立县参议会的决定。1944年各县比较普遍地设立了参议会或临时参议会。
抗战后的新行政区划及机构抗日战争胜利以后长期遭受日本侵占的东北地区和台湾省回到祖国怀抱。1945年8月29日国民政府任命陈仪为台湾省行政长官。1o月2日台湾省行政长官公署在台北设立。17日中队登上台湾岛。25日驻守台湾的侵华日军代表安藤利吉向陈仪递交投降书。同日陈仪表广播讲话郑重宣告：自即日起台湾及澎湖列岛已正式重入中国版图所有一切土地、人民、政事皆已置于中国主权之下。1945年9月4日国民政府将辽宁省分为辽宁、安东、辽东三省将吉林省分为吉林、松江、合江三省将黑龙江省分为黑龙江、嫩江、兴安三省分别任命了各省政府主席。1947年4月22日行政院撤销台湾省行政长官公署改设台湾省政府。6月1日海南岛设立特别行政区。5日国民政府公布新的行政区划。全国共有35个省、12个院辖市、57个省辖市、2o9个行政督察区、2o16个县、4o个设治局、1个特别行政区、1个特别地方1。新增加的院辖市包括哈尔滨市、大连市、沈阳市、汉口市、广州市、西安市。
少数民族地区的特殊管理制度对于少数民族聚居地区国民政府实行特殊的管理制度。在中央国民政府设立了蒙藏委员会专门管理蒙古和西藏事务。蒙藏委员会设委员长、副委员长各1人委员15人。在地方蒙藏委员会在北平设立办事处在海拉尔、洮南、赤峰、张家口、包头、西宁、打箭炉、库伦、恰克图、乌里雅苏台、科布多、唐努乌梁海、阿尔泰、塔城、伊犁、拉萨、扎什伦布派驻专员。专员秉承蒙藏委员会的指挥监督负责宣达中央政情、查报蒙藏情形、传递往来公文、照料公务人员等。广义的蒙古包括外蒙古。在南京国民政府1参见国民政府内政部编辑《中华民国行政区域简表》商务印书馆1947年版第4页。成立以前蒙古人民共和国已经成立但中国政府没有承认外蒙古的独立。1945年8月14日中国政府与苏联政府签订《中苏友好同盟条约》及其附件。中国政府同意于抗战胜利后在外蒙古举行公民投票如民意赞成独立则中国承认外立。1946年1月5日国民政府表了关于外蒙古问题的公告。对于西藏国民政府进行着有效的统治。1931年5月国民会议召开时第十三世喇嘛和第九世班禅额尔德尼均派代表参加。这次会议通过的《中华民国训政时期约法》明确宣布：西藏是中华民国领土。1933年12月17日第十三世喇嘛圆寂藏中事务暂由司伦、噶厦负责。西藏地方政府按照惯例立即呈报中央政府。国民政府追赠喇嘛为“护国弘化普慈圆觉大师”并派蒙藏委员会委员长黄慕松为专使前往拉萨致祭。1934年1月西藏司伦、噶厦及僧俗官民大会推举热振呼图克图为总摄政掌握西藏政教大权并向中央政府呈报。2月6日国民政府批准热振代摄职权。对于寻觅转世灵童应遵循的办法西藏地方政府也按照规定一一呈报中央政府。194o年2月5日国民政府册封拉木登珠为第十四世喇嘛。22日蒙藏委员会委员长吴忠信在拉萨布达拉宫主持了第十四世喇嘛的坐床典礼。4月蒙藏委员会在拉萨设立驻藏办事处作为中央政府在西藏的常设机构。1937年12月1日第九世班禅额尔德尼在青海玉树圆寂。1946年底班禅堪布会议厅确定宫保慈丹为转世灵童呈报中央政府。1949年6月3日中央政府批准宫保慈丹为第九世班禅额尔德尼转世。8月1o日蒙藏委员会委员长关吉玉在青海塔尔寺主持了第十世班禅额尔德尼的坐床典礼。
第八节国民大会和总统制度国民大会依照孙中山手订的《国民政府建国大纲》国民大会是国家最高权力机关。国民大会有权制定并颁布宪法宪法颁布之后中央统治权归于国民大会行使；国民大会对于中央政府官员有选举权、罢免权对于中央法律有创制权、复决权。然而1946年由国民党一党包办制定的《中华民国宪法》却规定国民大会只有选举总统、副总统罢免总统、副总统修改宪法复决立法院所提宪法修正案的权力实际上成了选举总统的“民意机关”。国民大会应由选举产生的“国大代表”组成。按照宪法代表名额分配如下：每县市及其同等区域各选代表1人其中人口过5o万者每过5o万人增选代表1人；蒙古每盟选出代表4人各特别旗每旗选出代表1人共57人；西藏选出代表4o人；边疆地区其他少数民族选出代表17人；侨居国外的国民选出代表65人；职业团体选出代表45o人；妇女团体选出代表168人；内地生活习惯特殊国民选出代表1o人。国民大