省分别建立军管区下辖若干师、团管区由各省的省政府主席兼任军管区司令实行军事管制。1月湖北军管区率先成立。到1938年底已设军管区12个、师管区35个、团管区133个。
抗日战争进入相持阶段以后1938年11月军令部在南岳召集军事会议。会议决定撤销广州、重庆、西安行营增设直属于军事委员会的战地党政委员会并根据战局变化对战区进行了调整。第一战区辖河南及安徽一部司令长官为卫立煌；第二战区辖山西及陕西一部司令长官为阎锡山；第三战区辖苏南、皖南及浙闽两省司令长官为顾祝同；第四战区辖广东、广西两省司令长官为张奎；第五战区辖皖西、鄂北及豫南司令长官为李宗仁；第八战区辖甘宁青及绥远一部司令长官为朱绍良；第九战区辖鄂南及湘赣两省司令长官为陈诚（由薛岳代理）；第十战区辖陕西省司令长官为蒋鼎文；另设鲁苏战区、冀察战区分别以于学忠、鹿钟麟为总司令。因南北战区相距数千里难于统一指挥1938年12月军事委员会设立桂林行营、天水行营分任西南、西北各战区的作战指挥。桂林行营统辖第三、四、九战区天水行营统辖第一、二、五、八、十战区及鲁苏、冀察战区。1939年2月撤销重庆行营改在成都及西昌设立行辕。1o月恢复设置第六战区以陈诚为司令长官。12月增设昆明行营。194o年4月撤销桂林行营、天水行营。5月15日撤销第十战区。1941年9月军事委员会废除团管区。到1942年底共设军管区16个、师管区112个。太平洋战争的爆使中国单独坚持了4年多的抗日战争演变为中、美、英、荷、澳等国的联合对日作战。根据美英参谋长联席会议的建议同盟国决定在中国、泰国、越南和缅甸北部地区组建中国战区统帅部。1942年1月3日蒋介石就任中国战区盟军最高统帅。3月4日美国6军中将史迪威到达重庆就任中国战区盟军参谋长和中缅印战区美军指挥官。在缅甸中、美、英三队进行了协同作战。应英国方面请求国民政府派遣第五军、1蒋纬国主编：《国民革命战史第三部：抗日御侮》第1卷第122页、第3卷台湾黎明文化事业公司1979年版第1o8—112页。
第六军、第六十六军共约1o万人组成中国远征军入缅参加对日作战。盟军在缅甸战场作战失利后中国远征军一部退守云南怒江沿岸一部撤往印度东北部边境。6月29日撤往印度的中国远征军编组为中国驻印军史迪威任司令长官。盟军在欧洲战场和太平洋战场转入战略反攻后中国驻印军和中国远征军成功地组织了局部反攻。到1945年1月解放缅甸和中国领土16。3万平方公里打通了中印公路。
为了配合盟军进行战略反攻1944年12月25日国民政府在昆明设立中国6军总司令部负责西南地区各部队的统一指挥由参谋总长何应钦兼任6军总司令。其所辖部队编组为第一、二、三、四方面军共有28个军下辖86个师及其他特种部队。1945年1月军事委员会再次调整战区及战斗序列撤销第四战区、鲁苏战区恢复设置第十战区增设汉中行营、赣州行辕。4月广西境内日军后撤第三方面军所属部队跟进追击。7月底收复桂林。
抗日战争胜利前后重庆国民政府在军事上采取了一系列紧急措施。
1945年6月26日增设第十一、十二战区分别以孙连仲、傅作义为司令长官准备接收华北。8月15日日本宣布无条件投降。9月9日蒋介石划中国战区为15个受降区由国民党所属部队分别接收侵华日军128万余人投降。其中第十一战区接收平津和冀鲁第十二战区接收热河、绥远和察哈尔。为了抢占战略要地军事委员会于1945年9月设立北平行营、东北行营。1o月撤销昆明行营。12月设立武汉行营。1946年3月设立西北行营。4月撤销成都行辕改设重庆行营。
战后军事机构的改组国民政府还都南京后对军事机构进行了改组。1946年5月3o日撤销军事委员会和隶属行政院的军政部改于行政院下设国防部。根据《国防部组织概要》国防部承国民政府主席命令综理军令事宜并承行政院院长命令综理军政事宜。国防部设部长1人、次长3人、参谋总长1人、参谋次长3人下设6厅8局各厅分管人事、情报、计划、作战、补给、编训事宜各局分管新闻、民事、保安、预算、史料、监察、兵役、测量事宜另设6军、海军、空军、后方勤务4个总司令部。军事委员会撤销后军事委员会委员长行营改称国民政府主席行辕军事参议院改称战略顾问委员会划归国民政府直辖。
第四节司法机构和司法制度司法机构南京国民政府的最高司法机关是司法院。1928年1o月8日公布的《国民政府组织法》规定：司法院设院长、副院长各1人院长因故不能执行职务时由副院长代理；司法院掌理司法审判、司法行政、官吏惩戒、行政审判等项职权；关于特赦、减刑及恢复公民权等事项由司法院院长提请国民政府核准后施行。1o月1o日王宠惠就任司法院院长。除秘书处、参事处以外司法院原拟设司法行政署、司法审判署、行政审判署、官吏惩戒委员会。11月7日国民党中央政治会议决定将司法行政署改为司法行政部司法审判署改为最高法院行政审判署改为行政法院官吏惩戒委员会改为公务员惩戒委员会。16日司法院正式成立。1931年12月26日国民党四届一中全会决定将司法行政部改隶行政院并修改《国民政府组织法》规定：司法院设最高法院、行政法院、公务员惩戒委员会司法院院长兼任最高法院院长副院长兼任公务员惩戒委员会委员长。1934年1o月4日国民党中央政治会议又决定司法行政部重归司法院。11月原隶司法行政部的法官训练所改归司法院直辖。1935年12月司法院增设法规委员会。这样到抗日战争全面爆前司法院的直属机构主要有2院1部2个委员会。
司法院直属机构成立时间有早有晚内部组织各不相同。最高法院成立于1928年11月17日是国民政府终审审判机关负责对民事、刑事案件的终审审判。最高法院设院长1人由司法院院长提请国民政府任命院长综理全院事务但不得指挥审判；下设民事庭4个、刑事庭4个每庭置推事5人其中1人为庭长。各庭审判时以庭长为审判长采取合议制推事参加审判和评议。1933年7月国民党中央政治会议决定扩大最高法院组织将民事庭增为5个刑事庭增为7个。此外最高法院配设检察署置检察长1人检察官7至9人。司法行政部成立于1928年11月19日掌管全国司法行政事务并对地方最高级行政长官执行本部主管事务进行指导和监督。司法行政部设部长、政务次长、常务次长各1人均由司法院院长提请国民政府任免。部长综理部务并监督所属职员和各机关次长辅助部长处理部务。下设总务、民事、刑事、监狱4司置秘书、参事、司长若干人。按照《司法行政部组织法》该部就主管事务认为各地方最高级行政长官的命令或处分违背法令或逾越权限时可请司法院院长提经国务会议议决后予以停止或撤销。公务员惩戒委员会分为中央和地方两种：中央公务员惩戒委员会成立于1931年6月9日掌管全国荐任职以上公务员和中央各官署委任职公务员的惩戒事宜。设委员长1人、委员11至17人其中6至9人简任余由现任最高法院院长及推事中简派。地方公务员惩戒委员会分设于各省和直辖市掌理各该省委任职公务员的惩戒事宜。其委员长由省高等法院或市地方法院院长兼任委员从庭长和推事中选派。委员长综理会务但不得干涉惩戒事项；审议惩戒议案时在中央应有7名以上委员、在地方应有5名以上委员出席。到抗日战争全面爆前共有23个省市设立了地方公务员惩戒委员会。行政法院成立于1933年6月23日掌管全国行政诉讼的审判事宜。所谓行政审判是指对由于中央或地方官署的违法或不当处分而损害其权利而提起的诉愿进行审判。行政法院设院长1人由司法院院长提请国民政府任命。院长综理全院事务并兼任评事；下设2个审判庭每庭置评事5人其中1人为庭长。进行审判时以庭长为审判长采取合议制评事参加审判和评议；按照规定每庭的评事中必须有2人曾担任过法官。
司法制度南京国民政府的各级司法机关均由审判和检察两个部分组成。在国民政府所在地设最高法院在各省或特别区域设高等法院在县或市设地方法院；区域狭小的县市合数县市设地方法院；区域辽阔的省、特别区域及县市设高等法院分院和地方法院分院。国民政府最初实行四级三审制。即以地方法院简易庭、县法院、兼理司法的县政府承审员为第一级地方法院为第二级高等法院为第三级最高法院为第四级；同一案件只能经过三级审判如果以地方法院简易庭、县法院、兼理司法的县政府承审员为初审则地方法院为二审、高等法院为终审如果以地方法院为初审则高等法院为二审、最高法院为终审。1932年12月28日国民政府颁布《法院组织法》改四级三审制为三级三审制。即以地方法院为第一级高等法院为第二级最高法院为第三级；凡不服地方法院一审判决的案件可上诉于高等法院不服高等法院二审判决的案件可上诉于最高法院。最高法院设置检察署高等法院和地方法院设置检察官。检察官独立行使职权其职责为：实施侦察提起公诉实行公诉协助自诉担当自诉指挥刑事裁判的执行。各级法院在执行职务时均受司法行政机关的监督。司法院院长监督最高法院院长及最高法院司法行政部部长监督高等法院及以下各级法院和分院检察长监督全国检察官高等法院席检察官监督该省或该特别区域内所有检察官。
对民事、刑事案件和“反革命案件”的审判对于民事、刑事案件和“反革命案件”的审判主要依据《民法》、《刑法》、《暂行反革命治罪法》、《危害民国紧急治罪法》。《民法》包括总则、债、物权、亲属、继承等5编共1225条。各编公布和实施的时间不同最晚的第五编于193o年12月26日公布1931年5月5日施行。民法保护地主阶级和资产阶级的各项经济利益宣布私有财产、私有土地不受侵占和侵害赋予地主和资本家自由雇佣及解雇工人的权力保护债权人的利益及高利贷制度。民法公开维护半封建的婚姻家庭制度规定男女青年在满2o岁以前订婚、结婚、离婚都须得到法定代理人的同意；在家庭中妻以夫的姓冠于本姓前面以夫的住所为住所联合财产由夫管理；子女从父姓父母得于必要范围内惩戒其子女。《刑法》于1928年3月1o日公布同年9月1日施行共3o章387条。刑法设置了7种刑罗列了34种罪。刑分为主刑和从刑主刑包括死刑、无期徒刑、有期徒刑、拘役及罚金从刑包括褫夺公民权和没收财物。有期徒刑的期限一般为2个月以上、15年以下遇有加重时可加到2o年。罪主要有内乱罪、外患罪、妨害国交罪、渎职罪、妨害公务罪、妨害选举罪、妨害秩序罪、妨害风化罪、妨害婚姻及家庭罪、鸦片罪、赌博罪、杀人罪、伤害罪、堕胎罪、遗弃罪、盗窃罪、侵占罪、恐吓罪、赃物罪等。为了镇压人民革命民主运动南京国民政府在刑法规定的34种罪名以外还设立了“反革命罪”。《暂行反革命治罪法》于1928年3月9日公布同日施行共13条。其中规定：凡意愿颠覆国民党及破坏三民主义而起暴动者宣传与三民主义不相容之主义及不利于国民革命之主张者以“反革命”为目的组织团体和集会者均为“反革命”分别处以死刑、无期徒刑或1年以上有期徒刑。1931年1月31日国民政府公布《危害民国紧急治罪法》于3月1日施行同时废止《暂行反革命治罪法》。该法进一步加重了“反革命罪”的刑罚规定对以“危害民国”为目的“扰乱治安”、“煽惑军人”、“煽惑他人”、“破坏交通”者分别处以死刑、无期徒刑或1o年以上有期徒刑；对以“危害民国”为目的而组织团体或集会或宣传与三民主义不相容之主义者处以5年以上15年以下有期徒刑。
对公务员的惩戒对于公务员的惩戒分为四个层次进行。南京国民政府规定所有公务员违法、渎职或失职案件均交惩戒机关处理。如果被弹劾人员是国民政府委员、五院正副院长、各部部长、各委员会委员长则送国民党中央监察委员会处理；如果被弹劾人员是国民政府及五院所属各部次长、各委员会副委员长则送国民政府政务官惩戒委员会处理；全国荐任以上及中央各官署委任以上人员被弹劾交由中央公务员惩戒委员会处理；各省及特别市委任人员被弹劾交由地方公务员惩戒委员会处理。惩戒处分共有免职、降级、减俸、记过