掳掠民财并厚葬知县毛玉成。对同情回民的文祥夫人予以抚慰。于是回汉仇杀的局面顿成过去。而援回抗汉之师转化成协和回汉各族共同对抗的清朝地方政权的团体。
九月二十五日文秀被推为“总统兵马大元帅”升坛授命授吕藩为军师马金保为中军将军杨荣为骠骑将军刘纲为平东将军陈义为镇西将军马良为平北将军朱开元为平南将军蓝金喜为奋勇将军杨德明为2马观政：《滇垣十四年大祸记》《回民起义》第1册294页。
左翼将军宝文明为右翼将军马天有为前军将军马朝珍为后军将军张子经为总理军机正参军马国忠为总理军机左参军马印图为总理军机右参军。马安国为都掌教管理伊斯兰教事务。此后又6续设官授职。大抵武职为将军、大将军、都督、中郎将、翼长、领军、指挥、先锋、统制等文职为参军、大参军、参议、参谋、主政、主簿、司务等；又有大冢宰为文职之最高领导大经略为武职之长有大司马为军事要员承审司为司法之官。任用之人开始以回民为多其后则汉人之数目大增。对各少数民族旧有之土司根据其原来职位之高低授以抚夷大都督、抚夷大将军、宣政司、副宣政司等职。做到“外连夷长内结汉民进无异心退有余地”1。宣布起义军的纲领：“遥奉太平天国南京之号召革命满清。”
文秀手订《管理军政条例》内有关于帅府执行5条关于镇守官吏执行14条关于军令执行28条关于行营23条1。略见其政治建树之大概。一、保举官员须审查才能酌量功勋。果然堪授此职方可保举前来。亦须循序渐进勿得越级滥保。若有不论才能功勋或私自受贿或亲故滥行保举实属不重名器。一经查觉本人罢职该保举官滥保一员降一级二员降二级；如至十员以上罢职。
一、地方税课旧有例者方准抽收。不得私加名目妄自征收。如土产等类亦不准勒逼抽取。违者一经查觉小者记过大者参处。
一、府厅州县各衙门内不须多养闲人。至六房书吏两班差役以及门房签押各行须择忠厚明白者用之。一切猾吏不准任用以为民害并量其事之轻重劳逸每月分别等第给以工食不准私索民间分文。如有私索一两至五（十）两者杖一百追赃；自十两以至二十两者杖二百追赃抄家；自二十两以至五十两者拟绞；至一二百两以上者拟斩。
一、文武官员无论镇守地方或攻开地方不准估娶民间妇女为妻作妾。违者罢职。
一、兵征讨地方须委统带官一员即如元帅亲临。所有各将官无论何职务须听号令勿得违抗。如违准管带官按所订军令认真惩办而统带官亦须秉公提调量能委派不得于所喜之人委以平顺之事故意使之成功；亦不得于所恶之人委以凶险之事故意使之获罪。如违实属存心偏袒有负委托至意应参处拿问。
一、带兵官经过投诚地方如有擅入村寨妄动一草一木吓诈等情查出不论官兵均枭示众。
一、族分三教各有根本各行其是。既同营干事均宜一视同仁不准互相凌虐。违者不拘官兵从重治罪。
一、官兵如经过文武庙宇不准驻扎。违者治罪。
杜文秀深受清廷实行的反动民族政策之害从永昌和昆明惨案中他认识到直接下令杀害回族人民的罪魁祸是清廷各级官吏挑拨回汉“互斗”的也是清廷汉族人民也“同受其害”是无辜的。文秀为此制订和执行了正确的民族政策大力改善回汉关系加强民族团结。他“重用汉人”“不分汉回一体保护”“回人犯罪较汉人定罪加严”。在他的297名统属官职中汉、白、彝、景颇、傈僳、纳西等族官员就有284名回族官员仅131当时清军团练执红旗回民军执白旗。
1《钦定平定云南回匪方略》卷47。
人。文职36名内阁参军中大都为汉、白族。十八大司中汉族有大司寇李芳园大司成梁国玉大司略董飞龙；白族中有大司卫姚得胜；彝族有大司防李文学。杜文秀指出：“至若迤西回之受职者数千汉之受职者数万。”大理政权军队中“汉兵十之七八回民（兵）十之二三。”他对汉族和其他少数民族的风俗习惯和宗教信仰十分尊重。杜文秀在民族政策方面用力最勤效果最突出。民族问题在当时当地是最不好解决的问题杜文秀成功地解决了。从而实现了回、汉、白、彝、纳西、傣、傈僳、景颇各族人民联合反清的政治局面为大理政权坚持18年奠定了坚实的基础。
杜文秀依李芳园的建议“改正朔蓄全易衣冠”。废除府厅州县制把属地改为64四■每■设大使1人（镇守使）、参军1人（州县官）、主簿1人（管财务）、承审司1人（管司法）。进而严明法制廉洁吏治稳定了社会秩序。传说当时滇西“偷盗绝迹夜不闭户”。
杜文秀采取了一系列恢复和展生产的措施。对展农业、商业、矿业、手工业生产极为重视。兴修水利贷耕牛、籽种给农民耕种。农忙季节则避免大量调动军队和征调夫役。规定“田赋征粮米除丁银”。“地方税课旧有例者方准抽取。不得私加名目妄自征收”。“每年征粮一次其余大小苛敛一律豁免”。并轻征商税招徕外地商人、商贩和手工业者免税；在交通要道或险要地带派兵保护以利外地商人通行；在外商贸易之地设立专门办事机构；对进入滇西货物数量及其价值进行登记如其在境内被盗或遗失由地方当局负责赔偿；整修道路促进滇西与四川和缅甸之间的贸易；在大理南门外、永昌、腾越等地设立行店和货栈为商人提供方便。滇西地区商业和手工业展较快一些城市的商品经济比较达。大理城内呈现出一片繁荣景象滇西地区“百姓安居乐业”。
伊斯兰教受到了保护还有了一些展。掌教阿訇有一定的地位有的大掌教直接参与政事2。文秀下令修复了各地被清军毁坏的清真寺在大理城内新建了几座清真寺各清真寺设立“经馆”聘请著名经师担任“经馆教谕”、“训导”展经堂教育培养伊斯兰学人。同治元年（1862）刊刻《古兰经》名曰《宝命真经》这是中国历史上第一部《古兰经》刻本。自咸丰六年（1856）杜文秀得大理建立政权延揽人才励精图治扩充军队向四方展。经11年之久至同治六年（1867）十月大理政权已奄有云南之半。昆明西之镇南、姚州、赵州、弥渡、宾川、云南、邓川、浪穹、云龙、丽江、鹤庆、剑川、永昌、永平、龙陵、腾越、顺宁、云州、缅宁、永化、蒙化、大姚、姚安、广通、中甸、维西、禄丰、安宁；昆明南之思茅、普洱；昆明北之罗次、武定、元谋、禄劝均已归大理政权掌握。其最盛时已占有云南53座城池。昆明东之曲靖、寻甸阳受云南政府的任命实亦阴听杜文秀的指挥。贵州方面则有金万照、张翎翔、马河图等占据新兴府及普安厅所属各州县。陕西、四川方面则有蓝大顺、蓝二顺、蓝朝鼎等先后攻至绵竹、西安。这几方面都是大理政权的别动队。此时大理政权几近掌握西南各省。
2详见《回民起义》第2册111—12o页。
第五节四反围剿咸丰六年（1856）大理政权建立伊始提督文祥奉朝廷命自姚州向大理进。都司何有宝奉恒文命西上与文祥会师。何有宝骁勇当前锋所向披靡从镇南直攻至红岩、赵州距大理3o里。杜文秀亲率大军前往迎敌。暗派吕藩诱说何有宝之子自清。文祥拟诱捕何有宝父子斩之。何有宝杀捕者远遁。杜文秀挥兵掩杀文祥营溃乱退回镇南。清军第一次西征被杜文秀击败。
十年（186o）二月提督褚克昌倾师西犯连陷姚州、大姚、云南等县后又分兵进攻红岩、弥渡、宾川。大理震动。杜文秀亲率大军于红岩、赵州对敌急调扬威大都督蔡春于云州星夜来援乘其不备相继克复红岩、弥渡、云南县等要地。时迤东南友军马如龙率领东南回民义军赴迤西援助自曲江出取道通海、。峨（峨山）出易门入南安州（今双柏）。宜良汉族诸生李芳园亦率部由安宁经易门至南安州联合攻取广通县进占楚雄截断褚克昌后路。褚克昌粮运不济军心动摇。七月蔡春攻克褚克昌的宾川大营褚克昌兵败身亡全军覆没。清军第二次西征也被杜文秀击败。
同治二年（1863）八月署云南布政使岑毓英镇压了迤东曲靖等地回民起义军率大军西征破杜文秀于罗川进占楚雄分军取景东复元谋、镇远。邓川、云南、赵州、浪穹、鹤庆、弥渡、宾川均不战而得。继陷永北败杜文秀于镇南。岑毓英遂命张润、张愉等攻上关钱大川攻下关。杜文秀督师力战清军攻上下关者皆败。杜文秀挥兵追击诸城已失复得。岑毓英腿部中伤命李惟述扼楚雄余部退归省城。清军第三次西征历时一年终被杜文秀击败。
同治六年（1867）正月马如龙已降清为临沅镇总兵继署提督久久无功不为清廷大吏信任急于立功自效。清军分中路（西路）、北路和南路起攻势。中路又分为二支：一由参将杨振鹏、副将李惟述指挥自楚雄攻镇南；一由参将杨先芝、游击合安国指挥夺取姚州。北路由昭通镇总兵杨盛宗指挥自昭通进攻永北再出鹤庆、丽江攻占上关。南路由署腾越镇总兵田仲兴和署普洱镇总兵李锦文指挥。其一自景东攻蒙化一自普洱攻威远、云州和缅宁。马如龙亲率宾9ooo在楚雄、定远之间往来策应1。四月杜文秀分三路反攻一出大小骠川进攻楚雄；一援镇南攻大姚；一驰援姚州。马如龙本与杜文秀同时起兵反清其部下大都为回民今马如龙同室操戈屠杀同族兄弟部下多不乐意。合安国、杨振鹏且与杜文秀暗有联络。马如龙军容虽盛实无战志。未几杨振鹏溃于宾川合安国溃于姚州李惟述退保楚雄。其北路杨盛宗溃于永北撤回昭通。南路以“瘴疫盛行粮饷不继”为借口田仲兴退守新平李锦文部撤归普洱1。马如龙称病引兵东归昆明。清军第四次西征又被杜文秀击败。
1田汝康：《有关杜文秀对外关系的几个问题》的文章后注文43引“印度事务部档案”称：大理文职官员等级表中包括一些宗教领袖的官衔如维持清真寺都掌教（从二品）都掌教（正三品）副都掌教（正四品）都掌教典籍（从四品）都掌教中书（正五品）司经馆教□（谕）（正五品）司经馆训导（正六品）司经馆主簿（正八品）司经馆司务（正九品）等。这段记载的实施情况尚不了解。1《钦定平定云南回匪方略》卷286页。
第六节反招抚清朝云南地方当局对大理政权实行军事围剿不能得手巡抚徐之铭奏请朝廷从事招抚。以马德新为云南伊斯兰教著名学者人望甚著马如龙与杜文秀同为回民遂委马德新、马如龙出面遣人西上议和。同治元年（1862）二月派马载堂抵大理招抚未成马载堂反被杜文秀说服留居大理任职。五月遣督标中军副将杨振鹏奉命再赴大理劝降。行前马德新、马如龙分别致函杜文秀。杨振鹏尚未到大理五月十五日杜文秀即致书杨振鹏说明不可议和及难于议和之故并劝其“无烦尊驾到榆”。其文云：想滇南大势自兴师以来我等所据城池不少所戕官员甚多而今竟转和息复予官职是无异杀刺史者为刺史杀宰相者为宰相。体制何存？在朝廷岂不虑贻笑于天下后世乎？推其心不过因江南未靖西洋复来各省纷争天下鼎沸暂为缓此急彼。俟彼处稍定必将举全师以压我境。迨至彼时我兵已散我将各离始知朝廷包藏祸心则谋不及施勇不及逞嗷嗷待毙悔之晚矣。此不可和者一也。
数年以来我兵到处杀其父母夺其子女搂其玉帛焚其房屋。凡受害者无不饮恨于心。所恃者用威之后继之以恩。纵有一二不平之人亦因兵权在我一切精壮尽为我用彼即思逞附和无人。若一从和则精壮散兵权分不平之人于以得计暗中调为乘隙生变以雪前仇以报前仇。彼时外兵压境内患迭兴真使我等手足无措必将坐受其困矣。此不可和者二也。
当此时也我以图谋大事渐民以仁摩民以义凡有驱策莫不听命。则此时之民无不视我为父母即视彼为仇雠。为我驱策无不听命。若一从和是为朝廷之民归之朝廷。彼又将视朝廷为父母视我为兄弟。一旦有变犹欲驱百姓以迫敌则是驱兄弟以攻父母。有是理乎？有是理乎？况为兄弟也者势必顾父母以攻抗傲之兄弟未有顺弟兄以攻恃怙之父母。此不可和者三也。
若一从和则半年两载之后或朝廷另委督抚另委提镇来滇视事将现受其职者调往别省。欲不从则抗违君命。欲从之则虎已离穴。当乎其际势必不从。不从即叛矣。昔日之叛实因灭回激成犹可说也。后日之叛必因违君命而起有何言哉？则前日之误犹为不误后日之误终为大误矣。此不可和者四也。
天下穆民本属一家何分低昂今之