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沈田子一口答应，让沈敬仁守城，自己和傅弘之赶回长安。傅弘之先派亲信赶到长安把这件事报告给王修。王修急忙派兵等候在城内，等沈田子一入城，就把他捉了起来。沈田子强辩自己是奉了刘裕的密令杀死王镇恶。王修说：“你把密令拿出来给我看。”沈田子当然拿不出来，于是被王修斩首。傅弘之持刘义真的命令回到刘回堡，很轻松地就夺了军权，斩了沈敬仁，然后率众迎战胡夏太子赫连的军队。两军在池阳进行了一场大战，赫连大败后撤，逃至寡妇渡又被傅弘之追上，又一次大败。赫连两万人马折去了一半，只好退兵。
晋军前线大捷的时候，长安城内发生了内乱。因为王修对十二岁的刘义真管教很严，喜欢玩耍的刘义真对王修一直很不满。出了王镇恶这档子事后，刘义真手下那帮陪他玩耍的宠臣又说王修要谋反。刘义真也不管真假，反正他很讨厌王修，便以这个理由把王修给杀了。杀死王修后，军政大事就都得由刘义真一个人来定夺了。刘义真于是把所有的军队全部调到长安城中，他以为兵力集中在长安城内，这样就非常保险了。但结果是正准备撤退的胡夏军队又卷土重来，把长安围得如铁桶一般。围好之后并不攻城，而是分兵守住险要，断去长安的粮道和援军。刘义真的十多万大军和老百姓在长安城内待了半年之后，就吃光了所有的粮食。刘义真也不敢出战，便派人向父亲刘裕求救。
刘裕回到建康后，被封为相国、宋公，加九锡礼，仪服礼仪和皇帝一样，就差穿龙袍坐皇位了。但刘裕仍然没有打算马上当皇帝。不久，他接到长安的情报，王镇恶、沈田子、王修皆死于内乱，而十几万晋军全被围困在长安城中，粮食也吃光了。刘裕大惊失色，急忙派辅国将军蒯恩赶往长安，接应刘义真东归；又任命相国右司马朱龄石为都督关中诸军事、右将军、雍州刺史，也一同前去，代守长安。
朱龄石和蒯恩赶到长安，催促刘义真出城。刘义真在他手下那帮宠臣的劝说下，离开长安前在城内大肆抢劫，虽然名义上是不给胡夏留下东西，但受害最深的还是老百姓。刘义真带着抢来的东西，出城缓缓东行。
胡夏知道晋军毕竟拥有十多万兵力，并没有敢正面与晋军发生冲突，而是以三万骑兵在后袭扰。傅弘之劝说刘义真放弃这些抢来的东西，轻装而行，但刘义真舍不得。于是晋军只能且战且退，还要保护财物，十分疲惫。退到青泥北的时候，胡夏的王买德率两万骑兵杀到，赫连昌又率三万骑兵从潼关赶来。胡夏的军队三路夹击，其中两路又是生力军。而晋兵早已疲惫不堪，明显处于劣势。傅弘之和蒯恩与胡夏军队苦战了七八天，最终兵败被俘。刘义真这一次倒是很坚定地放弃了一切财物，什么也没敢要，带着亲兵拼命逃窜，竟然逃了出去，连身边的亲兵也都被他甩掉了，只剩下他一个人。不久，中兵参军段宏带着十几骑找到刘义真。一行人翻山越岭总算逃回东晋。
赫连勃勃劝降傅弘之不成，把他剥光衣服绑在屋外，称什么时候他愿意降了，再把他放回来。时值农历十一月，外面正下着雪，傅弘之在外大骂不止，一直到被冻死。其他被俘的晋军全部被赫连勃勃下令杀死，晋军士兵的人头堆成京观（古代为炫耀武功；聚集敌尸；封土而成的高冢），又名为“髑髅台”。
因为刘义真走的时候掳掠长安，百姓深恨晋军，到了晚上便夺城门迎胡夏军。朱龄石虽然挫败了这起夺门事件，但从此事中他感觉到长安不可守，便焚毁长安宫殿，退出长安。途中被赫连昌包围，朱龄石和他的弟弟朱超石及全军全部战死。
赫连勃勃进入长安后自称皇帝。大家都建议赫连勃勃迁都长安，赫连勃勃认为北魏才是他最大的隐患，如果以东北部的统万城为都，可遏制北魏西进。于是命太子赫连守长安，自己带大军返回统万城。
再说刘裕得知青泥大败，关中尽失，不由大恸，登城墙而北望，痛哭流涕。不久刘义真回来，刘裕降刘义真为建威将军、司州刺史，接着又打算北伐胡夏。但由于东晋当年曾发生一次大面积的水灾，百姓困饿，盗贼蜂起，国力比较匮乏，加之胡夏的赫连勃勃与后秦的姚泓不可同日而语，前者是人杰，后者为狗熊，北伐的胜算并不是很大，刘裕最终放弃了北伐。
本想再多建一些功业的刘裕这时候基本上没什么大事可干了，而且他可能也感觉到自己时日不多，于是就加紧了代晋建宋称帝的步伐。他称帝的第一步是算命，看自己什么时候称帝最合适。算命的结果是“昌明之后尚有二帝”。
昌明就是司马曜，昌明是他的字。这句谶语的意思是：“东晋在司马曜死后，还应当有两个皇帝才会结束。”刘裕很相信这个，于是就派中书侍郎王韶之把吃得香、睡得着、没病没灾、成天乐呵呵的傻皇帝司马德宗给弄死。王韶之弄死司马德宗的时候，还费了一番工夫，因为司马德宗的弟弟司马德文每天陪在他身边侍候饮食起居，从不离开。王韶之等了好多天也没找到下手的机会，到了十二月戊寅这天，司马德文正好生病了，出宫休养治病。王韶之趁司马德文不在，就带人把司马德宗勒死。司马德宗死后，刘裕又立司马德文即皇帝位。
司马德文虽然知道自己的哥哥是被刘裕害死的，但也没有办法。其实就是当不当皇帝这件事，都不是他说了算的。两年后，在刘裕的再一次操纵和导演下，百官一致上书要求司马德文禅位。
司马德文虽然心中痛楚，却不得不装作很高兴的样子说道：“其实在桓玄篡位建梁朝后，晋朝就失掉了天下。多亏宋王刘裕又恢复晋朝，使晋朝又得以延续了近20年。今日禅位，我非常愿意。”欣然提笔写就让位诏书，然后带着自己的家属走出了皇宫，把这个充满阴谋与欲望的地方，让给了刘裕。司马德文被刘裕封为零陵王，迁居秣陵县城（今湖北省荆门县），由冠军将军刘遵考带兵监管。公元420年6月，东晋灭亡。自晋元帝创立江东，到晋恭帝禅位于宋，东晋共历十一主，一百零四年；东西两晋合计共历十五主，前后一百五十六年。
刘裕于当月称帝建宋朝，追尊其父刘翘为孝穆皇帝，生母赵氏为孝穆皇后；尊奉继母萧氏为皇太后；立刘义符为皇太子；以司空刘道怜为太尉，封长沙王；追封刘道规为临川王；其余功臣增位晋爵各有封赏。又追封刘穆之为南康郡公，王镇恶为龙阳县侯。一个新的朝代———南朝开始了。
东晋灭亡后，西凉也就转向宋朝称臣。西凉原本是向后秦称藩，但由于后秦的国力日渐衰弱，顾不上管理凉州的事务，因此西凉总受北凉的欺负，经常被沮渠蒙逊带兵抢劫和侵略。西凉李暠遂于公元405年向西迁都至酒泉，并向东晋称臣，被封为酒泉公。但后来北凉仍袭扰不断，一直侵蚀西凉的领土。公元417年二月，李暠病死，其子李歆继位。西凉与北凉的战争仍是连年不断。直到公元420年，沮渠蒙逊假称南伐西秦，暗中带重兵埋伏在川岩。李歆以为北凉伐秦，必然国内空虚，举三万骑兵进攻北凉的都城张掖，途中被北凉军伏击，西凉军大败。李歆出征的时候曾经慷慨激昂，认为自己必胜，并拒绝了尹太后的劝说，战败之后，他觉得没脸再回酒泉了，便领败军再战。但连战连败，最后死于乱军之中。沮渠蒙逊乘胜攻占酒泉。
李歆的弟弟李恂其后以敦煌为都，自称冠军将军、凉州刺史，继续西凉政权。沮渠蒙逊继续派军讨伐，围攻敦煌。李恂据城而守，北凉军屡攻不下，又引水倒灌敦煌，终于攻破城池，李恂自杀，时为公元421年，西凉灭亡，历二主，共二十二年。
李歆的第三个儿子李重耳逃至北魏，他的五世孙为李渊，即唐朝的开国皇帝。而刘裕则为汉高祖刘邦的弟弟楚元王刘交的后代。一个开国皇帝是汉朝王室子孙，一个灭国王子是唐朝开国皇帝的祖宗。汉唐两个大朝，竟在此时以这样的一种形式碰了一次面，也算是一个难得的巧合。
西凉被灭，按说宋国应当征讨北凉，为自己的藩国报仇，但中间隔着一个西秦，汉中险地交通也不方便，而且年近六十的刘裕感觉自己的身体越来越差了，健康状况急转直下，所以无暇征讨北凉，却开始考虑自己的后事了。这个时候，被废为零陵王的司马德文只有三十六岁，正当壮年，而且身体倍儿棒，刘裕知道自己一定会死在司马德文前头，为了不给子孙留祸患，他派琅琊侍中张伟带毒酒去秣陵去鸩杀司马德文。
张伟不忍谋害故主，不去又难以交代，就饮毒酒自杀了。刘裕听说后，也叹息不已，但为了他宋氏的江山，还是不能放过司马德文。于是又派司马德文的大舅子，褚皇后的二哥褚淡之带了一批武功了得的大内侍卫去杀司马德文。褚淡之到后把褚皇后叫出去聊天，他带来的那些武功好手则翻墙进入司马德文室内，逼司马德文喝下毒酒。司马德文拒绝：“佛教说：人凡自杀，转世不能再投人胎。”这些人便把司马德文摁倒在床上，用被子把他给捂死了，然后又跳墙出去。褚皇后和二哥说完话回来后，发现司马德文已经气绝。褚皇后伏尸大哭，禇淡之装作不知情的样子也跟着掉了几滴泪，然后劝了劝妹妹，料理了司马德文的丧事之后，回去复命。时为公元420年9月。
刘裕一共有七个儿子，长子刘义符为太子，但刘义符爱和一帮混混在一起胡闹，这让刘裕很是担心，加上他的身体每况愈下，便开始考虑换太子的问题。他派谢晦考察老二庐陵王刘义真。谢晦考察后回来报告说：“刘义真有辩才，但无德量，德轻于才，实非人主。”
公元421年，刘裕的三儿子刘义隆才十四岁，年纪还太小，刘裕暂时并未考虑把他列为太子人选。老四刘义康只有十二岁，其余三个儿子更小。刘裕最终还是没有废掉太子刘义符。公元422年春，刘裕有一段时间卧床不起，后来病情转好，但到了夏天又突然恶化。刘裕任命徐羡之、傅亮、谢晦三人为辅政大臣，同时暗令刘义符防备谢晦有不臣之心。不久后刘裕病亡，年六十岁，在位两年有余。
刘裕从把持晋朝政权到做宋朝皇帝的这一段时间所采取的治国政策是很积极的。由于他出身贫寒，生性节俭，所以很注意休养生息，爱惜民力。后宫的嫔妃很少，宫女和太监自然用得也少，宫内开支并不多。刘裕更不喜珍宝奇异之物。当年他出征后秦的时候，有人送上来一个琥珀枕，光色华丽，十分漂亮。刘裕让人把这个琥珀枕捣成粉分给将士作金疮药。岭南曾经献上一种筒细布，做工精致异常，刘裕认为这种东西太耗费人力，但用处并不大，属于奢侈品，于是命有司弹劾岭南太守，并下令禁作此布。刘裕平定关中后，他得到了姚兴的侄女姚氏，由于姚氏太漂亮了，连不近女色的刘裕也被她打动了心，对姚氏十分宠爱。臣下谢晦劝谏他不要因女色而荒废政务，他当晚就将姚氏送出宫去。刘裕宫中所用的东西，能用银器的绝不用金器，能用铜器的绝不用银器。他还把自己贫贱时用过的农具在宫中专设一展览室陈列起来，以告诉后代要克勤克俭。刘裕的女儿出嫁的时候，嫁妆中没有一件锦绣金玉的衣物。
刘宋初期，刘裕收复北方的青、兖二州，西至关中，大致拥有黄河以南的广大地区，成为东晋南朝时期疆域最大的一个王朝。刘裕即位前后，吸取了前朝士族豪强挟主专横的教训，抑制豪强兼并。他杀了奴客纵横的京口大地主刁逵，把刁氏成万顷的土地和大量财产分给贫民；后又杀了隐匿人口的余姚大族虞亮。有鉴于晋朝时荆州等地大将拥兵自重，屡为祸乱，他削弱强藩，集权中央，裁并荆州府的辖区，限制其文武将士的额员。为防止权臣乱政，他特下诏：凡日后大臣外出征讨，一律配以朝廷军队，军还交回朝廷。
由于东晋士族隐匿户口，大大减少了官府收入，刘裕下令整顿户籍，厉行土断之法，清理侨人户籍，使侨富户口编入所在郡县。他还废除一部分屯�