发展经济生产、保证社会安定方面也卓有成效，所以很得人心。而且司马休之没有野心。他的哥哥谯王司马尚之因为没有儿子，就从司马休之这里过继了一个儿子叫做司马文思。司马文思性格暴躁，有很多次因为一时小怨就动手打死人。他在养父司马尚之死后继承了谯王的职位，便打算和亲生父亲一起去进攻刘裕，为司马家族夺回朝廷大权。
司马休之认为自己没有这个实力，所以没同意。司马文思就联合两个弟弟在京城准备起事，结果被刘裕捉住。刘裕把司马文思送给司马休之让他处理，又把司马休之的另两个儿子司马文宝和司马文祖羁押在京中。司马休之上表请废掉司马文思，并写了一封长长的道歉信，请刘裕原谅。刘裕一直想找理由除掉司马休之，所以他把司马休之的两个亲生儿子当成了激怒司马休之的工具。等灭了卢循和徐道覆，又把西蜀平定之后，刘裕便利用闲暇时间把司马休之的两个亲生儿子给处死了。
司马休之听说儿子被刘裕处死了，这个好脾气人气得都快疯了。加上刘裕故意放回去的那个暴躁性子的司马文思的撺掇，司马休之立刻上表称刘裕是奸臣，把持国政，专权擅断，整起兵马讨伐刘裕。
刘裕要的就是这个结果，他当即带军去灭司马休之。但不防雍州刺史鲁宗之也带着儿子鲁轧起兵帮助司马休之。这支军队从襄阳绕到刘裕的后路，袭击了刘裕部队储备物资的地方。刘裕手下大将刘虔之被杀，粮草辎重被烧。刘裕的部将徐逵之所率领的另一支军队恰好路过，急忙前来救援。但鲁宗之很快撤走，徐逵之赶来的时候粮草辎重都被烧成灰烬。徐逵之率军追击鲁军，又被鲁宗之设伏击败，徐逵之、王允之、沈渊子等大将连同数千士兵被杀。只有蒯恩率后军逃出。鲁宗之遂和司马休之合兵一处，由鲁轧和司马文思负责长江北岸防务。
刘裕吃了一个败仗很不甘心，遂率大军强行渡江，但鲁轧和司马文思在北岸修筑了工事，加上江岸天然陡峭高耸，易守难攻。刘裕的每次进攻都被对方击退，死伤无数，就是不能踏上北岸一步。刘裕打红了眼，把盔甲穿上，拿起刀来就要往外冲，主簿谢晦抱住刘裕的大腿死也不放，刘裕说：“你再不放手我杀了你。”谢晦也道：“天下可以没有谢晦，但不能没有你。”刘裕当然不能杀谢晦。这时胡藩带一支生力军前来，向刘裕报到。一进帐见谢晦和刘裕两个人扭作一团，惊道：“这是怎么回事？”谢晦急忙把刚才的事一说。胡藩道：“这个强攻的事交给我吧。”
刘裕很信任胡藩，于是便派胡藩去强攻。胡藩带着人不要命地向北岸冲，以极大的伤亡代价终于把司马文思的防线冲开一道口子。刘裕的后军紧跟着冲上，鲁轧、司马文思抵挡不住，只得退守江陵。
刘裕追到城下，集中兵力再攻江陵。司马休之和鲁宗之守了十几天后，便守不住了，弃城向北逃到襄阳。但襄阳守将李应之已经投降了刘裕，闭起城门来不让他们进城。他们只好带着败兵向后秦撤退。这时王镇恶率一支部队急速赶来，眼看就要被追上，后秦派司马国示佑ΑＭ跽蚨袼焱吮蛔贰�
刘裕赶走司马休之后，上表皇帝封亲弟弟刘道怜为骠骑大将军、荆州刺史，以亲信赵伦之为雍州刺史。而刘裕则获得“剑履上殿，入朝不趋，赞拜不名”的资格。这三个资格是什么意思呢？
第一个“剑履上殿”的意思是上殿的时候可以穿鞋和带剑。带剑上殿好理解，可穿鞋上殿又算是什么特权？其实在秦汉时期，鞋被认为是不洁之物，是不能带入屋子的，进屋要脱鞋，进大殿同样要脱鞋。也就是说，大臣们上朝和皇上谈事，都要在进殿时脱掉鞋子，光着脚丫子走进去。《礼记？曲礼》中还提到，和长者在堂上坐的时候，必须将鞋子脱在台阶下。而且解系鞋带的时候，不可以正对着台阶。将要走进屋子的时候，一定要低头看看。如果看到室外有两双鞋，就证明堂上有二或三人在交谈，所以后来者要大声询问一下，告知堂上的人知道又有人来了，在得到堂上之人的回答后，才可入内。另外，带剑上殿也是有讲究的。虽然带剑上殿是给予大臣一种特殊的尊贵身份，但因为带剑之人在无形之中会对皇帝的安全构成威胁。为了消除皇帝的猜忌，同时又显示自己的特权，大臣所带之剑，是没有开刃的剑，后来甚至出现只有剑把和剑鞘而没有剑身的纯粹装饰剑。
第二个“入朝不趋”的意思是上朝的时候不用快步走。大臣见到君王要小步快速前行，神情严肃紧张，以表示尊崇。获得“入朝不趋”权力的大臣，上朝时就可以用自然的步子走。
第三个“赞拜不名”。按照古代礼仪，臣下在皇帝面前自称必须用其名；在皇帝面前提到其他大臣，也须称其名；皇帝对大臣们，当然也要直呼其名。特别是大臣朝见皇帝的时候，旁边要有赞礼官在皇帝面前把他的官衔和他的名字都喊出来。比如说刘裕以前见到皇帝，赞礼官要喊“豫章郡公、相国、侍中、都督八州军事刘裕，参见皇上”。大臣有了“赞拜不名”的权利后，除了自称大臣还是要称自己的名字外，赞礼官只称爵位和官职，而不呼其名；其他大臣们在朝中也是只称呼其官职；甚至皇帝也以官职来称呼他。这样的地位是相当高的。
这时刘裕不但掌握了东晋朝政，而且在威信和人心所向等方面也占据了优势地位。宗室大臣司马国А⑺韭硎瀛＇、司马叔道兄弟都感觉到东晋可能保不住了，纷纷逃奔后秦。姚兴问他们道：“刘裕从贫贱的地位起家，因为诛桓玄，灭卢循而成为权臣，按道理他做的这些事都是为了晋室江山，而且在他的管理下晋国也发展得不错，你们为什么要投奔我呢？”这些司马宗室都含泪道：“我们晋室宗族中但有一点能力和权力的，刘裕都要想办法除去。他就是晋国最大的祸患，比桓玄要厉害许多倍啊！”
战长安
南凉秃发傉檀自从骗得姑臧，击败后秦后，便想统一凉州，向北他不断侵略北凉，向南又和西秦冲突不断。公元410年2月，秃发傉檀举全国兵力约五万骑兵在穷泉与沮渠蒙逊决战。秃发傉檀几乎全军覆灭，最后带着一千多人逃回姑臧。沮渠蒙逊乘胜追击，进攻姑臧。秃发傉檀因为兵力一共只剩三千多人，无法守城，只得放弃姑臧，迁都到乐都。沮渠蒙逊取得姑臧，继续进攻南凉。傉檀只得向北凉送王室人质和大量财物求和，北凉当时打算先灭西凉，遂退兵。西秦也与南凉屡屡发生小规模的边境战争，这些使得南凉长期征用大量劳动力当兵，而从事生产的劳动力则大量减少，农牧产品自然也就大量减少，南凉人民生活在困饿之中。秃发傉檀只好派兵去抢掠远在青海中部游牧的乙弗鲜卑。
这时西秦王乞伏乾归刚刚去世，太子乞伏炽磐继位。乞伏炽磐得到秃发傉檀带重兵远走的情报，便亲率三万骑兵去攻打南凉。负责守城的太子秃发虎台因为担心城中的汉人趁机闹事，便把汉人中有威望的有本事的都软禁起来。这激起了汉人的极大愤慨，反而加剧了城中的混乱。在这样的混乱形势下，乞伏炽磐很快攻破城池，擒获秃发虎台，把乐都的所有人都迁徙到枹罕。
秃发傉檀在乙弗鲜卑那里狠狠地抢了一把，得马牛羊四十多万。他带着军队往回赶的时候，有南凉逃出来的士兵报来消息，乐都已经被攻占，南凉国危在旦夕。秃发傉檀不敢直接与西秦交锋，却打算带人再去在柴达木盆地中东部地区活动的契汗鲜卑部那里再大抢一把，然后用抢来的东西赎回妻子儿女和城池。但他手下的将士都恋家不愿意西去，走了七八天军队就跑光了一半，连他手下最得意的大将镇北将军段苟也以追逃兵的名义逃走了；又走了七八天，军队跑得只剩下几十名亲兵和他的三个侄子，还有一个叫做阴利鹿的散骑侍郎没有走。傉檀感觉大势已去，遂决定投降。因为还有一万多户秃发鲜卑族生活在北凉境内，所以傉檀让剩下的人都去投奔北凉的蒙逊。只有阴利鹿尽忠不走。二人抱头大哭一阵后，傉檀带着阴利鹿向西秦投降。
这时南凉除了浩宜城外，所有其他城池不是被攻占，就是投降。浩宜城在守将尉贤政的坚守下，一直拒绝投降。秃发虎台亲自招降尉贤政，尉贤政也不献城，反而大骂秃发虎台是“弃父忘君”。西秦只好一直围城，直到尉贤政得到秃发傉檀投降西秦的确切消息后，尉贤政才献城投降。
乞伏炽磐对秃发傉檀还不错，封他为骠骑大将军，赐爵左南公。南凉的文武官员，也经过选拔录用，但有能力者都继续当官。南凉遂亡，时为东晋义熙十年（414）七月。
公元416年二月，后秦姚兴病卒，终年五十一岁，其子姚泓继帝位。姚泓是姚兴的长子，性格宽和仁慈，喜爱文学，但没有治世之才，而且懦弱无威，因此许多的兄弟都不太服气他。
刘裕早就有北伐之心，因为内部事务太多，又顾忌姚兴的能力，所以一直没有动兵。现在内患已除，姚兴又正好死掉了，他没什么本事的儿子姚泓继了位，这正是北伐的大好机会。于是刘裕留刘穆之在京，亲自率大军起兵六路于义熙十二年（416）八月丁巳日出师北伐。
晋兵所到，一路披靡，漆丘守将王苟生，项城守将姚掌等人纷纷投降，新蔡太守董遵据城而守，被檀道济攻破城池后杀死。接着又攻克许昌、阳城、荥阳、成皋、虎牢，直指洛阳。
这时后秦的精锐军队都在安定郡防御胡夏。姚绍（姚兴的叔父）建议放弃安定，抽出十余万精锐兵力回防。但梁喜等大臣考虑到刘勃勃得到安定后如果继续南下，京城将腹背受敌，建议姚泓调集关中兵力援救洛阳，不要动用北部的军队。姚泓采纳了梁喜的建议，调集了两万骑兵，由越骑校尉阎生、武卫将军姚益男率领去救洛阳，又命令并州牧姚懿（姚泓的同母弟）自带一支军队由蒲阪南下助攻。
征南大将军姚洸（姚泓的弟弟）在洛阳守城。本来坚守城池不出，等待援军是很稳妥的办法。可是姚洸手下的司马姚禹、主簿阎恢和杨虔都已经被王镇恶收买了，他们强烈建议姚洸出兵迎战。宁朔将军赵玄反对说：“只要守住洛阳，敌人决不敢绕过洛阳西进。那我们就是为保卫长安立下一功。如果出城决战被击败的话，我们很可能无力守城。洛阳若被攻下，长安就危险了。”
姚禹、阎恢和杨虔以赵玄胆小为由，再次请姚洸派兵出战。姚洸于是命赵玄带兵出战。赵玄叹道：“我出战必死，但我死得其所。只是你不用忠臣之言，肯定会丢失洛阳！”遂带兵出战。
这时，王镇恶、檀道济、沈林子和刘遵考四路兵马已经从各自的战线奔到洛阳合兵一处，士兵多过赵玄好几倍。所以赵玄出城后便被包围，赵玄力战而死。姚禹趁势打开城门，姚洸这时候明白已经晚了，只好出降。阎生和姚益男走到半路上听说洛阳已被晋军攻破，只好停兵不进。到这个时候，东晋已经收复了黄河以南的河南和山东所有地盘。
这时，后秦的内部又出现了叛乱。太原公、并州牧姚懿并没有按照姚泓的命令南下援助洛阳守军，而是在蒲阪自称皇帝。姚泓一面派堂弟姚赞去守潼关，以防御东来的晋军；另一面让姚绍带军去蒲阪平叛。姚懿本来还想拉拢镇守匈奴堡的宁东将军姚成都和他一起叛乱，姚成都大骂道：“国家危险到这个样子了，你不但不能救，反而还想当皇帝。你看有几个人肯真心辅佐你？”于是带兵去攻姚懿。姚懿本就军心不稳，一战便败，退守蒲阪。不久，姚绍也率大军到了。姚成都和姚绍很快就攻入蒲阪，把姚懿生擒。
这时姚泓的堂弟，征北将军齐公姚恢在安定发动叛乱。上文说过，安定的士兵都是精兵，是用来防备胡夏的。姚恢带这样一支军队叛乱，那是极危险的。姚恢认为姚泓一方面要派兵东拒晋军，一方面还要派兵到山西平叛，关中必然空虚。而自己有大军十万，肯定能一路杀到长安，夺取政权。虽然他想得很有道理，但现实却是无情的。姚绍很快从山西赶回来，在灵台拦住了姚恢的军队。两军对阵后，呈胶着状态，谁也不能前进一步。这时姚赞率潼关的守军赶回来，从姚恢的后路杀入，姚恢大败后被杀。
王镇恶所率的晋军趁秦国内乱连连攻破渑池、蠡吾、陕津，开始强攻潼关。姚泓命姚绍带五万士兵去加强潼关的防守，同时又派人向北魏求援。
姚绍带兵五万来到潼关后，认为王镇恶兵少，便出关与之决战，反被击败，王镇恶并趁势夺了潼关。
姚