刘裕遂在建康招募新兵，修建水寨，建造巨舰，训练水军，排演水战，以增强自己在水军方面的实力，以达到能和卢循水军匹敌的程度，准备下一次的大战。
刘裕专权
西蜀的谯纵出兵江陵，助战卢循，在出兵之前谯纵还向后秦请兵。已经投降后秦的桓谦一听要打东晋，很是兴奋，极力劝说姚兴出兵。他对姚兴说：“我们桓氏在江陵很有势力，也很得民心，如果我领兵南征，最起码荆州的百姓会响应我，取荆州会很容易。”
姚兴也知道桓家在荆州的势力，于是一面派桓谦回荆州笼络旧部，招兵买马，一面派前将军苟林率一万五千士兵南下。桓谦悄悄地潜回荆州后，竟然很快组织起二万多人马来，进兵至枝江，苟林则进军到江津。谯纵则派他的弟弟谯道福率三万水军进入荆州。
三路军马杀向江陵，老百姓都很害怕，担心刘道规守不住城，纷纷要逃。刘道规干脆把所有城门打开，贴出告示说，谁愿意走我不拦着，但我保证江陵城一定能保得住。大家伙儿一看刘道规这么镇定，逃出城的人也就少了。
面对三路强兵，刘道规认为坐着等他们在江陵城下合军一处，然后决战，那是坐以待毙的挨打战术，他决定以时间换空间，发挥运动战的长处，在三路兵马未汇合之前，带兵转战三处，将他们各个击破。以他现在的兵力，只能全军出战方有胜算，但全军出战，就没有兵力守城了。刘道规正在烦恼的时候，雍州刺史鲁宗之率五千士兵从襄阳赶来援助。虽然兵力不多，足够守城，这支兵力可真是救命啊。刘道规立刻请鲁宗之替他守城，自己率两万军队去攻桓谦。
当时苟林距离江陵最近，其次为桓谦，再次为谯道福。从战斗力来说，以桓谦最强。刘道规舍近求远，去攻桓谦，这在军事上是有说法的。苟林是弱军，而且此人既胆小又没什么军事判断力。如果去攻苟林，桓谦来救，必成一对二的形势。反过来，刘道规舍近求远去打桓谦，苟林则不敢当机立断地迅速回军援救。一旦攻破桓谦，苟林又会因为失去援助而迅速退兵。所以，与桓谦的决战，是胜败的关键。
刘道规在枝江与桓谦进行了一次惨烈的决战，很快分出胜负。桓谦全军覆没，失败被杀。刘道规打败桓谦后迅速回师，那苟林果然没有回援桓谦，而是去攻江陵。江陵有鲁宗之死守，苟林一直不能攻下，又听说刘道规击败桓谦回师，他急忙撤军，但已经晚了。刘道规很快迎面拦住苟林的军队。面对刘道规的军队，苟林不堪一击，也战败身亡，所有部众全部投降。
不久，徐道覆也率一支军队从浔阳向江陵急速进军，很快就要兵临江陵城下了。这时鲁宗之已经带兵回到襄阳，再派人去请他回援助守，时间已经不够。徐道覆虽然只带了三万人马，但他的军队战斗力比桓谦要强得多，而徐道覆本人也能谋善战。刘道规这次采取的是四面开花的战术。他紧急招募了三四千民兵，简单训练后配以两千名正规军来守城。然后把约两万军队分成三路全部埋伏在城外。徐道覆的军队来攻打时，刘道规带着数千民兵硬是艰难地守了七八个小时，一直坚持到天黑的时候。反攻的时间到了。先是刘遵率一支军队冲击徐道覆的后路。这时，徐道覆还算冷静，他分出一支部队去阻击刘遵的进攻。但很快又先后有两支军队杀来，深夜之中徐道覆不知有多少军队杀来，赶紧撤退，刘道规趁势带兵出城。四路军队在后一阵掩杀，徐道覆大败，顺水路逃回浔阳，损失近万人。谯道福本来已经攻破巴东（今四川奉节），杀死晋的守将时延祖，正在向江陵进军，听说两支友军皆败，后来的徐道覆也被杀败，不敢再进军，退回了蜀国。
刘裕本来一直担心江陵形势，一连得到刘道规的两份捷报后才长吁一口气说道：“有刘道规在江陵，我可以放心了。”几个月后，刘裕的船只建造完毕，水军也训练得差不多了。刘裕遂带大军全面清剿卢循和徐道覆。
刘裕在进军之前，先派建威将军孙处、振武将军沈田子率五千水军，断卢循后路，防备卢循失败后重新逃到海岛据守，又因为他知道刘毅已经和自己是貌合神离，遂让刘毅留守建康。安排完毕之后，以王仲德和刘钟为先锋军，向南而进。王仲德和刘钟到达卢循手下部将范崇民的防区南陵，正巧这一天是大雾天气，雾气浓重，对面也只能看到影影绰绰的人影，再远一些就什么也看不到了。王仲德和刘钟的船只误入范崇民的水寨，引起双方的混乱。王仲德和刘钟干脆带兵一顿猛杀，而范崇民则以为对方是有备而来，专门趁雾劫营，大雾中又辨不清对方来了多少人，急忙带着手下人一顿乱杀，弃了南陵逃回浔阳。
刘裕军立刻进逼到浔阳，用火攻的方法击败卢循，卢循又退守豫章，刘裕再攻下豫章，卢循和徐道覆分两路南逃。卢循逃到番禺，徐道覆逃到始兴。卢循来到番禺时，孙处已经从海路行军占领了此城。卢循仗着手里还有一万多军队，便攻打番禺。孙处坚守城池不出，与卢循相持了十多天。徐道覆的军队在始兴被击败，徐道覆被杀，始兴被占。刘裕派刘籓和孟怀玉率轻骑一万，飞速去援孙处。卢循被城内守军和城外的援兵夹击，战败后率残部逃往交州。
交州刺史杜慧度带兵在龙编津击败卢循残部，卢循无处可逃，将自己所有妻妾杀死后，投水自杀。这一年是东晋义熙七年（411）四月庚子日。自隆安三年（399）十一月，孙恩在浙东起义，到卢循在交州龙编津被消灭，这次起义长达十一年零五个月。
卢循被灭的第二年，荆州刺史刘道规病卒，刘毅被任命为卫大将军、荆州刺史。前文说过，刘毅认为当年反桓玄，打江山，自己一点儿不比刘裕的功劳小，可是刘裕越混越好，成为一朝之主；而自己却只是一个高级将领而已，心里很是不平衡。两个人在朝廷中也互相有小动作，刘毅暗地里给刘裕使绊，刘裕则利用权力压制刘毅，不让他抬头。这一次刘毅到了荆州，立刻就开始准备起兵与刘裕抗衡。刘毅还有个堂弟刘籓远在兖州当刺史，手下也有数万兵马。为了稳妥起见，刘毅托病向刘裕申请把自己的堂弟刘籓调到荆州当副手。
刘裕一见到刘毅这个要求，便叹了一口气道：“刘毅要反啦。”不过刘裕接着又说道：“他这是自寻死路。”刘裕不动声色地同意了刘毅的申请，等刘籓按惯例来朝中谢恩时，刘裕将刘籓杀死。接着以迅雷不及掩耳之势，迅速出兵，一路攻城夺地，很快攻下江陵城二十里地以外的豫章，进兵到江陵城下。刘毅根本没时间调集兵力，加固城防，仓促应战，很快城破逃跑，逃到牛牧佛寺的时候，僧人闭门不纳。刘毅问为什么。寺僧道：“前几年桓玄事败时，我的先师就是因为收留桓氏逃难者被一个叫刘毅的将军给杀了。后来我们再不敢收留不明来路的陌生人。”刘毅听罢，叹口气道：“为法自弊，一至于此！”说完就在寺庙外上吊自杀了。他的尸体不久被刘裕手下谋士王镇恶所带的部队发现，将其尸体斩首，并搜杀刘毅的子侄。刘毅死后，会稽内史司马休之升任为平西将军、荆州刺史。
这时，当年起兵反桓玄的第三路领导人诸葛长民暗中写信给冀州刺史刘敬宣，找他一起造反。刘敬宣委婉拒绝，并将此事向刘裕报告。刘裕正打算趁势进兵收复西蜀，知道后方诸葛长民可能会有叛乱后，便把所有军队都给西阳太守朱龄石带领，让他进攻西蜀。由于军队中很多人比朱龄石资格老、功劳大、经验多，论级别和官职也比朱龄石高，绝大多数老将对刘裕任命年轻人朱龄石为帅感到很不理解。刘裕说：“古有陆逊，今有谢玄，都是没有经过大战的年轻人，后来都以少胜多，一战成名。朱龄石有大才，我当然要不拘一格，委任不疑。”刘裕力挺朱龄石，手下这些将领们也就没说的了。
刘裕送朱龄石出兵后，只带了身边的侍卫长丁旿，两个人日夜兼程，很快乘船回到建康。回去后什么也不提，只说是好久不见，要请诸葛长民喝酒。诸葛长民自恃已经备下两千精兵，而刘裕只带丁旿一人，于是欣然赴宴。刘裕与诸葛长民在酒席上东拉西扯，谈天说地，一叙旧情，说到最后，刘裕突然问道：“咱们兄弟两个这么有感情，你为什么还要害我呢？”
诸葛长民一愣，这时身高体壮的丁旿走了出来，用一根绳子把诸葛长民给勒死了。诸葛长民一死，他手下的军队全部散去。廷尉命人搜捕诸葛长民的兄弟。诸葛长民的大弟弟诸葛黎民拒捕被杀，小弟弟诸葛幼民逃跑后很快被捕获，当即斩首。诸葛全家男子全部被杀。
朱龄石被任命为益州刺史，带三万水军来到白帝城。白帝城有内、中、外三条水道都可通往成都。上次刘敬宣攻打川蜀走的是内道，结果大败而归。朱龄石料定这回蜀军一定会加强外水的防御，以防晋军从外水进攻。但内水险峻，实在是不适合进攻；外水又有重兵，进攻也会很吃力。
朱龄石经过策划后是这样部署的：他把最好的上百艘高大船只配给战斗力最不强的五千士兵，一路虚张声势，如大军行进般从内水进发；他把主力调到外水，偃旗息鼓，悄悄前进；同时又派臧熹率三千精兵，从中水向广汉进攻，吸引敌方的注意力，并分散敌人兵力。
谯纵那边是这样想的：晋军上次在内水失败，了解到内水的险峻，按道理这次应当从外水进攻，自己要加强外水的防御。但对方肯定也知道自己加强外水防御的想法。这样，对方就可能以重兵来攻内水，以避免与自己的主力相遇。当时的情报又表明，内水有一些晋军高大的船只在行进，而外水暂时没有动静，于是谯纵调重兵防守内水的关口涪城。
但后来又有确切情报表明，外水有大量晋军在迅速行进。谯纵这才恍然大悟，知道自己中了朱龄石的计策，又急调内水的兵力，和成都的兵力驰援外水的关口平模。
但这时候的军事调动已经是来不及了，朱龄石与刘钟进军到平模后立刻发动攻击，用了两天的工夫，把平模攻下，然后迅速逼近成都。谯纵胆子很小，当年造反也是硬被反将绑在车上被迫成为主帅的，见晋军势如破竹，便扔下成都带兵逃走。半路上正碰到来援平模的谯道福，他见了哥哥这个样子，气得大骂：“你为什么不守城呢？你弃城而逃，你就安全了么？你真是太胆怯了。”大怒之下，把剑一扔，正刺到谯纵的马鞍上，把谯纵吓得够呛。谯纵本来还想投奔弟弟，被谯道福这么一吓，连活下去的勇气都没有了，离开军营，找了个地方自杀了。后来他的首级被人割下，送给朱龄石求赏。
谯纵的军事才能虽然不行，但他的为政还是比较开明的，也颇得人心，而谯道福在这方面远不如他的哥哥。所以谯纵死后，谯道福虽然想聚众决一死战，可手下的人却不肯为他卖命，一哄而散，都逃命去了。谯道福成了光杆司令，也只好逃跑，在路上被擒获，送给朱龄石。朱龄石将他斩首，又把谯纵的同姓宗族全部杀死。谯纵在西蜀建国割据七年之后，被东晋平定。
刘裕上表皇帝，封朱龄石为监梁、秦州六郡诸军事，赐爵丰城县侯，也就是把川蜀之地全交给他管理。这时刘裕腾出手来，又开始收拾荆州刺史司马休之。
司马休之作为皇室宗亲，他和刘裕本就不是一路人。这时在东晋手握实权的主要有两类人：
一类是和刘裕一起靠反桓玄起家的，如：刘敬宣、刘穆之、毛修之、冯迁、孟怀玉（孟昶的堂弟）、刘怀敬（刘裕的表兄，当年刘怀敬的母亲断了他的奶，转而哺育刘裕，使刘裕得以活下来）、刘怀肃（刘怀敬的亲弟弟，刘裕的表弟）、辛扈兴、童厚之、刘道规和刘道怜兄弟（此二人为刘裕的亲弟弟）、王元德和王仲德兄弟、朱龄石和朱超石兄弟、沈渊子和沈田子及沈林子三兄弟、魏咏之和魏欣之及魏顺之三兄弟、檀凭之和檀范之兄弟，以及檀氏兄弟的三个侄子檀韶、檀祗和檀道济等一大帮子人。
还有一类是刘裕一手提拔起来的，如胡籓（当初曾是桓玄的人）、臧熹、谢晦、刘钟、韩范（南燕尚书令，向后秦求救不成投奔刘裕）、孙处、王镇恶、赵伦之和丁旿等人。
这些人对刘裕都是唯命是从，跟着刘裕混社会，把刘裕当做他们的老大，皇帝对他们来说只是个摆设而已。而司马家族中在东晋中掌实权握兵权的只有司马休之一个人。司马休之在荆州的政治相当清明，在发展经济生产、保证社会安定方面也卓有成效，所以很得人心。而且司马休之没