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这次燕晋之战，算是各有得失，不过燕国占的便宜稍大一些。
段龛投降燕国之后，慕容俊对他还不错，封为伏顺将军。慕容俊觉得自己的首都设在蓟城（今北京）对于争夺中原很不方便，遂将首都迁到邺城。
桓温听说燕都南迁，不由大惊道：“河南必危矣！”遂又上疏朝廷，再请移都洛阳，并请北伐。这时候东晋的望族大臣们都过惯了江东安逸的日子，并不想迁都，更不想北伐，于是纷纷以迁都会造成国家混乱等理由反对迁都，又以桓温功高震主为由，不许桓温北伐。
相王司马昱便再次拒绝迁都，而北伐的事则交给徐、兖二州刺史荀令。
荀羡率军北伐，先攻山茌（今山东长清县东北四里），守将贾坚不敌，城破自刎而亡。这时慕容尘率援军赶来，晋军出城迎击，荀羡亲自指挥。正在大战的时候，荀羡突然头疼，大叫一声掉下马去，昏迷不醒。副帅郗昙急忙收兵，燕军趁势进攻，晋军败退，失掉山茌。慕容尘以贾坚的儿子贾活为山茌太守，然后带兵北归。
晋军回去后不久，荀羡就病死了，郗昙被任命为徐、兖二州刺史。司马昱又派郗昙北伐，又命豫州刺史谢奕也带一支军队策应。哪知道军队尚未出发，谢奕就病卒了。司马昱连折两员大将，也觉得丧气，但北伐仍然要继续。于是以吴兴太守谢万为西中郎将，监司、豫、冀、并四州诸军事，豫州刺史；郗昙为北中郎将，都督徐、兖、青、冀、幽五州诸军事，徐、兖二州刺史。两军东西齐出，两路伐燕。
谢万是谢奕之弟，好谈军事，和当年的赵括一样，也是个纸上谈兵的人物，而且为人很是清高，不善于和下属打成一片。他的三哥谢安当时还没有做官，在谢万的军营里帮着做些事，见到谢万一副潇洒名士的样子，担忧地说：“你现在是元帅，不是艺术家。所以应当经常和手下部将们谈谈话什么的，既拉拢人心，又建立威信。这样才好指挥他们。像你这样孤傲，可不是一个元帅的样子。”谢万于是召集诸将训话，可是又不知道说什么，干脆用手中的铁如意伸到前面随便指了指，然后道：“诸将都是劲卒。”下面那些将校们见他指手画脚的样子，并称大家为“劲卒”，反而都看不起他。
谢万率军驻扎下蔡（今安徽省西北部凤台县），又派征虏将军刘建驻军马头城（今湖北公安县东北）；郗昙率军驻扎高平，以泰山太守诸葛攸为前锋，攻打东郡（今河南省东北部和山东省西部部分地区）。不料，诸葛攸正与燕军大战于东阿时，郗昙又生重病，无法指挥军队，遂没有进兵增援诸葛攸。诸葛攸没有了后援，被燕军数倍于己的军队击败，退回泰山。谢万听说诸葛攸打了败仗，还以为燕国大军要朝自己方向杀来，急忙退兵。底下诸将本就瞧不起谢万，一听要退兵，没有一个人去提醒谢万，都带兵乱哄哄地向南逃跑。谢万没有威信，整束不住军队。本来是后撤，结果成了败逃。最后，谢万只带着几个亲兵逃了回去。
慕容俊见晋军不战而逃，便派慕容恪、慕容评、阳骛、慕舆根等分率数路燕军，渡河南下攻城，夺到了许昌、颍川、谯沛等淮河北岸的城市。晋廷非常愤怒，这是打仗么？简直是放羊嘛，连放羊都不如！于是将谢万废为庶人，郗昙虽事出有因，但也有罪，降职为建武将军。
谢万废为平民之后，他的三哥谢安（谢奕是老大）开始步入仕途。谢安在兄弟中排行第三，自幼聪明多智。四岁时，当时的尚书吏部郎桓彝（即桓温的父亲）看到他，大发赞叹：“这孩子风俊神清，以后肯定不啻于王东海（王东海即王承，是晋朝一代名臣）！”稍大一些，谢安更是气宇非凡，甚至连被誉为“王与马，共天下”的著名丞相王导都知道他，以至于当时的学童连他的读书音韵都竞相仿效，一时成为时尚。
谢氏渡江后，寓居在会稽（今浙江绍兴）的东山。谢安年轻时无意仕途，每天跟支道林、王羲之、许询、孙绰、李充等名士一起谈文论诗，畅谈玄理，还经常与他们一道游赏山水，借以自娱。书法与文章的著名代表作《兰亭集序》就是王羲之于永和九年（353）三月三日与这班朋友雅会兰亭时所作。当时谢安也吟诗作文，以尽雅兴。
在谢安盘桓东山，放情山水的时间里，还发生过这样一件事：有一次，他和孙绰等人相约泛舟海上，不料后来起了风浪，一时间波涛汹涌，浪卷云翻，同伴们都大惊失色，想要马上返回。只有谢安一个人游兴正浓，吟啸诗文，若无其事。划船的老头看他相貌安闲，神色愉悦，便继续向远方划去。这时更加风急浪猛，小舟像一片树叶在惊涛骇浪间翻转，其他人惊恐万状，站起来喊叫，谢安却从容地说：“如果都这样乱成一团，我们就回不去了。”大家这才平静下来，船得以平安驶回。从这件事上，大家才认识到谢安的心胸胆量，足以镇安朝野。
青年谢安以名士风度闻名于当时，就在他流连于会稽山水的时候，也曾多次被举荐出来做官。第一次是他年仅弱冠时，扬州刺史庾冰听到他的声名，几次下郡县敦请逼迫他做自己的属下。在万不得已的情况下，谢安只好告别自己喜爱的家园前去赴召。可是才过了一个多月，他便打道回府了。另一次是在七年后，大将军桓温征伐蜀汉时也关注到谢安的盛名，就上报朝廷让谢安做他的司马。谢安这回更加干脆，以世道难行为由，婉言拒绝了桓温的好意。
当时谢氏家族中，谢安的从兄谢尚等兄弟辈有很多人已做了高官。谢家门前经常是车水马龙，门庭若市。有一次，谢安的夫人刘氏指着那些富贵的本家兄弟悄悄地跟他开玩笑：“大丈夫难道不应该这样吗？”谢安听罢，手掩鼻口悄悄对夫人说：“恐怕我以后也不免要这样。”
尽管谢安知道自己为了家庭的崛起不免要出仕，却仍旧屡次拒绝朝廷的征召。当时有人感慨地说：“安石不肯出，天下百姓可怎么办呢？”但也有人认为谢安不尊重朝廷，竟连续几次弹劾他，并要朝廷对他施加禁锢，限制活动自由。面对外界的种种反应，谢安依旧稳如泰山，淡若池水，对此根本不屑一顾，直到他的弟弟谢万兵败遭到废黜后，谢安为了保持家族地位，更为了使其经略得以致用，才决定步入仕途。不久后，谢安受桓温之邀，担任征西大将军府的司马。
燕国攻取淮北之后，慕容俊十分高兴，雄心大发，决定实行他吞并天下的志向，开始在全国大规模征兵，命令每户百姓家只能留一名男丁，其余都征召入伍。后来因为老百姓受不了，农田无人耕种，又改为三丁抽二，五丁抽三。同时广备粮草，打造兵器。正在踌躇满志的时候，慕容俊却得了大病，一病不起，到第二年正月病亡，时年四十二岁。
太子慕容继位，只有十一岁。遂以慕容恪为监国太宰，总领朝政。以上庸王慕容评为太傅，副赞朝政；以阳骛为太保，慕舆根为太师，参辅朝政。
东晋朝廷因为丢了两淮的大片土地，一直耿耿于怀，得知慕容俊已死，又想北伐，但却选不出可以统兵的大帅，最后还是不得不命桓温北伐。桓温却道：“燕国最可惧的不是慕容俊，而是慕容恪，有他在，不可伐。”东晋朝廷这才极不甘心地暂时放弃收复两淮的打算。
慕舆根和弟弟左卫将军慕舆干欲独掌朝纲，排斥慕容恪，于是先假意拥慕容恪称帝，遭到拒绝后，跑到太后那里说慕容恪有称帝之心，要请诏命诛杀慕容恪。太后可足浑氏不知所以，点头同意，但年仅十一岁的慕容坚决反对，表示自己信任慕容恪。慕舆根兄弟的阴谋失败。两个人遂决定孤注一掷，带领禁军发动兵变。慕容恪早有防备，带领自己的军队很快扑灭兵变，将二人灭门。
到了第二年，燕国和晋国又起战事。起因是河内太守吕护投降东晋，被东晋拜为冀州刺史。慕容恪遂带军八万去攻河内（今河南武陟西南）。吕护一面守住城池，一面向东晋求援。东晋本打算派兵去援，但再一次遭到桓温的反对。桓温认为黄河北岸不可守，建议吕护带兵南归。这时晋穆帝突然病亡，死时年仅十九岁。因为晋穆帝没有儿子，遂以晋成帝司马衍的儿子司马丕继承皇帝位，改元隆和。晋廷这么一乱，就顾不上派兵了。结果吕护让燕国军队整整围了半年多。吕护等人饿得够呛，最后饿得实在受不了了，带兵突围，被慕容恪所擒。慕容恪并没有为难吕护，而是授他为宁南将军，并为城中百姓和士兵供给粮食，吕护深受感动，表示自己愿意为燕国立功赎罪。
其实慕容恪正要利用吕护。因为晋国不重视洛阳，只在洛阳放了七八千士兵防守，慕容恪早有取洛阳之心。但他一直担心从邺城整军南下会被东晋盯上，派兵去增援洛阳，反而不妙。现在正好刚灭了河内，离洛阳已经比较近了，东晋并不防备自己。此时去攻洛阳，等东晋发现也已经晚了，根本来不及增援。慕容恪于是命吕护带五千士兵以败兵的名义去骗开洛阳的城门。洛阳守将陈祐以为吕护是突围逃过来的，正要开城门，长史沈劲道：“吕护可疑，不可开城。”沈劲的父亲是沈充。沈充当年是王敦的心腹重将，后随王敦叛乱，战败后被杀。沈劲因为父亲的缘故一直无法做官。三十多岁的时候，沈劲才得到丹阳尹王胡之的保荐，被授为洛阳冠军长史，
陈祐说：“我怎么看不出来呢，哪里可疑？”
沈劲道：“可疑有三：燕国以八万之众把河内围得如铁桶一般，慕容恪又是极有智谋的人，吕护一支弱旅怎么能突围出来？纵然吕护逃出了，一定是经过一番苦战，而且他在河内被困了半年之久，士卒必然憔悴。可你看看城下士卒，一个个精神饱满，盔甲鲜亮，身上连一个血点子都没有，队伍里一个伤兵都没有，哪儿像是半年没吃过饱饭，从八万大军中杀出来的。还有，吕护既然逃出，为什么没有带家属？”
陈祐听了恍然大悟，问沈劲怎么办？
沈劲道：“我们埋伏一千弩兵在瓮城之上，然后开门，等他进入瓮城，万箭齐发，必能射死这个老贼。”
陈祐遂令开门。吕护与副将段崇带兵入城，将到瓮城之内，却见正门紧闭，一声梆响，利箭如暴雨般射下来，顿时无数兵士倒地，吕护和段崇急忙后撤。这时城门打开，沈劲带三千骑兵追杀出来。吕护五千士兵剩下不到两千，一路向北逃去，到了黄河边刚上了渡船离开岸边。沈劲追到，又是乱箭齐发，吕护被流箭射死。段崇最后只带了三四百人逃回野王，见了慕容恪，大哭不已。
慕容恪自责道：“是我虑事不周。”遂亲率大军进攻洛阳。陈祐见八万燕军来攻，知道洛阳不可守，要弃城南逃。沈劲慨然道：“我常为父亲陷于不义而遗憾，早就想为国立功，以雪先人之耻。现在我得到了这个机会！捐躯沙场，马革裹尸，便是我的志向！”军队中有七八百人听了沈劲的话也志愿留下。陈祐道声保重，带着剩下的几千人离开了洛阳。
燕军八万人来到洛阳，没用多长时间就攻下了洛阳。沈劲以数百将士杀伤杀死燕兵上万。慕容恪俘虏了沈劲，怜惜其才，欲劝降沈劲。沈劲道：“我的志向就是死得其所！”慕容恪很是佩服，便要放他。中军将军慕舆虔道：“沈劲的确是有勇有谋的壮士。然而正因为他智勇双全，将来必成燕国之大患。既然不能为我所用，只能杀之。”
慕容恪遂杀沈劲，然后命人厚葬。燕军乘势将河南其他诸城一并攻取，占领了今河南全境，与两淮连成一片，向南和东晋以淮河为界，向西与秦国以崤山和渑池为界。燕国成为三国中实力最强的一个。
东晋朝廷本来一直防着桓温，但是燕国不断南侵，朝中又无人可用，只得仍然重用桓温。桓温到了现在已经是侍中、大司马、都督中外诸军事、录尚书事、假黄钺，基本掌握了东晋六成兵马。晋廷又让桓温兼领扬州牧，入参朝政。
桓温不愿入朝受制，遂把自己的办公地点搬到姑孰，以吴国内史庾希为北中郎将，徐、兖二州刺史，龙骧将军袁真为西中郎将、豫州刺史，以其弟桓豁为荆州刺史，桓冲为江州刺史，又以抚军司马王坦之为大司马长史，征西掾郗超、谢玄为大司马参军，王珣为大司马主簿。桓温把自己的人全部安插到重要位置后，又找算卦的测算晋国的运道。谢安知道桓温私下里测国运后，猜到桓温有不臣之心，便开始想脱身之计。
桓温正在经营扩大自己势力的时候，正是慕容恪率军渡黄河，袭洛阳，取河南的时候。东晋朝廷急派相王司马昱到洌洲，和桓温商量